| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 951516 | 84 (0.850) | 5 (0.060) | 4/144 | NT | 5.5% | intergenic (+21/‑287) | USA300HOU_RS04740/rocD2_2 | putative oxidoreductase/Ornithine aminotransferase 2 |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 951537 | 96 (1.080) | intergenic (+42/‑266) | USA300HOU_RS04740/rocD2_2 | putative oxidoreductase/Ornithine aminotransferase 2 | |||||
ATAATCATCACTTAACTCCTAATTTATGGCATCAATTTAATGAAGGGTTTTATCCATTACCACGTAAAGATAAATAAGTGTTTAACTGTTACCACTAA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/951419‑951516‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑accactaaCAAATTGCATACACAATATCATTAGTGGTAACAGTTAAACACTTATTTATCTTTACGTGGTAATGGATAAAACCCTTCATTAAATTGAT < USA300TCH1516_ALE/951537‑951449 ATAATCATCACTTAACTCCTAATTTATGGCATCAATTTAATGAAGGGTTTTATCCATTACCACGTAAAGATAAATAAGTGTTTAACTGTTA > 1:2708609/1‑91 AATCATCACTTAACTCCTAATTTATGGCATCAATTTAATGAAGGGTTTTATCCATTACCACGTAAAGATAAATAAGTGTTTAACTGTTACC < 1:1822399/91‑1 ATCATCACTTAACTCCTAATTTATGGCATCAATTTAATGAAGGGTTTTATCCATTACCACGTAAAGATAAATAAGTGTTTAACTGTTACCA > 1:819349/1‑91 ATCATCACTTAACTCCTAATTTATGGCATCAATTTAATGAAGGGTTTTATCCATTACCACGTAAAGATAAATAAGTGTTTAACTGTTACCA > 1:3023707/1‑91 ATCACTTAACTCCTAATTTATGGCATCAATTTAATGAAGGGTTTTATCCATTACCACGTAAAGATAAATAAGTGTTTAACTGTTACCACTA > 1:1404980/1‑91 ATCACTTAACTCCTAATTTATGGCATCAATTTAATGAAGGGTTTTATCCATTACCACGTAAAGATAAATAAGTGTTTAACTGTTACCACTA > 1:4091229/1‑91 TCACTTAACTCCTAATTTATGGCATCAATTTAATGAAGGGTTTTATCCATTACCACGTAAAGATAAATAAGTGTTTAACTGTTACCACTAA < 1:1607784/91‑1 TGGCATCAATTTAATGAAGGGTTTTATCCATTACCACGTAAAGATAAATAAGTGTTTAACTGTTACCACTAACAAATTGCATACACAATAT < 1:3882251/91‑1 CAATTTAATGAAGGGTTTTATCCATTACCACGTAAAGATAAATAAGTGTTTAACTGTTACCACTAACAAATTGCATACACAATATCATTAG < 1:908279/91‑1 CAATTTAATGAAGGGTTTTATCCATTACCACGTAAAGATAAATAAGTGTTTAACTGTTACCACTAACAAATTGCATACACAATATCATTAG < 1:686541/91‑1 TAATGAAGGGTTTTATCCATTACCACGTAAAGATAAATAAGTGTTTAACTGTTACCACTAACAAATTGCATACACAATATCATTAGTGGTA < 1:952859/91‑1 TTTATCCATTACCACGTAAAGATAAATAAGTGTTTAACTGTTACCACTAACAAATTGCATACACAATATCATTAGTGGTAACAGTTAAACA < 1:3915956/91‑1 CCACTAACAAATTGCATACACAATATCATTAGTGGTAACAGTTAAACACTTATTTATCTTTACGTGGTAATGGATAAAACCCTTCATTAAA < 1:3342659/91‑1 ACTAACAAATTGCATACACAATATCATTAGTGGTAACAGTTAAACACTTATTTATCTTTACGTGGTAATGGATAAAACCCTTCATTAAATT > 1:3588113/1‑91 ACTAACAAATTGCATACACAATATCATTAGTGGTAACAGTTAAACACTTATTTATCTTTACGTGGTAATGGATAAAACCCTTCATTAAATT > 1:3259133/1‑91 ACTAACAAATTGCATACACAATATCATTAGTGGTAACAGTTAAACACTTATTTATCTTTACGTGGTAATGGATAAAACCCTTCATTAAATT > 1:2153495/1‑91 CTAACAAATTGCATACACAATATCATTAGTGGTAACAGTTAAACACTTATTTATCTTTACGTGGTAATGGATAAAACCCTTCATTAAATTG > 1:2131534/1‑91 CTAACAAATTGCATACACAATATCATTAGTGGTAACAGTTAAACACTTATTTATCTTTACGTGGTAATGGATAAAACCCTTCATTAAATTG > 1:2131487/1‑91 TAACAAATTGCATACACAATATCATTAGTGGTAACAGTTAAACACTTATTTATCTTTACGTGGTAATGGATAAAACCCTTCATTAAATTGA < 1:2224175/91‑1 AACAAATTGCATACACAATATCATTAGTGGTAACAGTTAAACACTTATTTATCTTTACGTGGTAATGGATAAAACCCTTCATTAAATTGAT < 1:1182217/91‑1 AACAAATTGCATACACAATATCATTAGTGGTAACAGTTAAACACATATTTATCTTTACGTGGTAATGGATAAAACCCTTCATTAAATTGAT < 1:3287187/91‑1 ATAATCATCACTTAACTCCTAATTTATGGCATCAATTTAATGAAGGGTTTTATCCATTACCACGTAAAGATAAATAAGTGTTTAACTGTTACCACTAA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/951419‑951516‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑accactaaCAAATTGCATACACAATATCATTAGTGGTAACAGTTAAACACTTATTTATCTTTACGTGGTAATGGATAAAACCCTTCATTAAATTGAT < USA300TCH1516_ALE/951537‑951449 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |