New junction evidence
  seq id position reads (cov) reads (cov) score skew freq annotation gene product
* ? USA300TCH1516_ALE = 111410658 (0.590)5 (0.060) 5/126 NT 9.6% intergenic (+35/+47) USA300HOU_RS05510/mntH_1 hypothetical protein/Divalent metal cation transporter MntH
?USA300TCH1516_ALE = 1114131 49 (0.630)intergenic (+60/+22) USA300HOU_RS05510/mntH_1 hypothetical protein/Divalent metal cation transporter MntH

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CTAAAAAAGAATCAAAAGAAACAACACATAAGGACGATGAGTATATTTATCATTAATATGTTCATAGCAAAAGAAAAACCATTAAAATGTTAAGTTGTTAATTATTAGATACAACCAACATTTTAATGGTTTTATTTTTAACTTTGTAGTTCTTGGAATGTTTGAACGATTAAATAGACAT  >  USA300TCH1516_ALE/1114016‑1114196
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                                                                                    AAATGTTAAGTTGTTAATTATTAGATACAACCAACATTTTAATGGTTTTATTTTTAACTTTGTAGTTCTTGGAATGTTTGAACGATTAAAt        >  1:3967035‑M1/1‑91 (MQ=255)
                                                                                     aaTGTTggttgtatctaataattaacaacttaacattttaatggtttttcttttgctatgaacatattaatgataaatatactcatcgtcc       <  1:3163938‑M1/91‑86 (MQ=255)
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                                                                                       tGTTggttgtatctaataattaacaacttaacattttaatggtttttcttttgctatgaacatattaatgataaatatactcatcgtcctt     >  1:1898407‑M1/1‑4 (MQ=255)
                                                                                        gTTAAGTTGTTAATTATTAGATACAACCaacattttaatggtttttcttttgctatgaacatattaatgataaatatactcatcgtcctta    <  1:3919739‑M2/91‑64 (MQ=255)
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                                                                                          TAAGTTGTTAATTATTAGATACAACCAACATTTTAATGGTTTTATTTTTAACTTTGTAGTTCTTGGAATGTTTGAACGATTAAATAGACAt  <  1:1262412‑M1/91‑1 (MQ=255)
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                                                                                          TAAGTTGTTAATTATTAGATACAACCAACATTTTAATGGTTTTATTTTTAACTTTGTAGTTCTTGGAATGTTTGAACGATTAAATAGACAt  <  1:1117439‑M1/91‑1 (MQ=255)
                                                                                          |                                                                                          
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Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap:     Deleted base: 
Reads not counted as support for junction
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint.
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication.