| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 880859 = | 137 (1.390) | 10 (0.110) | 8/144 | NT | 8.1% | intergenic (+10/‑347) | nuc/cspA_1 | Thermonuclease/Cold shock protein CspA |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 880891 = | 103 (1.160) | intergenic (+42/‑315) | nuc/cspA_1 | Thermonuclease/Cold shock protein CspA | |||||
Only 100 of 176 total aligned reads displayed.
CTTTTAAGAAAAAGTGAAGCACAAGCAAAAAAAGAGAAATTAAATATTTGGAGCGAAGACAACGCTGATTCAGGTCAATAATGCTCATTGTAAAAGTGTCACT‑GCTGCTAGTGGCACTTTTATAATTTTTAGATCACGATATGATTTATTATCAATTCAGAATTAAAAAAGTAAATAGTAT > USA300TCH1516_ALE/880769‑880949 | tattttctaatattaaatacacttacttttgatactatttacttttttaattctgaattgataataaatcatatcgtgatctaaaaattat > 1:1158360‑M1/91‑91 (MQ=255)cTTTTAAGAAAAAGTGAAGCACAAGCAAAAAAAGAGAAATTAAATATTTGGAGCGAAGACAACGCTGATTCAGGTCAATAATGCTCATTGt > 1:778305/1‑91 (MQ=255) attttctaatattaaatacacttacttttgatactatttacttttttaattctgaattgataataaatcatatcgtgatctaaaaattata > 1:3041721‑M1/90‑91 (MQ=255) ttttctaatattaaatacacttacttttgatactatttacttttttaattctgaattgataataaatcatatcgtgatctaaaaattaTaa > 1:4045776‑M1/89‑91 (MQ=255) ttttctaatattaaatacacttacttttgatactatttacttttttaattctgaattgataataaatcatatcgtgatctaaaaattaTaa < 1:1727683‑M1/3‑1 (MQ=255) tttAAGAAAAAGTGAAGCACAAGCAAAAAAAGAGAAATTAAATATTTGGAGCGAAGACAACGCTGATTCAGGTCAATAATGCTCATTGTaa < 1:420796/91‑1 (MQ=255) ttctaatattaaatacacttacttttgatactatttacttttttaattctgaattgataataaatcatatcgtgatctaaaaattaTaaaa < 1:597885‑M1/5‑1 (MQ=255) tAAGAAAAAGTGAAGCACAAGCAAAAAAAGAGAAATTAAATATTTGGAGCGAAGACAACGCTGATTCAGGTCAATAATGCTCATTGTaaaa > 1:72381/1‑91 (MQ=255) tAAGAAAAAGTGAAGCACAAGCAAAAAAAGAGAAATTAAATATTTGGAGCGAAGACAACGCTGATTCAGGTCAATAATGCTCATTGTaaaa > 1:4073943/1‑91 (MQ=255) tctaatattaaatacacttacttttgatactatttacttttttaattctgaattgataataaatcatatcgtgatctaaaaattaTAAAAg > 1:684049‑M1/86‑91 (MQ=255) tctaatattaaatacacttacttttgatactatttacttttttaattctgaattgataataaatcatatcgtgatctaaaaattaTAAAAg > 1:2727510‑M1/86‑91 (MQ=255) ctaatattaaatacacttacttttgatactatttacttttttaattctgaattgataataaatcatatcgtgatctaaaaattaTAAAAgt > 1:754155‑M1/85‑91 (MQ=255) ctaatattaaatacacttacttttgatactatttacttttttaattctgaattgataataaatcatatcgtgatctaaaaattaTAAAAgt > 1:497107‑M1/85‑91 (MQ=255) aGAAAAAGTGAAGCACAAGCAAAAAAAGAGAAATTAAATATTTGGAGCGAAGACAACGCTGATTCAGGTCAATAATGCTCATTGTAAAAgt > 1:2318635/1‑91 (MQ=255) aGAAAAAGTGAAGCACAAGCAAAAAAAGAGAAATTAAATATTTGGAGCGAAGACAACGCTGATTCAGGTCAATAATGCTCATTGTAAAAgt < 1:2913570/91‑1 (MQ=255) gAAAAAGTGAAGCACAAGCAAAAAAAGAGAAATTAAATATTTGGAGCGAAGACAACGCTGATTCAGGTCAATAATGCTCATTGTAAAAgtg > 1:139033/1‑91 (MQ=255) gAAAAAGTGAAGCACAAGCAAAAAAAGAGAAATTAAATATTTGGAGCGAAGACAACGCTGATTCAGGTCAATAATGCTCATTGTAAAAgtg > 1:139835/1‑91 (MQ=255) aaGTGAAGCACAAGCAAAAAAAGAGAAATTAAATATTTGGAGCGAAGACAACGCTGATTCAGGTCAATAATGCTCATTGTAAAAGTGTCAc < 1:1659673/91‑1 (MQ=255) aGTGAAGCACAAGCAAAAAAAGAGAAATTAAATATTTGGAGCGAAGACAACGCTGATTCAGGTCAATAATGCTCATTGTAAAAGTGTCAct > 1:615199/1‑91 (MQ=255) aGTGAAGCACAAGCAAAAAAAGAGAAATTAAATATTTGGAGCGAAGACAACGCTGATTCAGGTCAATAATGCTCATTGTAAAAGTGTCAct > 1:4021862/1‑91 (MQ=255) aGTGAAGCACAAGCAAAAAAAGAGAAATTAAATATTTGGAGCGAAGACAACGCTGATTCAGGTCAATAATGCTCATTGTAAAAGTGTCAct > 1:160887/1‑91 (MQ=255) tGAAGCACAAGCAAAAAAAGAGAAATTAAATATTTGGAGCGAAGACAACGCTGATTCAGGTCAATAATGCTCATTGTAAAAGTGTCAct‑gc < 1:1077223/91‑1 (MQ=255) tGAAGCACAAGCAAAAAAAGAGAAATTAAATATTTGGAGCGAAGACAACGCTGATTCAGGTCAATAATGCTCATTGTAAAAGTGTCAct‑gc < 1:3710601/91‑1 (MQ=255) gAAGCACAAGCAAAAAAAGAGAAATTAAATATTTGGAGCGAAGACAACGCTGATTCAGGTCAATAATGCTCATTGTAAAAGTGTCAct‑gct > 1:2537282/1‑91 (MQ=255) aaGCACAAGCAAAAAAAGAGAAATTAAATATTTGGAGCGAAGACAACGCTGATTCAGGTCAATAATGCTCATTGTAAAAGTGTCAct‑gctg > 1:3656264/1‑91 (MQ=255) aGCACAAGCAAAAAAAGAGAAATTAAATATTTGGAGCGAAGACAACGCTGATTCAGGTCAATAATGCTCATTGTAAAAGTGTCACt‑gctgc > 1:3554629/1‑91 (MQ=255) aGCACAAGCAAAAAAAGAGAAATTAAATATTTGGAGCGAAGACAACGCTGATTCAGGTCAATAATGCTCATTGTAAAAGTGTCACt‑gctgc > 1:3797114/1‑91 (MQ=255) aGCACAAGCAAAAAAAGAGAAATTAAATATTTGGAGCGAAGACAACGCTGATTCAGGTCAATAATGCTCATTGTAAAAGTGTCACt‑gctgc > 1:735815/1‑91 (MQ=255) gCACAAGCAAAAAAAGAGAAATTAAATATTTGGAGCGAAGACAACGCTGATTCAGGTCAATAATGCTCATTGTAAAAGTGTCACT‑gctgct < 1:1253464/91‑1 (MQ=255) gCACAAGCAAAAAAAGAGAAATTAAATATTTGGAGCGAAGACAACGCTGATTCAGGTCAATAATGCTCATTGTAAAAGTGTCACT‑gctgct > 1:2059930/1‑91 (MQ=255) gCACAAGCAAAAAAAGAGAAATTAAATATTTGGAGCGAAGACAACGCTGATTCAGGTCAATAATGCTCATTGTAAAAGTGTCACT‑gctgct > 1:4149012/1‑91 (MQ=255) cttacttttgatactatttacttttttaattctgaattgataataaatcatatcgtgatctaaaaattgTAAAAGTGTCACT‑GCTGCTAGt > 1:2369570‑M1/70‑91 (MQ=255) caAGCAAAAAAAGAGAAATTAAATATTTGGAGCGAAGACAACGCTGATTCAGGTCAATAATGCTCATTGTAAAAGTGTCACT‑GCTGCTAGt > 1:3154538/1‑91 (MQ=255) caAGCAAAAAAAGAGAAATTAAATATTTGGAGCGAAGACAACGCTGATTCAGGTCAATAATGCTCATTGTAAAAGTGTCACT‑GCTGCTAGt > 1:3155440/1‑91 (MQ=255) aaGCAAAAAAAGAGAAATTAAATATTTGGAGCGAAGACAACGCTGATTCAGGTCAATAATGCTCATTGTAAAAGTGTCACT‑GCTGCTAGTg > 1:3908922/1‑91 (MQ=255) gCAAAAAAAGAGAAATTAAATATTTGGAGCGAAGACAACGCTGATTCAGGTCAATAATGCTCATTGTAAAAGTGTCACT‑GCTGCTAGTGGc > 1:1598696/1‑91 (MQ=255) cAAAAAAAGAGAAATTAAATATTTGGAGCGAAGACAACGCTGATTCAGGTCAATAATGCTCATTGTAAAAGTGTCACT‑GCTGCTAGTGGCa > 1:599420/1‑91 (MQ=255) cAAAAAAAGAGAAATTAAATATTTGGAGCGAAGACAACGCTGATTCAGGTCAATAATGCTCATTGTAAAAGTGTCACT‑GCTGCTAGTGGCa > 1:192823/1‑91 (MQ=255) aaaaaGAGAAATTAAATATTTGGAGCGAAGACAACGCTGATTCAGGTCAATAATGCTCATTGTAAAAGTGTCACT‑GCTGCTAGTGGCACta > 1:2272451/1‑90 (MQ=255) tgatactatttacttttttaattctgaattgataataaatcatatcgtgatctaaaaattaTAAAAGTGTCACT‑GCTGCTAGTGGCACttt > 1:2665844‑M1/62‑91 (MQ=255) tgatactatttacttttttaattctgaattgataataaatcatatcgtgatctaaaaattaTAAAAGTGTCACT‑GCTGCTAGTGGCACttt > 1:2041883‑M1/62‑91 (MQ=255) tgatactatttacttttttaattctgaattgataataaatcatatcgtgatctaaaaattaTAAAAGTGTCACT‑GCTGCTAGTGGCACttt > 1:633702‑M1/62‑91 (MQ=255) tgatactatttacttttttaattctgaatcgataataaatcatatcgtgatctaaaaattaTAAAAGTGTCACT‑GCTGCTAGTGGCACttt > 1:3326277‑M1/62‑91 (MQ=255) aaaaGAGAAATTAAATATTTGGAGCGAAGACAACGCTGATTCAGGTCAATAATGCTCATTGTAAAAGTGTCACT‑GCTGCTAGTGGCACttt > 1:3241287/1‑91 (MQ=255) aaaGAGAAAGTAAATATTTGGAGCGAAGACAACGCTGATTCAGGTCAATAATGCTCGTTGTAAAAGTGTCACT‑GCTGCTAGTGGCACtttt < 1:1835649/91‑1 (MQ=255) gagaAATTAAATATTTGGAGCGAAGACAACGCTGATTCAGGTCAATAATGCTCATTGTAAAAGTGTCACT‑GCTGCTAGTGGCACTTTtata < 1:1691637/91‑1 (MQ=255) agaAATTAAATATTTGGAGCGAAGACAACGCTGATTCAGGTCAATAATGCTCATTGTAAAAGTGTCACT‑GCTGCTAGTGGCACTTTTATaa > 1:1349940/1‑91 (MQ=255) aaaTTAAATATTTGGAGCGAAGACAACGCTGATTCAGGTCAATAATGCTCATTGTAAAAGTGTCACT‑GCTGCTAGTGGCACTTTTATAAtt > 1:2797110/1‑91 (MQ=255) aaaTATTTGGAGCGAAGACAACGCTGATTCAGGTCAATAATGCTCATTGTAAAAGTGTCACT‑GCTGCTAGTGGCACTTTTATAATTTTTAg > 1:3445430/1‑91 (MQ=255) tatTTGGAGCGAAGACAACGCTGATTCAGGTCAATAATGCTCATTGTAAAAGTGTCACT‑GCTGCTAGTGGCACTTTTATAATTTTTAGATc > 1:2484839/1‑91 (MQ=255) atTTGGAGCGAAGACAACGCTGATTCAGGTCAATAATGCTCATTGTAAAAGTGTCACT‑GCTGCTAGTGGCACTTTTATAATTTTTAGATCa < 1:4048050/91‑1 (MQ=255) atTTGGAGCGAAGACAACGCTGATTCAGGTCAATAATGCTCATTGTAAAAGTGTCACC‑GCTGCTAGTGGCACTTTTATAATTTTTAGATCa > 1:3401699/1‑91 (MQ=255) ttGGAGCGAAGACAACGCTGATTCAGGTCAATAATGCTCATTGTAAAAGGGTCACT‑GCTGCTAGTGGCACTTTTATAATTTTTAGATCACg < 1:442845/91‑1 (MQ=255) tGGAGCGAAGACAACGCTGATTCAGGTCAATAATGCTCATTGTAAAAGTGTCACT‑GCTGCTAGTGGCACTTTTATAATTTTTAGATCACGa > 1:2376173/1‑91 (MQ=255) gAAGACAACGCTGATTCAGGTCAATAATGCTCATTGTAAAAGTGTCACT‑GCTGCTAGTGGCACTTTTATAATTTTTAGATCACGATATGAt > 1:3070762/1‑91 (MQ=255) aGACAACGCTGATTCAGGTCAATAATGCTCATTGTAAAAGTGTCACT‑GCTGCTAGTGGCACTTTTATAATTTTTAGATCACGATATGAttt > 1:2991164/1‑91 (MQ=255) gACAACGCTGATTCAGGTCAATAATGCTCATTGTAAAAGTGTCACT‑GCTGCTAGTGGCACTTTTATAATTTTTAGATCACGATATGATtta < 1:2946460/91‑1 (MQ=255) gACAACGCTGATTCAGGTCAATAATGCTCATTGTAAAAGTGTCACT‑GCTGCTAGTGGCACTTTTATAATTTTTAGATCACGATATGATtta < 1:3517940/91‑1 (MQ=255) gACAACGCTGATCCAGGTCAATAATGCTCATTGTAAAAGTGTCACT‑GCTGCTAGTGGCACTTTTATAATTTTTAGATCACGATATGATtta < 1:3678878/91‑1 (MQ=255) aCAATGCTGATTCAGGTCAATAATGCTCATTGTAAAAGTGTCACT‑GCTGCTAGTGGCACTTTTATAATTTTTAGATCACGATATGATttat < 1:2349115/91‑1 (MQ=255) aCAATGCTGATTCAGGTCAATAATGCTCATTGTAAAAGTGTCACT‑GCTGCTAGTGGCACTTTTATAATTTTTAGATCACGATATGATttat < 1:1202508/91‑1 (MQ=255) aCAACGCTGATTCAGGTCAATAATGCTCATTGTAAAAGTGTCACT‑GCTGCTAGTGGCACTTTTATAATTTTTAGATCACGATATGATttat > 1:1126388/1‑91 (MQ=255) cGCTGATTCAGGTCAATAATGCTCATTGTAAAAGTGTCACT‑GCTGCTAGTGGCACTTTTATAATTTTTAGATCACGATATGATTTATTATc > 1:350038/1‑91 (MQ=255) cGCTGATTCAGGTCAATAATGCTCATTGTAAAAGTGTCACT‑GCTGCTAGTGGCACTTTTATAATTTTTAGATCACGATATGATTTATTATc < 1:224999/91‑1 (MQ=255) cGCTGATTCAGGTCAATAATGCTCATTGTAAAAGTGTCACT‑GCTGCTAGTGGCACTTTTATAATTTTTAGATCACGATATGATTTATTATc > 1:3694894/1‑91 (MQ=255) gCTGATTCAGGTCAATAATGCTCATTGTAAAAGTGTCACT‑GCTGCTAGTGGCACTTTTATAATTTTTAGATCACGATATGATTTATTATCa > 1:4097555/1‑91 (MQ=255) cTGATTCAGGTCAATAATGCTCATTGTAAAAGTGTCACT‑GCTGCTAGTGGCACTTTTATAATTTTTAGATCACGATATGATTTATTATCaa > 1:3643426/1‑91 (MQ=255) cTGATTCAGGTCAATAATGCTCATTGTAAAAGTGTCACT‑GCTGCTAGTGGCACTTTTATAATTTTTAGATCACGATATGATTTATTATCaa > 1:1816669/1‑91 (MQ=255) cTGATTCAGGTCAATAATGCTCATTGTAAAAGTGTCACT‑GCTGCTAGTGGCACTTTTATAATTTTTAGATCACGATATGATTTATTATCaa > 1:2440373/1‑91 (MQ=255) cTGATTCAGGTCAATAATGCTCATTGTAAAAGTGTCACT‑GCTGCTAGTGGCACTTTTATAATTTTTAGATCACGATATGATTTATTATCaa > 1:2440927/1‑91 (MQ=255) cTGATTCAGGTCAATAATGCTCATTGTAAAAGTGTCACT‑GCTGCTAGTGGCACTTTTATAATTTTTAGATCACGATATGATTTATTATCaa > 1:1904598/1‑91 (MQ=255) gATTCAGGTCAATAATGCTCATTGTAAAAGTGTCACT‑GCTGCTAGTGGCACTTTTATAATTTTTAGATCACGATATGATTTATTATCAAtt < 1:1856879/91‑1 (MQ=255) aTTCAGGTCAATAATGCTCATTGTAAAAGTGTCACT‑GCTGCTAGTGGCACTTTTATAATTTTTAGATCACGATATGATTTATTATCAATTc < 1:2885333/91‑1 (MQ=255) aTTCAGGTCAATAATGCTCATTGTAAAAGTGTCACT‑GCTGCTAGTGGCACTTTTATAATTTTTAGATCACGATATGATTTATTATCAATTc > 1:1915151/1‑91 (MQ=255) aTTCAGGTCAATAATGCTCATTGTAAAAGTGTCACT‑GCTGCTAGTGGCACTTTTATAATTTTTAGATCACGATATGATTTATTATCAATTc < 1:46597/91‑1 (MQ=255) aTTCAGGTCAATAATGCTCATTGTAAAAGTGTCACT‑GCTGCTAGTGGCACTTTTATAATTTTTAGATCACGATATGATTTATTATCAATTc < 1:671214/91‑1 (MQ=255) ttCAGGTCAATAATGCTCATTGTAAAAGTGTCATT‑GCTGCTAGTGGCACTTTTATAATTGTTAGATCACGATATGATTTATTATCAATTCa < 1:3688730/91‑1 (MQ=255) tCAGGTCAATAATGCTCATTGTAAAAGTGTCACT‑GCTGCTAGTGGCACTTTTATAATTTTTAGATCACGATATGATTTATTATCAATTCAg > 1:1812761/1‑91 (MQ=255) cAGGTCAATAATGCTCATTGTAAAAGTGTCACT‑GCTGCTAGTGGCACTTTTATAATTTTTAGATCACGATATGATTTATTATCAATTCAGa < 1:2851824/91‑1 (MQ=255) cAGGTCAATAATGCTCATTGTAAAAGTGTCACT‑GCTGCTAGTGGCACTTTTATAATTTTTAGATCACGATATGATTTATTATCAATTCAGa > 1:3661698/1‑91 (MQ=255) cAGGTCAATAATGCTCATTGTAAAAGTGTCACT‑GCTGCTAGTGGCACTTTTATAATTTTTAGATCACGATATGATTTATTATCAATTCAGa < 1:3098698/91‑1 (MQ=255) cAGGTCAATAATGCTCATTGTAAAAGTGTCACT‑GCTGATAGTGGCACTTTTATAATTTTGAGATCACGATATGATTTATTATCAATTCAGa > 1:3314935/1‑91 (MQ=255) aGGTCAATAATGCTCATTGTAAAAGTGTCACT‑GCTGCTAGTGGCACTTTTATAATTTTTAGATCACGATATGATTTATTATCAATTCAGaa > 1:265683/1‑91 (MQ=255) aGGTCAATAATGCTCATTGTAAAAGTGTCACT‑GCTGCTAGTGGCACTTTTATAATTTTTAGATCACGATATGATTTATTATCAATTCAGaa > 1:3219837/1‑91 (MQ=255) ggTCAATAATGCTCATTGTAAAAGTGTCACT‑GCTGCTAGTGGCACTTTTATAATTTTTAGATCACGATATGATTTATTATCAATTCAGAAt < 1:3833878/91‑1 (MQ=255) ggTCAATAATGCTCATTGTAAAAGTGTCACT‑GCTGCTAGTGGCACTTTTATAATTTTTAGATCACGATATGATTTATTATCAATTCAGAAt > 1:2930752/1‑91 (MQ=255) ggTCAATAATGCTCATTGTAAAAGTGTCACT‑GCTGCTAGTGGCACTTTTATAATTTTTAGATCACGATATGATTTATTATCAATTCAGAAt > 1:2931485/1‑91 (MQ=255) taatGCTCATTGTAAAAGTGTCACT‑GCTGCTAGTGGCACTTTTATAATTTTTAGATCACGATATGATTTATTATCAATTCAGAATTaaaaa < 1:1405358/91‑1 (MQ=255) aatGCTCATTGTAAAAGTGTCACT‑GCTGCTAGTGGCACTTTTATAATTTTTAGATCACGATATGATTTATTATCAATTCAGAATTaaaaaa < 1:829998/91‑1 (MQ=255) atGCTCATTGTAAAAGTGTCACT‑GCTGCTAGTGGCACTTTTATAATTTTTAGATCACGATATGATTTATTATCAATTCAGAATTAAAAAAg < 1:973053/91‑1 (MQ=255) tGCTCATTGTAAAAGTGTCACT‑GCTGCTAGTGGCACTTTTATAATTTTTAGATCACGATATGATTTATTATCAATTCAGAATTAAAAAAGt < 1:509621/91‑1 (MQ=255) gCTCATTGTAAAAGTGTCACT‑GCTGCTAGTGGCACTTTTATGATTTTTAGATCACGATATGATTTATTATCAATTCAGAATTAAAAAAGTa > 1:3593088/1‑91 (MQ=255) gCTCATTGTAAAAGTGTCACT‑GCTGCTAGTGGCACTTTTATAATTTTTAGATCACGATATGATTTATTATCAATTCAGAATTAAAAAAGTa > 1:3403388/1‑91 (MQ=255) gCTCATTGTAAAAGTGTCACT‑GCTGCTAGTGGCACTTTTATAATTTTTAGATCACGATATGATTTATTATCAATTCAGAATTAAAAAAGTa > 1:2388039/1‑91 (MQ=255) gCTCATTGTAAAAGTGTCACT‑GCTGCTAGTGGCACTTTTATAATTTTTAGATCACGATATGATTTATTATCAATTCAGAATTAAAAAAGTa > 1:284838/1‑91 (MQ=255) tCATTGTAAAAGTGTCACT‑GCTGCTAGTGGCACTTTTATAATTTTTAGATCACGATATGATTTATTATCAATTCAGAATTAAAAAAGTaaa < 1:409866/91‑1 (MQ=255) cATTGTAAAAGTGTCACT‑GCTGCTAGTGGCACTTTTATAATTTTTAGATCACGATATGATTTATTATCAATTCAGAATTAAAAAAGTAAAt > 1:1266176/1‑91 (MQ=255) taTAAAAGTGCCACTAGCAGC‑AGTGACACTTTTATAATTTTTAGATCACGATATGATTTATTATCAATTCAGAATTAAAAAAGTAAATAGt < 1:1017738‑M1/89‑1 (MQ=255) gTAAAAGTGTCACT‑GCTGCTAGTGGCACTTTTATAATTTTTAGATCACGATATGATTTATTATCAATTCAGAATTAAAAAAGTAAATAGTa > 1:87470/1‑91 (MQ=255) TAAAAGTGTCACT‑GCTGCTAGTGGCACTTTTATAATTTTTAGATCACGATATGATTTATTATCAATTCAGAATTAAAAAAGTAAATAGTAt > 1:2211699‑M1/1‑91 (MQ=255) | CTTTTAAGAAAAAGTGAAGCACAAGCAAAAAAAGAGAAATTAAATATTTGGAGCGAAGACAACGCTGATTCAGGTCAATAATGCTCATTGTAAAAGTGTCACT‑GCTGCTAGTGGCACTTTTATAATTTTTAGATCACGATATGATTTATTATCAATTCAGAATTAAAAAAGTAAATAGTAT > USA300TCH1516_ALE/880769‑880949 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |