| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 1115642 | 105 (1.070) | 23 (0.260) | 8/146 | NT | 20.1% | intergenic (‑137/+47) | mntH_1/USA300TCH1516_01038 | Divalent metal cation transporter MntH/hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 1115662 | 87 (0.970) | intergenic (‑157/+27) | mntH_1/USA300TCH1516_01038 | Divalent metal cation transporter MntH/hypothetical protein | |||||
Only 100 of 182 total aligned reads displayed.
ATGTTTAGGTCAACCTAAATTTATTTTAATTTTTTTAAAAGTATGAATTATTATGTTGAACGTTCGATTTAATATTAAGAAAAAAGAGCACGAAATCATGGATGTGATTAAGTGCTCTATTATTTAAACAAAGTTATTTATGCAGAATAAAATGGTAAGAACTGATCGAAGGTTTCTTCT > USA300TCH1516_ALE/1115552‑1115731 | aTGTTTAGGTCAACCTAAATTTATTTTAATTTTTTTAAAAGTATGAATTATTATGTTGAACGTTCGATTTAATATTAAGAAAAAAGATCAC > 1:3215375‑M1/1‑91 (MQ=255)aTGTTTAGGTCAACCTAAATTTATTTTAATTTTTTTAAAAGTATGAATTATTATGTTGAACGTTCGATTTAATATTAAGAAAAAAGAGCAC < 1:3476663‑M1/91‑1 (MQ=255)aTGTTTAGGTCAACCTAAATTTATTTTAATTTTTTTAAAAGTATGAATTATTATGTTGAACGTTCGATTTAATATTAAGAAAAAAGAGCAC > 1:1448171‑M1/1‑91 (MQ=255) tGTTTAGGTCAACCTAAATTTATTTTAATTTTTTTAAAAGTATGAATTATTATGTTGAACGTTCGATTTAATATTAAGAAAAAAGAGCACg > 1:1869348/1‑91 (MQ=255) tGTTTAGGTCAACCTAAATTTATTTTAATTTTTTTAAAAGTATGAATTATTATGTTGAACGTTCGATTTAATATTAAGAAAAAAGAGCACg > 1:2268737/1‑91 (MQ=255) tGTTTAGGTCAACCTAAATTTATTTTAATTTTTTTAAAAGTATGAATTATTATGTTGAACGTTCGATTTAATATTAAGAAAAAAGAGCACg > 1:1128505/1‑91 (MQ=255) ggTCAACCTAAATTTATTTTAATTTTTTTAAAAGTATGAATTATTATGTTGAACGTTCGATTTAATATTAAGAAAAAAGAGCACGAAATCa > 1:2142622/1‑91 (MQ=255) ggTCAACCTAAATTTATTTTAATTTTTTTAAAAGTATGAATTATTATGTTGAACGTTCGATTTAATATTAAGAAAAAAGAGCACGAAATCa > 1:4070543/1‑91 (MQ=255) ggTCAACCTAAATTTATTTTAATTTTTTTAAAAGTATGAATTATTATGTTGAACGTTCGATTTAATATTAAGAAAAAAGAGCACGAAATCa > 1:2803055/1‑91 (MQ=255) tCAACCTAAATTTATTTTAATTTTTTTAAAAGTATGAATTATTATGTTGAACGTTCGATTTAATATTAAGAAAAAAGAGCACGAAATCATg > 1:1738887/1‑91 (MQ=255) aaCCTAAATTTATTTTAATTTTTTTAAAAGTATGAATTATTATGTTGAACGTTCGATTTAATATTAAGAAAAAAGAGCACttaatcacatc < 1:1524917‑M1/91‑12 (MQ=255) aaCCTAAATTTATTTTAATTTTTTTAAAAGTATGAATTATTATGTTGAACGTTCGATTTAATATTAAGAAAAAAGAGCACGAAATCATGGa < 1:3325525/91‑1 (MQ=255) aCCTAAATTTATTTTAATTTTTTTAAAAGTATGAATTATTATGTTGAACGTTCGATTTAATATTAAGAAAAAAGAGCACGAAATCATGGAt < 1:2061060/91‑1 (MQ=255) aCCTAAATTTATTTTAATTTTTTTAAAAGTATGAATTATTATGTTGAACGTTCGATTTAATATTAAGAAAAAAGAGCACGAAATCATGGAt > 1:423999/1‑91 (MQ=255) 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tttatttTAATTTTTTTAAAAGTATGAATTATTATGTTGAACGTTCGATTTAATATTAAGAAAAAAGAGCACGAAATCATGGATGTGATTa < 1:562942/91‑1 (MQ=255) ttatttTAATTTTTTTAAAAGTATGAATTATTATGTTGAACGTTCGATTTAATATTAAGAAAAAAGAGCACttaatcacatccatgatttc < 1:1275578‑M1/91‑21 (MQ=255) tATTTTAATTTTTTTAAAAGTATGAATTATTATGTTGAACGTTCGATTTAATATTAAGAAAAAAGAGCACGAAATCATGGATGTGATTAAg > 1:3572965‑M2/1‑90 (MQ=255) atttTAATTTTTTTAAAAGTATGAATTATTATGTTGAACGTTCGATTTAATATTAAGAAAAAAGAGCACttaatcacatccatgatttcgt < 1:2257025‑M1/91‑23 (MQ=255) atttTAATTTTTTTAAAAGTATGAATTATTATGTTGAACGTTCGATTTAATATTAAGAAAAAAGAGCACttaatcacatccatgatttcgt < 1:176888‑M1/91‑23 (MQ=255) atttTAATTTTTTTAAAAGTATGAATTATTATGTTGAACGTTCGATTTAATATTAAGAAAAAAGAGCACttaatcacatccatgatttcgt < 1:1517145‑M1/91‑23 (MQ=255) atttTAATTTTTTTAAAAGTATGAATTATTATGTTGAACGTTCGATTTAATATTAAGAAAAAAGAGCACttaatcacatccatgatttcgt < 1:4047009‑M1/91‑23 (MQ=255) ttttAATTTTTTTAAAAGTATGAATTATTATGTTGAACGTTCGATTTAATATTAAGAAAAAAGAGCACttaatcacatccatgatttcgtg < 1:1891902‑M1/91‑24 (MQ=255) ttttAATTTTTTTAAAAGTATGAATTATTATGTTGAACGTTCGATTTAATATTAAGAAAAAAGAGCACGAAATCATGGATGTGATTAAgtg < 1:95015‑M2/91‑4 (MQ=255) tttcAATTTTTTTAAAAGTATGAATTATTATGTTGAACGTTCGATTTAATATTAAGAAAAAAGAGCACttaatcacatccatgatttcgtg < 1:3265283‑M1/91‑24 (MQ=255) tttAATTTTTTTAAAAGTATGAATTATTATGTTGAACGTTCGATTTAATATTAAGAAAAAAGAGCACttaatcacatccatgatttcgtgc < 1:1010740‑M1/91‑25 (MQ=255) tttAATTTTTTTAAAAGTATGAATTATTATGTTGAACGTTCGATTTAATATTAAGAAAAAAGAGCACttaatcacatccatgatttcgtgc < 1:499120‑M1/91‑25 (MQ=255) tttAATTTTTTTAAAAGTATGAATTATTATGTTGAACGTTCGATTTAATATTAAGAAAAAAGAGCACGAAATCATGGATGTGATTAAgtgc > 1:3978111‑M2/1‑87 (MQ=255) tttAATTTTTTTAAAAGTATGAATTATTATGTTGAACGTTCGATTTAATATTAAGAAAAAAGAGCACGAAATCATGGATGTGATTAAgtgc > 1:2537335‑M2/1‑87 (MQ=255) tAATTTTTTTAAAAGTATGAATTATTATGTTGAACGTTCGATTTAATATTAAGAAAAAAGAGCACGAAATCATGGATGTGATTAAgtgctc > 1:2709383‑M2/1‑85 (MQ=255) attttgAAAAGTTTGAATTATTATGTTGAACGTTCGATTTCATATTAAGAAAAAAGAGCACGAAATCATGGATGTGATTAAGTGCTCtatt < 1:1470365/90‑1 (MQ=255) tttttAAAAGTATGAATAATTATGTTGAACGTTCGATTTAATATTAAGAAAAAAGAGCACGAAATCATGGATGTGATTAAGTGCTCtatta < 1:3550951/91‑1 (MQ=255) ttttAAAAGTATGAATTATTATGTTGAACGTTCGATTTAATATTAAGAAAAAAGAGCACttaatcacatccatgatttcgtgctctttttt < 1:4005681‑M1/91‑33 (MQ=255) ttttAAAAGTATGAATTATTATGTTGAACGTTCGATTTAATATTAAGAAAAAAGAGCACGAAATCATGGATGTGATTAAGTGCTCtattat < 1:1175535/91‑1 (MQ=255) ttttAAAAGTATGAATTATTATGTTGAACGTTCGATTTAATATTAAGAAAAAAGAGCACGAAATCATGGATGTGATTAAGTGCTCtattat < 1:255032/91‑1 (MQ=255) tttAAAAGTATGAATTATTATGTTGAACGTTCGATTTAATATTAAGAAAAAAGAGCACGAAATCATGGATGTGATTAAGTGCTCTattatt < 1:1966496/91‑1 (MQ=255) tAAAAGTATGAATTATTATGTTGAACGTTCGATTTAATATTAAGAAAAAAGAGCACGAAATCATGGATGTGATTAAGTGCTCTATTATTTa > 1:2756760/1‑91 (MQ=255) aaaaGTATGAATTATTATGTTGAACGTTCGATTTAATATTAAGAAAAAAGAGCACGAAATCATGGATGTGATTAAGTGCTCTATTATTTaa > 1:3893331/1‑91 (MQ=255) aaaGTATGAATTATTATGTTGAACGTTCGATTTAATATTAAGAAAAAAGAGCACGAAATCATGGATGTGATTAAGTGCTCTATTATTTaaa > 1:2023583/1‑91 (MQ=255) aaGTATGAATTATTATGTTGAACGTTCGATTTAATATTAAGAAAAAAGAGCACGAAATCATGGATGTGATTAAGTGCTCTATTATTTAAAc > 1:3407886/1‑91 (MQ=255) aGTATGAATTATTATGTTGAACGTTCGATTTAATATTAAGAAAAAAGAGCACGAAATCATGGATGTGATTAAGTGCTCTATTATTTAAACa < 1:3822402/91‑1 (MQ=255) aGTATGAATTATTATGTTGAACGTTCGATTTAATATTAAGAAAAAAGAGCACGAAATCATGGATGTGATTAAGTGCTCTATTATTTAAACa < 1:3808421/91‑1 (MQ=255) gTATGAATTATTATGTTGAACGTTCGATTTAATATTAAGAAAAAAGAGCACGAAATCATGGATGTGATTAAGTGCTCTATTATTTAAACaa < 1:1666332/91‑1 (MQ=255) aTGAATTATTATGTTGAACGTTCGATTTAATATTAAGAAAAAAGAGCACGAAATCATGGATGTGATTAAGTGCTCTATTATTTAAACAAAg > 1:3497975/1‑91 (MQ=255) aTGAATTATAATGTTGAACGTTCGATTTAATATTAAGAAAAAAGAGCACGAAATCATGGATGTGATTAAGTGCTCTATTATTTGAACAAAg > 1:2088064/1‑91 (MQ=255) gAATTATTATGTTGAACGTTCGATTTAATATTAAGAAAAAAGAGCACGAAATCATGGATGTGATTAAGTGCTCTATTATTTAAACAAAGtt < 1:386739/91‑1 (MQ=255) gAATTATTATGTTGAACGTTCGATTTAATATTAAGAAAAAAGAGCACGAAATCATGGATGTGATTAAGTGCTCTATTATTTAAACAAAGtt < 1:1501060/91‑1 (MQ=255) attatGTTGAACGTTCGATTTAATATTAAGAAAAAAGAGCACGAAATCATGGATGTGATTAAGTGCTCTATTATTTAAACAAAGttattta > 1:497276/1‑91 (MQ=255) attatGTTGAACGTTCGATTTAATATTAAGAAAAAAGAGCACGAAATCATGGATGTGATTAAGTGCTCTATTATTTAAACAAAGttattta > 1:3366931/1‑91 (MQ=255) ttatGTTGAACGTTCGATTTAATATTAAGAAAAAAGAGCACGAAATCATGGATGTGATTAAGTGCTCTATTATTTAAACAAAGttatttat < 1:4091145/91‑1 (MQ=255) ttatGTTGAACGTTCGATTTAATATTAAGAAAAAAGAGCACGAAATCATGGATGTGATTAAGTGCTCTATTATTTAAACAAAGttatttat > 1:2804833/1‑91 (MQ=255) tatGTTGAACGTTCGATTTAATATTAAGAAAAAAGAGCACGAAATCATGGATGTGATTAAGTGCTCTATTATTTAAACAAAGTTATTTATg > 1:278720/1‑91 (MQ=255) atGTTGAACGTTCGATTTAATATTAAGAAAAAAGAGCACGAAATCATGGATGTGATTAAGTGCTCTATTATTTAAACAAAGTTATTTATGc > 1:2653244/1‑91 (MQ=255) atGTTGAACGTTCGATTTAATATTAAGAAAAAAGAGCACGAAATCATGGATGTGATTAAGTGCTCTATTATTTAAACAAAGTTATTTATGc > 1:3582419/1‑91 (MQ=255) tGTTGAACGTTCGATTTAATATTAAGAAAAAAGAGCACGAAATCATGGATGTGATTAAGTGCTCTATTATTTAAACAAAGTTATTTATGCa < 1:805850/91‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |