| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 880859 = | 137 (1.390) | 10 (0.110) | 8/144 | NT | 8.1% | intergenic (+10/‑347) | nuc/cspA_1 | Thermonuclease/Cold shock protein CspA |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 880891 = | 103 (1.160) | intergenic (+42/‑315) | nuc/cspA_1 | Thermonuclease/Cold shock protein CspA | |||||
ACTTTTGATACTATTTACTTTTTTAATTCTGAATTGATAATAAATCATATCGTGATCTAAAAATTATAAAAGTGCCACTAGCAGC‑AGTGACACTTTTA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/880956‑880859‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑cacttttaTAATTTTTAGATCACGATATGATTTATTATCAATTCAGAATTAAAAAAGTAAATAGTATCAAAAGTAAGTGTATTTAATATTAGAAAATA > USA300TCH1516_ALE/880891‑880980 ACTTTTGATACTATTTACTTTTTTAATTCTGAATTGATAATCAATCATATCGTGATCTAAAAATTATAAAAGTGCCACTAGCAGC‑AGTGAC > 1:3593889/1‑91ACTTTTGATACTATTTACTTTTTTAATTCTGAATTGATAATAAATCATATCGTGATCTAAAAATTATAAAAGTGCCACTAGCAGC‑AGTGAC > 1:3407917/1‑91 CTTTTGATACTATTTACTTTTTTAATTCTGAATTGATAATAAATCATATCGTGATCTAAAAATTATAAAAGTGCCACTAGCAGC‑AGTGACA > 1:515978/1‑91 CTTTTGATACTATTTACTTTTTTAATTCTGAATTGATAATAAATCATATCGTGATCTAAAAATTATAAAAGTGCCACTAGCAGC‑AGTGACA > 1:515823/1‑91 TTTTGATACTATTTACTTTTTTAATTCTGAATTGATAATAAATCATATCGTGATCTAAAAATTATAAAAGTGCCACTAGCAGC‑AGTGACAC > 1:11041/1‑91 TTTGATACTATTTACTTTTTTAATTCTGAATTGATAATAAATCATATCGTGATCTAAAAATTATAAAAGTGCCACTAGCAGC‑AGTGACACT < 1:2502190/91‑1 TTTGATACTATTTACTTTTTTAATTCTGAATTGATAATAAATCATATCGTGATCTAAAAATTATAAAAGTGCCACTAGCAGC‑AGTGACACT < 1:2502175/91‑1 TGATACTATTTACTTTTTTAATTCTGAATTGATAATAAATCATATCGTGATCTAAAAATTATAAAAGTGCCACTAGCAGC‑AGTGACACTTT > 1:861407/1‑91 TGATACTATTTACTTTTTTAATTCTGAATTGATAATAAATCATATCGTGATCTAAAAATTATAAAAGTGCCACTAGCAGC‑AGTGACACTTT > 1:1243137/1‑91 TGATACTATTTACTTTTTTAATTCTGAATTGATAATAAATCATATCGTGATCTAAAAATTATAAAAGTGCCACTAGCAGC‑AGTGACACTTT < 1:438148/91‑1 TGATACTATTTACTTTTTTAATTCTGAATTGATAATAAATCATATCGTGATCTAAAAATTATAAAAGTGCCACTAGCAGC‑AGTGACACTTT > 1:2237151/1‑91 TGATACTATTTACTTTTTTAATTCTGAATTGATAATAAATCATATCGTGATCTAAAAATTATAAAAGTGCCACTAGCAGC‑AGTGACACTTT > 1:2975014/1‑91 GATACTATTTACTTTTTTAATTCTGAATTGATAATAAATCATATCGTGATCTAAAAATTATAAAAGTGCCACTAGCAGC‑AGTGACACTTTT < 1:901331/91‑1 ATACTATTTACTTTTTTAATTCTGAATTGATAATAAATCATATCGTGATCTAAAAATTATAAAAGTGCCACTAGCAGC‑AGTGACACTTTTA > 1:2211699/1‑91 TACTATTTACTTTTTTAATTCTGAATTGATAATAAATCATATCGTGATCTAAAAATTATAAAAGTGTCACT‑GCTGCTAGTGGCACTTTTAT < 1:258845/91‑1 ACTATTTACTTTTTTAATTCTGAATTGATAATAAATCATATCGTGATCTAAAAATTATAAAAGTGTCACT‑GCTGCTAGTGGCACTTTTATA < 1:1017738/91‑1 ACTATTTACTTTTTTAATTCTGAATTGATAATAAATCATATCGTGATCTAAAAATTATAAAAGTGTCACT‑GCTGCTAGTGGCACTTTTATA < 1:1852578/91‑1 CTATTTACTTTTTTAATTCTGAATTGATAATAAATCATATCGTGATCTAAAAATTATAAAAGTGTCACT‑GCTGCTAGTGGCACTTTTATAA < 1:3410689/91‑1 ATTTACTTTTTTAATTCTGAATTGATAATAAATCATATCGTGATGTAAAAATTATAAAAGTGTCACT‑GCTGCTAGTGGCACTTTTATAATT < 1:3313740/91‑1 TTTACTTTTTTAATTCTGAATTGATAATAAATCATATCGTGATCTAAAAATTATAAAAGTGCCACTAGCAGC‑AGTGACACTTTTATAATTT > 1:3754412/1‑91 AAAAGTGCCACTAGCAGC‑AGTGACACTTTTATAATTTTTAGATCACGATATGATTTATTATCAATTCAGAATTAAAAAAGTAAATAGTATC > 1:2370685/1‑91 AAAGTGCCACTAGCAGC‑AGTGACACTTTTATAATTTTTAGATCACGATATGATTTATTATCGATTCAGAATTAAAAAAGTAAATAGTATCA > 1:3326042/1‑91 AAAGTGCCACTAGCAGC‑AGTGACACTTTTATAATTTTTAGATCACGATATGATTTATTATCGATTCAGAATTAAAAAAGTAAATAGTATCA > 1:3326277/1‑91 AAAGTGCCACTAGCAGC‑AGTGACACTTTTATAATTTTTAGATCACGATATGATTTATTATCGATTCAGAATTAAAAAAGTAAATAGTATCA > 1:3327360/1‑91 AAAGTGCCACTAGCAGC‑AGTGACACTTTTATAATTTTTAGATCACGATATGATTTATTATCAATTCAGAATTAAAAAAGTAAATAGTATCA > 1:633702/1‑91 AAAGTGCCACTAGCAGC‑AGTGACACTTTTATAATTTTTAGATCACGATATGATTTATTATCAATTCAGAATTAAAAAAGTAAATAGTATCA > 1:2041883/1‑91 AAAGTGCCACTAGCAGC‑AGTGACACTTTTATAATTTTTAGATCACGATATGATTTATTATCAATTCAGAATTAAAAAAGTAAATAGTATCA > 1:2665844/1‑91 ACTAGCAGC‑AGTGACACTTTTACAATTTTTAGATCACGATATGATTTATTATCAATTCAGAATTAAAAAAGTAAATAGTATCAAAAGTAAG > 1:2369570/1‑91 ACTAGCAGC‑AGTGACACTTTTACAATTTTTAGATCACAATATGATTTATTATCAATTCAGAATTAAAAAAGTAAATAGTATCAAAAGTAAG > 1:3511571/1‑91 ACTTTTATAATTTTTAGATCACGATATGATTTATTATCAATTCAGAATTAAAAAAGTAAATAGTATCAAAAGTAAGTGTATTTAATATTAG > 1:754155/1‑91 ACTTTTATAATTTTTAGATCACGATATGATTTATTATCAATTCAGAATTAAAAAAGTAAATAGTATCAAAAGTAAGTGTATTTAATATTAG > 1:497107/1‑91 ACTTTTATAATTTTTAGATCACGATATGATTTATTATCAATTCAGAATTAAAAAAGTAAATAGTATCAAAAGTAAGTGTATTTAATATTAG > 1:497247/1‑91 CTTTTATAATTTTTAGATCACGATATGATTTATTATCAATTCAGAATTAAAAAAGTAAATAGTATCAAAAGTAAGTGTATTTAATATTAGA > 1:684049/1‑91 CTTTTATAATTTTTAGATCACGATATGATTTATTATCAATTCAGAATTAAAAAAGTAAATAGTATCAAAAGTAAGTGTATTTAATATTAGA > 1:2727510/1‑91 TTTTATAATTTTTAGATCACGATATGATTTATTATCAATTCAGAATTAAAAAAGTAAATAGTATCAAAAGTAAGTGTATTTAATATTAGAA < 1:2452823/91‑1 TTTTATAATTTTTAGATCACGATATGATTTATTATCAATTCAGAATTAAAAAAGTAAATAGTATCAAAAGTAAGTGTATTTAATATTAGAA < 1:597885/91‑1 TTATAATTTTTAGATCACGATATGATTTATTATCAATTCAGAATTAAAAAAGTAAATAGTATCAAAAGTAAGTGTATTTAATATTAGAAAA < 1:1727683/91‑1 TTATAATTTTTAGATCACGATATGATTTATTATCAATTCAGAATTAAAAAAGTAAATAGTATCAAAAGTAAGTGTATTTAATATTAGAAAA > 1:4045776/1‑91 TATAATTTTTAGATCACGATATGATTTATTATCAATTCAGAATTAAAAAAGTAAATAGTATCAAAAGTAAGTGTATTTAATATTAGAAAAT > 1:3054134/1‑91 TATAATTTTTAGATCACGATATGATTTATTATCAATTCAGAATTAAAAAAGTAAATAGTATCAAAAGTAAGTGTATTTAATATTAGAAAAT > 1:3041721/1‑91 TATAATTTTTAGATCACGATATGATTTATTATCAATTCAGAATTAAAAAAGTAAATAGTATCAAAAGTAAGTGTATTTAATATTAGAAAAT > 1:3041148/1‑91 ATAATTTTTAGATCACGATATGATTTATTATCAATTCAGAATTAAAAAAGTAAATAGTATCAAAAGTAAGTGTATTTAATATTAGAAAATA > 1:1158360/1‑91 ACTTTTGATACTATTTACTTTTTTAATTCTGAATTGATAATAAATCATATCGTGATCTAAAAATTATAAAAGTGCCACTAGCAGC‑AGTGACACTTTTA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/880956‑880859‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑cacttttaTAATTTTTAGATCACGATATGATTTATTATCAATTCAGAATTAAAAAAGTAAATAGTATCAAAAGTAAGTGTATTTAATATTAGAAAATA > USA300TCH1516_ALE/880891‑880980 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |