New junction evidence
  seq id position reads (cov) reads (cov) score skew freq annotation gene product
* ? USA300TCH1516_ALE 823754 =96 (0.980)11 (0.130) 9/134 NT 12.8% intergenic (‑129/+67) yjjP_2/dosC Inner membrane protein YjjP/Diguanylate cyclase DosC
?USA300TCH1516_ALE 823814 = 70 (0.850)intergenic (‑189/+7) yjjP_2/dosC Inner membrane protein YjjP/Diguanylate cyclase DosC

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                                                                         ggATTAACAGTTTTGTCGTTGTTATAAATTGATAATAGGGTTAAACATTACTTTGTTTCGCCCTTGATTTTTGGCTACATGCACCATATCg               >  1:1330420/1‑91 (MQ=255)
                                                                         ggATTAACAGTTTTGTCGTTGTTATAAATTGATAATAGGGTTAAACATTACTTTGTTTCGCCCTTGATTTTTGGCTACATGCACCATATCg               >  1:3392677/1‑91 (MQ=255)
                                                                           attaacagttttGTCGTTGTTATAAATTGATAATAGGGTTAAACATTACTTTGTTTCGCCCTTGATTTTTGGCTACATGCACCATATCGTc             <  1:500980‑M2/79‑1 (MQ=255)
                                                                            ttaacagttttGTCGTTGTTATAAATTGATAATAGGGTTAAACATTACTTTGTTTCGCCCTTGATTTTTGGCTACATGCACCATATCGTCt            <  1:1130710‑M2/80‑1 (MQ=255)
                                                                             taacagttttGTCGTTGTTATAAATTGATAATAGGGTTAAACATTACTTTGTTTCGCCCTTGATTTTTGGCTACATGCACCATATCGTCTg           >  1:622283‑M2/11‑91 (MQ=255)
                                                                              aacagttttGTCGTTGTTATAAATTGATAATAGGGTTAAACATTACTTTGTTTCGCCCTTGATTTTTGGCTACATGCACCATATCGTCTGc          >  1:957983‑M2/10‑91 (MQ=255)
                                                                              aacagttttGTCGTTGTTATAAATTGATAATAGGGTTAAACATTACTTTGTTTCGCCCTTGATTTTTGGCTACATGCACCATATCGTCTGc          >  1:3655495‑M2/10‑91 (MQ=255)
                                                                              aacagttttGTCGTTGTTATAAATTGATAATAGGGTTAAACATTACTTTGTTTCGCCCTTGATTTTTGGCTACATGCACCATATCGTCTGc          <  1:2100616‑M2/82‑1 (MQ=255)
                                                                              aacagttttGTCGTTGTTATAAATTGATAATAGGGTTAAACATTACTTTGTTTCGCCCTTGATTTTTGGCTACATGCACCATATCGTCTGc          <  1:4065393‑M2/82‑1 (MQ=255)
                                                                              aacagttttGTCGTTGTTATAAATTGATAATAGGGTTAAACATTACTTTGTTTCGCCCTTGATTTTTGGCTACATGCACCATATCGTCTGc          >  1:2315524‑M2/10‑91 (MQ=255)
                                                                               acagttttGTCGTTGTTATAAATTGATAATAGGGTTAAACATTACTTTGTTTCGCCCTTGATTTTTGGCTACATGCACCATATCGTCTGCa         <  1:866936‑M2/83‑1 (MQ=255)
                                                                               acagttttGTCGTTGTTATAAATTGATAATAGGGTTAAACATTACTTTGTTTCGCCCTTGATTTTTGGCTACATGCACCATATCGTCTGCa         <  1:867935‑M2/83‑1 (MQ=255)
                                                                                 agttttGTCGTTGTTATAAATTGATAATAGGGTTAAACATTACTTTGTTTCGCCCTTGATTTTTGGCTACATGCACCATATCGTCTGCATc       >  1:1898356‑M2/7‑91 (MQ=255)
                                                                                   ttttGTCGTTGTTATAAATTGATAATAGGGTTAAACATTACTTTGTTTCGCCCTTGATTTTTGGCTACATGCACCATATCGTCTGCATCtt     >  1:1940196‑M2/5‑91 (MQ=255)
                                                                                    tttGTCGTTGTTATAAATTGATAATAGGGTTAAACATTACTTTGTTTCGCCCTTGATTTTTGGCTACATGCACCATATCGTCTGCATCttt    <  1:2983556‑M2/88‑1 (MQ=255)
                                                                                      tGTCGTTGTTATAAATTGATAATAGGGTTAAACATTACTTTGTTTCGCCCTTGATTTTTGGCTACATGCACCATATCGTCTGCATCTTTaa  >  1:2060489‑M2/2‑91 (MQ=255)
                                                                                       |                                                                                         
ACTTGTATGGTTCAAATTTAAATAAGAAAAACTGTTAATCTTTGCTATTATACTATGATTTAATAATAGCAAAGGATTAACAGTTTTGTCGTTGTTATAAATTGATAATAGGGTTAAACATTACTTTGTTTCGCCCTTGATTTTTGGCTACATGCACCATATCGTCTGCATCTTTAA  >  USA300TCH1516_ALE/823727‑823903

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap:     Deleted base: 
Reads not counted as support for junction
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint.
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication.