| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 1005791 | 120 (1.220) | 15 (0.180) | 8/138 | NT | 12.4% | intergenic (+427/+33) | pepF1_1/USA300HOU_RS04965 | Oligoendopeptidase F, plasmid/hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 1005805 | 109 (1.290) | intergenic (+441/+19) | pepF1_1/USA300HOU_RS04965 | Oligoendopeptidase F, plasmid/hypothetical protein | |||||
GTTAAATTCGAAAAATATCACTAATATATTTAGATCGATGTGTAACATTACGTTCTAATAATTTAATGTTGCAAAATTAAGAGTCAGTAAAAAGACCTCGT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/1005691‑1005791‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑aaagacctcgtACACCATAAATGTAACGAGGTCTTTTTACTGACTCTTAATTTTGCAACATTAAATTATTAGAACGTAATGTTACACATCGATCTAAATAT < USA300TCH1516_ALE/1005805‑1005716 GTTAAATTCGAAAAATATCACTAATATATTTAGATCGATGTGTAACATTACGTTCTAATAATTTAATGTTGCAAAATTAAGAGTCAGTAAA < 1:566342/91‑1GTTAAATTCGAAAAATATCACTAATATATTTAGATCGATGTGTAACATTACGTTCTAATAATTTAATGTTGCAAAATTAAGAGTCAGTAAA < 1:472889/91‑1GTTAAATTCGAAAAATATCACTAATATATTTAGATCGATGTGTAACATTACGTTCTAATAATTTAATGTTGCAAAATTAAGAGTCAGTAAA > 1:3641008/1‑91 TTAAATTCGAAAAATATCACTAATATATTTAGATCGATGTGTAACATTACGTTCTAATAATTTAATGTTGCAAAATTAAGAGTCAGTAAAA < 1:3630345/91‑1 TAAATTCGAAAAATATCACTAATATATTTAGATCGATGTGTAACATTACGTTCTAATAATTTAATGTTGCAAAATTAAGAGTCAGTAAAAA < 1:1405111/91‑1 AAATTCGAAAAATATCACTAATATATTTAGATCGATGTGTAACATTACGTTCTAATAATTTAATGTTGCAAAATTAAGAGTCAGTAAAAAG > 1:2440877/1‑91 AATTCGAAAAATATCACTAATATATTTAGATCGATGTGTAACATTACGTTCTAATAATTTAATGTTGCAAAATTAAGAGTCAGTAAAAAGA > 1:3587319/1‑91 ATTCGAAAAATATCACTAATATATTTAGATCGATGTGTAACATTACGTTCTAATAATTTAATGTTGCAAAATTAAGAGTCAGTAAAAAGAC < 1:2519748/91‑1 TTCGAAAAATATCACTAATATATTTAGATCGATGTGTAACATTACGTTCTAATAATTTAATGTTGCAAAATTAAGAGTCAGTAAAAAGACC < 1:2162631/91‑1 TCGAAAAATATCACTAATATATTTAGATCGATGTGTAACATTACGTTCTAATAATTTAATGTTGCAAAATTAAGAGTCAGTAAAAAGACCT < 1:2860090/91‑1 TCGAAAAATATCACTAATATATTTAGATCGATGTGTAACATTACGTTCTAATAATTTAATGTTGCAAAATTAAGAGTCAGTAAAAAGACCT > 1:2210931/1‑91 CGAAAAATATCACTAATATATTTAGATCGATGTGTAACATTACGTTCTAATAATTTAATGTTGCAAAATTAAGAGTCAGTAAAAAGACCTC > 1:2901707/1‑91 GAAAAATATCACTAATATATTTAGATCGATGTGTAACATTACGTTCTAATAATTTAATGTTGCAAAATTAAGAGTCAGTAAAAAGACCTCG < 1:4106526/91‑1 AAAAATATCACTAATATATTTAGATCGATGTGTAACATTACGTTCTAATAATTTAATGTTGCAAAATTAAGAGTCAGTAAAAAGACCTCGT > 1:3021551/1‑91 TATCACTAATATATTTAGATCGATGTGTAACATTACGTTCTAATAATTTAATGTTGCAAAATTAAGAGTCAGTAAAAAGACCTCGTACACC < 1:2283231/91‑1 TAATATATTTAGATCGATGTGTAACATTACGTTCTAATAATTTAATGTTGCAAAATTAAGAGTCAGTAAAAAGACCTCGTACACCATAAAT < 1:3997898/91‑1 TAATATATTTAGATCGATGTGTAACATTACGTTCTAATAATTTAATGTTGCAAAATTAAGAGTCAGTAAAAAGACCTCGTACACCATAAAT < 1:3878574/91‑1 TAATATATTTAGATCGATGTGTAACATTACGTTCTAATAATTTAATGTTGCAAAATTAAGAGTCAGTAAAAAGACCTCGTACACCATAAAT < 1:3998082/91‑1 AATATATTTAGATCGATGTGTAACATTACGTTCTAATAATTTAATGTTGCAAAATTAAGAGTCAGTAAAAAGACCTCGTACACCATAAATG < 1:2205210/91‑1 AATATATTTAGATCGATGTGTAACATTACGTTCTAATAATTTAATGTTGCAAAATTAAGAGTCAGTAAAAAGACCTCGTACACCATAAATG < 1:2027689/91‑1 AATATATTTAGATCGATGTGTAACATTACGTTCTAATAATTTAATGTTGCAAAATTAAGAGTCAGTAAAAAGACCTCGTACACCATAAATG < 1:902848/91‑1 TATTTAGATCGATGTGTAACATTACGTTCTAATAATTTAATGTTGCAAAATTAAGAGTCAGTAAAAAGACCTCGTACACCATAAATGTAAC < 1:1303853/91‑1 ATTTAGATCGATGTGTAACATTACGTTCTAATAATTTAATGTTGCAAAATTAAGAGTCAGTAAAAAGACCTCGTACACCATAAATGTAACG < 1:3366492/91‑1 ATTTAGATCGATGTGTAACATTACGTTCTAATAATTTAATGTTGCAAAATTAAGAGTCAGTAAAAAGACCTCGTACACCATAAATGTAACG < 1:1084698/91‑1 TTAGATCGATGTGTAACATTACGTTCTAATAATTTAATGTTGCAAAATTAAGAGTCAGTAAAAAGACCTCGTACACCATAAATGTAACGAG < 1:1481755/91‑1 TAGATCGATGTGTAACATTACGTTCTAATAATTTAATGTTGCAAAATTAAGAGTCAGTAAAAAGACCTCGTACACCATAAATGTAACGAGG < 1:3086881/91‑1 TAGATCGATGTGTAACATTACGTTCTAATAATTTAATGTTGCAAAATTAAGAGTCAGTAAAAAGACCTCGTACACCATAAATGTAACGAGG < 1:3276101/91‑1 TAGATCGATGTGTAACATTACGTTCTAATAATTTAATGTTGCAAAATTAAGAGTCAGTAAAAAGACCTCGTACACCATAAATGTAACGAGG < 1:2310668/91‑1 AGATCGATGTGTAACATTACGTTCTAATAATTTAATGTTGCAAAATTAAGAGTCAGTAAAAAGACCTCGTACACCATAAATGTAACGAGGT < 1:2667543/91‑1 ATCGATGTGTAACATTACGTTCTAATAATTTAATGTTGCAAAATTAAGAGTCAGTAAAAAGACCTCGTACACCATAAATGTAACGAGGTCT < 1:2541312/91‑1 AAAGACCTCGTACACCATAAATGTAACGAGGTCTTTTTACTGACTCTTAATTTTGCAACATTAAATTATTAGAACGTAATGTTACACATCG > 1:1777262/1‑91 AGACCTCGTACACCATAAATGTAACGAGGTCTTTTTACTGACTCTTAATTTTGCAACATTAAATTATTAGAACGTAATGTTACACATCGAT > 1:2628825/1‑91 AGACCTCGTACACCATAAATGTAACGAGGTCTTTTTACTGACTCTTAATTTTGCAACATTAAATTATTAGAACGTAATGTTACACATCGAT > 1:3146326/1‑91 AGACCTCGTACACCATAAATGTAACGAGGTCTTTTTACTGACTCTTAATTTTGCAACATTAAATTATTAGAACGTAATGTTACACATCGAT > 1:2627710/1‑91 AGACCTCGTACACCATAAATGTAACGAGGTCTTTTTACTGACTCTTAATTTTGCAACATTAAATTATTAGAACGTAATGTTACACATCGAT > 1:869675/1‑91 GACCTCGTACACCATAAATGTAACGAGGTCTTTGTACTGACTCTTAATTTTGCAACATTAAATTATTAGAACGTAATGTTACACATCGATC < 1:3401227/91‑1 ACCTCGTACACCATAAATGTAACGAGGTCTTTTTACTGACTCTTAATTTTGCAACATTAAATTATTAGAACGTAATGTTACACATCGATCT > 1:2949461/1‑91 CCTCGTACACCATAAATGTAACGAGGTCTTTTTACTGACTCTTAATTTTGCAACATTAAATTATTAGAACGTAATGTTACACATCGATCTA < 1:2229394/91‑1 CCTCGTACACCATAAATGTAACGAGGTCTTTTTACTGACTCTTAATTTTGCAACATTAAATTATTAGAACGTAATGTTACACATCGATCTA < 1:2556980/91‑1 CTCGTACACCATAAATGTAACGAGGTCTTTTTACTGACTCTTAATTTTGCAACATTAAATTATTAGAACGTAATGTTACACATCGATCTAA > 1:2267520/1‑91 TCGTACACCATAAATGTAACGAGGTCTTTTTACTGACTCTTAATTTTGCAACATTAAATTATTAGAACGTAATGTTACACATCGATCTAAA > 1:1444053/1‑91 TACACCATAAATGTAACGAGGTCTTTTTACTGACTCTTAATTTTGCAACATTAAATTATTAGAACGTAATGTTACACATCGATCTAAATAT > 1:930817/1‑91 GTTAAATTCGAAAAATATCACTAATATATTTAGATCGATGTGTAACATTACGTTCTAATAATTTAATGTTGCAAAATTAAGAGTCAGTAAAAAGACCTCGT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/1005691‑1005791‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑aaagacctcgtACACCATAAATGTAACGAGGTCTTTTTACTGACTCTTAATTTTGCAACATTAAATTATTAGAACGTAATGTTACACATCGATCTAAATAT < USA300TCH1516_ALE/1005805‑1005716 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |