| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 1135893 = | 99 (1.010) | 10 (0.120) | 6/136 | NT | 10.0% | intergenic (+2/‑78) | USA300TCH1516_01057/rpmF | hypothetical protein/50S ribosomal protein L32 |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 1135930 = | 96 (1.150) | intergenic (+39/‑41) | USA300TCH1516_01057/rpmF | hypothetical protein/50S ribosomal protein L32 | |||||
Only 100 of 133 total aligned reads displayed.
CTAAACAGCAAGAACAAGATGATTCAGAATCACGACAAGTTGATCCAAGGCTTCAAAAATTACAACAATTATATGATAAAGAGCAATAAGTAGTTTAATTAATGATATAATGTTGTTAATTAAACTAACATTTAGTATTTTTCGTTTATAATCTAAGGAGGATATATCATGGCAGTACC > USA300TCH1516_ALE/1135803‑1135981 | gacgtttgttttttctagttttagaagttcttctttttggtactgccatgatatatcctccttagattataaacgaaaaatactaaatgtt > 1:2390806‑M1/91‑91 (MQ=255) tAAACAGCAAGAACAAGATGATTCAGAATCACGACAAGTTGATCCAAGGCTTCAAAAATTACAACAATTATATGATAAAGAGCAATAagta > 1:1160263/1‑91 (MQ=255) tAAACAGCAAGAACAAGATGATTCAGAATCACGACAAGTTGATCCAAGGCTTCAAAAATTACAACAATTATATGATAAAGAGCAATAagta > 1:3922614/1‑91 (MQ=255) acgtttgttttttctagttttagaagttcttctttttggtactgccatgatatatcctccttagattataaacgaaaaatactaaatgtTa < 1:1772648‑M1/2‑1 (MQ=255) cgtttgttttttctagttttagaagttcttctttttggtactgccattatatatcctccttagattataaacgaaaaatactaaatgtTAg < 1:4138912‑M1/3‑1 (MQ=255) cgtttgttttttctagttttagaagttcttctttttggtactgccatgatatatcctccttagattataaacgaaaaatactaaatgtTAg > 1:622533‑M1/89‑91 (MQ=255) cgtttgttttttctagttttagaagttcttctttttggtactgccatgatatatcctccttagattataaacgaaaaatactaaatgtTAg > 1:1503464‑M1/89‑91 (MQ=255) cgtttgttttttctagttttagaagttcttcttattggtactgccatgatatatcctccgtagattataaacgaaaaatactaaatgtTAg > 1:3690214‑M1/89‑91 (MQ=255) gtttgttttttctagttttagaagttcttctttttggtactgccatgatatatcctccttagattataaacgaaaaatactaaatgtTAGt > 1:578544‑M1/88‑91 (MQ=255) tttgttttttctagttttagaagttcttctttttggtactgccatgatatatcctccttagattataaacgaaaaatactaaatgtTAGtt > 1:438128‑M1/87‑91 (MQ=255) tttgttttttctagttttagaagttcttctttttggtactgccatgatatatcctccttagattataaacgaaaaatactaaatgtTAGtt > 1:3890423‑M1/87‑91 (MQ=255) aCAGCAAGAACAAGATGATTCAGAATCACGACAAGTTGATCCAAGGCTTCAAAAATTACAACAATTATATGATAAAGAGCAATAAGTAGtt > 1:2974082/1‑91 (MQ=255) ttgttttttctagttttagaagttcttctttttggtactgccatgatatatcctccttagattataaacgaaaaatactaaatgtTAGttt < 1:975693‑M1/6‑1 (MQ=255) cAGCAAGAACAAGATGATTCAGAATCACGACAAGTTGATCCAAGGCTTCAAAAATTACAACAATTATATGATAAAGAGCAATAAGTAGttt > 1:3970215/1‑91 (MQ=255) cAAGAACAAGATGATTCAGAATCACGACAAGTTGATCCAAGGCTTCAAAAATTACAACAATTATATGATAAAGAGCAATAAGTAGTttaat > 1:2583586/1‑91 (MQ=255) cAAGAACAAGATGATTCAGAATCACGACAAGTTGATCCAAGGCTTCAAAAATTACAACAATTATATGATAAAGAGCAATAAGTAGTttaat > 1:1117019/1‑91 (MQ=255) aaGAACAAGATGATTCAGAATCACGACAAGTTGATCCAAGGCTTCAAAAATTACAACAATTATATGATAAAGAGCAATAAGTAGTttaatt > 1:2099328/1‑91 (MQ=255) aaGAACAAGATGATTCAGAATCACGACAAGTTGATCCAAGGCTTCAAAAATTACAACAATTATATGATAAAGAGCAATAAGTAGTttaatt > 1:2099184/1‑91 (MQ=255) aaCAAGATGATTCAGAATCACGACAAGTTGATCCAAGGCTTCAAAAATTACAACAATTATATGATAAAGAGCAATAAGTAGTTtaattaat > 1:781888/1‑91 (MQ=255) atgatTCAGAATCACGACAAGTTGATCCAAGGCTTCAAAAATTACAACAATTATATGATAAAGAGCAATAAGTAGTTTAATTAATGAtata > 1:183844/1‑91 (MQ=255) cAGAATCACGACAAGTTGATCCAAGGCTTCAAAAATTACAACAATTATATGATAAAGAGCAATAAGTAGTTTAATTAATGATATAAtgttg < 1:3689037/91‑1 (MQ=255) aGAATCACGACAAGTTGATCCAAGGCTTCAAAAATTACAACAATTATATGATAAAGAGCAATAAGTAGTTTAATTAATGATATAAtgttgt < 1:1488177/91‑1 (MQ=255) aGAATCACGACAAGTTGATCCAAGGCTTCAAAAATTACAACAATTATATGATAAAGAGCAATAAGTAGTTTAATTAATGATATAAtgttgt < 1:1488176/91‑1 (MQ=255) gAATCACGACAAGTTGATCCAAGGCTTCAAAAATTACAACAATTATATGATAAAGAGCAATAAGTAGTTTAATTAATGATATAATgttgtt > 1:2683152/1‑91 (MQ=255) aaTCACGACAAGTTGATCCAAGGCTTCAAAAATTACAACAATTATATGATAAAGAGCAATAAGTAGTTTAATTAATGATATAATGTTGtta > 1:3054887/1‑91 (MQ=255) aTCACGACAAGTTGATCCAAGGCTTCAAAAATTACAACAATTATATGATAAAGAGCAATAAGTAGTTTAATTAATGATATAATGTTGttaa < 1:1562839/91‑1 (MQ=255) aTCACGACAAGTTGATCCAAGGCTTCAAAAATTACAACAATTATATGATAAAGAGCAATAAGTAGTTTAATTAATGATATAATGTTGttaa < 1:1200138/91‑1 (MQ=255) cACGACAAGTTGATCCAAGGCTTCAAAAATTACAACAATTATATGATAAAGAGCAATAAGTAGTTTAATTAATGATATAATGTTGttaatt < 1:2356052/91‑1 (MQ=255) aCGACAAGTTGATCCAAGGCTTCAAAAATTACAACAATTATATGATAAAGAGCAATAAGTAGTTTAATTAATGATATAATGTTGttaatta > 1:1642076/1‑91 (MQ=255) ctttttggtactgccatgatatatcctccttagattataaacgaaaaatactaaatgtTAGTTTAATTAATGATATAATGTTGttaattaa > 1:3940201‑M1/59‑91 (MQ=255) cGACAAGTTGATCCAAGGCTTCAAAAATTACAACAATTATATGATAAAGAGCAATAAGTAGTTTAATTAATGATATAATGTTGttaattaa < 1:1547412/91‑1 (MQ=255) ttttggtactgccatgatatatcctccttagattataaacgaaaaatactaaatgtTAGTTTAATTAATGATATAATGTTGTTAATTAAAc > 1:2917891‑M1/57‑91 (MQ=255) aCAAGTTGATCCAAGGCTTCAAAAATTACAACAATTATATGATAAAGAGCAATAAGTAGTTTAATTAATGATATAATGTTGTTAATTAAAc < 1:1699260/91‑1 (MQ=255) aCAAGTTGATCCAAGGCTTCAAAAATTACAACAATTATATGATAAAGAGCAATAAGTAGTTTAATTAATGATATAATGTTGTTAATTAAAc < 1:1699012/91‑1 (MQ=255) aCAAGTTGATCCAAGGCTTCAAAAATTACAACAATTATATGATAAAGAGCAATAAGTAGTTTAATTAATGATATAATGTTGTTAATTAAAc < 1:2113776/91‑1 (MQ=255) cAAGTTGATCCAAGGCTTCAAAAATTACAACAATTATATGATAAAGAGCAATAAGTAGTTTAATTAATGATATAATGTTGTTAATTAAACt > 1:3292462/1‑91 (MQ=255) aaGTTGATCCAAGGCTTCAAAAATTACAACAATTATATGATAAAGAGCAATAAGTAGTTTAATTAATGATATAATGTTGTTAATTAAACTa > 1:2301430/1‑91 (MQ=255) tggtactgccatgatatatcctccttagattataaacgaaaaatactaaatgtTAGTTTAATTAATGATATAATGTTGTTAATTAAACTaa > 1:4026759‑M1/54‑91 (MQ=255) aTCCAAGGCTTCAAAAATTACAACAATTATATGATAAAGAGCAATAAGTAGTTTAATTAATGATATAATGTTGTTAATTAAACTAACAttt < 1:1400642/91‑1 (MQ=255) tCCAAGGCTTCAAAAATTACAACAATTATATGATAAAGAGCAATAAGTAGTTTAATTAATGATATAATGTTGTTAATTAAACTAACATTTa > 1:102290/1‑91 (MQ=255) gccatgatatatcctccttagattataaacgaaaaatactaaatgtTAGTTTAATTAATGATATAATGTTGTTAATTAAACTAACATTTAg > 1:1488068‑M1/47‑91 (MQ=255) ccAAGGCTTCAAAAATTACAACAATTATATGATAAAGAGCAATAAGTAGTTTAATTAAAGATATAATGTTGTTAATTAAACTAACATTTAg > 1:3546013/1‑91 (MQ=255) aGGCTTCAAAAATTACAACAATTATATGATAAAGAGCAATAAGTAGTTTAATTAATGATATAATGTTGTTAATTAAACTAACATTTAGTAt > 1:330326/1‑91 (MQ=255) aGGCTTCAAAAATTACAACAATTATATGATAAAGAGCAATAAGTAGTTTAATTAATGATATAATGTTGTTAATTAAACTAACATTTAGTAt < 1:4065226/91‑1 (MQ=255) aGGCTTCAAAAATTACAACAATTATATGATAAAGAGCAATAAGTAGTTTAATTAATGATATAATGTTGTTAATTAAACTAACATTTAGTAt < 1:1092415/91‑1 (MQ=255) ggCTTCAAAAATTACAACAATTATATGATAAAGAGCAATAAGTAGTTTAATTAATGATATAATGTTGTTAATTAAACTAACATTTAGTAtt > 1:91051/1‑91 (MQ=255) cTTCAAAAATTACAACAATTATATGATAAAGAGCAATAAGTAGTTTAATTAATGATATAATGTTGTTAATTAAACTAACATTTAGTAtttt > 1:3600201/1‑91 (MQ=255) cTTCAAAAATTACAACAATTATATGATAAAGAGCAATAAGTAGTTTAATTAATGATATAATGTTGTTAATTAAACTAACATTTAGTAtttt > 1:3600173/1‑91 (MQ=255) cTTCAAAAATTACAACAATTATATGATAAAGAGCAATAAGTAGTTTAATTAATGATATAATGTTGTTAATTAAACTAACATTTAGTAtttt > 1:4048523/1‑91 (MQ=255) cTTCAAAAATTACAACAATTATATGATAAAGAGCAATAAGTAGTTTAATTAATGATATAATGTTGTTAATTAAACTAACATTTAGTAtttt < 1:3146843/91‑1 (MQ=255) tCAAAAATTACAACAATTATATGATAAAGAGCAATAAGTAGTTTAATTAATGATATAATGTTGTTAATTAAACTAACATTTAGTATTTTTc > 1:1928218/1‑91 (MQ=255) cAAAAATTACAACAATTATATGATAAAGAGCAATAAGTAGTTTAATTAATGATATAATGTTGTTAATTAAACTAACATTTAGTATTTTTCg > 1:3837315/1‑91 (MQ=255) cAAAAATTACAACAATTATATGATAAAGAGCAATAAGTAGTTTAATTAATGATATAATGTTGTTAATTAAACTAACATCTAGTATTTTTCg < 1:3172753/91‑1 (MQ=255) aaaaTTACAACAATTATATGATAAAGAGCAATAAGTAGTTTAATTAATGATATAATGTTGTTAATTAAACTAACATTTAGTATTTTTCGtt > 1:2820902/1‑91 (MQ=255) aaaTTACAACAATTATATGATAAAGAGCAATAAGTAGTTTAATTAATGATATAATGTTGTTAATTAAACTAACATTTAGTATTTTTCGttt < 1:2909669/91‑1 (MQ=255) aaaTTACAACAATTATATGATAAAGAGCAATAAGTAGTTTAATTAATGATATAATGTTGTTAATTAAACTAACATTTAGTATTTTTCGttt < 1:2909455/91‑1 (MQ=255) aaaTTACAACAATTATATGATAAAGAGCAATAAGTAGTTTAATTAATGATATAATGTTGTTAATTAAACTAACATTTAGTATTTTTCGttt < 1:1650218/91‑1 (MQ=255) aaaTTACAACAATTATATGATAAAGAGCAATAAGTAGTTTAATTAATGATATAATGTTGTTAATTAAACTAACATTTAGTATTTTTCGttt > 1:441759/1‑91 (MQ=255) aTTACAACAATTATATGATAAAGAGCAATAAGTAGTTTAATTAATGATATAATGTTGTTAATTAAACTAACATTTAGTATTTTTCGTTtat < 1:1700603/91‑1 (MQ=255) aTTACAACAATTATATGATAAAGAGCAATAAGTAGTTTAATTAATGATATAATGTTGTTAATTAAACTAACATTTAGTATTTTTCGTTtat < 1:539444/91‑1 (MQ=255) ttACAACAATTATATGATAAAGAGCAATAAGTAGTTTAATTAATGATATAATGTTGTTAATTAAACTAACATTTAGTATTTTTCGTTtata > 1:1606056/1‑91 (MQ=255) tACAACAATTATATGATAAAGAGCAATAAGTAGTTTAATTAATGATATAATGTTGTTAATTAAACTAACATTTAGTATTTTTCGTTTATaa < 1:342745/91‑1 (MQ=255) tACAACAATTATATGATAAAGAGCAATAAGTAGTTTAATTAATGATATAATGTTGTTAATTAAACTAACATTTAGTATTTTTCGTTTATaa < 1:3503139/91‑1 (MQ=255) acaacaATTGTATGATAAAGAGCAATAAGTAGTCTAACTAATGATACAATGTTGTTAATCATACTAACATTTAGTATTTTTCGTTTATAAt > 1:3316678/1‑91 (MQ=255) acaacaATTATATGATAAAGAGCAATAAGTAGTTTAATTAATGATATAATGTTGTTAATTAAACTAACATTTAGTATTTTTCGTTTATAAt < 1:2581437/91‑1 (MQ=255) caacaaTTATATGATAAAGAGCAATAAGTAGTTTAATTAATGATATAATGTTGTTAATTAAACTAACATTTAGTATTTTTCGTTTATAATc < 1:2202044/91‑1 (MQ=255) aacaaTTATATGATAAAGAGCAATATGTAGTTTAATTAATGATATAATGTTGTTAATTAAACTAACATTTAGTATTTTTCGTTTATAATCt < 1:3845358/91‑1 (MQ=255) aacaaTTATATGATAAAGAGCAATATGTAGTTTAATTAATGATATAATGTTGTTAATTAAACTAACATTTAGTATTTTTCGTTTATAATCt < 1:3845841/91‑1 (MQ=255) acaaTTATATGATAAAGAGCAATAAGTAGTTTAATTAATGATATAATGTTGTTAATTAAACTAACATTTAGTATTTTTCGTTTATAATCTa > 1:1632293/1‑91 (MQ=255) caaTTATATGATAAAGAGCAATAAGTAGTTTAATTAATGATATAATGTTGTTAATTAAACTAACATTTAGTATTTTTCGTTTATAATCTaa > 1:116606/1‑91 (MQ=255) caaTTATATGATAAAGAGCAATAAGTAGTTTAATTAATGATATAATGTTGTTAATTAAACTAACATTTAGTATTTTTCGTTTATAATCTaa > 1:295782/1‑91 (MQ=255) caaTTATATGATAAAGAGCAATAAGTAGTTTAATTAATGATATAATGTTGTTAATTAAACTAACATTTAGTATTTTTCGTTTATAATCTaa > 1:296004/1‑91 (MQ=255) aTTATATGATAAAGAGCAATAAGTAGTTTAATTAATGATATAATGTTGTTAATTAAACTAACATTTAGTATTTTTCGTTTATAATCTAagg > 1:662607/1‑91 (MQ=255) ttATATGATAAAGAGCAATAAGTAGTTTAATTAATGATATAATGTTGTTAATTAAACTAACATTTAGTATTTTTCGTTTATAATCTAagga > 1:2851070/1‑91 (MQ=255) ttATATGATAAAGAGCAATAAGTAGTTTAATTAATGATATAATGTTGTTAATTAAACTAACATTTAGTATTTTTCGTTTATAATCTAagga > 1:973116/1‑91 (MQ=255) tatGATAAAGAGCAATAAGTAGTTTAATTAATGATATAATGTTGTTAATTAAACTAACATTTAGTATTTTTCGTTTATAATCTAAggagga < 1:1091600/91‑1 (MQ=255) atGATAAAGAGCAATAAGTAGTTTAATTAATGATATAATGTTGTTAATTAAACTAACATTTCGTATTTTTCGTTTATAATCTAAGGAGGat > 1:3331383/1‑91 (MQ=255) atGATAAAGAGCAATAAGTAGTTTAATTAATGATATAATGTTGTTAATTAAACTAACATTTAGTATTTTTCGTTTATAATCTAAGGAGGat > 1:3790126/1‑91 (MQ=255) atGATAAAGAGCAATAAGTAGTTTAATTAATGATATAATGTTGTTAATTAAACTAACATTTAGTATTTTTCGTTTATAATCTAAGGAGGat > 1:958107/1‑91 (MQ=255) atGATAAAGAGCAATAAGTAGTTTAATTAATGATATAATGTTGTTAATTAAACTAACATTTAGTATTTTTCGTTTATAATCTAAGGAGGat > 1:956794/1‑91 (MQ=255) atGATAAAGAGCAATAAGTAGTTTAATTAATGATATAATGTTGTTAATTAAACTAACATTTAGTATTTTTCGTTTATAATCTAAGGAGGat < 1:921927/91‑1 (MQ=255) atGATAAAGAGCAATAAGTAGTTTAATTAATGATATAATGTTGTTAATTAAACTAACATTTAGTATTTTTCGTTTATAATCTAAGGAGGat < 1:1336651/91‑1 (MQ=255) atGATAAAGAGCAATAAGTAGTTTAATTAATGATATAATGTTGTTAATTAAACTAACATTTAGTATTTTTCGTTTATAATCTAAGGAGGat < 1:71395/91‑1 (MQ=255) atGATAAAGAGCAATAAGTAGTTTAATTAATGATATAATGTTGTTAATTAAACTAACATTTAGTATTTTTCGTTTATAATCTAAGGAGGat > 1:3605898/1‑91 (MQ=255) atGATAAAGAGCAATAAGTAGTTTAATTAATGATATAATGTTGTTAATTAAACTAACATTTAGTATTTTTCGTTTATAATCTAAGGAGGat > 1:3703802/1‑91 (MQ=255) atGATAAAGAGCAATAAGTAGTTTAATTAATGATATAATGTTGTTAATTAAACTAACATTTAGTATTTTTCGTTTATAATCTAAGGAGGat > 1:3790176/1‑91 (MQ=255) atGATAAAGAGCAATAAGTAGTTTAATTAATGATATAATGTTGTTAATTAAACTAACATTTAGTATTTTTCGTTTATAATCTAAGGAGGat < 1:4131936/91‑1 (MQ=255) atGATAAAGAGCAATAAGTAGTTTAATTAATGATATAATGTTGTTAATTAAACTAACATTTAGTATTTTTCGTTTATAATCTAAGGAGGat < 1:4036554/91‑1 (MQ=255) atGATAAAGAGCAATAAGTAGTTTAATTAATGATATAATGTTGTTAATTAAACTAACATTTAGTATTTTTCGTTTATAATCTAAGGAGGat > 1:3974227/1‑91 (MQ=255) tGATAAAGAGCAATAAGTAGTTTAATTAATGATATAATGTTGTTAATTAAACTAACATTTAGTATTTTTCGTTTATAATCTAAGGAGGata > 1:4093346/1‑91 (MQ=255) tGATAAAGAGCAATAAGTAGTTTAATTAATGATATAATGTTGTTAATTAAACTAACATTTAGTATTTTTCGTTTATAATCTAAGGAGGata > 1:1787480/1‑91 (MQ=255) aTAAAGAGCAATAAGTAGTTTAATTAATGATATAATGTTGTTAATTAAACTAACATTTAGTATTTTTCGTTTATAATCTAAGGAGGatata > 1:2527659/1‑91 (MQ=255) aaaGAGCAATAAGTAGTTTAATTAATGATATAATGTTGTTAATTAAACTAACATTTAGTATTTTTCGTTTATAATCTAAGGAGGATATATc > 1:2234969/1‑91 (MQ=255) aaaGAGCAATAAGTAGTTTAATTAATGATATAATGTTGTTAATTAAACTAACATTTAGTATTTTTCGTTTATAATCTAAGGAGGATATATc > 1:3256138/1‑91 (MQ=255) gCAATAAGTAGTTTAATTAATGATATAATGTTGTTAATTAAACTAACATTTAGTATTTTTCGTTTATAATCTAAGGAGGATATATCATGGc < 1:2601294/91‑1 (MQ=255) gCAATAAGTAGTTTAATTAATGATATAATGTTGTTAATTAAACTAACATTTAGTATTTTTCGTTTATAATCTAAGGAGGATATATCATGGc > 1:1872082/1‑91 (MQ=255) aaTAAGTAGTTTAATTAATGATATAATGTTGTTAATTAAACTAACATTTAGTATTTTTCGTTTATAATCTAAGGAGGATATATCATGGCAg < 1:3566111/91‑1 (MQ=255) tAAGTAGTTTAATTAATGATATAATGTTGTTAATTAAACTAACATTTAGTATTTTTCGTTTATAATCTAAGGAGGATATATCATGGCAGTa > 1:3779885/1‑91 (MQ=255) agtagtTTAATTAATGATATAATGTTGTTAATTAAACTAACATTTAGTATTTTTCGTTTATAATCTAAGGAGGATATATCATGGCAGTAcc > 1:1937417/1‑91 (MQ=255) agtagtTTAATTAATGATATAATGTTGTTAATTAAACTAACATTTAGTATTTTTCGTTTATAATCGAAGGAGGATATATCATGGCAGTAcc > 1:3864307/1‑91 (MQ=255) | CTAAACAGCAAGAACAAGATGATTCAGAATCACGACAAGTTGATCCAAGGCTTCAAAAATTACAACAATTATATGATAAAGAGCAATAAGTAGTTTAATTAATGATATAATGTTGTTAATTAAACTAACATTTAGTATTTTTCGTTTATAATCTAAGGAGGATATATCATGGCAGTACC > USA300TCH1516_ALE/1135803‑1135981 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |