| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 1114090 = | 60 (0.610) | 9 (0.120) | 6/126 | NT | 15.8% | intergenic (+19/+63) | USA300HOU_RS05510/mntH_1 | hypothetical protein/Divalent metal cation transporter MntH |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 1114149 = | 49 (0.630) | intergenic (+78/+4) | USA300HOU_RS05510/mntH_1 | hypothetical protein/Divalent metal cation transporter MntH | |||||
ATGTCTATTTAATCGTTCAAACATTCCAAGAACTACAAAGTTAAAAATAAAACCATTAAAATGTTGGTTGTATCTAATAATTAACAACTTAACATTTTAATGGTTTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/1114196‑1114090‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑aacattttaatggttttATTTTTAACTTTGTAGTTCTTGGAATGTTTGAACGATTAAATAGACATTTAAAATACTTAGAATAATAATAAGTGTCCATGAAATGATAT > USA300TCH1516_ALE/1114149‑1114238 ATGTCTATTTAATCGTTCAAACATTCCAAGAACTACAAAGTTAAAAATAAAACCATTAAAATGTTGGTTGTATCTAATAATTAACAACTTA < 1:1117149/91‑1ATGTCTATTTAATCGTTCAAACATTCCAAGAACTACAAAGTTAAAAATAAAACCATTAAAATGTTGGTTGTATCTAATAATTAACAACTTA < 1:1117439/91‑1ATGTCTATTTAATCGTTCAAACATTCCAAGAACTACAAAGTTAAAAATAAAACCATTAAAATGTTGGTTGTATCTAATAATTAACAACTTA > 1:1145265/1‑91ATGTCTATTTAATCGTTCAAACATTCCAAGAACTACAAAGTTAAAAATAAAACCATTAAAATGTTGGTTGTATCTAATAATTAACAACTTA < 1:1262192/91‑1ATGTCTATTTAATCGTTCAAACATTCCAAGAACTACAAAGTTAAAAATAAAACCATTAAAATGTTGGTTGTATCTAATAATTAACAACTTA < 1:1262412/91‑1ATGTCTATTTAATCGTTCAAACATTCCAAGAACTACAAAGTTAAAAATAAAACCATTAAAATGTTGGTTGTATCTAATAATTAACAACTTA > 1:136088/1‑91 TGTCTATTTAATCGTTCAAACATTCCAAGAACTACAAAGTTAAAAATAAAACCATTAAAATGTTGGTTGTATCTAATAATTAACAACTTAA > 1:1081287/1‑91 TGTCTATTTAATCGTTCAAACATTCCAAGAACTACAAAGTTAAAAATAAAACCATTAAAATGTTGGTTGTATCTAATAATTAACAACTTAA > 1:659437/1‑91 TGTCTATTTAATCGTTCAAACATTCCAAGAACTACAAAGTTAAAAATAAAACCATTAAAATGTTGGTTGTATATAATAATTAACAACTTAA > 1:1081276/1‑91 TATTTAATCGTTCAAACATTCCAAGAACTACAAAGTTAAAAATAAAACCATTAAAATGTTGGTTGTATCTAATAATTAACAACTTAACATT > 1:3089792/1‑91 TATTTAATCGTTCAAACATTCCAAGAACTACAAAGTTAAAAATAAAACCATTAAAATGTTGGTTGTATCTAATAATTAACAACTTAACATT > 1:3584663/1‑91 TATTTAATCGTTCAAACATTCCAAGAACTACAAAGTTAAAAATAAAACCATTAAAATGTTGGTTGTATCTAATAATTAACAACTTAACATT > 1:546800/1‑91 ATTTAATCGTTCAAACATTCCAAGAACTACAAAGTTAAAAATAAAACCATTAAAATGTTGGTTGTATCTAATAATTAACAACTTAACATTT > 1:264211/1‑91 ATTTAATCGTTCAAACATTCCAAGAACTACAAAGTTAAAAATAAAACCATTAAAATGTTGGTTGTATCTAATAATTAACAACTTAACATTT > 1:1784161/1‑91 ATTTAATCGTTCAAACATTCCAAGAACTACAAAGTTAAAAATAAAACCATTAAAATGTTGGTTGTATCTAATAATTAACAACTTAACATTT > 1:3967035/1‑91 TTTAATCGTTCAAACATTCCAAGAACTACAAAGTTAAAAATAAAACCATTAAAATGTTGGTTGTATCTAATAATTAACAACTTAACATTTT < 1:4099889/91‑1 TTAATCGTTCAAACATTCCAAGAACTACAAAGTTAAAAATAAAACCATTAAAATGTTGGTTGTATCTAATAATTAACAACTTAACATTTTA < 1:882996/91‑1 TTAATCGTTCAAACATTCCAAGAACTACAAAGTTAAAAATAAAACCATTAAAATGTTGGTTGTATCTAATAATTAACAACTTAACATTTTA < 1:883105/91‑1 TAATCGTTCAAACATTCCAAGAACTACAAAGTTAAAAATAAAACCATTAAAATGTTGGTTGTATCTAATAATTAACAACTTAACATTTTAA < 1:2956814/91‑1 AATCGTTCAAACATTCCAAGAACTACAAAGTTAAAAATAAAACCATTAAAATGTTGGTTGTATCTAATAATTAACAACTTAACATTTTAAT < 1:2053279/91‑1 AATCGTTCAAACATTCCAAGAACTACAAAGTTAAAAATAAAACCATTAAAATGTTGGTTGTATCTAATAATTAACAACTTAACATTTTAAT < 1:347573/91‑1 AATCGTTCAAACATTCCAAGAACTACAAAGTTAAAAATAAAACCATTAAAATGTTGGTTGTAGCTAATAATTAACAACTTAACATTTTAAT < 1:1697394/91‑1 ATCGTTCAAACATTCCAAGAACTACAAAGTTAAAAATAAAACCATTAAAATGTTGGTTGTATCTAATAATTAACAACTTAACATTTTAATG < 1:2664859/91‑1 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AAAGTTAAAAATAAAACCATTAAAATGTTGGTTGTATCTAATAATTAACAACTTAACATTTTAATGGTTTTATTTTTAACTTTGTAGTTCT > 1:3631031/1‑91 TAAAAATAAAACCATTAAAATGTTGGTTGTATCTAATAATTAACAACTTAACATTTTAATGGTTTTATTTTTAACTTTGTAGTTCTTGGAA > 1:3254495/1‑91 TAAAAATAAAACCATTAAAATGTTGGTTGTATCTAATAATTAACAACTTAACATTTTAATGGTTTTATTTTTAACTTTGTAGTTCTTGGAA > 1:3254178/1‑91 CCATTAAAATGTTGGTTGTATCTAATAATTAACAACTTAACATTTTAATGGTTTTATTTTTAACTTTGTAGTTCTTGGAATGTTTGAACGA > 1:2101632/1‑91 AAAATGTTGGTTGTATCTAATAATTAACAACTTAACATTTTAATGGTTTTATTTTTAACTTTGTAGTTCTTGGAATGTTTGAACGATTAAA > 1:293900/1‑91 AAATGTTGGTTGTATCTAATAATTAACAACTTAACATTTTAATGGTTTTATTTTTAACTTTGTAGTTCTTGGAATGTTTGAACGATTAAAT > 1:941130/1‑91 AAATGTTGGTTGTATCTAATAATTAACAACTTAACATTTTAATGGTTTTATTTTTAACTTTGTAGTTCTTGGAATGTTTGAACGATTAAAT > 1:940982/1‑91 AATGTTGGTTGTATCTAATAATTAACAACTTAACATTTTAATGGTTTTATTTTTAACTTTGTAGTTCTTGGAATGTTTGAACGATTAAATA > 1:1626328/1‑91 AATGTTGGCTGTATCTAATAATTAACAACTTAACATTTTAATGGTTTTATTTTTAACTTTGTAGTTCTTGGAATGTTTGAACGATTAAATA > 1:1626135/1‑91 ACATTTTAATGGTTTTATTTTTAACTTTGTAGTTCTTGGAATGTTTGAACGATTAAATAGACATTTAAAATACTTAGAATAATAATAAGTG < 1:2297468/91‑1 ACATTTTAATGGTTTTATTTTTAACTTTGTAGTTCTTGGAATGTTTGAACGATTAAATAGACATTTAAAATACTTAGAATAATAATAAGTG < 1:1553286/91‑1 ACATTTTAATGGTTTTATTTTTAACTTTGTAGTTCTTGGAATGTTTGAACGATTAAATAGACATTTAAAATACTTAGAATAATAATAAGTG > 1:3889767/1‑91 TTTTAATGGTTTTATTTTTAACTTTGTAGTTCTTGGAATGTTTGAACGATTAAATAGACATTTAAAATACTTAGAATAATAATAAGTGTCC > 1:2355099/1‑91 TTTTAATGGTTTTATTTTTAACTTTGTAGTTCTTGGAATGTTTGAACGATTAAATAGACATTTAAAATACTTAGAATAATAATAAGTGTCC < 1:1772006/91‑1 TTTAATGGTTTTATTTTTAACTTTGTAGTTCTTGGAATGTTTGAACGATTAAATAGACATTTAAAATACTTAGAATAATAATAAGTGTCCA > 1:2577073/1‑91 TTTAATGGTTTTATTTTTAACTTTGTAGTTCTTGGAATGTTTGAACGATTAAATAGACATTTAAAATACTTAGAATAATAATAAGTGTCCA > 1:1832671/1‑91 TTTAATGGTTTTATTTTTAACTTTGTAGTTCTTGGAATGTTTGAACGATTAAATAGACATTTAAAATACTTAGAATAATAATAAGTGTCCA > 1:2576725/1‑91 TTAACGGTTTTATTTTTAACTTTGTAGTTCTTGGAATGTTTGAACGATTAAATAGACATTTAAAATACTTAGAATAATAATAAGTGTCCAT < 1:3452767/91‑1 ATGGTTTTATTTTTAACTTTGTAGTTCTTGGAATGTTTGAACGATTAAATAGACATTTAAAATACTTAGAATAATAATAAGTGTCCATGAA < 1:3639195/91‑1 GTTTTATTTTTAACTTTGTAGTTCTTGGAATGTTTGAACGATTAAATAGACATTTAAAATACTTAGAATAATAATAAGTGTCCATGAAATG > 1:238695/1‑91 TTTATTTTTAACTTTGTAGTTCTTGGAATGTTTGAACGATTAAATAGACATTTAAAATACTTAGAATAATAATAAGTGTCCATGAAATGAT > 1:1613225/1‑91 TATTTTTAACTTTGTAGTTCTTGGAATGTTTGAACGATTAAATAGACATTTAAAATACTTAGAATAATAATAAGTGTCCATGAAATGATAT < 1:1291760/91‑1 TATTTTTAACTTTGTAGTTCTTGGAATGTTTGAACGATTAAATAGACATTTAAAATACTTAGAATAATAATAAGTGTCCATGAAATGATAT < 1:1291578/91‑1 TATTTTTAACTTTGTAGTTCTTGGAATGTTTGAACGATTAAATAGACATTTAAAATACTTAGAATAATAATAAGTGTCCATGAAATGATAT > 1:300885/1‑91 ATGTCTATTTAATCGTTCAAACATTCCAAGAACTACAAAGTTAAAAATAAAACCATTAAAATGTTGGTTGTATCTAATAATTAACAACTTAACATTTTAATGGTTTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/1114196‑1114090‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑aacattttaatggttttATTTTTAACTTTGTAGTTCTTGGAATGTTTGAACGATTAAATAGACATTTAAAATACTTAGAATAATAATAAGTGTCCATGAAATGATAT > USA300TCH1516_ALE/1114149‑1114238 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |