| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 1117293 = | 90 (0.920) | 9 (0.110) | 6/130 | NT | 11.0% | intergenic (+6/+148) | suhB_1/USA300TCH1516_01040 | Inositol‑1‑monophosphatase/hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 1117341 = | 73 (0.910) | intergenic (+54/+100) | suhB_1/USA300TCH1516_01040 | Inositol‑1‑monophosphatase/hypothetical protein | |||||
Only 100 of 146 total aligned reads displayed.
AGAAATTAGCAATGATTATTTAGAGCCCCACCATGATGCGTTAATACAATTACATGAACAACGATTTAAAAGAAAATCAAAATAATTACCAAAAGCGTAATATGTAGTCCTAACAATTAGGTAACATATTACGCTTTTATACCTTAAATAATAAAAACACGCGCCAATATAAAACCAGTT > USA300TCH1516_ALE/1117203‑1117382 | gAAATTAGCAATGATTATTTAGAGCCCCACCATGATGCGTTAATACAATTACATGAACAACGATTTAAAAGAAAATCAAAATAATTACCaa < 1:1040173/91‑1 (MQ=255) gAAATTAGCAATGATTATTTAGAGCCCCACCATGATGCGTTAATACAATTACATGAACAACGATTTAAAAGAAAATCAAAATAATTACCaa < 1:1279842/91‑1 (MQ=255) aataacacgcgttgatttaagaccacacatgttcatgatgaacatttaactggttttatattggcgcgtgtttttattatttaaggtataa < 1:1465658‑M1/2‑1 (MQ=255) ataacacgcgttgatttaagaccacacatgttcatgatgaacatttaactggttttatattggcgcgtgtttttattatttaaggtataaa < 1:1629262‑M1/3‑1 (MQ=255) aaaTTAGCAATGATTATTTAGAGCCCCACCATGCTGCGTTAATACAATTACATGAACAACGATTTAAAAGAAAATCAAAATAATTACCaaa > 1:3902207/1‑91 (MQ=255) taacacgcgttgatttaagaccacacatgttcatgatgaacatttaactggttttatattggcgcgtgtttttattatttaaggtataaaa > 1:2524395‑M1/88‑91 (MQ=255) taacacgcgttgatttaagaccacacatgttcatgatgaacatttaactggttttatattggcgcgtgtttttattatttaaggtataaaa > 1:1649440‑M1/88‑91 (MQ=255) aTTAGCAATGATTATTTAGAGCCCCACCATGATGCGTTAATACAATTACATGAACAACGATTTAAAAGAAAATCAAAATAATTACCAAAAg > 1:427684/1‑91 (MQ=255) ttAGCAATGATTATTTAGAGCCCCACCATGATGCGTTAATACAATTACATGAACAACGATTTAAAAGAAAATCAAAATAATTACCAAAAGc > 1:237696/1‑91 (MQ=255) acacgcgttgatttaagaccacacatgttcatgatgaacatttaactggttttatattggcgcgtgtttttattatttaaggtatAAAAGc > 1:1054742‑M1/86‑91 (MQ=255) cacgcgttgatttaagaccacacatgttcatgatgaacatttaactggttttatattggcgcgtgtttttattatttaaggtatAAAAGCg > 1:3643983‑M1/85‑91 (MQ=255) cacgcgttgatttaagaccacacatgttcatgatgaacatttaactggttttatattggcgcgtgtttttattatttaaggtatAAAAGCg > 1:3643939‑M1/85‑91 (MQ=255) acgcgttgatttaagaccacacatgttcatgatgaacatttaactggttttatattggcgcgtgtttttattatttaaggtatAAAAGCGt > 1:2903676‑M1/84‑91 (MQ=255) acgcgttgatttaagaccacacatgttcatgatgaacatttaactggttttatattggcgcgtgtttttattatttaaggtatAAAAGCGt < 1:2362074‑M1/8‑1 (MQ=255) 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cAATGATTATTTAGAGCCCCACCATGATGCGTTAATACAATTACATGAACAACGATTTAAAAGAAAATCAAAATAATTACCAAAAGCGTaa < 1:177554/91‑1 (MQ=255) cAATGATTATTTAGAGCCCCACCATGATGCGTTAATACAATTACATGAACAACGATTTAAAAGAAAATCAAAATAATTACCAAAAGCGTaa > 1:3345436/1‑91 (MQ=255) cgttgatttaagaccacacatgttcatgatgaacatttaactggttttatattggcgcgtgtttttattatttaaggtatAAAAGCGTAat < 1:3649283‑M1/11‑1 (MQ=255) cgttgatttaagaccacacatgttcatgatgaacatttaactggttttatattggcgcgtgtttttattatttaaggtatAAAAGCGTAat < 1:3649285‑M1/11‑1 (MQ=255) gttgatttaagaccacacatgttcatgatgaacatttaactggttttatattggcgcgtgtttttattatttaaggtatAAAAGCGTAata < 1:1055597‑M1/12‑1 (MQ=255) tgatttaagaccacacatgttcatgatgaacatttaactggttttatattggcgcgtgtttttattatttaaggtatAAAAGCGTAATATg < 1:4136503‑M1/14‑1 (MQ=255) gATTATTTAGAGCCCCACCATGATGCGTTAATACAATTACATGAACAACGATTTAAAAGAAAATCAAAATAATTACCAAAAGCGTAATATg > 1:1931788/1‑91 (MQ=255) attattTAGAGCCCCACCATGATGCGTTAATACAATTACATGAACAACGATTTAAAAGAAAATCAAAATAATTACCAAAAGCGTAATATGt < 1:217025/91‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |