New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | USA300TCH1516_ALE | = 1005791 | 120 (1.220) | 15 (0.180) | 8/138 | NT | 12.4% | intergenic (+427/+33) | pepF1_1/USA300HOU_RS04965 | Oligoendopeptidase F, plasmid/hypothetical protein |
? | USA300TCH1516_ALE | = 1005805 | 109 (1.290) | intergenic (+441/+19) | pepF1_1/USA300HOU_RS04965 | Oligoendopeptidase F, plasmid/hypothetical protein |
Only 100 of 222 total aligned reads displayed.
AAAAATATCACTAATATATTTAGATCGATGTGTAACATTACGTTCTAATAATTTAATGTTGCAAAATTAAGAGTCAGTAAAAAGACCTCGTTACATTTATGGTGTACGAGGTCTTTAATTTATTTATTTTGATTTGATTTTAGGCATTTTAGATTTCCAGAAATCGCCATCTGGATATTTA > USA300TCH1516_ALE/1005701‑1005881 | aaaTATCACTAATATATTTAGATCGATGTGTAACATTACGTTCTAATAATTTAATGTTGCAAAATTAAGAGTCAGTAAAAAGACCTCGTTa > 1:2208090/1‑91 (MQ=255) atatCACTAATATATTTAGATCGATGTGTAACATTACGTTCTAATAATTTAATGTTGCAAAATTAAGAGTCAGTAAAAAGACCTCGTTACa > 1:4116540/1‑91 (MQ=255) tatCACTAATATATTTAGATCGATGTGTAACATTACGTTCTAATAATTTAATGTTGCAAAATTAAGAGTCAGTAAAAAGACCTCGTacacc < 1:2283231‑M1/91‑6 (MQ=255) tatCACTAATATATTTAGATCGATGTGTAACATTACGTTCTAATAATTTAATGTTGCAAAATTAAGAGTCAGTAAAAAGACCTCGTTACAt > 1:1401232/1‑91 (MQ=255) tCACTAATATATTTAGATCGATGTGTAACATTACGTTCTAATAATTTAATGTTGCAAAATTAAGAGTCAGTAAAAAGACCTCGTTACAttt > 1:666741/1‑91 (MQ=255) cACTAATATATTTAGATCGATGTGTAACATTACGTTCTAATAATTTAATGTTGCAAAATTAAGAGTCAGTAAAAAGACCTCGTTACATTTa > 1:2479246/1‑91 (MQ=255) cACTAATATATTTAGATCGATGTGTAACATTACGTTCTAATAATTTAATGTTGCAAAATTAAGAGTCAGTAAAAAGACCTCGTTACATTTa > 1:1316364/1‑91 (MQ=255) cACTAATATATTTAGATCGATGTGTAACATTACGTTCTAATAATTTAATGTTGCAAAATTAAGAGTCAGTAAAAAGACCTCGTTACATTTa < 1:1062244/91‑1 (MQ=255) cACTAATATATTTAGATCGATGTGTAACATTACGTTCTAATAATTTAATGTTGCAAAATTAAGAGTCAGTAAAAAGACCTCGTTACATTTa < 1:1061340/91‑1 (MQ=255) aCTAATATATTTAGATCGATGTGTAACATTACGTTCTAATAATTTAATGTTGCAAAATTAAGAGTCAGTAAAAAGACCTCGTTACATTTAt > 1:4079576/1‑91 (MQ=255) cTAATATATTTAGATCGATGTGTAACATTACGTTCTAATAATTTAATGTTGCAAAATTAAGAGTCAGTAAAAAGACCTCGTTACATTTATg < 1:2111431/91‑1 (MQ=255) tAATATATTTAGATCGATGTGTAACATTACGTTCTAATAATTTAATGTTGCAAAATTAAGAGTCAGTAAAAAGACCTCGTacaccataaat < 1:3878574‑M1/91‑12 (MQ=255) tAATATATTTAGATCGATGTGTAACATTACGTTCTAATAATTTAATGTTGCAAAATTAAGAGTCAGTAAAAAGACCTCGTacaccataaat < 1:3997898‑M1/91‑12 (MQ=255) cttaaatatccagatggcgatttctggaaatctaaaatgcctaaaatcaaatcaaaataaataaattAAAGACCTCGTTACATTTATGgtg > 1:4040137‑M1/68‑91 (MQ=255) cttaaatatccagatggcgatttctggaaatctaaaatgcctaaaatcaaatcaaaataaataaattAAAGACCTCGTTACATTTATGgtg > 1:4040682‑M1/68‑91 (MQ=255) tatatTTAGATCGATGTGTAACATTACGTTCTAATAATTTAATGTTGCAAAATTAAGAGTCAGTAAAAAGACCTCGTTCCATTTATGgtgt < 1:3189610/91‑1 (MQ=255) tatatTTAGATCGATGTGTAACATTACGTTCTAATAATTTAATGTTGCAAAATTAAGAGTCAGTAAAAAGACCTCGTTACATTTATGgtgt < 1:3438262/91‑1 (MQ=255) tatatTTAGATCGATGTGTAACATTACGTTCTAATAATTTAATGTTGCAAAATTAAGAGTCAGTAAAAAGACCTCGTTACATTTATGgtgt < 1:2456217/91‑1 (MQ=255) taaatatccagatggcgatttctggaaatctaaaatgcctaaaatcaaatcaaaataaataaattAAAGACCTCGTTACATTTATGGTGTa > 1:3285500‑M1/66‑91 (MQ=255) taaatatccagatggcgatttctggaaatctaaaatgcctaaaatcaaatcaaaataaataaattAAAGACCTCGTTACATTTATGGTGTa > 1:2055418‑M1/66‑91 (MQ=255) taaatatccagatggcgatttctggaaatctaaaatgcctaaaatcaaatcaaaataaataaattAAAGACCTCGTTACATTTATGGTGTa > 1:2703953‑M1/66‑91 (MQ=255) taaatatccagatggcgatttctggaaatctaaaatgcctaaaatcaaatcaaaataaataaattAAAGACCTCGTTACATTTATGGTGTa > 1:3143593‑M1/66‑91 (MQ=255) atatTTAGATCGATGTGTAACATTACGTTCTAATAATTTAATGTTGCAAAATTAAGAGTCAGTAAAAAGACCTCGTTACATTTATGGTGTa > 1:930817‑M2/1‑90 (MQ=255) tatTTAGATCGATGTGTAACATTACGTTCTAATAATTTAATGTTGCAAAATTAAGAGTCAGTAAAAAGACCTCGTacaccataaatgtaac < 1:1303853‑M1/91‑17 (MQ=255) tttAGATCGATGTGTAACATTACGTTCTAATAATTTAATGTTGCAAAATTAAGAGTCAGTAAAAAGACCTCGTTACATTTATGGTGTacga > 1:1444053‑M2/1‑87 (MQ=255) atatccagatggcgatttctggaaatctaaaatgcctaaaatcaaatcaaaataaataaattAAAGACCTCGTTACATTTATGGTGTACGa > 1:585975‑M1/63‑91 (MQ=255) tatccagatggcgatttctggaaatctaaaatgcctaaaatcaaatcaaaataaataaattAAAGACCTCGTTACATTTATGGTGTACGAg > 1:1831095‑M1/62‑91 (MQ=255) tatccagatggcgatttctggaaatctaaaatgcctaaaatcaaatcaaaataaataaattAAAGACCTCGTTACATTTATGGTGTACGAg > 1:863940‑M1/62‑91 (MQ=255) tAGATCGATGTGTAACATTACGTTCTAATAATTTAATGTTGCAAAATTAAGAGTCAGTAAAAAGACCTCGTacaccataaatgtaacgagg < 1:3086881‑M1/91‑21 (MQ=255) tAGATCGATGTGTAACATTACGTTCTAATAATTTAATGTTGCAAAATTAAGAGTCAGTAAAAAGACCTCGTacaccataaatgtaacgagg < 1:3276101‑M1/91‑21 (MQ=255) tAGATCGATGTGTAACATTACGTTCTAATAATTTAATGTTGCAAAATTAAGAGTCAGTAAAAAGACCTCGTTACATTTATGGTGTacgagg < 1:2229394‑M2/91‑7 (MQ=255) aGATCGATGTGTAACATTACGTTCTAATAATTTAATGTTGCAAAATTAAGAGTCAGTAAAAAGACCTCGTacaccataaatgtaacgaggt < 1:2667543‑M1/91‑22 (MQ=255) aTCGATGTGTAACATTACGTTCTAATAATTTAATGTTGCAAAATTAAGAGTCAGTAAAAAGACCTCGTacaccataaatgtaacgaggtct < 1:2541312‑M1/91‑24 (MQ=255) aTCGATGTGTAACATTACGTTCTAATAATTTAATGTTGCAAAATTAAGAGTCAGTAAAAAGACCTCGTTACATTTATGGTGTacgaggtct > 1:3146326‑M2/1‑82 (MQ=255) aTCGATGTGTAACATTACGTTCTAATAATTTAATGTTGCAAAATTAAGAGTCAGTAAAAAGACCTCGTTACATTTATGGTGTacgaggtct > 1:869675‑M2/1‑82 (MQ=255) aTCGATGTGTAACATTACGTTCTAATAATTTAATGTTGCAAAATTAAGAGTCAGTAAAAAGACCTCGTTACATTTATGGTGTacgaggtct > 1:2628825‑M2/1‑82 (MQ=255) aTCGATGTGTAACATTACGTTCTAATAATTTAATGTTGCAAAATTAAGAGTCAGTAAAAAGACCTCGTTACATTTATGGTGTacgaggtct > 1:2627710‑M2/1‑82 (MQ=255) gATGTGTAACATTACGTTCTAATAATTTAATGTTGCAAAATTAAGAGTCAGTAAAAAGACCTCGTTACATTTATGGTGTACGAGGTCTTTa > 1:1281258/1‑91 (MQ=255) aTGTGTAACATTACGTTCTAATAATTTAATGTTGCAAAATTAAGAGTCAGTAAAAAGACCTCGTTACATTTATGGTGTACGAGGTCTTTaa > 1:1207818/1‑91 (MQ=255) tgtgTAACATTACGTTCTAATAATTTAATGTTGCAAAATTAAGAGTCAGTAAAAAGACCTCGTTACATTTATGGTGTACGAGGTCTTTAat > 1:2823352/1‑91 (MQ=255) tgtgTAACATTACGTTCTAATAATTTAATGTTGCAAAATTAAGAGTCAGTAAAAAGACCTCGTTACATTTATGGTGTACGAGGTCTTTAat > 1:1167767/1‑91 (MQ=255) gtgtAACATTACGTTCTAATAATTTAATGTTGCAAAATTAAGAGTCAGTAAAAAGACCTCGTTACATTTATGGTGTACGAGGTCTTTAatt > 1:1779474/1‑91 (MQ=255) tgtAACATTACGTTCTAATAATTTAATGTTGCAAAATTAAGAGTCAGTAAAAAGACCTCGTTACATTTATGGTGTACGAGGTCTTTAattt > 1:166942/1‑91 (MQ=255) tgtAACATTACGTTCTAATAATTTAATGTTGCAAAATTAAGAGTCAGTAAAAAGACCTCGTTACATTTATGGTGTACGAGGTCTTTAattt > 1:1038948/1‑91 (MQ=255) atttctggaaatctaaaatgcctaaaatcaaatcaaaataaataaattAAAGACCTCGTTACATTTATGGTGTACGAGGTCTTTAatttat > 1:1796075‑M1/49‑91 (MQ=255) aaCATTACGTTCTAATAATTTAATGTTGCAAAATTAAGAGTCAGTAAAAAGACCTCGTTACATTTATGGTGTACGAGGTCTTTAatttatt < 1:3406518/91‑1 (MQ=255) aCATTACGTTCTAATAATTTAATGTTGCAAAATTAAGAGTCAGTAAAAAGACCTCGTTACATTTATGGTGTACGAGGTCTTTAatttattt > 1:850339/1‑91 (MQ=255) cATTACGTTCTAATAATTTAATGTTGCAAAATTAAGAGTCAGTAAAAAGCCCTCGTTACATTTATGGTGTACGAGGTCTTTAatttattta > 1:942572/1‑91 (MQ=255) cATTACGTTCTAATAATTTAATGTTGCAAAATTAAGAGTCAGTAAAAAGACCTCGTTACATTTATGGTGTACGAGGTCTTTAatttattta < 1:3467939/91‑1 (MQ=255) ttACGTTCTAATAATTTAATGTTGCAAAATTAAGAGTCAGTAAAAAGACCTCGTTACATTTATGGTGTACGAGGTCTTTAatttatttatt < 1:519054/91‑1 (MQ=255) aCGTTCTAATAATTTAATGTTGCAAAATTAAGAGTCAGTAAAAAGACCTCGTTACATTTATGGTGTACGAGGTCTTTAATTTATTTAtttt > 1:2162025/1‑91 (MQ=255) aaatctaaaatgcctaaaatcaaatcaaaataaataaattAAAGACCTCGTTACATTTATGGTGTACGAGGTCTTTAATTTATTTATtttg > 1:1534021‑M1/41‑91 (MQ=255) gTTCTAATAATTTAATGTTGCAAAATTAAGAGTCAGTAAAAAGACCTCGTTACATTTATGGTGTACGAGGTCTTTAATTTATTTATtttga > 1:951355/1‑91 (MQ=255) ttCTAATAATTTAATGTTGCAAAATTAAGAGTCAGTAAAAAGACCTCGTTACATTTATGGTGTACGAGGTCTTTAATTTATTTATtttgat < 1:35715/91‑1 (MQ=255) aataatTTAATGTTGCAAAATTAAGAGTCAGTAAAAAGACCTCGTTACATTTATGGTGTACGAGGTCTTTAATTTATTTATttcgatttga > 1:2078117/1‑91 (MQ=255) aataatTTAATGTTGCAAAATTAAGAGTCAGTAAAAAGACCTCGTTACATTTATGGTGTACGAGGTCTTTAATTTATTTATttagatttga > 1:2078236/1‑91 (MQ=255) aatTTAATGTTGCAAAATTAAGAGTCAGTGAAAAGACCTCGTTACATTTATGGTGTACGAGGTCTTTAATTTATTTATTTTgatttgattt < 1:2038384/91‑1 (MQ=255) aTGTTGCAAAATTAAGAGTCAGTAAAAAGACCTCGTTACATTTATGGTGTACGAGGTCTTTAATTTATTTATTTTGATTTGATTTTAGGCa < 1:1398526/91‑1 (MQ=255) gTTGCAAAATTAAGAGTCAGTAAAAAGACCTCGTTACATTTATGGTGTACGAGGTCTTTAATTTATTTATTTTGATTTGATTTTAGGCAtt < 1:3338959/91‑1 (MQ=255) ttGCAAAATTAAGAGTCAGTAAAAAGACCTCGTTACATTTATGGTGTACGAGGTCTTTAATTTATTTATTTTGATTTGATTTTAGGCAttt < 1:3670158/91‑1 (MQ=255) gCAAAATTAAGAGTCAGTAAAAAGACCTCGTTACATTTATGGTGTACGAGGTCTTTAATTTATTTATTTTGATTTGATTTTAGGCATTTTa > 1:3132598/1‑91 (MQ=255) aaaTTAAGAGTCAGTAAAAAGACCTCGTTACATTTATGGTGTACGAGGTCTTTAATTTATTTATTTTGATTTGATTTTAGGCATTTTAGAt > 1:1727992/1‑91 (MQ=255) aaaTTAAGAGTCAGTAAAAAGACCTCGTTACATTTATGGTGTACGAGGTCTTTAATTTATTTATTTTGATTTGATTTTAGGCATTTTAGAt > 1:1606264/1‑91 (MQ=255) aaTTAAGAGTCAGTAAAAAGACCTCGTTACATTTATGGTGTACGAGGTCTTTAATTTATTTATTTTGATTTGATTTTAGGCATTTTAGAtt < 1:587373/91‑1 (MQ=255) aaTTAAGAGTCAGTAAAAAGACCTCGTTACATTTATGGTGTACGAGGTCTTTAATTTATTTATTTTGATTTGATTTTAGGCATTTTAGAtt < 1:1802434/91‑1 (MQ=255) ttAAGAGTCAGTAAAAAGACCTCGTTACATTTATGGTGTACGAGGTCTTTAATTTATTTATTTTGATTTGATTTTAGGCATTTTAGATTTc < 1:778151/91‑1 (MQ=255) tAAGAGTCAGTAAAAAGACCTCGTTACATTTATGGTGTACGAGGTCTTTAATTTATTTATTTTGATTTGATTTTAGGCATTTTAGATTTcc > 1:1675761/1‑91 (MQ=255) gagTCAGTAAAAAGACCTCGTTACATTTATGGTGTACGAGGTCTTTAATTTATTTATTTTGATTTGATTTTAGGCATTTTAGATTTCCAGa > 1:3928857/1‑91 (MQ=255) gagTCAGTAAAAAGACCTCGTTACATTTATGGTGTACGAGGTCTTTAATTTATTTATTTTGATTTGATTTTAGGCATTTTAGATTTCCAGa > 1:3045712/1‑91 (MQ=255) gTCAGTAAAAAGACCTCGTTACATTTATGGTGTACGAGGTCTTTAATTTATTTATTTTGATTTGATTTTAGGCATTTTAGATTTCCAGaaa < 1:3609090/91‑1 (MQ=255) gTCAGTAAAAAGACCTCGTTACATTTATGGTGTACGAGGTCTTTAATTTATTTATTTTGATTTGATTTTAGGCATTTTAGATTTCCAGaaa < 1:3009065/91‑1 (MQ=255) cAGTAAAAAGACCTCGTTACATTTATGGTGTACGAGGTCTTTAATTTATTTATTTTGATTTGATTTTAGGCATTTTAGATTTCCAGAAATc > 1:3815815/1‑91 (MQ=255) gTAAAAAGACCTCGTTACATTTATGGTGTACGAGGTCTTTAATTTATTTATTTTGATTTGATTTTAGGCATTTTAGATTTCCAGAAATCGc < 1:3651863/91‑1 (MQ=255) gTAAAAAGACCTCGTTACATTTATGGTGTACGAGGTCTTTAATTTATTTATTTTGATTTGATTTTAGGCATTTTAGATTTCCAGAAATCGc < 1:1022836/91‑1 (MQ=255) gTAAAAAGACCTCGTTACATTTATGGTGTACGAGGTCTTTAATTTATTTATTTTGATTTGATTTTAGGCATTTTAGATTTCCAGAAATCGc < 1:3652421/91‑1 (MQ=255) gTAAAAAGACCTCGTTACATTTATGGTGTACGAGGTCTTTAATTTATTTATTTTGATTTGATTTTAGGCATTTTAGATTTCCAGAAATCGc < 1:220195/91‑1 (MQ=255) gTAAAAAGACCTCGTTACATTTATGGTGTACGAGGTCTTTAATTTATTTATTTTGATTTGATTTTAGGCATTTTAGATTTCCAGAAATCGc > 1:2952404/1‑91 (MQ=255) gTAAAAAGACCTCGTTACATTTATGGTGTACGAGGTCTTTAATTTATTTATTTTGATTTGATTTTAGGCATTTTAGATTTCCAGAAATCGc < 1:2683929/91‑1 (MQ=255) 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ACCTCGTTACATTTATGGTGTACGAGGTCTTTAATTTATTTATTTTGATTTGATTTTAGGCATTTTAGATTTCCAGAAATCGCCATCTGGa < 1:3254872‑M1/91‑1 (MQ=255) ACCTCGTTACATTTATGGTGTACGAGGTCTTTAATTTATTTATTTTGATTTGATTTTAGGCATTTTAGATTTCCAGAAATCGCCATCTGGa < 1:927170‑M1/91‑1 (MQ=255) ccTCGTacaccataaatgtaacgaggtctttttactgactcttaattttgcaacattaaattattagaacgtaatgttacacatcgatcta < 1:2556980‑M1/91‑86 (MQ=255) ccTCGTTACATTTATGGTGTacgaggtctttttactgactcttaattttgcaacattaaattattagaacgtaatgttacacatcgatcta < 1:2310668‑M2/91‑72 (MQ=255) CCTCGTTACATTTATGGTGTACGAGGTCTTTAATTTATTTATTTTGATTTGATTTTAGGCATTTTAGATTTCCAGAAATCGCCATCTGGat < 1:704643‑M1/91‑1 (MQ=255) CCTCGTTACATTTATGGTGTACGAGGTCTTTAATTTATTTATTTTGATTTGATTTTAGGCATTTTAGATTTCCAGAAATCGCCATCTGGat > 1:1421836‑M1/1‑91 (MQ=255) cTCGTacaccataaatgtaacgaggtctttttactgactcttaattttgcaacattaaattattagaacgtaatgttacacatcgatctaa > 1:2267520‑M1/1‑5 (MQ=255) cTCGTTACATTTATGGTGTacgaggtctttttactgactcttaattttgcaacattaaattattagaacgtaatgttacacatcgatctaa < 1:1481755‑M2/91‑73 (MQ=255) CTCGTTACATTTATGGTGTACGAGGTCTTTAATTTATTTATTTTGATTTGATTTTAGGCATTTTAGATTTCCAGAAATCGCCATCTGGata > 1:3165661‑M1/1‑91 (MQ=255) TCGTTACATTTATGGTGTACGAGGTCTTTAATTTATTTATTTTGATTTGATTTTAGGCATTTTAGATTTCCAGAAATCGCCATCTGGatat > 1:2599349‑M1/1‑91 (MQ=255) cGTTACATTTATGGTGTacgaggtctttttactgactcttaattttgcaacattaaattattagaacgtaatgttacacatcgatctaaat < 1:1084698‑M2/91‑75 (MQ=255) CGTTACATTTATGGTGTACGAGGTCTTTAATTTATTTATTTTGATTTGATTTTAGGCATTTTAGATTTCCAGAAATCGCCATCTGGATAtt < 1:2143373‑M1/91‑1 (MQ=255) CGTTACATTTATGGTGTACGAGGACTTTAATTTATTTATTTTGATTTGATTTTAGGCATTTTAGATTTCCAGAAATCGCCATCTGGATAtt < 1:84435‑M1/91‑1 (MQ=255) TTACATTTATGGTGTACGAGGTCTTTAATTTATTTATTTTGATTTGATTTTAGGCATTTTAGATTTCCAGAAATCGCCATCTGGATATTTa < 1:1911308‑M1/91‑1 (MQ=255) | AAAAATATCACTAATATATTTAGATCGATGTGTAACATTACGTTCTAATAATTTAATGTTGCAAAATTAAGAGTCAGTAAAAAGACCTCGTTACATTTATGGTGTACGAGGTCTTTAATTTATTTATTTTGATTTGATTTTAGGCATTTTAGATTTCCAGAAATCGCCATCTGGATATTTA > USA300TCH1516_ALE/1005701‑1005881 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |