New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | USA300TCH1516_ALE | 823754 = | 96 (0.980) | 11 (0.130) | 9/134 | NT | 12.8% | intergenic (‑129/+67) | yjjP_2/dosC | Inner membrane protein YjjP/Diguanylate cyclase DosC |
? | USA300TCH1516_ALE | 823814 = | 70 (0.850) | intergenic (‑189/+7) | yjjP_2/dosC | Inner membrane protein YjjP/Diguanylate cyclase DosC |
Only 100 of 121 total aligned reads displayed.
ACTTGTATGGTTCAAATTTAAATAAGAAAAACTGTTAATCTTTGCTATTATACTATGATTTAATAATAGCAAAGGATTAACAGTTTTGTCGTTGTTATAAATTGATAATAGGGTTAAACATTACTTTGTTTCGCCCTTGATTTTTGGCTACATGCACCATATCGTCTGCATCTTTAA > USA300TCH1516_ALE/823727‑823903 | aCTTGTATGGTTCAAATTTAAATAAGAAAAACTGTTAATCTTTGCTATTATACTATGATTTAATAATAGCAAAGGATTAACAGTTTTGTCg > 1:1181017/1‑91 (MQ=255) aCTTGTATGGTTCAAATTTAAATAAGAAAAACTGTTAATCTTTGCTATTATACTATGATTTAATAATAGCAAAGGATTAACAGTTTTGTCg > 1:347663/1‑91 (MQ=255) cTTGTATGGTTCAAATTTAAATAAGAAAAACTGTTAATCTTTGCTATTATACTATGATTTAATAATAGCAAAGGATTAACAGTTTTGTCgt > 1:3889022/1‑91 (MQ=255) ttGTATGGTTCAAATTTAAATAAGAAAAACTGTTAATCTTTGCTATTATACTATGATTTAATAATAGCAAAGGATTAACAGTTTTGTCgtt > 1:2594101/1‑91 (MQ=255) tGTATGGTTCAAATTTAAATAAGAAAAACTGTTAATCTTTGCTATTATACTATGATTTAATAATAGCAAAGGATTAACAGTTTTGTCgttg > 1:482927/1‑91 (MQ=255) tGTATGGTTCAAATTTAAATAAGAAAAACTGTTAATCTTTGCTATTATACTATGATTTAATAATAGCAAAGGATTAACAGTTTTGTCgttg > 1:3526547/1‑91 (MQ=255) tattatcaatttataacaacgacAAAACTGTTAATCTTTGCTATTATACTATGATTTAATAATAGCAAAGGATTAACAGTTTTGTCgttgt > 1:2714376‑M1/24‑91 (MQ=255) tattatcaatttataacaacgacAAAACTGTTAATCTTTGCTATTATACTATGATTTAATAATAGCAAAGGATTAACAGTTTTGTCgttgt > 1:2714537‑M1/24‑91 (MQ=255) gTATGGTTCAAATTTAAATAAGAAAAACTGTTAATCTTTGCTATTATACTATGATTTAATAATAGCAAAGGATTAACAGTTTTGTCgttgt < 1:3391986/91‑1 (MQ=255) tATGGTTCAAATTTAAATAAGAAAAACTGTTAATCTTTGCTATTATACTATGATTTAATAATAGCAAAGGATTAACAGTTTTGTCgttgtt > 1:3179010/1‑91 (MQ=255) tATGGTTCAAATTTAAATAAGAAAAACTGTTAATCTTTGCTATTATACTATGATTTAATAATAGCAAAGGATTAACAGTTTTGTCgttgtt < 1:590900/91‑1 (MQ=255) tATGGTTCAAATTTAAATAAGAAAAACTGTTAATCTTTGCTATTATACTATGATTTAATAATAGCAAAGGATTAACAGTTTTGTCgttgtt < 1:2970330/91‑1 (MQ=255) ggTTCAAATTTAAATAAGAAAAACTGTTAATCTTTGCTATTATACTATGATTTAATAATAGCAAAGGATTAACAGTTTTGTCGTTGTtata > 1:3982862/1‑91 (MQ=255) ggTTCAAATTTAAATAAGAAAAACTGTTAATCTTTGCTATTATACTATGATTTAATAATAGCAAAGGATTAACAGTTTTGTCGTTGTtata > 1:3981859/1‑91 (MQ=255) tCAAATTTAAATAAGAAAAACTGTTAATCTTTGTTATTATACTATGATTTAATAATAGCAAAGGATTAACAGTTTTGTCGTTGTTATAAAt < 1:3398787/91‑1 (MQ=255) tCAAATTTAAATAAGAAAAACTGTTAATCTTTGCTATTATACTATGATTTAATAATAGCAAAGGATTAACAGTTTTGTCGTTGTTATAAAt < 1:4013187/91‑1 (MQ=255) tCAAATTTAAATAAGAAAAACTGTTAATCTTTGATATTATACTATGATTTAATAATAGCAAAGGATTAACAGTTTTGTCGTTGTTATAAAt < 1:3398823/91‑1 (MQ=255) aaaTTTAAATAAGAAAAACTGTTAATCTTTGCTATTATACTATGATTTAATAATAGCAAAGGATTAACAGTTTTGTCGTTGTTATAAATTg < 1:1097963/91‑1 (MQ=255) aaaTTTAAATAAGAAAAACTGTTAATCTTTGCTATTATACTATGATTTAATAATAGCAAAGGATTAACAGTTTTGTCGTTGTTATAAATTg > 1:3718143/1‑91 (MQ=255) aaTTTAAATAAGAAAAACTGTTAATCTTTGCTATTATACTATGATTTAATAATAGCAAAGGATTAACAGTTTTGTCGTTGTTATAAATTGa < 1:3118183/91‑1 (MQ=255) aaTTTAAATAAGAAAAACTGTTAATCTTTGCTATTATACTATGATTTAATAATAGCAAAGGATTAACAGTTTTGTCGTTGTTATAAATTGa > 1:3425338/1‑91 (MQ=255) aTTTAAATAAGAAAAACTGTTAATCTTTGCTATTATACTATGATTTAATAATAGCAAAGGATTAACAGTTTTGTCGTTGTTATAAATTGat > 1:1386889/1‑91 (MQ=255) 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aaTAAGAAAAACTGTTAATCTTTGCTATTATACTATGATTTAATAATAGCAAAGGATTAACAGTTTTGTCGTTGTTATAAATTGATAATAg > 1:2026944/1‑91 (MQ=255) aaGAAAAACTGTTAATCTTTGCTATTATACTATGATTTAATAATAGCAAAGGATTAACAGTTTTGTCGTTGTTATAAATTGATAATAGGGt > 1:1689522/1‑91 (MQ=255) aaGAAAAACTGTTAATCTTTGCTATTATACTATGATTTAATAATAGCAAAGGATTAACAGTTTTGTCGTTGTTATAAATTGATAATAGGGt > 1:92220/1‑91 (MQ=255) aaGAAAAACTGTTAATCTTTGCTATTATACTATGATTTAATAATAGCAAAGGATTAACAGTTTTGTCGTTGTTATAAATTGATAATAGGGt < 1:1202277/91‑1 (MQ=255) aaGAAAAACTGTTAATCTTTGCTATTATACTATGATTTAATAATAGCAAAGGATTAACAGTTTTGTCGTTGTTATAAATTGATAATAGGGt < 1:736467/91‑1 (MQ=255) aGAAAAACTGTTAATCTTTGCTATTATACTATGATTTAATAATAGCAAAGGATTAACAGTTTTGTCGTTGTTATAAATTGATAATAGGGtt < 1:242603/91‑1 (MQ=255) gAAAAACTGTTAATCTTTGCTATTATACTATGATTTAATAATAGCAAAGGATTAACAGTTTTGTCGTTGTTATAAATTGATAATAGGGTTa < 1:1991089/91‑1 (MQ=255) aaaaaCTGTTAATCTTTGCTATTATACTATGATTTAATAATAGCAAAGGATTAACAGTTTTGTCGTTGTTATAAATTGATAATAGGGTTaa > 1:2352014/1‑91 (MQ=255) AAACTGTTAATCTTTGCTATTATACTATGATTTAATAATAGCAAAGGATTAACAGTTTTGTCGTTGTTATAAATTGATAATAGGGTTAAAc < 1:2833722‑M1/91‑1 (MQ=255) CTGTTAATCTTTGCTATTATACTATGATTTAATAATAGCAAAGGATTAACAGTTTTGTCGTTGTTATAAATTGATAATAGGGTTAAACAtt < 1:2925529‑M1/91‑1 (MQ=255) tgttaatcctttgctattattaaatcatagtataatagcaaagattaacagttttGTCGTTGTTATAAATTGATAATAGGGTTAAACATTa > 1:3717248‑M2/56‑91 (MQ=255) gttaatcctttgctattattaaatcatagtataatagcaaagattaacagttttGTCGTTGTTATAAATTGATAATAGGGTTAAACATTAc > 1:72120‑M2/55‑91 (MQ=255) gttaatcctttgctattattaaatcatagtataatagcaaagattaacagttttGTCGTTGTTATAAATTGATAATAGGGTTAAACATTAc > 1:1951667‑M2/55‑91 (MQ=255) GTTAATCTTTGCTATTATACTATGATTTAATAATAGCAAAGGATTAACAGTTTTGTCGTTGTTATAAATTGATAATAGGGTTAAACATTAc < 1:1766705‑M1/91‑1 (MQ=255) GTTAATCTTTGCTATTATACTATGATTTAATAATAGCAAAGGATTAACAGTTTTGTCGTTGTTATAAATTGATAATAGGGTTAAACATTAc < 1:3000797‑M1/91‑1 (MQ=255) GTTAATCTTTGCTATTATACTATGATTTAATAATAGCAAAGGATTAACAGTTTTGTCGTTGTTATAAATTGATAATAGGGTTAAACATTAc < 1:1526702‑M1/91‑1 (MQ=255) TTAATCTTTGCTATTATACTATGATTTAATAATAGCAAAGGATTAACAGTTTTGTCGTTGTTATAAATTGATAATAGGGTTAAACATTACt < 1:3033167‑M1/91‑1 (MQ=255) TTAATCTTTGCTATTATACTATGATTTAATAATAGCAAAGGATTAACAGTTTTGTCGTTGTTATAAATTGATAATAGGGTTAAACATTACt < 1:1306984‑M1/91‑1 (MQ=255) TTAATCTTTGCTATTATACTATGATTTAATAATAGCAAAGGATTAACAGTTTTGTCGTTGTTATAAATTGATAATAGGGTTAAACATTACt < 1:749207‑M1/91‑1 (MQ=255) TTAATCTTTGCTATTATACTATGATTTAATAATAGCAAAGGATTAACAGTTTTGTCGTTGTTATAAATTGATAATAGGGTTAAACATTACt < 1:3377788‑M1/91‑1 (MQ=255) TTAATCTTTGCTATTATACTATGATTTAATAATAGCAAAGGATTAACAGTTTTGTCGTTGTTATAAATTGATAATAGGGTTAAACATTACt > 1:1548919‑M1/1‑91 (MQ=255) TTAATCTTTGCTATTATACTATGATTTAATAATAGCAAAGGATTAACAGTTTTGTCGTTGTTATAAATTGATAATAGGGTTAAACATTACt > 1:1548750‑M1/1‑91 (MQ=255) taatcctttgctattattaaatcatagtataatagcaaagattaacagttttGTCGTTGTTATAAATTGATAATAGGGTTAAACATTACtt > 1:3705287‑M2/53‑91 (MQ=255) aatcctttgctattattaaatcatagtataatagcaaagattaacagttttGTCGTTGTTATAAATTGATAATAGGGTTAAACATTACttt > 1:4116053‑M2/52‑91 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |