| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 1115642 | 105 (1.070) | 23 (0.260) | 8/146 | NT | 20.1% | intergenic (‑137/+47) | mntH_1/USA300TCH1516_01038 | Divalent metal cation transporter MntH/hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 1115662 | 87 (0.970) | intergenic (‑157/+27) | mntH_1/USA300TCH1516_01038 | Divalent metal cation transporter MntH/hypothetical protein | |||||
Only 100 of 136 total aligned reads displayed.
TATTTTAATTTTTTTAAAAGTATGAATTATTATGTTGAACGTTCGATTTAATATTAAGAAAAAAGAGCACGAAATCATGGATGTGATTAAGTGCTCTATTATTTAAACAAAGTTATTTATGCAGAATAAAATGGTAAGAACTGATCGAAGGTTTCTTCTAAAAATGCAATAAATGCTTTG > USA300TCH1516_ALE/1115573‑1115752 | tATTTTAATTTTTTTAAAAGTATGAATTATTATGTTGAACGTTCGATTTAATATTAAGAAAAAAGAGCACGAAATCATGGATGTGATTAAg > 1:3572965‑M2/1‑90 (MQ=255) aTTTTAATTTTTTGAAAAGTATGAATTATTATGTTGAACGTTCGATTTAATATTAAGAAAAAAGAGCACGAAATCATGGATGTGATTAAgt > 1:4150410‑M2/1‑89 (MQ=255) ttttAATTTTTTTAAAAGTATGAATTATTATGTTGAACGTTCGATTTAATATTAAGAAAAAAGAGCACGAAATCATGGATGTGATTAAgtg < 1:95015‑M2/91‑4 (MQ=255) tttAATTTTTTTAAAAGTATGAATTATTATGTTGAACGTTCGATTTAATATTAAGAAAAAAGAGCACGAAATCATGGATGTGATTAAgtgc > 1:2537335‑M2/1‑87 (MQ=255) ttAATTTTTTTAAAAGTATGAATTAGTATGTTGAACGTTCGATTTAATATTAAGAAAAAAGAGCACGAAATCATGGATGTGATTAAgtgct > 1:3847985‑M2/1‑86 (MQ=255) aTTTTTTTAAAAGTATGAATTATTATGTTGAACGTTCGATTTAATATTAAGAAAAAAGAGCACGAAATCATGGATGTGATTAAGTGCTCta < 1:1643997/91‑1 (MQ=255) 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gTTCGATTTAATATTAAGAAAAAAGAGCACGAAATCATGGATGTGATTAAGTGCTCTATTATTTAAACAAAGTTATTTATGCAGAATaaaa < 1:504038/91‑1 (MQ=255) ttCGATTTAATATTAAGAAAAAAGAGCACGAAATCATGGATGTGATTAAGTGCTCTATTATTTAAACAAAGTTATTTATGCAGAATAAAAt < 1:2881308/91‑1 (MQ=255) tCGATTTAATATTAAGAAAAAAGAGCACGAAATCATGGATGTGATTAAGTGCTCTATTATTTAAACAAAGTTATTTATGCAGAATAAAATg > 1:1371501/1‑91 (MQ=255) gATTTAATATTAAGAAAAAAGAGCACGAAATCATGGATGTGATTAAGTGCTCTATTATTTAAACAAAGTTATTTATGCAGAATAAAATGGt > 1:1481392/1‑91 (MQ=255) aTTTAATATTAAGAAAAAAGAGCACGAAATCATGGATGTGATTAAGTGCTCTATTATTTAAACAAAGTTATTTATGCAGAATAAAATGGTa < 1:1965323/91‑1 (MQ=255) tttAATATTAAGAAAAAAGAGCACGAAATCATGGATGTGATTAAGTGCTCTATTATTTAAACAAAGTTATTTATGCAGAATAAAATGGTaa > 1:1808391/1‑91 (MQ=255) tttAATATTAAGAAAAAAGAGCACGAAATCATGGATGTGATTAAGTGCTCTATTATTTAAACAAAGTTATTTATGCAGAATAAAATGGTaa > 1:1808392/1‑91 (MQ=255) tttAATATTAAGAAAAAAGAGCACGAAATCATGGATGTGATTAAGTGCTCTATTATTTAAACAAAGTTATTTATGCAGAATAAAATGGTaa > 1:3905108/1‑91 (MQ=255) 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gagCACGAAATCATGGATGTGATTAAGTGCTCTATTATTTAAACAAAGTTATTTATGCAGAATAAAATGGTAAGAACTGATCGAAGGTttc < 1:1202998/91‑1 (MQ=255) gagCACGAAATCATGGATGTGATTAAGTGCTCTATTATTTAAACAAAGTTATTTATGCAGAATAAAATGGTAAGAACTGATCGAAGGTttc > 1:3475962/1‑91 (MQ=255) gagCACGAAATCATGGATGTGATTAAGTGCTCTATTATTTAAACAAAGTTATTTATGCAGAATAAAATGGTAAGAACTGATCGAAGGTttc > 1:1457733/1‑91 (MQ=255) agCACGAAATCATGGATGTGATTAAGTGCTCTATTATTTAAACAAAGTTATTTATGCAGAATAAAATGGTAAGAACTGATCGAAGGTttct > 1:3343547/1‑91 (MQ=255) gCACGAAATCATGGATGTGATTAAgtgctcttttttcttaatattaaatcgaacgttcaacataataattcatacttttaaaacaattaaa < 1:2072197‑M2/91‑68 (MQ=255) gCACGAAATCATGGATGTGATTAAgtgctcttttttcttaatattaaatcgaacgttcaacataataattcatacttttaaaaaaattaaa < 1:498833‑M2/91‑68 (MQ=255) gCACGAAATCATGGATGTGATTAAgtgctcttttttcttaatattaaatcgaacgttcaacataataattcatacttttaaaaaaattaaa < 1:1033618‑M2/91‑68 (MQ=255) gCACGAAATCATGGATGTGATTAAgtgctcttttttcttaatattaaatcgaacgttcaacataataattcatacttttaaaaaaattaaa < 1:1010740‑M2/91‑68 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |