New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | USA300TCH1516_ALE | 880859 = | 137 (1.390) | 10 (0.110) | 8/144 | NT | 8.1% | intergenic (+10/‑347) | nuc/cspA_1 | Thermonuclease/Cold shock protein CspA |
? | USA300TCH1516_ALE | 880891 = | 103 (1.160) | intergenic (+42/‑315) | nuc/cspA_1 | Thermonuclease/Cold shock protein CspA |
Only 100 of 168 total aligned reads displayed.
GAGAAATTAAATATTTGGAGCGAAGACAACGCTGATTCAGGTCAATAATGCTCATTGTAAAAGTGTCACT‑GCTGCTAGTGGCACTTTTATAATTTTTAGATCACGATATGATTTATTATCAATTCAGAATTAAAAAAGTAAATAGTATCAAAAGTAAGTGTATTTAATATTAGAAAATAA > USA300TCH1516_ALE/880802‑880981 | tactatttacttttttaattctgaattgataataaatcatatcgtgatctaaaaattataaaagtgtcactgctgctagtggcacttttat < 1:258845‑M2/1‑1 (MQ=255) agaAATTAAATATTTGGAGCGAAGACAACGCTGATTCAGGTCAATAATGCTCATTGTAAAAGTGTCACT‑GCTGCTAGTGGCACTTTTATaa > 1:1349940/1‑91 (MQ=255) agaAATGAAAAATGTGGAGCGATTACAATACTGATTCATGTCAATAATGCTCATTGTAAAAGTATCACT‑GCTGCTAGTGGCACTTTTATaa < 1:475174/91‑1 (MQ=255) actatttacttttttaattctgaattgataataaatcatatcgtgatctaaaaattataaaagtgtcactgctgctagtggcacttttata < 1:1017738‑M2/2‑1 (MQ=255) gaAATTAAATATTTGGAGCGAAGACAACGCTGATTCAGGTCAATAATGCTCATTGTAAAAGTGTCACT‑GCTGCTAGTGGCACTTTTATAAt > 1:734381/1‑91 (MQ=255) gaAATTAAATATTTGGAGCGAAGACAACGCTGATTCAGGTCAATAATGCTCATTGTAAAAGTGTCACT‑GCTGCTAGTGGCACTTTTATAAt > 1:293914/1‑91 (MQ=255) ctatttacttttttaattctgaattgataataaatcatatcgtgatctaaaaattataaaagtgtcactgctgctagtggcacttttaTaa < 1:3410689‑M2/3‑1 (MQ=255) atttacttttttaattctgaattgataataaatcatatcgtgatgtaaaaattataaaagtgtcactgctgctagtggcacttttaTAAtt < 1:3313740‑M2/5‑1 (MQ=255) aaaTATTTGGAGCGAAGACAACGCTGATTCAGGTCAATAATGCTCATTGTAAAAGTGTCACT‑GCTGCTAGTGGCACTTTTATAATTTTTAg > 1:3445430/1‑91 (MQ=255) atatTTGGAGCGAAGACAACGCTGATTCAGGTCAATAATGCTCATTGTAAAAGTGTCACT‑GCTGCTAGTGGCACTTTTATAATTTTTAGAt > 1:2757850/1‑91 (MQ=255) tatTTGGAGCGAAGACAACGCTGATTCAGGTCAATAATGCTCATTGTAAAAGTGTCACT‑GCTGCTAGTGGCACTTTTATAATTTTTAGATc > 1:2484839/1‑91 (MQ=255) atTTGGAGCGAAGACAACGCTGATTCAGGTCAATAATGCTCATTGTAAAAGTGTCACT‑GCTGCTAGTGGCACTTTTATAATTTTTAGATCa < 1:4048050/91‑1 (MQ=255) atTTGGAGCGAAGACAACGCTGATTCAGGTCAATAATGCTCATTGTAAAAGTGTCACC‑GCTGCTAGTGGCACTTTTATAATTTTTAGATCa > 1:3401699/1‑91 (MQ=255) ttGGAGCGAAGACAACGCTGATTCAGGTCAATAATGCTCATTGTAAAAGTGTCACT‑GCTGCTAGTGGCACTTTTATAATTTTTAGATCACg < 1:440892/91‑1 (MQ=255) 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gCTGATTCAGGTCAATAATGCTCATTGTAAAAGTGTCACT‑GCTGCTAGTGGCACTTTTATAATTTTTAGATCACGATATGATTTATTATCa > 1:4097555/1‑91 (MQ=255) cTGATTCAGGTCAATAATGCTCATTGTAAAAGTGTCACT‑GCTGCTAGTGGCACTTTTATAATTTTTAGATCACGATATGATTTATTATCaa > 1:2440373/1‑91 (MQ=255) cTGATTCAGGTCAATAATGCTCATTGTAAAAGTGTCACT‑GCTGCTAGTGGCACTTTTATAATTTTTAGATCACGATATGATTTATTATCaa > 1:3643426/1‑91 (MQ=255) gATTCAGGTCAATAATGCTCATTGTAAAAGTGTCACT‑GCTGCTAGTGGCACTTTTATAATTTTTAGATCACGATATGATTTATTATCAAtt > 1:1403916/1‑91 (MQ=255) gATTCAGGTCAATAATGCTCATTGTAAAAGTGTCACT‑GCTGCTAGTGGCACTTTTATAATTTTTAGATCACGATATGATTTATTATCAAtt < 1:1856879/91‑1 (MQ=255) aTTCAGGTCAATAATGCTCATTGTAAAAGTGTCACT‑GCTGCTAGTGGCACTTTTATAATTTTTAGATCACGATATGATTTATTATCAATTc > 1:1915151/1‑91 (MQ=255) aTTCAGGTCAATAATGCTCATTGTAAAAGTGTCACT‑GCTGCTAGTGGCACTTTTATAATTTTTAGATCACGATATGATTTATTATCAATTc < 1:2885333/91‑1 (MQ=255) ttCAGGTCAATAATGCTCATTGTAAAAGTGTCATT‑GCTGCTAGTGGCACTTTTATAATTGTTAGATCACGATATGATTTATTATCAATTCa < 1:3688730/91‑1 (MQ=255) tCAGGTCAATAATGCTCATTGTAAAAGTGTCACT‑GCTGCTAGTGGCACTTTTATAATTTTTAGATCACGATATGATTTATTATCAATTCAg > 1:1812761/1‑91 (MQ=255) cAGGTCAATAATGCTCATTGTAAAAGTGTCACT‑GCTGCTAGTGGCACTTTTATAATTTTTAGATCACGATATGATTTATTATCAATTCAGa < 1:3098698/91‑1 (MQ=255) cAGGTCAATAATGCTCATTGTAAAAGTGTCACT‑GCTGCTAGTGGCACTTTTATAATTTTTAGATCACGATATGATTTATTATCAATTCAGa < 1:2851824/91‑1 (MQ=255) cAGGTCAATAATGCTCATTGTAAAAGTGTCACT‑GCTGATAGTGGCACTTTTATAATTTTGAGATCACGATATGATTTATTATCAATTCAGa > 1:3314935/1‑91 (MQ=255) aGGTCAATAATGCTCATTGTAAAAGTGTCACT‑GCTGCTAGTGGCACTTTTATAATTTTTAGATCACGATATGATTTATTATCAATTCAGaa > 1:3219837/1‑91 (MQ=255) aGGTCAATAATGCTCATTGTAAAAGTGTCACT‑GCTGCTAGTGGCACTTTTATAATTTTTAGATCACGATATGATTTATTATCAATTCAGaa > 1:183032/1‑91 (MQ=255) ggTCAATAATGCTCATTGTAAAAGTGTCACT‑GCTGCTAGTGGCACTTTTATAATTTTTAGATCACGATATGATTTATTATCAATTCAGAAt < 1:2835213/91‑1 (MQ=255) ggTCAATAATGCTCATTGTAAAAGTGTCACT‑GCTGCTAGTGGCACTTTTATAATTTTTAGATCACGATATGATTTATTATCAATTCAGAAt < 1:3833878/91‑1 (MQ=255) ggTCAATAATGCTCATTGTAAAAGTGTCACT‑GCTGCTAGTGGCACTTTTATAATTTTTAGATCACGATATGATTTATTATCAATTCAGAAt > 1:2931485/1‑91 (MQ=255) ggTCAATAATGCTCATTGTAAAAGTGTCACT‑GCTGCTAGTGGCACTTTTATAATTTTTAGATCACGATATGATTTATTATCAATTCAGAAt > 1:1703456/1‑91 (MQ=255) cAATAATGCTCATTGTAAAAGTGTCACT‑GCTGCTAGTGGCACTTTTATAATTTTTAGATCACGATATGATTTATTATCAATTCAGAATTaa < 1:2122839/91‑1 (MQ=255) ataatGCTCATTGTAAAAGTGTCACT‑GCTGCTAGTGGCACTTTTATAATTTTTAGATCACGATATGATTTATTATCAATTCAGAATTaaaa < 1:1669811/91‑1 (MQ=255) taatGCTCATTGTAAAAGTGTCACT‑GCTGCTAGTGGCACTTTTATAATTTTTAGATCACGATATGATTTATTATCAATTCAGAATTaaaaa < 1:1405358/91‑1 (MQ=255) atGCTCATTGTAAAAGTGTCACT‑GCTGCTAGTGGCACTTTTATAATTTTTAGATCACGATATGATTTATTATCAATTCAGAATTAAAAAAg < 1:973053/91‑1 (MQ=255) tGCTCATTGTAAAAGTGTCACT‑GCTGCTAGTGGCACTTTTATAATTTTTAGATCACGATATGATTTATTATCAATTCAGAATTAAAAAAGt < 1:1180468/91‑1 (MQ=255) gCTCATTGTAAAAGTGTCACT‑GCTGCTAGTGGCACTTTTATGATTTTTAGATCACGATATGATTTATTATCAATTCAGAATTAAAAAAGTa > 1:3593088/1‑91 (MQ=255) gCTCATTGTAAAAGTGTCACT‑GCTGCTAGTGGCACTTTTATAATTTTTAGATCACGATATGATTTATTATCAATTCAGAATTAAAAAAGTa > 1:2388039/1‑91 (MQ=255) aaattaTAAAAGTGTCACT‑GCTGCTAGTGGCACTTTTATAATTTTTAGATCACGATATGATTTATTATCAATTCAGAATTAAAAAAGTaaa > 1:3754412‑M1/7‑91 (MQ=255) cATTGTAAAAGTGTCACT‑GCTGCTAGTGGCACTTTTATAATTTTTAGATCACGATATGATTTATTATCAATTCAGAATTAAAAAAGTAAAt > 1:1266176/1‑91 (MQ=255) taTAAAAGTGCCACTAGCAGC‑AGTGACACTTTTATAATTTTTAGATCACGATATGATTTATTATCAATTCAGAATTAAAAAAGTAAATAGt < 1:1017738‑M1/89‑1 (MQ=255) taTAAAAGTGCCACTAGCAGC‑AGTGACACTTTTATAATTTTTAGATCACGATATGATTTATTATCAATTCAGAATTAAAAAAGTAAATAGt < 1:1852578‑M1/89‑1 (MQ=255) gTAAAAGTGTCACT‑GCTGCTAGTGGCACTTTTATAATTTTTAGATCACGATATGATTTATTATCAATTCAGAATTAAAAAAGTAAATAGTa > 1:87470/1‑91 (MQ=255) aTAAAAGTGCCACTAGCAGC‑AGTGACACTTTTATAATTTTTAGATCACGATATGATTTATTATCAATTCAGAATTAAAAAAGTAAATAGTa < 1:258845‑M1/90‑1 (MQ=255) AAAAGTGTCACT‑GCTGCTAGTGGCACTTTTATAATTTTTAGATCACGATATGATTTATTATCAATTCAGAATTAAAAAAGTAAATAGTATc < 1:901331‑M1/91‑1 (MQ=255) aaaagtgccactagcagcagtgacacttttaTAATTTTTAGATCACGATATGATTTATTATCAATTCAGAATTAAAAAAGTAAATAGTATc > 1:2370685‑M2/32‑91 (MQ=255) AAAGTGTCACT‑GCTGCTAGTGGCACTTTTATAATTTTTAGATCACGATATGATTTATTATCAATTCAGAATTAAAAAAGTAAATAGTATCa > 1:861407‑M1/1‑91 (MQ=255) AAAGTGTCACT‑GCTGCTAGTGGCACTTTTATAATTTTTAGATCACGATATGATTTATTATCAATTCAGAATTAAAAAAGTAAATAGTATCa > 1:1243137‑M1/1‑91 (MQ=255) AAAGTGTCACT‑GCTGCTAGTGGCACTTTTATAATTTTTAGATCACGATATGATTTATTATCAATTCAGAATTAAAAAAGTAAATAGTATCa < 1:438148‑M1/91‑1 (MQ=255) AAAGTGTCACT‑GCTGCTAGTGGCACTTTTATAATTTTTAGATCACGATATGATTTATTATCAATTCAGAATTAAAAAAGTAAATAGTATCa > 1:2237151‑M1/1‑91 (MQ=255) aaagtgccactagcagcagtgacacttttaTAATTTTTAGATCACGATATGATTTATTATCGATTCAGAATTAAAAAAGTAAATAGTATCa > 1:3326042‑M2/31‑91 (MQ=255) aaagtgccactagcagcagtgacacttttaTAATTTTTAGATCACGATATGATTTATTATCGATTCAGAATTAAAAAAGTAAATAGTATCa > 1:3327360‑M2/31‑91 (MQ=255) aaagtgccactagcagcagtgacacttttaTAATTTTTAGATCACGATATGATTTATTATCAATTCAGAATTAAAAAAGTAAATAGTATCa > 1:2041883‑M2/31‑91 (MQ=255) aaagtgccactagcagcagtgacacttttaTAATTTTTAGATCACGATATGATTTATTATCAATTCAGAATTAAAAAAGTAAATAGTATCa > 1:633702‑M2/31‑91 (MQ=255) aaagtgccactagcagcagtgacacttttaTAATTTTTAGATCACGATATGATTTATTATCAATTCAGAATTAAAAAAGTAAATAGTATCa > 1:2665844‑M2/31‑91 (MQ=255) AGTGTCACT‑GCTGCTAGTGGCACTTTTATAATTTTTAGATCACGATATGATTTATTATCAATTCAGAATTAAAAAAGTAAATAGTATCaaa < 1:2502190‑M1/91‑1 (MQ=255) TGTCACT‑GCTGCTAGTGGCACTTTTATAATTTTTAGATCACGATATGATTTATTATCAATTCAGAATTAAAAAAGTAAATAGTATCAAAAg > 1:515823‑M1/1‑91 (MQ=255) TGTCACT‑GCTGCTAGTGGCACTTTTATAATTTTTAGATCACGATATGATTTATTATCAATTCAGAATTAAAAAAGTAAATAGTATCAAAAg > 1:515978‑M1/1‑91 (MQ=255) GTCACT‑GCTGCTAGTGGCACTTTTATAATTTTTAGATCACGATATGATTTATTATCAATTCAGAATTAAAAAAGTAAATAGTATCAAAAGt > 1:3407917‑M1/1‑91 (MQ=255) GTCACT‑GCTGCTAGTGGCACTTTTATAATTTTTAGATCACGATATGATTGATTATCAATTCAGAATTAAAAAAGTAAATAGTATCAAAAGt > 1:3593889‑M1/1‑91 (MQ=255) tCACT‑GCTGCTAGTGGCACTTTTATAATTTTTAGATCACGATATGATTTATTATCAATTCAGAATTAAAAAAGTAAATAGTATCAAaagta < 1:2201500/91‑1 (MQ=255) 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actagcagcagtgacacttttaCAATTTTTAGATCACAATATGATTTATTATCAATTCAGAATTAAAAAAGTAAATAGTATCAAaagtaag > 1:3511571‑M2/23‑91 (MQ=255) gctgctAGTGGCACTTTTATAATTTTTAGATCACGATATGATTTATTATCAATTCAGAATTAAAAAAGTAAATAGTATCAAAAGTAAgtgt < 1:488494/91‑1 (MQ=255) gctgctAGTGGCACTTTTATAATTTTTAGATCACGATATGATTTATTATCAATTCAGAATTAAAAAAGTAAATAGTATCAAAAGTAAgtgt < 1:1276346/91‑1 (MQ=255) gctgctAGTGGCACTTTTATAATTTTTAGATCACGATATGATTTATTATCAATTCAGAATTAAAAAAGTAAATAGTATCAAAAGTAAgtgt < 1:2912440/91‑1 (MQ=255) gctgctAGTGGCACTTTTATAATTTTTAGATCACGATATGATTTATTATCAATTCAGAATTAAAAAAGTAAATAGTATCAAAAGTAAgtgt < 1:1407286/91‑1 (MQ=255) ctgctAGTGGCACTTTTATAATTTTTAGATCACGATATGATTTATTATCAATTCAGAATTAAAAAAGTAAATAGTATCAAAAGTAAGTGTa < 1:3822959/91‑1 (MQ=255) tgctAGTGGCACTTTTATAATTTTTAGATCACGATATGATTTATTATCAATTCAGAATTAAAAAAGTAAATAGTATCAAAAGTAAGTGTAt < 1:158591/91‑1 (MQ=255) tgctAGTGGCACTTTTATAATTTTTAGATCACGATATGATTTATTATCAATTCAGAATTAAAAAAGTAAATAGTATCAAAAGTAAGTGTAt < 1:1259033/91‑1 (MQ=255) ctAGTGGCACTTTTATAATTTTTAGATCACGATATGATTTATTATCAATTCAGAATTAAAAAAGTAAATAGTATCAAAAGTAAGTGTAttt < 1:597109/91‑1 (MQ=255) aGTGGCACTTTTATAATTTTTAGATCACGATATGATTTATTATCAATTCAGAATTAAAAAAGTAAATAGTATCAAAAGTAAGTGTATTTaa > 1:452461/1‑91 (MQ=255) aGTGGCACTTTTATAATTTTTAGATCACGATATGATTTATTATCAATTCAGAATTAAAAAAGTAAATAGTATCAAAAGTAAGTGTATTTaa > 1:144030/1‑91 (MQ=255) tGGCACTTTTATAATTTTTAGATCACGATATGATTTATTATCAATTCAGAATTAAAAAAGTAAATAGTATCAAAAGTAAGTGTATTTAata > 1:3110097/1‑91 (MQ=255) gCACTTTTATAATTTTTAGATCACGATATGATTTATTATCAATTCAGAATTAAAAAAGTAAATAGTATCAAAAGTAAGTGTATTTAATAtt > 1:2948365/1‑91 (MQ=255) acttttaTAATTTTTAGATCACGATATGATTTATTATCAATTCAGAATTAAAAAAGTAAATAGTATCAAAAGTAAGTGTATTTAATATTAg > 1:497247‑M2/8‑91 (MQ=255) acttttaTAATTTTTAGATCACGATATGATTTATTATCAATTCAGAATTAAAAAAGTAAATAGTATCAAAAGTAAGTGTATTTAATATTAg > 1:754155‑M2/8‑91 (MQ=255) cttttaTAATTTTTAGATCACGATATGATTTATTATCAATTCAGAATTAAAAAAGTAAATAGTATCAAAAGTAAGTGTATTTAATATTAGa > 1:684049‑M2/7‑91 (MQ=255) ttttaTAATTTTTAGATCACGATATGATTTATTATCAATTCAGAATTAAAAAAGTAAATAGTATCAAAAGTAAGTGTATTTAATATTAGaa < 1:597885‑M2/86‑1 (MQ=255) ttttaTAATTTTTAGATCACGATATGATTTATTATCAATTCAGAATTAAAAAAGTAAATAGTATCAAAAGTAAGTGTATTTAATATTAGaa < 1:2452823‑M2/86‑1 (MQ=255) ttaTAATTTTTAGATCACGATATGATTTATTATCAATTCAGAATTAAAAAAGTAAATAGTATCAAAAGTAAGTGTATTTAATATTAGaaaa < 1:1727683‑M2/88‑1 (MQ=255) taTAATTTTTAGATCACGATATGATTTATTATCAATTCAGAATTAAAAAAGTAAATAGTATCAAAAGTAAGTGTATTTAATATTAGAAAAt > 1:3054134‑M2/3‑91 (MQ=255) taTAATTTTTAGATCACGATATGATTTATTATCAATTCAGAATTAAAAAAGTAAATAGTATCAAAAGTAAGTGTATTTAATATTAGAAAAt > 1:3041148‑M2/3‑91 (MQ=255) aTAATTTTTAGATCACGATATGATTTATTATCAATTCAGAATTAAAAAAGTAAATAGTATCAAAAGTAAGTGTATTTAATATTAGAAAATa > 1:1158360‑M2/2‑91 (MQ=255) | GAGAAATTAAATATTTGGAGCGAAGACAACGCTGATTCAGGTCAATAATGCTCATTGTAAAAGTGTCACT‑GCTGCTAGTGGCACTTTTATAATTTTTAGATCACGATATGATTTATTATCAATTCAGAATTAAAAAAGTAAATAGTATCAAAAGTAAGTGTATTTAATATTAGAAAATAA > USA300TCH1516_ALE/880802‑880981 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |