| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 1114106 | 58 (0.590) | 5 (0.060) | 5/126 | NT | 9.6% | intergenic (+35/+47) | USA300HOU_RS05510/mntH_1 | hypothetical protein/Divalent metal cation transporter MntH |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 1114131 | 49 (0.630) | intergenic (+60/+22) | USA300HOU_RS05510/mntH_1 | hypothetical protein/Divalent metal cation transporter MntH | |||||
ATGATTATGTTGATTTCTAAAAAAGAATCAAAAGAAACAACACATAAGGACGATGAGTATATTTATCATTAATATGTTCATAGCAAAAGAAAAACCATTAAAATGTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/1114000‑1114106‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑aaaaccattaaaatgttGGTTGTATCTAATAATTAACAACTTAACATTTTAATGGTTTTTCTTTTGCTATGAACATATTAATGATAAATATACTCATCGTCCTTATG < USA300TCH1516_ALE/1114131‑1114042 ATGATTATGTTGATTTCTAAAAAAGAATCAAAAGAAACAACACATAAGGACGATGAGTATATTTATCATTAATATGTTCATAGCAAAAGAA > 1:199084/1‑91ATGATTATGTTGATTTCTAAAAAAGAATCAAAAGAAACAACACATAAGGACGATGAGTATATTTATCATTAATATGTTCATAGCAAAAGAA > 1:2884834/1‑91ATGATTATGTTGATTTCTAAAAAAGAATCAAAAGAAACAACACATAAGGACGACGAGTATATTTATCATTAATATGTTCATAGCAAAAGAA > 1:3002114/1‑91 TGATTATGTTGATTTCTAAAAAAGAATCAAAAGAAACAACACATAAGGACGATGAGTATATTTATCATTAATATGTTCATAGCAAAAGAAA > 1:982555/1‑91 GATTATGTTGATTTCTAAAAAAGAATCAAAAGAAACAACACATAAGGACGATGAGTATATTTATCATTAATATGTTCATAGCAAAAGAAAA > 1:207407/1‑91 ATTATGTTGATTTCTAAAAAAGAATCAAAAGAAACAACACATAAGGACGATGAGTATATTTATCATTAATATGTTCATAGCAAAAGAAAAA < 1:2167914/91‑1 ATTATGTTGATTTCTAAAAAAGAATCAAAAGAAACAACACATAAGGACGATGAGTATAATTATCATTAATATGTTCATAGCAAAAGAAAAA > 1:3445079/1‑91 TTATGTTGATTTCTAAAAAAGAATCAAAAGAAACAACACATAAGGACGATGAGTATATTTATCATTAATATGTTCATAGCAAAAGAAAAAC > 1:923246/1‑91 TTATGTTGATTTCTAAAAAAGAATCAAAAGAAACAACACATAAGGACGATGAGTATATTTATCATTAATATGTTCATAGCAAAAGAAAAAC < 1:777847/91‑1 TTATGTTGATTTCTAAAAAAGAATCAAAAGAAACAACACATAAGGACGATGAGTATATTTATCATTAATATGTTCATAGCAAAAGAAAAAC < 1:368481/91‑1 TATGTTGATTTCTAAAAAAGAATCAAAAGAAACAACACATAAGGACGATGAGTATATTTATCATTAATATGTTCATAGCAAAAGAAAAACC > 1:1296479/1‑91 TGTTGATTTCTAAAAAAGAATCAAAAGAAACAACACATAAGGACGATGAGTATATTTATCATTAATATGTTCATAGCAAAAGAAAAACCAT < 1:1965375/91‑1 TGTTGATTTCTAAAAAAGAATCAAAAGAAACAACACATAAGGACGATGAGTATATTTATCATTAATATGTTCATAGCAAAAGAAAAACCAT > 1:3736156/1‑91 GTTGATTTCTAAAAAAGAATCAAAAGAAACAACACATAAGGACGATGAGTATATTTATCATTAATATGTTCATAGCAAAAGAAAAACCATT > 1:1325425/1‑91 TGATTTCTAAAAAAGAATCAAAAGAAACAACACATAAGGACGATGAGTATATTTATCATTAATATGTTCATAGCAAAAGAAAAACCATTAA < 1:2592831/91‑1 TGATTTCTAAAAAAGAATCAAAAGAAACAACACATAAGGACGATGAGTATATTTATCATTAATATGTTCATAGCAAAAGAAAAACCATTAA < 1:2593108/91‑1 GATTTCTAAAAAAGAATCAAAAGAAACAACACATAAGGACGATGAGTATATTTATCATTAATATGTTCATAGCAAAAGAAAAACCATTAAA > 1:3574772/1‑91 GATTTCTAAAAAAGAATCAAAAGAAACAACACATAAGGACGATGAGTATATTTATCATTAATATGTTCATAGCAAAAGAAAAACCATTAAA > 1:2094629/1‑91 ATTTCTAAAAAAGAATCAAAAGAAACAACACATAAGGACGATGAGTATATTTATCATTAATATGTTCATAGCAAAAGAAAAACCATTAAAA > 1:2575868/1‑91 TTCTAAAAAAGAATCAAAAGAAACAACACATAAGGACGATGAGTATATTTATCATTAATATGTTCATAGCAAAAGAAAAACCATTAAAATG < 1:3527563/91‑1 CTAAAAAAGAATCAAAAGAAACAACACATAAGGACGATGAGTATATTTATCATTAATATGTTCATAGCAAAAGAAAAACCATTAAAATGTT < 1:514946/91‑1 CTAAAAAAGAATCAAAAGAAACAACACATAAGGACGATGAGTATATTTATCATTAATATGTTCATAGCAAAAGAAAAACCATTAAAATGTT < 1:514727/91‑1 AAAAGAAACAACACATAAGGACGATGAGTATATTTATCATTAATATGTTCATAGCAAAAGAAAAACCATTAAAATGTTGGTTGTATCTAAT < 1:2271529/91‑1 TAAGGACGATGAGTATATTTATCATTAATATGTTCATAGCAAAAGAAAAACCATTAAAATGTTGGTTGTATCTAATAATTAACAACTTAAC < 1:3919739/91‑1 GATGAGTATATTTATCATTAATATGTTCATAGCAAAAGAAAAACCATTAAAATGTTGGTTGTATCTAATAATTAACAACTTAACATTTTAA < 1:2049283/91‑1 ATGAGTATATTTATCATTAATATGTTCATAGCAAAAGAAAAACCATTAAAATGTTGGTTGTATCTAATAATTAACAACTTAACATTTTAAT < 1:529898/91‑1 TGAGTATATTTATCATTAATATGTTCATAGCAAAAGAAAAACCATTAAAATGTTGGTTGTATCTAATAATTAACAACTTAACATTTTAATG < 1:3252159/91‑1 AAACCATTAAAATGTTGGTTGTATCTAATAATTAACAACTTAACATTTTAATGGTTTTTCTTTTGCTATGAACATATTAATGATAAATATA > 1:4115924/1‑91 AAACCATTAAAATGTTGGTTGTATCTAATAATTAACAACTTAACATTTTAATGGTTTTTCTTTTGCTATGAACATATTAATGATAAATATA > 1:2209045/1‑91 ACCATTAAAATGTTGGTTGTATCTAATAATTAACAACTTAACATTTTAATGGTTTTTCTTTTGCTATGAACATATTAATGATAAATATACT > 1:3586300/1‑91 CATTAAAATGTTGGTTGTATCTAATAATTAACAACTTAACATTTTAATGGTTTTTCTTTTGCTATGAACATATTAATGATAAATATACTCA > 1:3528215/1‑91 ATTAAAATGTTGGTTGTATCTAATAATTAACAACTTAACATTTTAATGGTTTTTCTTTTGCTATGAACATATTAATGATAAATATACTCAT < 1:2729020/91‑1 TTAAAATGTTGGTTGTATCTAATAATTAACAACTTAACATTTTAATGGTTTTTCTTTTGCTATGAACATATTAATGATAAATATACTCATC > 1:3662098/1‑91 TAAAATGTTGGTTGTATCTAATAATTAACAACTTAACATTTTAATGGTTTTTCTTTTGCTATGAACATATTAATGATAAATATACTCATCG < 1:2301030/91‑1 AAAATGTTGGTTGTATCTAATAATTAACAACTTAACATTTTAATGGTTTTTCTTTTGCTATGAACATATTAATGATAAATATACTCATCGT > 1:3301466/1‑91 AATGTTGGTTGTATCTAATAATTAACAACTTAACATTTTAATGGTTTTTCTTTTGCTATGAACATATTAATGATAAATATACTCATCGTCC > 1:4030529/1‑91 AATGTTGGTTGTATCTAATAATTAACAACTTAACATTTTAATGGTTTTTCTTTTGCTATGAACATATTAATGATAAATATACTCATCGTCC < 1:3163938/91‑1 TGTTGGTTGTATCTAATAATTAACAACTTAACATTTTAATGGTTTTTCTTTTGCTATGAACATATTAATGATAAATATACTCATCGTCCTT > 1:1898407/1‑91 TGGTTGTATCTAATAATTAACAACTTAACATTTTAATGGTTTTTCTTTTGCTATGAACATATTAATGATAAATATACTCATCGTCCTTATG > 1:2428126/1‑91 TGGTTGTATCTAATAATTAACAACTTAACATTTTAATGGTTTTTCTTTTGCTATGAACATATTAATGATAAATATACTCATCGTCCTTATG > 1:1642079/1‑91 ATGATTATGTTGATTTCTAAAAAAGAATCAAAAGAAACAACACATAAGGACGATGAGTATATTTATCATTAATATGTTCATAGCAAAAGAAAAACCATTAAAATGTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/1114000‑1114106‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑aaaaccattaaaatgttGGTTGTATCTAATAATTAACAACTTAACATTTTAATGGTTTTTCTTTTGCTATGAACATATTAATGATAAATATACTCATCGTCCTTATG < USA300TCH1516_ALE/1114131‑1114042 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |