| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 1199293 | 92 (0.940) | 9 (0.100) | 8/144 | NT | 8.7% | intergenic (+20/‑63) | USA300HOU_RS05980/USA300HOU_RS05985 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 1199312 | 106 (1.200) | intergenic (+39/‑44) | USA300HOU_RS05980/USA300HOU_RS05985 | hypothetical protein/hypothetical protein | |||||
GCTGCAATTATCGTTTTAGTATTATTCCAAAAAGGGTTACTCCAAATCTTTAATTGGATTTTAATTCAATTACAATAAATTAAGCGACATAACGAGGC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/1199196‑1199293‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑aacgaggcTAAAGTATCATGTACCCTTGCCTCGTTATGTCGCTTAATTTATTGTAATTGAATTAAAATCCAATTAAAGATTTGGAGTAACCCTTTTT < USA300TCH1516_ALE/1199312‑1199224 GCTGCAATTATCGTTTTAGTATTATTCCAAAAAGGGTTACTCCAAATCTTTAATTGGATTTTAATTCAATTACAATAAATTAAGCGACATA > 1:1317777/1‑91GCTGCAATTATCGTTTTAGTATTATTCCAAAAAGGGTTACTCCAAATCTTTAATTGGATTTTAATTCAATTACAATAAATTAAGCGACATA > 1:2142826/1‑91 CTGCAATTATCGTTTTAGTATTATTCCAAAAAGGGTTACTCCAAATCTTTAATTGGATTTTAATTCAATTACAATAAATTAAGCGACATAA < 1:3610277/91‑1 TGCAATTATCGTTTTAGTATTATTCCAAAAAGGGTTACTCCAAATCTTTAATTGGATTTTAATTCAATTACAATAAATTAAGCGACATAAC < 1:1726295/91‑1 GCAATTATCGTTTTAGTATTATTCCAAAATGGGTTACTCCAAATCTTTAATTGGATTTTAATTCAATTACAATAAATTAAGCGACATAACG < 1:3326857/91‑1 GCAATTATCGTTTTAGTATTATTCCAAAAAGGGTTACTCCAAATCTTTAATTGGATTTTAATTCAATTACAATAAATTAAGCGACATAACG < 1:642148/91‑1 GCAATTATCGTTTTAGTATTATTCCAAAAAGGGTTACTCCAAATCTTTAATTGGATTTTAATTCAATTACAATAAATTAAGCGACATAACG > 1:68355/1‑91 CAATTATCGTTTTAGTATTATTCCAAAAAGGGTTACTCCAAATCTTTAATTGGATTTTAATTCAATTACAATAAATTAAGCGACATAACGA < 1:823223/91‑1 AATTATCGTTTTAGTATTATTCCAAAAAGGGTTACTCCAAATCTTTAATTGGATTTTAATTCAATTACAATAAATTAAGCGACATAACGAG < 1:3300098/91‑1 AATTATCGTTTTAGTATTATTCCAAAAAGGGTTACTCCAAATCTTTAATTGGATTTTAATTCAATTACAATAAATTAAGCGACATAACGAG > 1:2397121/1‑91 ATTATCGTTTTAGTATTATTCCAAAAAGGGTTACTCCAAATCTTTAATTGGATTTTAATTCAATTACAATAAATTAAGCGACATAACGAGG > 1:191718/1‑91 ATTATCGTTTTAGTATTATTCCAAAAAGGGTTACTCCAAATCTTTAATTGGATTTTAATTCAATTACAATAAATTAAGCGACATAACGAGG > 1:2632369/1‑91 ATTATCGTTTTAGTATTATTCCAAAAAGGGTTACTCCAAATCTTTAATTGGATTTTAATTCAATTACAATAAATTAAGCGACATAACGAGG < 1:22594/91‑1 ATTATCGTTTTAGTATTATTCCAAAAAGGGTTACTCCAAATCTTTAATTGGATTTTAATTCAATTACAATAAATTAAGCGACATAACGAGG > 1:191530/1‑91 ATTATCGTTTTAGTATTATTCCAAAAAGGGTTACTCCAAATCTTTAATTGGATTTTAATTCAATTACAATAAATTAAGCGACATAACGAGG > 1:1514153/1‑91 ATTATCGTTTTAGTATTATTCCAAAAAGGGTTACTCCAAATCTTTAATTGGATTTTAATTCAATTACAATAAATTAAGCGACATAACGAGG < 1:138540/91‑1 TTATCGTTTTAGTATTATTCCAAAAAGGGTTACTCCAAATCTTTAATTGGATTTTAATTCAATTACAATAAATTAAGCGACATAACGAGGC > 1:662453/1‑91 TTATCGTTTTAGTATTATTCCAAAAAGGGTTACTCCAAATCTTTAATTGGATTTTAATTCAATTACAATAAATTAAGCGACATAACGAGGC > 1:3373068/1‑91 TTATCGTTTTAGTATTATTCCAAAAAGGGTTACTCCAAATCTTTAATTGGATTTTAATTCAATTACAATAAATTAAGCGACATAACGAGGC > 1:791580/1‑91 TATTCCAAAAAGGGTTACTCCAAATCTTTAATTGGATTTTAATTCAATTACAATAAATTAAGCGACATAACGAGGCTAAAGTATCATGTAC < 1:3367947/91‑1 TATTCCAAAAAGGGTTACTCCAAATCTTTAATTGGATTTTAATTCAATTACAATAAATTAAGCGACATAACGAGGCTAAAGTATCATGTAC > 1:1588136/1‑91 CCAAAAAGGGTTACTCCAAATCTTTAATTGGATTTTAATTCAATTACAATAAATTAAGCGACATAACGAGGCTAAAGTATCATGTACCCTT < 1:3385250/91‑1 CAAAAAGGGTTACTCCAAATCTTTAATTGGATTTTAATTCAATTACAATAAATTAAGCGACATAACGAGGCTAAAGTATCATGTACCCTTG < 1:845703/91‑1 AAAAGGGTTACTCCAAATCTTTAATTGGATTTTAATTCAATTACAATAAATTAAGCGACATAACGAGGCTAAAGTATCATGTACCCTTGCC < 1:2145408/91‑1 AAAGGGTTACTCCAAATCTTTAATTGGATTTTAATTCAATTACAATAAATTAAGCGACATAACGAGGCTAAAGTATCATGTACCCTTGCCT < 1:2943472/91‑1 AAAGGGTTACTCCAAATCTTTAATTGGATTTTAATTCAATTACAATAAATTAAGCGACATAACGAGGCTAAAGTATCATGTACCCTTGCCT < 1:2938811/91‑1 AGGGTTACTCCAAATCTTTAATTGGATTTTAATTCAATTACAATAAATTAAGCGACATAACGAGGCTAAAGTATCATGTACCCTTGCCTCG < 1:3837499/91‑1 AATCTTTAATTGGATTTTAATTCAATTACAATAAATTAAGCGACATAACGAGGCTAAAGTATCATGTACCCTTGCCTCGTTATGTCGCTTA < 1:1895069/91‑1 AACGAGGCTAAAGTATCATGTACCCTTGCCTCGTTATGTCGCTTAATTTATTGTAATTGAATTAAAATCCAATTAAAGATTTGGAGTAACC < 1:4059208/91‑1 AACGAGGCTAAAGTATCATGTACCCTTGCCTCGTTATGTCGCTTAATTTATTGTAATTGAATTAAAATCCAATTAAAGATTTGGAGTAACC < 1:3454112/91‑1 ACGAGGCTAAAGTATCATGTACCCTTGCCTCGTTATGTCGCTTAATTTATTGTAATTGAATTAAAATCCAATTAAAGATTTGGAGTAACCC < 1:1188819/91‑1 ACGAGGCTAAAGTATCATGTACCCTTGCCTCGTTATGTCGCTTAATTTATTGTAATTGAATTAAAATCCAATTAAAGATTTGGAGTAACCC < 1:1188743/91‑1 AGGCTAAAGTATCATGTACCCTTGCCTCGTTATGTCGCTTAATTTATTGTAATTGAATTAAAATCCAATTAAAGATTTGGAGTAACCCTTT > 1:3870420/1‑91 AGGCTAAAGTATCATGTACCCTTGCCTCGTTATGTCGCTTAATTTATTGTAATTGAATTAAAATCCAATTAAAGATTTGGAGTAACCCTTT > 1:2201443/1‑91 AGGCTAAAGTATCATGTACCCTTGCCTCGTTATGTCGCTTAATTTATTGTAATTGAATTAAAATCCAATTAAAGATTTGGAGTAACCCTTT < 1:1274263/91‑1 AGGCTAAAGTATCATGTACCCTTGCCTCGTTATGTCGCTTAATATATTGTAATTGAATTAAAATCCAATTAAAGATTTGGAGTAACCCTTT < 1:4137101/91‑1 GGCTAAAGTATCATGTACCCTTGCCTCGTTATGTCGCTTAATTTATTGTAATTGAATTAAAATCCAATTAAAGATTTGGCGTAACCCTTTT > 1:3762376/1‑91 GGCTAAAGTATCATGTACCCTTGCCTCGTTATGTCGCTTAATTTATTGTAATTGAATTAAAATCCAATTAAAGATTTGGCGTAACCCTTTT > 1:3763200/1‑91 GGCTAAAGTATCATGTACCCTTGCCTCGTTATGTCGCTTAATTTATTGTAATTGAATTAAAATCCAATTAAAGATTTGGAGTAACCCTTTT > 1:2939348/1‑91 GGCTAAAGTATCATGTACCCTTGCCTCGTTATGTCGCTTAATTTATTGTAATTGAATTAAAATCCAATTAAAGATTTGGAGTAACCCTTTT > 1:3810678/1‑91 GGCTAAAGTATCATGTACCCTTGCCTCGTTATGTCGCTTAATTTATTGTAATTGAATTAAAATCCAATTAAAGATTTGGAGTAACCCTTTT > 1:3818323/1‑91 GGCTAAAGTATCATGTACCCTTGCCTCGTTATGTCGCTTAATTTATTGTAATTGAATTAAAATCCAATTAAAGATTTGGAGTAACCCTTTT > 1:2939305/1‑91 GGCTAAAGTATCATGTACCCTTGCCTCGTTATGTCGCTTAATTTATTGTAATTGAATTAAAATCCAATTAAAGATTTGGAGTAACCCTTTT < 1:2516092/91‑1 GGCTAAAGTATCATGTACCCTTGCCTCGTTATGTCGCTTAATTTATTGTAATTGAATTAAAATCCAATTAAAGATTTGGAGTAACCCTTTT < 1:2514659/91‑1 GGCTAAAGTATCATGTACCCTTGCCTCGTTATGTCGCTTAATTTATTGTAATTGAATTAAAATCCAATTAAAGATTTGGAGTAACCCTTTT > 1:2286900/1‑91 GCTAAAGTATCATGTACCCTTGCCTCGTTATGTCGCTTAATTTATTGTAATTGAATTAAAATCCAATTAAAGATTTGGAGTAACCCTTTTT > 1:1702553/1‑91 GCTGCAATTATCGTTTTAGTATTATTCCAAAAAGGGTTACTCCAAATCTTTAATTGGATTTTAATTCAATTACAATAAATTAAGCGACATAACGAGGC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/1199196‑1199293‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑aacgaggcTAAAGTATCATGTACCCTTGCCTCGTTATGTCGCTTAATTTATTGTAATTGAATTAAAATCCAATTAAAGATTTGGAGTAACCCTTTTT < USA300TCH1516_ALE/1199312‑1199224 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |