| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 1117293 = | 90 (0.920) | 9 (0.110) | 6/130 | NT | 11.0% | intergenic (+6/+148) | suhB_1/USA300TCH1516_01040 | Inositol‑1‑monophosphatase/hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 1117341 = | 73 (0.910) | intergenic (+54/+100) | suhB_1/USA300TCH1516_01040 | Inositol‑1‑monophosphatase/hypothetical protein | |||||
TCATGATGAACATTTAACTGGTTTTATATTGGCGCGTGTTTTTATTATTTAAGGTATAAAAGCGTAATATGTTACCTAATTGTTAGGACTACATATTACGCTTTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/1117397‑1117293‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑acatattacgcttttATACCTTAAATAATAAAAACACGCGCCAATATAAAACCAGTTAAATGTTCATCATGAACATGTGTGGTCTTAAATCAACGCGTGTTATTG > USA300TCH1516_ALE/1117341‑1117430 TCATCATGAACATTTAACTGGTTTTATATTGGCGCGTGTTTTTATTATTTAAGGTATAAAAGCGTAATATGTTACCTAATTGTTAGGACTA > 1:376707/1‑91 catcATGAACATTTAACTGGTTTTATATTGGCGCGTGTTTTTATTATTTAAGGTATAAAAGCGTAATATGTTACCTAATTGTTAGGACTAC > 1:3606838/5‑91 CATGATGAACATTTAACTGGTTTTATATTGGCGCGTGTTTTTATTATTTAAGGTATAAAAGCGTAATATGTTACCTAATTGTTAGGACTAC > 1:69175/1‑91 ATGATGAACATTTAACTGGTTTTATATTGGCGCGTGTTTTTATTATTTAAGGTATAAAAGCGTAATATGTTACCTAATTGTTAGGACTACA > 1:3360392/1‑91 ATGATGAACATTTAACTGGTTTTATATTGGCGCGTGTTTTTATTATTTAAGGTATAAAAGCGTAATATGTTACCTAATTGTTAGGACTACA > 1:2519496/1‑91 TGATGAACATTTAACTGGTTTTATATTGGCGCGTGTTTTTATTATTTAAGGTATAAAAGCGTAATATGTTACCTAATTGTTAGGACTACAT > 1:2815212/1‑91 GATGAACGTTTAACTGGTTTTATATTGGCGCGTGTTTTTATTATTTAAGGTATAAAAGCGTAATATGTTACCTAATTGTTAGGACTACATA < 1:2070733/91‑1 GATGAACATTTAACTGGTTTTATATTGGCGCGTGTTTTTATTATTTAAGGTATAAAAGCGTAATATGTTACCTAATTGTTAGGACTACATA < 1:3254376/91‑1 GATGAACATTTAACTGGTTTTATATTGGCGCGTGTTTTTATTATTTAAGGTATAAAAGCGTAATATGTTACCTAATTGTTAGGACTACATA < 1:3470220/91‑1 TGAACATTTAACTGGTTTTATATTGGCGCGTGTTTTTATTATTTAAGGTATAAAAGCGTAATATGTTACCTAATTGTTAGGACTACATATT > 1:930333/1‑91 GAACATTTAACTGGTTTTATATTGGCGCGTGTTTTTATTATTTAAGGTATAAAAGCGTAATATGTTACCTAATTGTTAGGACTACATATTA > 1:1060896/1‑91 AACATTTAACTGGTTTTATATTGGCGCGTGTTTTTATTATTTAAGGTATAAAAGCGTAATATGTTACCTAATTGTTAGGACTACATATTAC > 1:1869655/1‑91 AACATTTAACTGGTTTTATATTGGCGCGTGTTTTTATTATTTAAGGTATAAAAGCGTAATATGTTACCTAATTGTTAGGACTACATATTAC < 1:1185849/91‑1 AACATTTAACTGGTTTTATATTGGCGCGTGTTTTTATTATTTAAGGTATAAAAGCGTAATATGTTACCTAATTGTTAGGACTACATATTAC < 1:2365999/91‑1 AACATTTAACTGGTTTTATATTGGCGCGTGTTTTTATTATTTAAGGTATAAAAGCGTAATATGTTACCTAATTGTTAGGACTACATATTAC < 1:2363105/91‑1 AACATTTAACTGGTTTTATATTGGCGCGTGTTTTTATTATTTAAGGTATAAAAGCGTAATATGTTACCTAATTGTTAGGACTACATATTAC > 1:4102523/1‑91 AACATTTAACTGGTTTTATATTGGCGCGTGTTTTTATTATTCAAGGTATAAAAGCGTAATATGTTACCTAATTGTTAGGACTACATATTAC > 1:3599524/1‑91 ACATTTAACTGGTTTTATATTGGCGCGTGTTTTTATTATTTAAGGTATAAAAGCGTAATATGTTACCTAATTGTTAGGACTACAGATTACG < 1:3232343/91‑1 CGTAATATGTTACCTAATTGTTAGGACTACATATTACGCTTTTATACCTTAAATAATAAAAACACGCGCCAATATAAAACCAGTTAAATGT > 1:2301719/1‑91 CGTAATATGTTACCTAATTGTTAGGACTACATATTACGCTTTTATACCTTAAATAATAAAAACACGCGCCAATATAAAACCAGTTAAATGT > 1:2330258/1‑91 GTAATATGTTACCTAATTGTTAGGACTACATATTACGCTTTTATACCTTAAATAATAAAAACACGCGCCAATATAAAACCAGTTAAATGTT > 1:414194/1‑91 TAATATGTTACCTAATTGTTAGGACTACATATTACGCTTTTATACCTTAAATAATAAAAACACGCGCCAATATAAAACCAGTTAAATGTTC > 1:1677906/1‑91 ATGTTACCTAATTGTTAGGACTACATATTACGCTTTTATACCTTAAATAATAAAAACACGCGCCAATATAAAACCAGTTAAATGTTCATCA > 1:2896669/1‑91 TGTTACCTAATTGTTAGGACTACATATTACGCTTTTATACCTTAAATAATAAAAACACGCGCCAATATAAAACCAGTTAAATGTTCATCAT > 1:2242844/1‑91 TGTTACCTAATTGTTAGGACTACATATTACGCTTTTATACCTTAAATAATAAAAACACGCGCCAATATAAAACCAGTTAAATGTTCATCAT > 1:3558223/1‑91 TGTTACCTAATTGTTAGGACTACATATTACGCTTTTATACCTTAAATAATAAAAACACGCGCCAATATAAAACCAGTTAAATGTTCATCAT > 1:3558119/1‑91 ACCTAATTGTTAGGACTACATATTACGCTTTTATACCTTAAATAATAAAAACACGCGCCAATATAAAACCAGTTAAATGTTCATCATGAAC > 1:3939427/1‑91 ACATATTACGCTTTTATACCTTAAATAATAAAAACACGCGCCAATATAAAACCAGTTAAATGTTCATCATGAACATGTGTGGTCTTAAATC > 1:240475/1‑91 CATATTACGCTTTTATACCTTAAATAATAAAAACACGCGCCAATATAAAACCAGTTAAATGTTCATCATGAACATGTGTGGTCTTAAATCA < 1:4136503/91‑1 CATATTACGCTTTTATACCTTAAATAATAAAAACACGCGCCAATATAAAACCAGTTAAATGTTCATCATGAACATGTGTGGTCTTAAATCA < 1:3899963/91‑1 TATTACGCTTTTATACCTTAAATAATAAAAACACGCGCCAATATAAAACCAGTTAAATGTTCATCATGAACATGTGTGGTCTTAAATCAAC < 1:1055597/91‑1 ATTACGCTTTTATACCTTAAATAATAAAAACACGCGCCAATATAAAACCAGTTAAATGTTCATCATGAACATGTGTGGTCTTAAATCAACG < 1:3649285/91‑1 ATTACGCTTTTATACCTTAAATAATAAAAACACGCGCCAATATAAAACCAGTTAAATGTTCATCATGAACATGTGTGGTCTTAAATCAACG < 1:3649283/91‑1 TTACGCTTTTATACCTTAAATAATAAAAACACGCGCCAATATAAAACCAGTTAAATGTTCATCATGAACATGTGTGGTCTTAAATCAACGC < 1:1710098/91‑1 TACGCTTTTATACCTTAAATAATAAAAACACGCGCCAATATAAAACCAGTTAAATGTTCATCATGAACATGTGTGGTCTTAAATCAACGCG < 1:3606475/91‑1 TACGCTTTTATACCTTAAATAATAAAAACACGCGCCAATATAAAACCAGTTAAATGTTCATCATGAACATGTGTGGTCTTAAATCAACGCG < 1:3927892/91‑1 TACGCTTTTATACCTTAAATAATAAAAACACGCGCCAATATAAAACCAGTTAAATGTTCATCATGAACATGTGTGGTCTTAAATCAACGCG < 1:1974980/91‑1 TACGCTTTTATACCTTAAATAATAAAAACACGCGCCAATATAAAACCAGTTAAATGTTCATCATGAACATGTGTGGTCTTAAATCAACGCG < 1:3604296/91‑1 TACGCTTTTATACCTTAAATAATAAAAACACGCGCCAATATAAAACCAGTTAAATGTTCATCATGAACATGTGTGGTCTTAAATCAACGCG < 1:2439682/91‑1 TACGCTTTTATACCTTAAATAATAAAAACACGCGCCAATATAAAACCAGTTAAATGTTCATCATGAACATGTGTGGTCTTAAATCAACGCG < 1:3927940/91‑1 TACGCTTTTATACCTTAAATAATAAAAACACGCGCCAATATAAAACCAGTTAAATGTTCATCATGAACATGTGTGGTCTTAAATCAACGCG < 1:2880712/91‑1 TACGCTTTTATACCTTAAATAATAAAAACACGCGCCAATATAAAACCAGTTAAATGTTCATCATGAACATGTGTGGTCTTAAATCAACGCG < 1:3928133/91‑1 ACGCTTTTATACCTTAAATAATAAAAACACGCGCCAATATAAAACCAGTTAAATGTTCATCATGAACATGTGTGGTCTTAAATCAACGCGT < 1:2362074/91‑1 ACGCTTTTATACCTTAAATAATAAAAACACGCGCCAATATAAAACCAGTTAAATGTTCATCATGAACATGTGTGGTCTTAAATCAACGCGT > 1:2903676/1‑91 CGCTTTTATACCTTAAATAATAAAAACACGCGCCAATATAAAACCAGTTAAATGTTCATCATGAACATGTGTGGTCTTAAATCAACGCGTG > 1:3643939/1‑91 CGCTTTTATACCTTAAATAATAAAAACACGCGCCAATATAAAACCAGTTAAATGTTCATCATGAACATGTGTGGTCTTAAATCAACGCGTG > 1:3643983/1‑91 GCTTTTATACCTTAAATAATAAAAACACGCGCCAATATAAAACCCGTTAAATGTTCATCATGAACATGTGTGGTCTTAAATCAACGCGTGg > 1:2314986/1‑90 GCTTTTATACCTTAAATAATAAAAACACGCGCCAATATAAAACCAGTTAAATGTTCATCATGAACATGTGTGGTCTTAAATCAACGCGTGT > 1:1054742/1‑91 GCTTTTATACCTTAAATAATAAAAACACGCGCCAATATAAAACCAGTTAAATGTTCATCATGAACATGTGTGGTCTTAAATCAACGCGTGT < 1:346961/91‑1 CTTTTATACCTTAAATAATAAAAACACGCGCCAATATAAAACCAGTTAAATGTTCATCATGAACATGTGTGGTCTTAAATCAACGCGTGTT > 1:3377872/1‑91 TTTTATACCTTAAATAATAAAAACACGCGCCAATATAAAACCAGTTAAATGTTCATCATGAACATGTGTGGTCTTAAATCAACGCGTGTTA > 1:2524395/1‑91 TTTTATACCTTAAATAATAAAAACACGCGCCAATATAAAACCAGTTAAATGTTCATCATGAACATGTGTGGTCTTAAATCAACGCGTGTTA > 1:1649440/1‑91 TTTATACCTTAAATAATAAAAACACGCGCCAATATAAAACCAGTTAAATGTTCATCATGAACATGTGTGGTCTTAAATCAACGCGTGTTAT < 1:1629583/91‑1 TTTATACCTTAAATAATAAAAACACGCGCCAATATAAAACCAGTTAAATGTTCATCATGAACATGTGTGGTCTTAAATCAACGCGTGTTAT < 1:1629262/91‑1 TTATACCTTAAATAATAAAAACACGCGCCAATATAAAACCAGTTAAATGTTCATCATGAACATGTGTGGTCTTAAATCAACGCGTGTTATT < 1:1465716/91‑1 TTATACCTTAAATAATAAAAACACGCGCCAATATAAAACCAGTTAAATGTTCATCATGAACATGTGTGGTCTTAAATCAACGCGTGTTATT < 1:1465658/91‑1 TATACCTTAAATAATAAAAACACGCGCCAATATAAAACCAGTTAAATGTTCATCATGAACATGTGTGGTCTTAAATCAACGCGTGTTATTG < 1:912192/91‑1 TCATGATGAACATTTAACTGGTTTTATATTGGCGCGTGTTTTTATTATTTAAGGTATAAAAGCGTAATATGTTACCTAATTGTTAGGACTACATATTACGCTTTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/1117397‑1117293‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑acatattacgcttttATACCTTAAATAATAAAAACACGCGCCAATATAAAACCAGTTAAATGTTCATCATGAACATGTGTGGTCTTAAATCAACGCGTGTTATTG > USA300TCH1516_ALE/1117341‑1117430 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |