| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 1136225 | 104 (1.060) | 14 (0.160) | 8/142 | NT | 12.4% | intergenic (+81/+73) | rpmF/isdB | 50S ribosomal protein L32/Iron‑regulated surface determinant protein B |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 1136249 | 105 (1.200) | intergenic (+105/+49) | rpmF/isdB | 50S ribosomal protein L32/Iron‑regulated surface determinant protein B | |||||
Only 100 of 198 total aligned reads displayed.
AGCTAAATAATTTTAGTTACTCAATATAAAAAGTCCCGCTTAAAATGATTGTTTTAAGTGGGACTTTTTATATTGCGAAAAATAATTGGCGAACGAGGTAACTGGATACCTCATCCGCCAATTAAAATTTGTTAATTTAATAATTAAATATAAAGACGATTTATTAGTTTTTACGTTTTCT > USA300TCH1516_ALE/1136135‑1136315 | agcTAAATAATTTTAGTTACTCAATATAAAAAGTCCCGCTTAAAATGATTGTTTTAAGTGGGACTTTTTATATTGCGAAAAATAATTGGCG < 1:442770‑M1/91‑1 (MQ=255) cTAAATAATTTTAGTTACTCAATATAAAAAGTCCCGCTTAAAATGATTGTTTTAAGTGGGACTTTTTATATTGCGAAAAATAATTGGCGaa > 1:1574190/1‑91 (MQ=255) aaaTAATTTTAGTTACTCAATATAAAAAGTCCCGCTTAAAATGATTGTTTTAAGTGGGACTTTTTATATTGCGAAAAATAATTGGCGAACg > 1:1920031/1‑91 (MQ=255) aaaTAATTTTAGTTACTCAATATAAAAAGTCCCGCTTAAAATGATTGTTTTAAGTGGGACTTTTTATATTGCGAAAAATAATTGGCGAACg > 1:4000166/1‑91 (MQ=255) aataatTTTAGTTACTCAATATAAAAAGTCCCGCTTAAAATGATTGTTTTAAGTGGGACTTTTTATATTGCGAAAAATAATTGGCGAACGa > 1:1047030/1‑91 (MQ=255) ataatTTTAGTTACTCAATATAAAAAGTCCCGCTTAAAATGATTGTTTTAAGTGGGACTTTTTATATTGCGAAAAATAATTGGCGAACGAg > 1:3046054/1‑91 (MQ=255) ataatTTTAGTTACTCAATATAAAAAGTCCCGCTTAAAATGATTGTTTTAAGTGGGACTTTTTATATTGCGAAAAATAATTGGCGAACGAg < 1:580254/91‑1 (MQ=255) ataatTTTAGTTACTCAATATAAAAAGGCCCGCTTAAAATGATTGTTTTAAGTGGGACTTTTTATATTGCGAAAAATAATTGGCGAACGAg < 1:3009199/91‑1 (MQ=255) taatTTTAGTTACTCAATATAAAAAGTCCCGCTTAAAATGATTGTTTTAAGTGGGACTTTTTATATTGCGAAAAATAATTGGCGAACGAgg < 1:596948/91‑1 (MQ=255) taatTTTAGTTACTCAATATAAAAAGTCCCGCTTAAAATGATTGTTTTAAGTGGGACTTTTTATATTGCGAAAAATAATTGGCGAACGAgg < 1:1460501/91‑1 (MQ=255) taatTTTAGTTACTCAATATAAAAAGTCCCGCTTAAAATGATTGTTTTAAGTGGGACTTTTTATATTGCGAAAAATAATTGGCGAACGAgg < 1:3765427/91‑1 (MQ=255) taatTTTAGTTACTCAATATAAAAAGTCCCGCTTAAAATGATTGTTTTAAGTGGGACTTTTTATATTGCGAAAAATAATTGGCGAACGAgg < 1:3765949/91‑1 (MQ=255) taatTTTAGTTACTCAATATAAAAAGTCCCGCTTAAAATGATTGTTTTAAGTGGGACTTTTTATATTGCGAAAAATAATTGGCGAACGAgg > 1:755403/1‑91 (MQ=255) aatTTTAGTTACTCAATATAAAAAGTCCCGCTTAAAATGATTGTTTTAAGTGGGACTTTTTATATTGCGAAAAATAATTGGCGAACGAGGt > 1:3367140/1‑91 (MQ=255) atTTTAGTTACTCAATATAAAAAGTCCCGCTTAAAATGATTGTTTTAAGTGGGACTTTTTATATTGCGAAAAATAATTGGCGAACGAGGTa > 1:1056649/1‑91 (MQ=255) ttttAGTTACTCAATATAAAAAGTCCCGCTTAAAATGATTGTTTTAAGTGGGACTTTTTATATTGCAAAAAATAATTGGCGAACGAGGTaa > 1:1770001/1‑91 (MQ=255) tttAGTTACTCAATATAAAAAGTCCCGCTTAAAATGATTGTTTTAAGTGGGACTTTTTATATTGCGAAAAATAATTGGCGAACGAGGTAAc < 1:2575960/91‑1 (MQ=255) tAGTTACTCAATATAAAAAGTCCCGCTTAAAATGATTGTTTTAAGTGGGACTTTTTATATTGCGAAAAATAATTGGCGAACGAGGTAACTg > 1:4072181/1‑91 (MQ=255) ttACTCAATATAAAAAGTCCCGCTTAAAATGATTGTTTTAAGTGGGACTTTTTATATTGCGAAAAATAATTGGCGAACGAGGTAACTGGAt < 1:1288779/91‑1 (MQ=255) ttACTCAATATAAAAAGTCCCGCTTAAAATGATTGTTTTAAGTGGGACTTTTTATATTGCGAAAAATAATTGGCGAACGAGGTAACTGGAt > 1:3700203/1‑91 (MQ=255) aCTCAATATAAAAAGTCCCGCTTAAAATGATTGTTTTAAGTGGGACTTTTTATATTGCGAAAAATAATTGGCGgatgaggtatccagttac < 1:798922‑M1/91‑19 (MQ=255) aCTCAATATAAAAAGTCCCGCTTAAAATGATTGTTTTAAGTGGGACTTTTTATATTGCGAAAAATAATTGGCGgatgaggtatccagttac < 1:1898262‑M1/91‑19 (MQ=255) cTCAATATAAAAAGTCCCGCTTAAAATGATTGTTTTAAGTGGGACTTTTTATATTGCGAAAAATAATTGGCGgatgaggtatccagttacc < 1:2712315‑M1/91‑20 (MQ=255) tCAATATAAAAAGTCCCGCTTAAAATGATTGTTTTAAGTGGGACTTTTTATATTGCGAAAAATAATTGGCGAACGAGGTAACTGGATACCt > 1:7307/1‑91 (MQ=255) cAATATAAAAAGTCCCGCTTAAAATGATTGTTTTAAGTGGGACTTTTTATATTGCGAAAAATAATTGGCGAACGATGTAACTGGATACCTc < 1:3530351/91‑1 (MQ=255) cAATATAAAAAGTCCCGCTTAAAATGATTGTTTTAAGTGGGACTTTTTATATTGCGAAAAATAATTGGCGAACGAGGTAACTGGATACCTc < 1:1938155/91‑1 (MQ=255) ataAAAAGTCCCGCTTAAAATGATTGTTTTAAGTGGGACTTTTTATATTGCGAAAAATAATTGGCGgatgaggtatccagttacctcgttc < 1:3106048‑M1/91‑26 (MQ=255) aaaaaGTCCCGCTTAAAATGATTGTTTTAAGTGGGACTTTTTATATTGCGAAAAATAATTGGCGgatgaggtatccagttacctcgttcgc < 1:398130‑M1/91‑28 (MQ=255) aaaaGTCCCGCTTAAAATGATTGTTTTAAGTGGGACTTTTTATATTGCGAAAAATAATTGGCGgatgaggtatccagttacctcgttcgcc < 1:2221989‑M1/91‑29 (MQ=255) aaaaGTCCCGCTTAAAATGATTGTTTTAAGTGGGACTTTTTATATTGCGAAAAATAATTGGCGAACGAGGTAACTGGATACCTCATCcgcc < 1:1069265‑M2/91‑5 (MQ=255) aaaGTCCCGCTTAAAATGATTGTTTTAAGTGGGACTTTTTATATTGCGAAAAATAATTGGCGgatgaggtatccagttacctcgttcgcca < 1:2456875‑M1/91‑30 (MQ=255) aaaGTCCCGCTTAAAATGATTGTTTTAAGTGGGACTTTTTATATTGCGAAAAATAATTGGCGAACGAGGTAACTGGATACCTCATCcgcca < 1:2629616‑M2/91‑6 (MQ=255) aaaGTCCCGCTTAAAATGATTGTTTGAAGTGGGACTTTTTATATTGCGAAAAATAATTGGCGgatgaggtatccagttacctcgttcgcca < 1:3853864‑M1/91‑30 (MQ=255) aaGTCCCGCTTAAAATGATTGTTTTAAGTGGGACTTTTTATATTGCGAAAAATAATTGGCGAACGAGGTAACTGGATACCTCATCcgccaa > 1:1717925‑M2/1‑85 (MQ=255) aaGTCCCACTTAAAACAATCATTTTAAGCGGGACTTTTTATATTGCGAAAAATAATTGGCGAACGAGGTAACTGGATACCTCATCcgccaa < 1:3386724‑M2/91‑7 (MQ=255) aaGTCCCACTTAAAACAATCATTTTAAGCGGGACTTTTTATATTGCGAAAAATAATTGGCGAACGAGGTAACTGGATACCTCATCcgccaa < 1:3386649‑M2/91‑7 (MQ=255) aGTCCCGCTTAAAATGATTGTTTTAAGTGGGACTTTTTATATTGCGAAAAATAATTGGCGAACGAGGTAACTGGATACCTCATCcgccaat > 1:44607‑M2/1‑84 (MQ=255) aGTCCCGCTTAAAATGATTGTTTTAAGTGGGACTTTTTATATTGCGAAAAATAATTGGCGAACGAGGTAACTGGATACCTCATCcgccaat > 1:3704262‑M2/1‑84 (MQ=255) aGTCCCGCTTAAAATGATTGTTTTAAGTGGGACTTTTTATATTGCGAAAAATAATTGGCGAACGAGGTAACTGGATACCTCATCcgccaat < 1:246837‑M2/91‑8 (MQ=255) aGTCCCACTTAAAACAATCATTTTAAGCGGGACTTTTTATATTGCGAAAAATAATTGGCGAACGAGGTAACTGGATACCTCATCcgccaat < 1:1504071‑M2/91‑8 (MQ=255) tCCCGCTTAAAATGATTGTTTTAAGTGGGACTTTTTATATTGCGAAAAATAATTGGCGAACGAGGTAACTGGATACCTCATCcgccaatta > 1:536131‑M2/1‑82 (MQ=255) cGCTTAAGATGATTGTTTTAAGTGGGACTTTTTATATTGCGAAAAATAATTGGCGAACGAGGTAACTGGATACCTCATCCGCCAATTaaaa < 1:2725880/91‑1 (MQ=255) cGCTTAAAATGATTGTTTTAAGTGGGACTTTTTATATTGCGAAAAATAATTGGCGAACGAGGTAACTGGATACCTCATCCGCCAATTaaaa > 1:129972/1‑91 (MQ=255) cGCTTAAAATGATTGTTTTAAGTGGGACTTTTTATATTGCGAAAAATAATTGGCGAACGAGGTAACTGGATACCTCATCCGCCAATTaaaa > 1:48396/1‑91 (MQ=255) gCTTAAAATGATTGTTTTAAGTGGGACTTTTTATATTGCGAAAAATAATTGGCGAACGAGGTAACTGGATACCTCATCCGCCAATTAAAAt > 1:4095064/1‑91 (MQ=255) gCTTAAAATGATTGTTTTAAGTGGGACTTTTTATATTGCGAAAAATAATTGGCGAACGAGGTAACTGGACACCTCATCCGCCAATTAAAAt < 1:1333443/91‑1 (MQ=255) aaTGATTGTTTTAAGTGGGACTTTTTATATTGCGAAAAATAATTGGCGAACGAGGTAACTGGATACCTCATCCGCCAATTAAAATTTGtta < 1:2467682/91‑1 (MQ=255) aaTGATTGTTTTAAGTGGGACTTTTTATATTGCGAAAAATAATTGGCGAACGAGGTAACTGGATACCTCATCCGCCAATTAAAATTTGtta < 1:2467296/91‑1 (MQ=255) tGATTGTTTTAAGTGGGACTTTTTATATTGCGAAAAATAATTGGCGAACGAGGTAACTGGATACCTCATCCGCCAATTAAAATTTGttaat < 1:2782274/91‑1 (MQ=255) aTTGTTTTTAGTGGGACTTTTTATATTGCGAAAAATAATTGGCGAACGAGGTAACTGGATACCTCATCCGCCAATTAAAATTTGttaattt < 1:3044070/91‑1 (MQ=255) ttGTTTTAAGTGGGACTTTTTATATTGCGAAAAATAATTGGCGAACGAGGTAACTGGATACCTCATCCGCCAATTAAAATTTGttaattta < 1:230497/91‑1 (MQ=255) tGTTTTAAGTGGGACTTTTTATATTGCGAAAAATAATTGGCGAACGAGGTAACTGGATACCTCATCCGCCAATTAAAATTTGttaatttaa < 1:2880239/91‑1 (MQ=255) tAAGTGGGACTTTTTATATTGCGAAAAATAATTGGCGAACGAGGTAACTGGATACCTCATCCGCCAATTAAAATTTGTTAATTTAATAAtt < 1:2507691/91‑1 (MQ=255) tAAGTGGGACTTTTTATATTGCGAAAAATAATTGGCGAACGAGGTAACTGGATACCTCATCCGCCAATTAAAATTTGTTAATTTAATAAtt > 1:2001957/1‑91 (MQ=255) 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tttATATTGCGAAAAATAATTGGCGAACGAGGTAACTGGATACCTCATCCGCCAATTAAAATTTGTTAATTTAATAATTAAATATAAAGAc < 1:3308118/91‑1 (MQ=255) tttATATTGCGAAAAATAATTGGCGAACGAGGTAACTGGATACCTCATCCGCCAATTAAAATTTGTTAATTTAATAATTAAATATAAAGAc < 1:889563/91‑1 (MQ=255) atatTGCGAAAAATAATTGGCGAACGAGGTAACTGGATACCTCATCCGCCAATTAAAATTTGTTAATTTAATAATTAAATATAAAGACGAt > 1:3883072/1‑91 (MQ=255) ttGCGAAAAATAATTGGCGAACGAGGTAACTGGATACCTCATCCGCCAATTAAAATTTGTTAATTTAATAATTAAATATAAAGACGATtta < 1:1717649/91‑1 (MQ=255) ttGCGAAAAATAATTGGCGAACGAGGTAACTGGATACCTCATCCGCCAATTAAAATTTGTTAATTTAATAATTAAATATAAAGACGATtta > 1:1146952/1‑91 (MQ=255) tGCGAAAAATAATTGGCGAACGAGGTAACTGGATACCTCATCCGCCAATTAAAATTTGTTAATTTAATAATTAAATATAAAGACGATttat < 1:4085636/91‑1 (MQ=255) tGCGAAAAATAATTGGCGAACGAGGTAACTGGATACCTCATCCGCCAATTAAAATTTGTTAATTTAATAATTAAATATAAAGACGATttat < 1:2364981/91‑1 (MQ=255) gCGAAAAATAATTGGCGAACGAGGTAACTGGATACCTCATCCGCCAATTAAGATTTGTTAATTTAATAATTATATGTAAAGACGATttatt < 1:1704148/91‑1 (MQ=255) 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atTGGCGAACGAGGTAACTGGATACCTCATCcgccaattatttttcgcaatataaaaagtcccacttaaaacaatcattttaagcgggact < 1:1159952‑M2/91‑61 (MQ=255) atTGGCGAACGAGGTAACTGGATACCTCATCCGCCAATTAAAATTTGTTAATTTAATAATTAAATATAAAGACGATTTATTAGTTTTTACg < 1:1025454/91‑1 (MQ=255) atTGGCGAACGAGGTAACTGGATACCTCATCCGCCAATTAAAATTTGTTAATTTAATAATTAAATATAAAGACGATTTATTAGTTTTTACg > 1:3381027/1‑91 (MQ=255) atTGGCGAACGAGGTAACTGGATACCTCATCCGCCAATTAAAATTTGTTAATTTAATAATTAAATATAAAGACGATTTATTAGTTTTTACg < 1:1025784/91‑1 (MQ=255) atTGGCGAACGAGGTAACTGGATACCTCATCCGCCAATTAAAATTTGTTAATTTAATAATTAAATATAAAGACGATTTATTAGTTTTTACg > 1:797605/1‑91 (MQ=255) ttGGCGgatgaggtatccagttacctcgttcgccaattatttttcgcaatataaaaagtcccgcttaaaatgattgttttaagtgggactt < 1:914785‑M1/91‑86 (MQ=255) ttGGCGgatgaggtatccagttacctcgttcgccaattatttttcgcaatataaaaagtcccacttaaaacaatcattttaagcgggactt > 1:4055218‑M1/1‑6 (MQ=255) ttGGCGAACGAGGTAACTGGATACCTCATCcgccaattatttttcgcaatataaaaagtcccacttaaaacaatcattttaagcgggactt < 1:2372478‑M2/91‑62 (MQ=255) 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gCGgatgaggtatccagttacctcgttcgccaattatttttcgcaatataaaaagtcccacttaaaacaatcattttaagcgggacttttt < 1:777624‑M1/91‑89 (MQ=255) gCGAACGAGGTAACTGGATACCTCATCCGCCAATTAAAATTTGTTAATTTAATAATTAAATATAAAGACGATTTATTAGTTTTTACGtttt > 1:4119159/1‑91 (MQ=255) cGgatgaggtatccagttacctcgttcgccaattatttttcgcaatataaaaagtcccgcttaaaatgattgttttaagtgggacttttta < 1:1186570‑M1/91‑90 (MQ=255) ggatgaggtatccagttacctcgttcgccaattatttttcgcaatataaaaagtcccacttaaaacaatcattttaagcgggactttttat < 1:2930303‑M1/91‑91 (MQ=255) ggatgaggtatccagttacctcgttcgccaattatttttcgcaatataaaaagtcccacttaaaacaatcattttaagcgggactttttat < 1:2931571‑M1/91‑91 (MQ=255) gAACGAGGTAACTGGATACCTCATCCGCCAATTAAAATTTGTTAATTTAATAATTAAATATAAAGACGATTTATTAGTTTTTACGTTTTCt < 1:3498966/91‑1 (MQ=255) | AGCTAAATAATTTTAGTTACTCAATATAAAAAGTCCCGCTTAAAATGATTGTTTTAAGTGGGACTTTTTATATTGCGAAAAATAATTGGCGAACGAGGTAACTGGATACCTCATCCGCCAATTAAAATTTGTTAATTTAATAATTAAATATAAAGACGATTTATTAGTTTTTACGTTTTCT > USA300TCH1516_ALE/1136135‑1136315 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |