| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 1135893 = | 99 (1.010) | 10 (0.120) | 6/136 | NT | 10.0% | intergenic (+2/‑78) | USA300TCH1516_01057/rpmF | hypothetical protein/50S ribosomal protein L32 |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 1135930 = | 96 (1.150) | intergenic (+39/‑41) | USA300TCH1516_01057/rpmF | hypothetical protein/50S ribosomal protein L32 | |||||
AGTTCTTCTTTTTGGTACTGCCATGATATATCCTCCTTAGATTATAAACGAAAAATACTAAATGTTAGTTTAATTAACAACATTATATCATTAATTAAACTA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/1135994‑1135893‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ttaattaaactaACATTTAGTATTTTTCGTTTATAATCTAAGGAGGATATATCATGGCAGTACCAAAAAGAAGAACTTCTAAAACTAGAAAAAACAAACGTC > USA300TCH1516_ALE/1135930‑1136019 AGTTCTTCTTTTTGGTACTGCCATGATATATCCTCCTTAGATTATAAACGAAAAATACTAAATGTTAGTTTAATTAACAACATTATATCAT > 1:3699467/1‑91AGTTCTTCTTTTTGGTACTGCCATGATATATCCTCCTTAGATTATAAACGAAAAATACTAAATGTTAGTTTAATTAACAACATTATATCAT > 1:2823196/1‑91AGTTCTTCTTTTTGGTACTGCCATGATATATCCTCCTTAGATTATAAACGAAAAATACTAAATGTTAGTTTAATTAACAACATTATATCAT < 1:917915/91‑1AGTTCGTCTTTTTGGTACTGCCATGCTATATCCTCCTTAGATTATAAACGAAAGATACTAAATGTTAGTTTAATTAACAACATTATATCAT < 1:3861884/91‑1 GTTCTTCTTTTTGGTACTGCCATGATATATCCTCCTTAGATTATAAACGAAAAATACTAAATGTTAGTTTAATTAACAACATTATATCATT > 1:1013782/1‑91 GTTCTTCTTTTTGGTACTGCCATGATATATCCTCCTTAGATTATAAACGAAAAATACTAAATGTTAGTTTAATTAACAACATTATATCATT > 1:1013746/1‑91 GTTCTTCTTTTTGGTACTGCCATGATATATCCTCCTTAGATTATAAACGAAAAATACTAAATGTTAGTTTAATTAACAACATTATATCATT > 1:685939/1‑91 GTTCTTCTTTTTGGTACTGCCATGATATATCCTACTTCGATTATAACCGAAAAATACTACATGTTAGTTTAATTAACAACATTATATCATT > 1:3316159/1‑91 TTCTTCTTTTTGGTACTGCCATGATATATCCTCCTTAGATTATAAACGAAAAATACTAAATGTTAGTTTAATTAACAACATTATATCATTA < 1:1048446/91‑1 TCTTCTTTTTGGTACTGCCATGATATATCCTCCTTAGATTATAAACGAAAAATACTAAATGTTAGTTTAATTAACAACATTATATCATTAA < 1:4079516/91‑1 TCTTCTTTTTGGTACTGCCATGATATATCCTCCTTAGATTATAAACGAAAAATACTAAATGTTAGTTTAATTAACAACATTATATCATTAA < 1:2808630/91‑1 CTTCTTTTTGGTACTGCCATGATATATCCTCCTTAGATTATAAACGAAAAATACTAAATGTTAGTTTAATTAACAACATTATATCATTAAT > 1:1597355/1‑91 CTTCTTTTTGGTACTGCCATGATATATCCTCCTTAGATTATAAACGAAAAATACTAAATGTTAGTTTAATTAACAACATTATATCATTAAT < 1:2416047/91‑1 CTTTTTGGTACTGCCATGATATATCCTCCTTAGATTATAAACGAAACATACTAAATGTTAGTTTAATTAACAACATTATATCATTAATTAA > 1:3308309/1‑91 CTTTTTGGTACTGCCATGATATATCCTCCTTAGATTATAAACGAAAAATACTAAATGTTAGTTTAATTAACAACATTATATCATTAATTAA < 1:3986468/91‑1 CTTTTTGGTACTGCCATGATATATCCTCCTTAGATTATAAACGAAAAATACTAAATGTTAGTTTAATTAACAACATTATATCATTAATTAA < 1:1857785/91‑1 CTTTTTGGTACTGCCATGATATATCCTCCTTAGATTATAAACGAAAAATACTAAATGTTAGTTTAATTAACAACATTATATCATTAATTAA < 1:3986449/91‑1 TTTTGGTACTGCCATGATATATCCTCCTTAGATTATAAACGAAAAATACTAAATGTTAGTTTAATTAACAACATTATATCATTAATTAAAC < 1:3826618/91‑1 TTTTGGTACTGCCATGATATATCCTCCTTAGATTATAAACGAAAAATACTAAATGTTAGTTTAATTAACAACATTATATCATTAATTAAAC < 1:1033285/91‑1 TTTTGGTACTGCCATGATATATCCTCCTTAGATTATAAACGAAAAATACTAAATGTTAGTTTAATTAACAACATTATATCATTAATTAAAC < 1:2669720/91‑1 TTTTGGTACTGCCATGATATATCCTCCTTAGATTATAAACGAAAAATACTAAATGTTAGTTTAATTAACAACATTATATCATTAATTAAAC < 1:752854/91‑1 TTTGGTACTGCCATGATATATCCTCCTTAGATTATAAACGAAAAATACTAAATGTTAGTTTAATTAACAACATTATATCATTAATTAAACT > 1:3824607/1‑91 TTTGGTACTGCCATGATATATCCTCCTTAGATTATAAACGAAAAATACTAAATGTTAGTTTAATTAACAACATTATATCATTAATTAAACT < 1:1153339/91‑1 TTTGGTACTGCCATGATATATCCTCCTTAGATTATAAACGAAAAATACTAAATGTTAGTTTAATTAACAACATTATATCATTAATTAAACT > 1:2194017/1‑91 ACTAAATGTTAGTTTAATTAACAACATTATATCATTAATTAAACTAACATTTAGTATTTTTCGTTTATAATCTAAGGAGGATATATCATGG > 1:3607553/1‑91 ACTAAATGTTAGTTTAATTAACAACATTATATCATTAATTAAACTAACATTTAGTATTTTTCGTTTATAATCTAAGGAGGATATATCATGG > 1:1855522/1‑91 CTAAATGTTAGTTTAATTAACAACATTATATCATTAATTAAACTAACATTTAGTATTTTTCGTTTATAATCTAAGGAGGATATATCATGGC > 1:1488068/1‑91 CTAAATGTTAGTTTAATTAACAACATTATATCATTAATTAAACTAACATTTAGTATTTTTCGTTTATAATCTAAGGAGGATATATCATGGC > 1:1488077/1‑91 CTAAATGTTAGTTTAATTAACAACATTATATCATTAATTAAACTAACATTTAGTATTTTTCGTTTATAATCTAAGGAGGATATATCATGGC > 1:2328166/1‑91 TTAGTTTAATTAACAACATTATATCATTAATTAAACTAACATTTAGTATTTTTCGTTTATAATCTAAGGAGGATATATCATGGCAGTACCA > 1:4026759/1‑91 GTTTAATTAACAACATTATATCATTAATTAAACTAACATTTAGTATTTTTCGTTTATAATCTAAGGAGGATATATCATGGCAGTACCAAAA > 1:2917891/1‑91 TTAATTAACAACATTATATCATTAATTAAACTAACATTTAGTATTTTTCGTTTATAATCTAAGGAGGATATATCATGGCAGTACCAAAAAG > 1:3936905/1‑91 TTAATTAACAACATTATATCATTAATTAAACTAACATTTAGTATTTTTCGTTTATAATCTAAGGAGGATATATCATGGCAGTACCAAAAAG > 1:3940201/1‑91 CAACATTATATCATTAATTAAACTAACATTTAGTATTTTTCGTTTATAATCTAAGGAGGATATATCATGGCAGTACCAAAAAGAAGAACTT > 1:4011317/1‑91 TTAATTAAACTAACATTTAGTATTTTTCGTTGATAATCTAAGGAGGATATATCATGGCAGTACCAAAAAGAAGAACTTCTAAAACTAGAAA < 1:62941/91‑1 AAACTAACATTTAGTATTTTTCGTTTATAATCTAAGGAGGATATATCATGGCAGTACCAAAAAGAAGAACTTCTAAAACTAGAAAAAACAA < 1:975693/91‑1 AAACTAACATTTAGTATTTTTCGTTTATAATCTAAGGAGGATATATCATGGCAGTACCAAAAAGAAGAACTTCTAAAACTAGAAAAAACAA > 1:294453/1‑91 AACTAACATTTAGTATTTTTCGTTTATAATCTAAGGAGGATATATCATGGCAGTACCAAAAAGAAGAACTTCTAAAACTAGAAAAAACAAA > 1:3890423/1‑91 AACTAACATTTAGTATTTTTCGTTTATAATCTAAGGAGGATATATCATGGCAGTACCAAAAAGAAGAACTTCTAAAACTAGAAAAAACAAA > 1:438128/1‑91 AACTAACATTTAGTATTTTTCGTTTATAATCTAAGGAGGATATATCATGGCAGTACCAAAAAGAAGAACTTCTAAAACTAGAAAAAACAAA > 1:2606798/1‑91 ACTAACATTTAGTATTTTTCGTTTATAATCTAAGGAGGATATATCATGGCAGTACCAAAAAGAAGAACTTCTAAAACTAGAAAAAACAAAC > 1:578544/1‑91 CTAACATTTAGTATTTTTCGTTTATAATCTACGGAGGATATATCATGGCAGTACCAATAAGAAGAACTTCTAAAACTAGAAAAAACAAACG > 1:3690214/1‑91 CTAACATTTAGTATTTTTCGTTTATAATCTAAGGAGGATATATTATGGCAGTACCAAAAAGAAGAACTTCTAAAACTAGAAAAAACAAACG < 1:4138223/91‑1 CTAACATTTAGTATTTTTCGTTTATAATCTAAGGAGGATATATCATGGCAGTACCAAAAAGAAGAACTTCTAAAACTAGAAAAAACAAACG > 1:622533/1‑91 CTAACATTTAGTATTTTTCGTTTATAATCTAAGGAGGATATATCATGGCAGTACCAAAAAGAAGAACTTCTAAAACTAGAAAAAACAAACG > 1:1503464/1‑91 CTAACATTTAGTATTTTTCGTTTATAATCTAAGGAGGATATATAATGGCAGTACCAAAAAGAAGAACTTCTAAAACTAGAAAAAACAAACG < 1:4138912/91‑1 TAACATTTAGTATTTTTCGTTTATAATCTAAGGAGGATATATCATGGCAGTACCAAAAAGAAGAACTTCTAAAACTAGAAAAAACAAACGT < 1:1772648/91‑1 AACATTTAGTATTTTTCGTTTATAATCTAAGGAGGATATATCATGGCAGTACCAAAAAGAAGAACTTCTAAAACTAGAAAAAACAAACGTC > 1:2390806/1‑91 AGTTCTTCTTTTTGGTACTGCCATGATATATCCTCCTTAGATTATAAACGAAAAATACTAAATGTTAGTTTAATTAACAACATTATATCATTAATTAAACTA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/1135994‑1135893‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ttaattaaactaACATTTAGTATTTTTCGTTTATAATCTAAGGAGGATATATCATGGCAGTACCAAAAAGAAGAACTTCTAAAACTAGAAAAAACAAACGTC > USA300TCH1516_ALE/1135930‑1136019 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |