| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 1136225 | 104 (1.060) | 14 (0.160) | 8/142 | NT | 12.4% | intergenic (+81/+73) | rpmF/isdB | 50S ribosomal protein L32/Iron‑regulated surface determinant protein B |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 1136249 | 105 (1.200) | intergenic (+105/+49) | rpmF/isdB | 50S ribosomal protein L32/Iron‑regulated surface determinant protein B | |||||
GAAGTAGCAGCTAAATAATTTTAGTTACTCAATATAAAAAGTCCCGCTTAAAATGATTGTTTTAAGTGGGACTTTTTATATTGCGAAAAATAATTGGCG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/1136127‑1136225‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑taattggcgGATGAGGTATCCAGTTACCTCGTTCGCCAATTATTTTTCGCAATATAAAAAGTCCCACTTAAAACAATCATTTTAAGCGGGACTTTTTAT < USA300TCH1516_ALE/1136249‑1136160 GAAGTAGCAGCTAAATAATTTTAGTTACTCAATATAAAAAGTCCCGCTTAAAATGATTGTTTTAAGTGGGACTTTTTATATTGCGAAAAAT > 1:192635/1‑91GAAGTAGCAGCTAAATAATTTTAGTTACTCAATATAAAAAGTCCCGCTTAAAATGATTGTTTTAAGTGGGACTTTTTATATTGCGAAAAAT > 1:1495958/1‑91 AAGTAGCAGCTAAATAATTTTAGTTACTCAATATAAAAAGTCCCGCTTAAAATGATTGTTTTAAGTGGGACTTTTTATATTGCGAAAAATA > 1:1164611/1‑91 AAGTAGCAGCTAAATAATTTTAGTTACTCAATATAAAAAGTCCCGCTTAAAATGATTGTTTTAAGTGGGACTTTTTATATTGCGAAAAATA < 1:1682615/91‑1 AGTAGCAGCTAAATAATTTTAGTTACTCAATATAAAAAGTCCCGCTTAAAATGATTGTTTTAAGTGGGACTTTTTATATTGCGAAATATAA < 1:3276182/91‑1 AGTAGCAGCTAAATAATTTTAGTTACTCAATATAAAAAGTCCCGCTTAAAATGATTGTTTTAAGTGGGACTTTTTATATTGCGAAATATAA < 1:3276201/91‑1 GTAGCAGCTAAATAATTTTAGTTACTCAATATAAAAAGTCCCGCTTAAAATGATTGTTTTAAGTGGGACTTTTTATATTGCGAAAAATAAT > 1:964754/1‑91 TAGCAGCTAAATAATTTTAGTTACTCAATATAAAAAGTCCCGCTTAAAATGATTGTTTTAAGTGGGACTTTTTATATTGCGAAAAATAATT > 1:3933306/1‑91 AGCAGCTAAATAATTTTAGTTACTCAATATAAAAAGTCCCGCTTAAAATGATTGTTTTAAGTGGGACTTTTTATATTGCGAAAAATAATTG < 1:1899660/91‑1 AGCAGCTAAATAATTTTAGTTACTCAATATAAAAAGTCCCGCTTAAAATGATTGTTTTAAGTGGGACTTTTTATATTGCGAAAAATAATTG > 1:478696/1‑91 AGCAGCTAAATAATTTTAGTTACTCAATATAAAAAGTCCCGCTTAAAATGATTGTTTTAAGTGGGACTTTTTATATTGCGAAAAATAATTG < 1:918765/91‑1 GCAGCTAAATAATTTTAGTTACTCAATATAAAAAGTCCCGCTTAAAATGATTGTTTTAAGTGGGACTTTTTATATTGCGAAAAATAATTGG < 1:180677/91‑1 GCAGCTAAATAATTTTAGTTACTCAATATAAAAAGTCCCGCTTAAAATGATTGTTTTAAGTGGGACTTTTTATATTGCGAAAAATAATTGG < 1:3805557/91‑1 CAGCTAAATAATTTTAGTTACTCAATATAAAAAGTCCCGCTTAAAATGATTGTTTTAAGTGGGACTTTTTATATTGCGAAAAATAATTGGC > 1:1468514/1‑91 CAGCTAAATAATTTTAGTTACTCAATATAAAAAGTCCCGCTTAAAATGATTGTTTTAAGTGGGACTTTTTATATTGCGAAAAATAATTGGC > 1:1469288/1‑91 CAGCTAAATAATTTTAGTTACTCAATATAAAAAGTCCCGCTTAAAATGATTGTTTTAAGTGGGACTTTTTATATTGCGAAAAATAATTGGC > 1:3542109/1‑91 AGCTAAATAATTTTAGTTACTCAATATAAAAAGTCCCGCTTAAAATGATTGTTTTAAGTGGGACTTTTTATATTGCGAAAAATAATTGGCG < 1:442770/91‑1 ACTCAATCTAAAAAGTCCCGCTTAAAATGATTGTTTTAAGTGGGACTTTTTATATTGCGAAAAATAATTGGCGGATGAGGTGTCCAGTTAC < 1:2086544/91‑1 ACTCAATATAAAAAGTCCCGCTTAAAATGATTGTTTTAAGTGGGACTTTTTATATTGCGAAAAATAATTGGCGGATGAGGTATCCAGTTAC < 1:1898262/91‑1 ACTCAATATAAAAAGTCCCGCTTAAAATGATTGTTTTAAGTGGGACTTTTTATATTGCGAAAAATAATTGGCGGATGAGGTATCCAGTTAC < 1:798922/91‑1 CTCAATATAAAAAGTCCCGCTTAAAATGATTGTTTTAAGTGGGACTTTTTATATTGCGAAAAATAATTGGCGGATGAGGTATCCAGTTACC < 1:2712315/91‑1 CTCAATATAAAAAGTCCCGCTTAAAATGATTGTTTTAAGTGGGACTTTTTATATTGCGAAAAATAATTGGCGGATGAGGTATCCAGTTACC < 1:140181/91‑1 ATAAAAAGTCCCGCTTAAAATGATTGTTTTAAGTGGGACTTTTTATATTGCGAAAAATAATTGGCGGATGAGGTATCCAGTTACCTCGTTC < 1:3106048/91‑1 AAAAAGTCCCGCTTAAAATGATTGTTTTAAGTGGGACTTTTTATATTGCGAAAAATAATTGGCGGATGAGGTATCCAGTTACCTCGTTCGC < 1:398130/91‑1 AAAAGTCCCGCTTAAAATGATTGTTTTAAGTGGGACTTTTTATATTGCGAAAAATAATTGGCGGATGAGGTATCCAGTTACCTCGTTCGCC < 1:2221989/91‑1 AAAAGTCCCGCTTAAAATGATTGTTTTAAGTGGGACTTTTTATATTGCGAAAAATAATTGGCGGATGAGGTATCCAGTTACCTCGTTCGCC < 1:1949480/91‑1 AAAGTCCCGCTTAAAATGATTGTTTTAAGTGGGACTTTTTATATTGCGAAAAATAATTGGCGGATGAGGTATCCAGTTACCTCGTTCGCCA < 1:2456875/91‑1 AAAGTCCCGCTTAAAATGATTGTTTTAAGTGGGACTTTTTATATTGCGAAAAATAATTGGCGGATGAGGTATCCAGTTACCTCGTTCGCCA < 1:1463470/91‑1 AAAGTCCCGCTTAAAATGATTGTTTGAAGTGGGACTTTTTATATTGCGAAAAATAATTGGCGGATGAGGTATCCAGTTACCTCGTTCGCCA < 1:3853864/91‑1 AAGTCCCGCTTAAAATGATTGTTTTAAGTGGGACTTTTTATATTGCGAAAAATAATTGGCGGATGAGGTATCCAGTTACCTCGTTCGCCAA < 1:2372478/91‑1 AGTCCCGCTTAAAATGATTGTTTTAAGTGGGACTTTTTATATTGCGAAAAATAATTGGCGGATGAGGTATCCAGTTACCTCGTTCGCCAAT < 1:1159952/91‑1 TAATTGGCGGATGAGGTATCCAGTTACCTCGTTCGCCAATTATTTTTCGCAATATAAAAAGTCCCACTTAAAACAATCATTTTAAGCGGGA > 1:536131/1‑91 TAATTGGCGGATGAGGTATCCAGTTACCTCGTTCGCCAATTATTTTTCGCAATATAAAAAGTCCCACTTAAAACAATCATTTTAAGCGGGA < 1:411654/91‑1 AATTGGCGGATGAGGTATCCAGTTACCTCGTTCGCCAATTATTTTTCGCAATATAAAAAGTCCCACTTAAAACAATCATTTTAAGCGGGAC > 1:1226329/1‑91 ATTGGCGGATGAGGTATCCAGTTACTTCGTTCGCCAATTATTTTTCGCAATATAAAAAGTCCCACTTAAAACAATCATTTTAAGCGGGACT < 1:3861560/91‑1 ATTGGCGGATGAGGTATCCAGTTACCTCGTTCGCCAATTATTTTTCGCAATATAAAAAGTCCCGCTTAAAATGATTGTTTTAAGTGGGACT < 1:1504071/91‑1 ATTGGCGGATGAGGTATCCAGTTACCTCGTTCGCCAATTATTTTTCGCAATATAAAAAGTCCCACTTAAAACAATCATTTTAAGCGGGACT > 1:3094831/1‑91 ATTGGCGGATGAGGTATCCAGTTACCTCGTTCGCCAATTATTTTTCGCAATATAAAAAGTCCCACTTAAAACAATCATTTTAAGCGGGACT > 1:44607/1‑91 ATTGGCGGATGAGGTATCCAGTTACCTCGTTCGCCAATTATTTTTCGCAATATAAAAAGTCCCACTTAAAACAATCATTTTAAGCGGGACT < 1:246837/91‑1 ATTGGCGGATGAGGTATCCAGTTACCTCGTTCGCCAATTATTTTTCGCAATATAAAAAGTCCCACTTAAAACAATCATTTTAAGCGGGACT > 1:3704262/1‑91 ATTGGCGGATGAGGTATCCAGTTACCTCGTTCGCCAATTATTTTTCGCAATATAAAAAGTCCCACTTAAAACAATCATTTTAAGCGGGACT < 1:958780/91‑1 TTGGCGGATGAGGTATCCAGTTACCTCGTTCGCCAATTATTTTTCGCAATATAAAAAGTCCCGCTTAAAATGATTGTTTTAAGTGGGACTT < 1:914785/91‑1 TTGGCGGATGAGGTATCCAGTTACCTCGTTCGCCAATTATTTTTCGCAATATAAAAAGTCCCGCTTAAAATGATTGTTTTAAGTGGGACTT < 1:3386724/91‑1 TTGGCGGATGAGGTATCCAGTTACCTCGTTCGCCAATTATTTTTCGCAATATAAAAAGTCCCGCTTAAAATGATTGTTTTAAGTGGGACTT < 1:3386649/91‑1 TTGGCGGATGAGGTATCCAGTTACCTCGTTCGCCAATTATTTTTCGCAATATAAAAAGTCCCACTTAAAACAATCATTTTAAGCGGGACTT > 1:4055218/1‑91 TTGGCGGATGAGGTATCCAGTTACCTCGTTCGCCAATTATTTTTCGCAATATAAAAAGTCCCACTTAAAACAATCATTTTAAGCGGGACTT > 1:1717925/1‑91 TGGCGGATGAGGTATCCAGTTACCTCGTTCGCCAATTATTTTTCGCAATATAAAAAGTCCCACTTAAAACAATCATTTTAAGCGGGACTTT < 1:2629616/91‑1 TGGCGGATGAGGTATCCAGTTACCTCGTTCGCCAATTATTTTTCGCAATATAAAAAGTCCCACTTAAAACAATCATTTTAAGCGGGACTTT > 1:2101/1‑91 TGGCGGATGAGGTATCCAGTTACCTAGTTCGCCAATTATTTTTCGCAATATAAAAAGTCCCACTTAAAACAATCATTTTAAGCGGGACTTT < 1:3852973/91‑1 GGCGGATGAGGTATCCAGTTACCTCGTTCGCCAATTATTTTTCGCAATATAAAAAGTCCCACTTAAAACAATCATTTTAAGCGGGACTTTT < 1:1069265/91‑1 GGCGGATGAGGTATCCAGTTACCTCGTTCGCCAATTATTTTTCGCAATATAAAAAGTCCCACTTAAAACAATCATTTTAAGCGGGACTTTT > 1:2286639/1‑91 GGCGGATGAGGTATCCAGTTACCTCGTTCGCCAATTATTTTTCGCAATATAAAAAGTCCCACTTAAAACAATCATTTTAAGCGGGACTTTT > 1:2286707/1‑91 GCGGATGAGGTATCCAGTTACCTCGTTCGCCAATTATTTTTCGCAATATAAAAAGTCCCACTTAAAACAATCATTTTAAGCGGGACTTTTT < 1:777624/91‑1 CGGATGAGGTATCCAGTTACCTCGTTCGCCAATTATTTTTCGCAATATAAAAAGTCCCGCTTAAAATGATTGTTTTAAGTGGGACTTTTTA < 1:1186570/91‑1 GGATGAGGTATCCAGTTACCTCGTTCGCCAATTATTTTTCGCAATATAAAAAGTCCCACTTAAAACAATCATTTTAAGCGGGACTTTTTAT < 1:2930303/91‑1 GGATGAGGTATCCAGTTACCTCGTTCGCCAATTATTTTTCGCAATATAAAAAGTCCCACTTAAAACAATCATTTTAAGCGGGACTTTTTAT < 1:2931571/91‑1 GAAGTAGCAGCTAAATAATTTTAGTTACTCAATATAAAAAGTCCCGCTTAAAATGATTGTTTTAAGTGGGACTTTTTATATTGCGAAAAATAATTGGCG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/1136127‑1136225‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑taattggcgGATGAGGTATCCAGTTACCTCGTTCGCCAATTATTTTTCGCAATATAAAAAGTCCCACTTAAAACAATCATTTTAAGCGGGACTTTTTAT < USA300TCH1516_ALE/1136249‑1136160 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |