| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 1114090 = | 60 (0.610) | 9 (0.120) | 6/126 | NT | 15.8% | intergenic (+19/+63) | USA300HOU_RS05510/mntH_1 | hypothetical protein/Divalent metal cation transporter MntH |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 1114149 = | 49 (0.630) | intergenic (+78/+4) | USA300HOU_RS05510/mntH_1 | hypothetical protein/Divalent metal cation transporter MntH | |||||
Only 100 of 132 total aligned reads displayed.
ATGATTATGTTGATTTCTAAAAAAGAATCAAAAGAAACAACACATAAGGACGATGAGTATATTTATCATTAATATGTTCATAGCAAAAGAAAAACCATTAAAATGTTAAGTTGTTAATTATTAGATACAACCAACATTTTAATGGTTTTATTTTTAACTTTGTAGTTCTTGGAATGTTTGA > USA300TCH1516_ALE/1114000‑1114180 | atgatTATGTTGATTTCTAAAAAAGAATCAAAAGAAACAACACATAAGGACGATGAGTATATTTATCATTAATATGTTCATAGCAAAAGAA > 1:2884834‑M1/1‑91 (MQ=255)atgatTATGTTGATTTCTAAAAAAGAATCAAAAGAAACAACACATAAGGACGATGAGTATATTTATCATTAATATGTTCATAGCAAAAGAA > 1:199084‑M1/1‑91 (MQ=255)atgatTATGTTGATTTCTAAAAAAGAATCAAAAGAAACAACACATAAGGACGACGAGTATATTTATCATTAATATGTTCATAGCAAAAGAA > 1:3002114‑M1/1‑91 (MQ=255)atatcatttcatggacacttattattattctaagtattttaaatgtctatttaatcgttcaaacattccaagaactacaaagttaaaaata < 1:1291578‑M1/1‑1 (MQ=255)atatcatttcatggacacttattattattctaagtattttaaatgtctatttaatcgttcaaacattccaagaactacaaagttaaaaata < 1:1291760‑M1/1‑1 (MQ=255)atatcatttcatggacacttattattattctaagtattttaaatgtctatttaatcgttcaaacattccaagaactacaaagttaaaaata > 1:300885‑M1/91‑91 (MQ=255) atcatttcatggacacttattattattctaagtattttaaatgtctatttaatcgttcaaacattccaagaactacaaagttaaaaataaa > 1:1613225‑M1/89‑91 (MQ=255) atTATGTTGATTTCTAAAAAAGAATCAAAAGAAACAACACATAAGGACGATGAGTATATTTATCATTAATATGTTCATAGCAAAAGAAAAA < 1:2167914‑M1/91‑1 (MQ=255) ttATGTTGATTTCTAAAAAAGAATCAAAAGAAACAACACATAAGGACGATGAGTATATTTATCATTAATATGTTCATAGCAAAAGAAAAAC < 1:368481‑M1/91‑1 (MQ=255) ttATGTTGATTTCTAAAAAAGAATCAAAAGAAACAACACATAAGGACGATGAGTATATTTATCATTAATATGTTCATAGCAAAAGAAAAAC < 1:777847‑M1/91‑1 (MQ=255) tATGTTGATTTCTAAAAAAGAATCAAAAGAAACAACACATAAGGACGATGAGTATATTTATCATTAATATGTTCATAGCAAAAGAAAAACC > 1:1296479‑M1/1‑91 (MQ=255) tGTTGATTTCTAAAAAAGAATCAAAAGAAACAACACATAAGGACGATGAGTATATTTATCATTAATATGTTCATAGCAAAAGAAAAACCAT > 1:3736156‑M1/1‑91 (MQ=255) tGTTGATTTCTAAAAAAGAATCAAAAGAAACAACACATAAGGACGATGAGTATATTTATCATTAATATGTTCATAGCAAAAGAAAAACCAT < 1:1965375‑M1/91‑1 (MQ=255) tGATTTCTAAAAAAGAATCAAAAGAAACAACACATAAGGACGATGAGTATATTTATCATTAATATGTTCATAGCAAAAGAAAAACCATTAA < 1:2593108‑M1/91‑1 (MQ=255) 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aaaaGAAACAACACATAAGGACGATGAGTATATTTATCATTAATATGTTCATAGCAAAAGAAAAACCATTAAAATGTTAAGTTGTTAatta < 1:3880548/91‑1 (MQ=255) aaaGAAACAACACATAAGGACGATGAGTATATTTATCATTAATATGTTCATAGCAAAAGAAAAACCATTAAAATGTTAAGTTGTTAattat < 1:3574443/91‑1 (MQ=255) aaaGAAACAACACATAAGGACGATGAGTATATTTATCATTAATATGTTCATAGCAAAAGAAAAACCATTAAAATGTTAAGTTGTTAattat > 1:3310930/1‑91 (MQ=255) aaGAAACAACACATAAGGACGATGAGTATATTTATCATTAATATGTTCATAGCAAAAGAAAAACCATTAAAATGTTAAGTTGTTAattatt < 1:461220/91‑1 (MQ=255) aaGAAACAACACATAAGGACGATGAGTATATTTATCATTAATATGTTCATAGCAAAAGAAAAACCATTAAAATGTTAAGTTGTTAattatt < 1:160158/91‑1 (MQ=255) acaacaCATAAGGACGATGAGTATATTTATCATTAATATGTTCATAGCAAAAGAAAAACCATTAAAATGTTAAGTTGTTAATTATTAGATa > 1:2305267/1‑91 (MQ=255) caacaCATAAGGACGATGAGTATATTTATCATTAATATGTTCATAGCAAAAGAAAAACCATTAAAATGTTAAGTTGTTAATTATTAGATAc > 1:2262191/1‑91 (MQ=255) acacATAAGGACGATGAGTATATTTATCATTAATATGTTCATAGCAAAAGAAAAACCATTAAAATGTTAAGTTGTTAATTATTAGATAcaa > 1:1089771/1‑91 (MQ=255) acacATAAGGACGATGAGTATATTTATCATTAATATGTTCATAGCAAAAGAAAAACCATTAAAATGTTAAGTTGTTAATTATTAGATAcaa < 1:53253/91‑1 (MQ=255) cacaTAAGGACGATGAGTATATTTATCATTAATATGTTCATAGCAAAAGAAAAACCATTAAAATGTTAAGTTGTTAATTATTAGATAcaac > 1:3421121/1‑91 (MQ=255) acaTAAGGACGATGAGTATATTTATCATTAATATGTTCATAGCAAAAGAAAAACCATTAAAATGTTAAGTTGTTAATTATTAGATAcaacc < 1:3959377/91‑1 (MQ=255) acaTAAGGACGATGAGTATATTTATCATTAATATGTTCATAGCAAAAGAAAAACCATTAAAATGTTAAGTTGTTAATTATTAGATAcaacc < 1:3959636/91‑1 (MQ=255) cATAAGGACGATGAGTATATTTATCATTAATATGTTCATAGCAAAAGAAAAACCATTAAAATGTTAAGTTGTTAATTATTAGATACAACCa > 1:2428126‑M2/1‑90 (MQ=255) cATAAGGACGATGAGTATATTTATCATTAATATGTTCATAGCAAAAGAAAAACCATTAAAATGTTAAGTTGTTAATTATTAGATACAACCa > 1:1642079‑M2/1‑90 (MQ=255) tAAGGACGATGAGTATATTTATCATTAATATGTTCATAGCAAAAGAAAAACCATTAAAATGTTggttgtatctaataattaacaacttaac < 1:3919739‑M1/91‑29 (MQ=255) aaGGACGATGAGTATATTTATCATTAATATGTTCATAGCAAAAGAAAAACCATTAAAATGTTAAGTTGTTAATTATTAGATACAACCaaca > 1:1898407‑M2/1‑87 (MQ=255) tatttaatcgttcaaacattccaagaactacaaagttaaaaatAAAACCATTAAAATGTTAAGTTGTTAATTATTAGATACAGCCAACAtt > 1:1626135‑M1/44‑91 (MQ=255) ggACGATGAGTATATTTATCATTAATATGTTCATAGCAAAAGAAAAACCATTAAAATGTTAAGTTGTTAATTATTAGATACAACCaacatt < 1:3163938‑M2/91‑7 (MQ=255) ggACGATGAGTATATTTATCATTAATATGTTCATAGCAAAAGAAAAACCATTAAAATGTTAAGTTGTTAATTATTAGATACAACCaacatt > 1:4030529‑M2/1‑85 (MQ=255) atttaatcgttcaaacattccaagaactacaaagttaaaaatAAAACCATTAAAATGTTAAGTTGTTAATTATTAGATACAACCAACAttt > 1:941130‑M1/43‑91 (MQ=255) atttaatcgttcaaacattccaagaactacaaagttaaaaatAAAACCATTAAAATGTTAAGTTGTTAATTATTAGATACAACCAACAttt > 1:940982‑M1/43‑91 (MQ=255) tttaatcgttcaaacattccaagaactacaaagttaaaaatAAAACCATTAAAATGTTAAGTTGTTAATTATTAGATACAACCAACAtttt > 1:293900‑M1/42‑91 (MQ=255) aCGATGAGTATATTTATCATTAATATGTTCATAGCAAAAGAAAAACCATTAAAATGTTAAGTTGTTAATTATTAGATACAACCaacatttt > 1:3301466‑M2/1‑83 (MQ=255) cGATGAGTATATTTATCATTAATATGTTCATAGCAAAAGAAAAACCATTAAAATGTTAAGTTGTTAATTATTAGATACAACCaacatttta < 1:2301030‑M2/91‑10 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |