| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 951516 | 84 (0.850) | 5 (0.060) | 4/144 | NT | 5.5% | intergenic (+21/‑287) | USA300HOU_RS04740/rocD2_2 | putative oxidoreductase/Ornithine aminotransferase 2 |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 951537 | 96 (1.080) | intergenic (+42/‑266) | USA300HOU_RS04740/rocD2_2 | putative oxidoreductase/Ornithine aminotransferase 2 | |||||
Only 100 of 121 total aligned reads displayed.
TCACTTAACTCCTAATTTATGGCATCAATTTAATGAAGGGTTTTATCCATTACCACGTAAAGATAAATAAGTGTTTAACTGTTACCACTAATGATATTGTGTATGCAATTTGTTAGTGGTTTTCAATATTTATAAATAAAAATATTCTTAGTAAAATATACTTTTGATTAAGTGTAAAAT > USA300TCH1516_ALE/951426‑951605 | tcaCTTAACTCCTAATTTATGGCATCAATTTAATGAAGGGTTTTATCCATTACCACGTAAAGATAAATAAGTGTTTAACTGTTACCACTAA < 1:1607784‑M1/91‑1 (MQ=255) aCTTAACTCCTAATTTATGGCATCAATTTAATGAAGGGTTTTATCCATTACCACGTAAAGATAAATAAGTGTTTAACTGTTACCACTAATg > 1:371592/1‑91 (MQ=255) cTTAACTCCTAATTTATGGCATCAATTTAATGAAGGGTTTTATCCATTACCACGTAAAGATAAATAAGTGTTTAACTGTTACCACTAATGa < 1:367562/91‑1 (MQ=255) tAACTCCTAATTTATGGCATCAATTTAATGAAGGGTTTTATCCATTACCACGTAAAGATAAATAAGTGTTTAACTGTTACCACTAATGata > 1:3801011/1‑91 (MQ=255) tAACTCCTAATTTATGGCATCAATTTAATGAAGGGTTTTATCCATTACCACGTAAAGATAAATAAGTGTTTAACTGTTACCACTAATGata < 1:1227023/91‑1 (MQ=255) aaCTCCTAATTTATGGCATCAATTTAATGAAGGGTTTTATCCATTACCACGTAAAGATAAATAAGTGTTTAACTGTTACCACTAATGatat > 1:3573884/1‑91 (MQ=255) aaCTCCTAATTTATGGCATCAATTTAATGAAGGGTTTTATCCATTACCACGTAAAGATAAATAAGTGTTTAACTGTTACCACTAATGatat > 1:1497653/1‑91 (MQ=255) aCTCCTAATTTATGGCATCAATTTAATGAAGGGTTTTATCCATTACCACGTAAAGATAAATAAGTGTTTAACTGTTACCACTAATGCTAtt > 1:3450801/1‑91 (MQ=255) aCTCCTAATTTATGGCATCAATTTAATGAAGGGTTTTATCCATTACCACGTAAAGATAAATAAGTGTTTAACTGTTACCACTAATGATAtt > 1:2103729/1‑91 (MQ=255) tCCTAATTTATGGCATCAATTTAATGAAGGGTTTTATCCATTACCACGTAAAGATAAATAAGTGTTTAACTGTTACCACTAATGATATtgt > 1:3167540/1‑91 (MQ=255) tAATTTATGGCATCAATTTAATGAAGGGTTTTATCCACTACCACGTAAAGATAAATAAGTGTTTAACTGTTACCACTAATGATATTGTGTa > 1:3508954/1‑91 (MQ=255) ttATGGCATCAATTTAATGAAGGGTTTTATCCATTACCACGTAAAGATAAATAAGTGTTTAACTGTTACCACTAATGATATTGTGTATGCa < 1:471890/91‑1 (MQ=255) aTGGCATCAATTTAATGAAGGGTTTTATCCATTACCACGTAAAGATAAATAAGTGTTTAACTGTTACCACTAATGATATTGTGTATGCAAt > 1:1721703/1‑91 (MQ=255) tGGCATCAATTTAATGAAGGGTTTTATCCATTACCACGTAAAGATAAATAAGTGTTTAACTGTTACCACTAAcaaattgcatacacaatat < 1:3882251‑M1/91‑20 (MQ=255) tGGCATCAATTTAATGAAGGGTTTTATCCATTACCACGTAAAGATAAATAAGTGTTTAACTGTTACCACTAATGATATTGTGTATGCAAtt > 1:1580588/1‑91 (MQ=255) tGGCATCAATTTAATGAAGGGTTTTATCCATTACCACGTAAAGATAAATAAGTGTTTAACTGTTACCACTAATGATATTGTGTATGCAAtt > 1:1963468/1‑91 (MQ=255) gCATCAATTTAATGAAGGGTTTTATCCATTACCACGTAAAGATAAATAAGTGTTTAACTGTTACCACTAATGATATTGTGTATGCAATTTg > 1:3162293/1‑91 (MQ=255) aTCAATTTAATGAAGGGTTTTATCCATTACCACGTAAAGATAAATATGTGTTTAACTGTTACCACTAATGATATTGTGTATGCAATTTGtt < 1:3287187‑M2/91‑3 (MQ=255) aTCAATTTAATGAAGGGTTTTATCCATTACCACGTAAAGATAAATAAGTGTTTAACTGTTACCACTAATGATATTGTGTATGCAATTTGtt < 1:1182217‑M2/91‑3 (MQ=255) cAATTTAATGAAGGGTTTTATCCATTACCACGTAAAGATAAATAAGTGTTTAACTGTTACCACTAAcaaattgcatacacaatatcattag < 1:686541‑M1/91‑26 (MQ=255) cAATTTAATGAAGGGTTTTATCCATTACCACGTAAAGATAAATAAGTGTTTAACTGTTACCACTAATGATATTGTGTATGCAATTTGttag > 1:2131534‑M2/1‑87 (MQ=255) cAATTTAATGAAGGGTTTTATCCATTACCACGTAAAGATAAATAAGTGTTTAACTGTTACCACTAATGATATTGTGTATGCAATTTGttag > 1:2131487‑M2/1‑87 (MQ=255) aaTTTAATGAAGGGTTTTATCCATTACCACGTAAAGATAAATAAGTGTTTAACTGTTACCACTAATGATATTGTGTATGCAATTTGttagt > 1:2153495‑M2/1‑86 (MQ=255) aaTTTAATGAAGGGTTTTATCCATTACCACGTAAAGATAAATAAGTGTTTAACTGTTACCACTAATGATATTGTGTATGCAATTTGttagt > 1:3588113‑M2/1‑86 (MQ=255) tttAATGAAGGGTTTTATCCATTACCACGTAAAGATAAATAAGTGTTTAACTGTTACCACTAATGATATTGTGTATGCAATTTGttagtgg < 1:3342659‑M2/91‑8 (MQ=255) tAATGAAGGGTTTTATCCATTACCACGTAAAGATAAATAAGTGTTTAACTGTTACCACTAAcaaattgcatacacaatatcattagtggta < 1:952859‑M1/91‑31 (MQ=255) aaTGAAGGGTTTTATCCATTACCACGTAAAGATAAATAAGTGTTTAACTGTTACCACTAATGATATTGTGTATGCAATTTGTTAGTGGttt < 1:760141/91‑1 (MQ=255) aaTGAAGGGTTTTATCCATTACCACGTAAAGATAAATAAGTGTTTAACTGTTACCACTAATGATATTGTGTATGCAATTTGTTAGTGGttt > 1:1170403/1‑91 (MQ=255) aTGAAGGGTTTTATCCATTACCACGTAAAGATAAATAAGTGTTTAACTGTTACCACTAATGATATTGTGTATGCAATTTGTTAGTGGtttt < 1:3132362/91‑1 (MQ=255) aTGAAGGGTTTTATCCATTACCACGTAAAGATAAATAAGTGTTTAACTGTTACCACTAATGATATTGTGTATGCAATTTGTTAGTGGtttt > 1:1929994/1‑91 (MQ=255) tGAAGGGTTTTATCCATTACCACGTAAAGATAAATAAGTGTTTAACTGTTACCACTAATGATATTGTGTATGCAATTTGTTAGTGGTTTTc < 1:1659840/91‑1 (MQ=255) tGAAGGGTTTTATCCATTACCACGTAAAGATAAATAAGTGTTCAACTGTTACCACTAATGATATTGTGTATGCAATTTGTTAGTGGTTTTc < 1:1085820/91‑1 (MQ=255) gAAGGGTTTTATCCATTACCACGTAAAGATAAATAAGTGTTTAACTGTTACCACTAATGATATTGTGTATGCAATTTGTTAGTGGTTTTCa < 1:1779510/91‑1 (MQ=255) aGGGTTTTATCCATTACCACGTAAAGATAAATAAGTGTTTAACTGTTACCACTAATGATATTGTGTATGCAATTTGTTAGTGGTTTTCAat > 1:3696251/1‑91 (MQ=255) aGGGTTTTATCCATTACCACGTAAAGATAAATAAGTGTTTAACTGTTACCACTAATGATATTGTGTATGCAATTTGTTAGTGGTTTTCAat > 1:2176347/1‑91 (MQ=255) gggTTTTATCCATTACCACGTAAAGATAAATAAGTGTTTAACTGTTACCACTAATGATATTGTGTATGCAATTTGTTAGTGGTTTTCAata < 1:3899281/91‑1 (MQ=255) ggTTTTATCCATTACCACGTAAAGATAAATAAGTGTTTAACTGTTACCACTAATGATATTGTGTATGCAATTTGTTAGTGGTTTTCAatat < 1:1388378/91‑1 (MQ=255) ttttATCCATTACCACGTAAAGATAAATAAGTGTTTAACTGTTACCACTAATGATATTGTGTATGCAATTTGTTAGTGGTTTTCAATAttt < 1:3802483/91‑1 (MQ=255) ttttATCCATTACCACGTAAAGATAAATAAGTGTTTAACTGTTACCACTAATGATATTGTGTATGCAATTTGTTAGTGGTTTTCAATAttt > 1:2227195/1‑91 (MQ=255) ttttATCCATTACCACGTAAAGATAAATAAGTGTTTAACTGTTACCACTAATGATATTGTGTATGCAATTTGTTAGTGGTTTTCAATAttt > 1:2227527/1‑91 (MQ=255) tttATCCATTACCACGTAAAGATAAATAAGTGTTTAACTGTTACCACTAAcaaattgcatacacaatatcattagtggtaacagttaaaca < 1:3915956‑M1/91‑42 (MQ=255) ttATCCATTACCACGTAAAGATAAATAAGTGTTTAACTGTTACCACTAATGATATTGTGTATGCAATTTGTTAGTGGTTTTCAATATTtat > 1:3993623/1‑91 (MQ=255) ttATCCATTACCACGTAAAGATAAATAAGTGTTTAACTGTTACCACTAATGATATTGTGTATGCAATTTGTTAGTGGTTTTCAATATTtat > 1:1147849/1‑91 (MQ=255) ttATCCATTACCACGTAAAGATAAATAAGTGTTTAACTGTTACCACTAATGATATTGTGTATGCAATTTGTTAGTGGTTTTCAATATTtat > 1:3994303/1‑91 (MQ=255) aTCCATTACCACGTAAAGATAAATAAGTGTTTAACTGTTACCACTAATGATATTGTGTATGCAATTTGTTAGTGGTTTTCAATATTTataa > 1:3635576/1‑91 (MQ=255) tCCATTACCACGTAAAGATAAATAAGTGTTTAACTGTTACCACTAATGATATTGTGTATGCAATTTGTTAGTGGTTTTCAATATTTataaa > 1:178824/1‑91 (MQ=255) tCCATTACCACGTAAAGATAAATAAGTGTTTAACTGTTACCACTAATGATATTGTGTATGCAATTTGTTAGTGGTTTTCAATATTTataaa > 1:179694/1‑91 (MQ=255) cATTACCACGTAAAGATAAATAAGTGTTTAACTGTTACCACTAATGATATTGTGTATGCAATTTGTTAGTGGTTTTCAATATTTataaata > 1:1176437/1‑91 (MQ=255) aTTACCACGTAAAGATAAATAAGTGTTTAACTGTTACCACTAATGATATTGTGTATGCAATTTGTTAGTGGTTTTCAATATTTataaataa < 1:1202936/91‑1 (MQ=255) ttACCACGTAAAGATAAATAAGTGTTTAACTGTTACCACTAATGATATTGTGTATGCAATTTGTTAGTGGTTTTCAATATTTAtaaataaa < 1:3981892/91‑1 (MQ=255) ttACCACGTAAAGATAAATAAGTGTTTAACTGTTACCACTAATGATATTGTGTATGCAATTTGTTAGTGGTTTTCAATATTTAtaaataaa < 1:3982383/91‑1 (MQ=255) tACCACGTAAAGATAAATAAGTGTTTAACTGTTACCACTAATGATATTGTGTATGCAATTTGTTAGTGGTTTTCAATATTTATAAATaaaa < 1:1600288/91‑1 (MQ=255) tACCACGGAAAGATAAATAAGTGTTTAACTGTTACCACTAATGATATTGTGTATGCAATTTGTTAGTGGTTTTCAATATTTATAAATaaaa < 1:1600222/91‑1 (MQ=255) cACGTAAAGATAAATAAGTGTTTAACTGTTACCACTAATGATATTGTGTATGCAATTTGTTAGTGGTTTTCAATATTTATAAATAAAtata > 1:3738565/1‑91 (MQ=255) aCGTAAAGATAAATAAGTGTTTAACTGTTACCACTAATGATATTGTGTATGCAATTTGTTAGTGGTTTTCAATATTTATAAATAAAAatat > 1:2951916/1‑91 (MQ=255) aCGTAAAGATAAATAAGTGTTTAACTGTTACCACTAATGATATTGTGTATGCAATTTGTTAGTGGTTTTCAATATTTATAAATAAAAatat > 1:3780927/1‑91 (MQ=255) aGATAAATAAGTGTTTAACTGTTACCACTAATGATATTGTGTATGCAATTTGTTAGTGGTTTTCAATATTTATAAATAAAAATATTCTTAg > 1:3386670/1‑91 (MQ=255) gATAAATAAGTGTTTAACTGTTACCACTAATGATATTGTGTATGCAATTTGTTAGTGGTTTTCAATATTTATAAATAAAAATATTCTTAGt > 1:2978825/1‑91 (MQ=255) gATAAATAAGTGTTTAACTGTTACCACTAATGATATTGTGTATGCAATTTGTTAGTGGTTTTCAATATTTATAAATAAAAATATTCTTAGt > 1:571932/1‑91 (MQ=255) gATAAATAAGTGTTTAACTGTTACCACTAATGATATTGTGTATGCAATTTGTTAGTGGTTTTCAATATTTATAAATAAAAATATTCTTAGt > 1:571835/1‑91 (MQ=255) ataaataaGTGTTTAACTGTTACCACTAATGATATTGTGTATGCAATTTGTTAGTGGTTTTCAATATTTATAAATAAAAATATTCTTAGTa > 1:2311767/1‑91 (MQ=255) taaataaGTGTTTAACTGTTACCACTAATGATATTGTGTATGCAATTTGTTAGTGGTTTTCAATATTTATAAATAAAAATATTCTTAGTaa > 1:3433936/1‑91 (MQ=255) taaataaGTGTTTAACTGTTACCACTAATGATATTGTGTATGCAATTTGTTAGTGGTTTTCAATATTTATAAATAAAAATATTCTTAGTaa > 1:1813258/1‑91 (MQ=255) aataaGTGTTTAACTGTTACCACTAATGATATTGTGTATGCAATTTGTTAGTGGTTTTCAATATTTATAAATAAAAATATTCTTAGTaaaa > 1:374012/1‑91 (MQ=255) aataaGTGTTTAACTGTTACCACTAATGATATTGTGTATGCAATTTGTTAGTGGTTTTCAATATTTATAAATAAAAATATTCTTAGTaaaa > 1:1468331/1‑91 (MQ=255) taaGTGTTTAACTGTTACCACTAATGATATTGTGTATGCAATTTGTTAGTGGTTTTCAATATTTATAAATAAAAATATTCTTAGTAAAata < 1:2189660/91‑1 (MQ=255) taaGTGTTTAACTGTTACCACTAATGATATTGTGTATGCAATTTGTTAGTGGTTTTCAATATTTATAAATAAAAATATTCTTAGTAAAata < 1:316789/91‑1 (MQ=255) tgtTTAACTGTTACCACTAATGATATTGTGTATGCAATTTGTTAGTGGTTTTCAATATTTATAAATAAAAATATTCTTAGTAAAATATACt > 1:1120893/1‑91 (MQ=255) tgtTTAACTGTTACCACTAATGATATTGTGTATGCAATTTGTTAGTGGTTTTCAATATTTATAAATAAAAATATTCTTAGTAAAATATACt > 1:4025438/1‑91 (MQ=255) gtTTAACTGTTACCACTAATGATATTGTGTATGCAATTTGTTAGTGGTTTTCAATATTTATAAATAAAAATATTCTTAGTAAAATATACtt < 1:810381/91‑1 (MQ=255) ttAACTGTTACCACTAATGATATTGTGTATGCAATTTGTTAGTGGTTTTCAATATTTATAAATAAAAATATTCTTAGTAAAATATACtttt < 1:1305369/91‑1 (MQ=255) ttAACTGTTACCACTAATGATATTGTGTATGCAATTTGTTAGTGGTTTTCAATATTTATAAATAAAAATATTCTTAGTAAAATATACtttt > 1:3632222/1‑91 (MQ=255) aaCTGTTACCACTAATGATATTGTGTATGCAATTTGTTAGTGGTTTTCAATATTTATAAATAAAAATATTCTTAGTAAAATATACTTTTGa < 1:2643648/91‑1 (MQ=255) cTGTTACCACTAATGATATTGTGTATGCAATTTGTTAGTGGTTTTCAATATTTATAAATAAAAATATTCTTAGTAAAATATACTTTTGAtt < 1:1275487/91‑1 (MQ=255) cTGTTACCACTAATGATATTGTGTATGCAATTTGTTAGTGGTTTTCAATATTTATAAATAAAAATATTCTTAGTAAAATATACTTTTGAtt < 1:1275472/91‑1 (MQ=255) tGTTACCACTAATGATATTGTGTATGCAATTTGTTAGTGGTTTTCAATATTTATAAATAAAAATATTCTTAGTAAAATATACTTTTGATTa > 1:2883827/1‑91 (MQ=255) ttACCACTAATGATATTGTGTATGCAATTTGTTAGTGGTTTTCAATATTTATAAATAAAAATATTCTTAGTAAAATATACTTTTGATTAAg > 1:3491941/1‑91 (MQ=255) ttACCACTAATGATATTGTGTATGCAATTTGTTAGTGGTTTTCAATATTTATAAATAAAAATATTCTTAGTAAAATATACTTTTGATTAAg > 1:772580/1‑91 (MQ=255) ttACCACTAATGATATTGTGTATGCAATTTGTTAGTGGTTTTCAATATTTATAAATAAAAATATTCTTAGTAAAATATACTTTTGATTAAg > 1:3062708/1‑91 (MQ=255) ttACCACTAATGATATTGTGTATGCAATTTGTTAGTGGTTTTCAATATTTATAAATAAAAATATTCTTAGTAAAATATACTTTTGATTAAg > 1:3966338/1‑91 (MQ=255) tACCACTAATGATATTGTGTATGCAATTTGttagtggtaacagttaaacacttatttatctttacgtggtaatggataaaacccttcatta < 1:952859‑M2/91‑62 (MQ=255) aCCACTAATGATATTGTGTATGCAATTTGTTAGTGGTTTTCAATATTTATAAATAAAAATATTCTTAGTAAAATATACTTTTGATTAAgtg < 1:388264/91‑1 (MQ=255) aCCACTAATGATATTGTGTATGCAATTTGTTAGTGGTTTTCAATATTTATAAATAAAAATATTCTTAGTAAAATATACTTTTGATTAAgtg > 1:3408029/1‑91 (MQ=255) aCCACTAATGATATTGTGTATGCAATTTGTTAGTGGTTTTCAATATTTATAAATAAAAATATTCTTAGTAAAATATACTTTTGATTAAgtg > 1:598220/1‑91 (MQ=255) ccACTAAcaaattgcatacacaatatcattagtggtaacagttaaacacttatttatctttacgtggtaatggataaaacccttcattaaa < 1:3342659‑M1/91‑85 (MQ=255) ccACTAATGATATTGTGTATGCAATTTGTTAGTGGTTTTCAATATTTATAAATAAAAATATTCTTAGTAAAATATACTTTTGATTAAgtgt < 1:224549/91‑1 (MQ=255) ccACTAATGATATTGTGTATGCAATTTGTTAGTGGTTTTCAATATTTATAAATAAAAATATTCTTAGTAAAATATACTTTTGATTAAgtgt > 1:1594378/1‑91 (MQ=255) cccTAATGATATTGTGTATGCAATTTGTTAGTGGTCTTCAATATTTATAAATAAAAATATTCTTAGTAAAATACACTTTTGCTTAAGTGTa > 1:942691/3‑91 (MQ=255) cACTAATGATATTGTGTATGCAATTTGTTAGTGGTTTTCAATATTTATAAATAAAAATATTCTTAGTAAAATATACTTTTGATTAAGTGTa > 1:1317807/1‑91 (MQ=255) aCTAAcaaattgcatacacaatatcattagtggtaacagttaaacacttatttatctttacgtggtaatggataaaacccttcattaaatt > 1:2153495‑M1/1‑5 (MQ=255) aCTAAcaaattgcatacacaatatcattagtggtaacagttaaacacttatttatctttacgtggtaatggataaaacccttcattaaatt > 1:3259133‑M1/1‑5 (MQ=255) aCTAAcaaattgcatacacaatatcattagtggtaacagttaaacacttatttatctttacgtggtaatggataaaacccttcattaaatt > 1:3588113‑M1/1‑5 (MQ=255) aCTAATGATATTGTGTATGCAATTTGTTAGTGGTTTTCAATATTTATAAATAAAAATATTCTTAGTAAAATATACTTTTGATTAAGTGTaa > 1:1977976/1‑91 (MQ=255) cTAAcaaattgcatacacaatatcattagtggtaacagttaaacacttatttatctttacgtggtaatggataaaacccttcattaaattg > 1:2131487‑M1/1‑4 (MQ=255) cTAAcaaattgcatacacaatatcattagtggtaacagttaaacacttatttatctttacgtggtaatggataaaacccttcattaaattg > 1:2131534‑M1/1‑4 (MQ=255) cTAATGATATTGTGTATGCAATTTGttagtggtaacagttaaacacttatttatctttacgtggtaatggataaaacccttcattaaattg < 1:686541‑M2/91‑67 (MQ=255) cTAATGATATTGTGTATGCAATTTGttagtggtaacagttaaacacttatttatctttacgtggtaatggataaaacccttcattaaattg < 1:908279‑M2/91‑67 (MQ=255) tAAcaaattgcatacacaatatcattagtggtaacagttaaacacttatttatctttacgtggtaatggataaaacccttcattaaattga < 1:2224175‑M1/91‑89 (MQ=255) tAATGATATTGTGTATGCAATTTGTTAGTGGTTTTCAATATTTATAAATAAAAATATTCTTAGTAAAATATACTTTTGATTAAGTGTaaaa > 1:3369787/1‑91 (MQ=255) aacaaattgcatacacaatatcattagtggtaacagttaaacacatatttatctttacgtggtaatggataaaacccttcattaaattgat < 1:3287187‑M1/91‑90 (MQ=255) | TCACTTAACTCCTAATTTATGGCATCAATTTAATGAAGGGTTTTATCCATTACCACGTAAAGATAAATAAGTGTTTAACTGTTACCACTAATGATATTGTGTATGCAATTTGTTAGTGGTTTTCAATATTTATAAATAAAAATATTCTTAGTAAAATATACTTTTGATTAAGTGTAAAAT > USA300TCH1516_ALE/951426‑951605 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |