| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 1115642 | 105 (1.070) | 23 (0.260) | 8/146 | NT | 20.1% | intergenic (‑137/+47) | mntH_1/USA300TCH1516_01038 | Divalent metal cation transporter MntH/hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 1115662 | 87 (0.970) | intergenic (‑157/+27) | mntH_1/USA300TCH1516_01038 | Divalent metal cation transporter MntH/hypothetical protein | |||||
AATAAAATGTTTAGGTCAACCTAAATTTATTTTAATTTTTTTAAAAGTATGAATTATTATGTTGAACGTTCGATTTAATATTAAGAAAAAAGAGCAC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/1115546‑1115642‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑agagcacTTAATCACATCCATGATTTCGTGCTCTTTTTTCTTAATATTAAATCGAACGTTCAACATAATAATTCATACTTTTAAAAAAATTAAAATA < USA300TCH1516_ALE/1115662‑1115573 AATAAAATGTTTAGGTCAACCTAAATTTATTTTAATTTTTTTAAAAGTATGAATTATTATGTTGAACGTTCGATTTAATATTAAGAAAAAA > 1:1134168/1‑91 ATAAAATGTTTAGGTCAACCTAAATTTATTTTAATTTTTTTAAAAGTATGAATTATTATGTTGAACGTTCGATTTAATATTAAGAAAAAAG > 1:2335738/1‑91 ATAAAATGTTTAGGTCAACCTAAATTTATTTTAATTTTTTTAAAAGTATGAATTATTATGTTGAACGTTCGATTTAATATTAAGAAAAAAG < 1:438965/91‑1 ATAAAATGTTTAGGTCAACCTAAATTTATTTTAATTTTTTTAAAAGTATGAATTATTATGTTGAACGTTCGATTTAATATTAAGAAAAAAG > 1:1801856/1‑91 TAAAATGTTTAGGTCAACCTAAATTTATTTTAATTTTTTTAAAAGTATGAATTATTATGTTGAACGTTCGATTTAATATTAAGAAAAAAGA > 1:2434957/1‑91 AAATGTTTAGGTCAACCTAAATTTATTTTAATTTTTTTAAAAGTATGAATTATTATGTTGAACGTTCGATTTAATATTAAGAAAAAAGAGC < 1:162388/91‑1 AAATGTTTAGGTCAACCTAAATTTATTTTAATTTTTTTAAAAGTATGAATTATTATGTTGAACGTTCGATTTAATATTAAGAAAAAAGAGC < 1:2662300/91‑1 AAATGTTTAGGTCAACCTAAATTTATTTTAATTTTTTTAAAAGTATGAATTATTATGTTGAACGTTCGATTTAATATTAAGAAAAAAGAGC < 1:2785193/91‑1 AATGTTTAGGTCAACCTAAATTTATTTTAATTTTTTTAAAAGTATGAATTATTATGTTGAACGTTCGATTTAATATTAAGAAAAAAGAGCA < 1:1748072/91‑1 AATGTTTAGGTCAACCTAAATTTATTTTAATTTTTTTAAAAGTATGAATTATTATGTTGAACGTTCGATTTAATATTAAGAAAAAAGAGCA < 1:1748232/91‑1 AATGTTTAGGTCAACCTAAATTTATTTTAATTTTTTTAAAAGTATGAATTATTATGTTGAACGTTCGATTTAATATTAAGAAAAAAGAGCA > 1:267943/1‑91 ATGTTTAGGTCAACCTAAATTTATTTTAATTTTTTTAAAAGTATGAATTATTATGTTGAACGTTCGATTTAATATTAAGAAAAAAGATCAC > 1:3215375/1‑91 ATGTTTAGGTCAACCTAAATTTATTTTAATTTTTTTAAAAGTATGAATTATTATGTTGAACGTTCGATTTAATATTAAGAAAAAAGAGCAC > 1:1448171/1‑91 ATGTTTAGGTCAACCTAAATTTATTTTAATTTTTTTAAAAGTATGAATTATTATGTTGAACGTTCGATTTAATATTAAGAAAAAAGAGCAC < 1:3476663/91‑1 ATGTTTAGGTCAACCTAAATTTATTTTAATTTTTTTAAAAGTATGAATTATTATGTTGAACGTTCGATTTAATATTAAGAAAAAAGAGCAC < 1:45170/91‑1 ATGTTTAGGTCAACCTAAATTTATTTTAATTTTTTTAAAAGTATGAATTATTATGTTGAACGTTCGATTTAATATTAAGAAAAAAGAGCAC < 1:3606391/91‑1 AACCTAAATTTATTTTAATTTTTTTAAAAGTATGAATTATTATGTTGAACGTTCGATTTAATATTAAGAAAAAAGAGCACTTAATCACATC < 1:1524917/91‑1 CCTAAATTTATTTTAATTTTTTTAAAAGTATGAATTATTATGTTGAACGTTCGATTTAATATTAAGAAAAAAGAGCACTTAATCACATCCA < 1:1952082/91‑1 CTAAATTTATTTTAATTTTTTTAAAAGTATGAATTATTATGTTGAACGTTCGATTTAATATTAAGAAAAAAGAGCACTTAATCACATCCAT < 1:594503/91‑1 CTAAATTTATTTTAATTTTTTTAAAAGTATGAATTATTATGTTGAACGTTCGATTTAATATTAAGAAAAAAGAGCACTTAATCACATCCAT < 1:703231/91‑1 CTAAATTTATTTTAATTTTTTTAAAAGTATGAATTATTATGTTGAACGTTCGATTTAATATTAAGAAAAAAGAGCACTTAATCACATCCAT < 1:703246/91‑1 TTATTTTAATTTTTTTAAAAGTATGAATTATTATGTTGAACGTTCGATTTAATATTAAGAAAAAAGAGCACTTAATCACATCCATGATTTC < 1:1276176/91‑1 TTATTTTAATTTTTTTAAAAGTATGAATTATTATGTTGAACGTTCGATTTAATATTAAGAAAAAAGAGCACTTAATCACATCCATGATTTC < 1:1275578/91‑1 TTATTTTAATTTTTTTAAAAGTATGAATTATTATGTTGAACGTTCGATTTAATATTAAGAAAAAAGAGCACTTAATCACATCCATGATTTC < 1:1275524/91‑1 ATTTTAATTTTTTTAAAAGTATGAATTATTATGTTGAACGTTCGATTTAATATTAAGAAAAAAGAGCACTTAATCACATCCATGATTTCGT < 1:2257025/91‑1 ATTTTAATTTTTTTAAAAGTATGAATTATTATGTTGAACGTTCGATTTAATATTAAGAAAAAAGAGCACTTAATCACATCCATGATTTCGT < 1:176888/91‑1 ATTTTAATTTTTTTAAAAGTATGAATTATTATGTTGAACGTTCGATTTAATATTAAGAAAAAAGAGCACTTAATCACATCCATGATTTCGT < 1:1517145/91‑1 ATTTTAATTTTTTTAAAAGTATGAATTATTATGTTGAACGTTCGATTTAATATTAAGAAAAAAGAGCACTTAATCACATCCATGATTTCGT < 1:4047009/91‑1 TTTTAATTTTTTTAAAAGTATGAATTATTATGTTGAACGTTCGATTTAATATTAAGAAAAAAGAGCACTTAATCACATCCATGATTTCGTG < 1:1891902/91‑1 TTTTAATTTTTTTAAAAGTATGAATTATTATGTTGAACGTTCGATTTAATATTAAGAAAAAAGAGCACTTAATCACATCCATGATTTCGTG < 1:1889947/91‑1 TTTTAATTTTTTTAAAAGTATGAATTATTATGTTGAACGTTCGATTTAATATTAAGAAAAAAGAGCACTTAATCACATCCATGATTTCGTG < 1:1077247/91‑1 TTTCAATTTTTTTAAAAGTATGAATTATTATGTTGAACGTTCGATTTAATATTAAGAAAAAAGAGCACTTAATCACATCCATGATTTCGTG < 1:3265283/91‑1 TTTAATTTTTTTAAAAGTATGAATTATTATGTTGAACGTTCGATTTAATATTAAGAAAAAAGAGCACTTAATCACATCCATGATTTCGTGC < 1:498833/91‑1 TTTAATTTTTTTAAAAGTATGAATTATTATGTTGAACGTTCGATTTAATATTAAGAAAAAAGAGCACTTAATCACATCCATGATTTCGTGC < 1:499120/91‑1 TTTAATTTTTTTAAAAGTATGAATTATTATGTTGAACGTTCGATTTAATATTAAGAAAAAAGAGCACTTAATCACATCCATGATTTCGTGC < 1:1033618/91‑1 TTTAATTTTTTTAAAAGTATGAATTATTATGTTGAACGTTCGATTTAATATTAAGAAAAAAGAGCACTTAATCACATCCATGATTTCGTGC < 1:1010740/91‑1 TTTAATTTTTTTAAAAGTATGAATTATTATGTTGAACGTTCGATTTAATATTAAGAAAAAAGAGCACTTAATCACATCCATGATTTCGTGC < 1:210761/91‑1 TTTAATTGTTTTAAAAGTATGAATTATTATGTTGAACGTTCGATTTAATATTAAGAAAAAAGAGCACTTAATCACATCCATGATTTCGTGC < 1:2072197/91‑1 TTTTAAAAGTATGAATTATTATGTTGAACGTTCGATTTAATATTAAGAAAAAAGAGCACTTAATCACATCCATGATTTCGTGCTCTTTTTT < 1:4005681/91‑1 AGAGCACTTAATCACATCCATGATTTCGTGCTCTTTTTTCTTAATATTAAATCGAACGTTCAACATAATAATTCATACTTTTAAAAAAATT > 1:52601/1‑91 GAGCACTTAATCACATCCATGATTTCGTGCTCTTTTTTCTTAATATTAAATCGAACGTTCAACATAATAATTCATACTTTTAAAAAAATTA > 1:2709383/1‑91 AGCACTTAATCACATCCATGATTTCGTGCTCTTTTTTCTTAATATTAAATCGAACGTTCAACATACTAATTCATACTTTTAAAAAAATTAA > 1:3847985/1‑91 GCACTTAATCACATCCATGATTTCGTGCTCTTTTTTCTTAATATTAAATCGAACGTTCAACATAATAATTCATACTTTTAAAAAAATTAAA > 1:2537335/1‑91 GCACTTAATCACATCCATGATTTCGTGCTCTTTTTTCTTAATATTAAATCGAACGTTCAACATAATAATTCATACTTTTAAAAAAATTAAA > 1:3978111/1‑91 CACTTAATCACATCCATGATTTCGTGCTCTTTTTTCTTAATATTAAATCGAACGTTCAACATAATAATTCATACTTTTAAAAAAATTAAAA < 1:95015/91‑1 ACTTAATCACATCCATGATTTCGTGCTCTTTTTTCTTAATATTAAATCGAACGTTCAACATAATAATTCATACTTTTCAAAAAATTAAAAT > 1:4150410/1‑91 CTTAATCACATCCATGATTTCGTGCTCTTTTTTCTTAATATTAAATCGAACGTTCAACATAATAATTCATACTTTTAAAAAAATTAAAATA > 1:3572965/1‑91 AATAAAATGTTTAGGTCAACCTAAATTTATTTTAATTTTTTTAAAAGTATGAATTATTATGTTGAACGTTCGATTTAATATTAAGAAAAAAGAGCAC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/1115546‑1115642‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑agagcacTTAATCACATCCATGATTTCGTGCTCTTTTTTCTTAATATTAAATCGAACGTTCAACATAATAATTCATACTTTTAAAAAAATTAAAATA < USA300TCH1516_ALE/1115662‑1115573 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |