| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 1199293 | 92 (0.940) | 9 (0.100) | 8/144 | NT | 8.7% | intergenic (+20/‑63) | USA300HOU_RS05980/USA300HOU_RS05985 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 1199312 | 106 (1.200) | intergenic (+39/‑44) | USA300HOU_RS05980/USA300HOU_RS05985 | hypothetical protein/hypothetical protein | |||||
Only 100 of 155 total aligned reads displayed.
TTATCGTTTTAGTATTATTCCAAAAAGGGTTACTCCAAATCTTTAATTGGATTTTAATTCAATTACAATAAATTAAGCGACATAACGAGGCAAGGGTACATGATACTTTAGCCTCGTTTTTGATATGCATTTTTCTGAATATAAGGGCAATAGATGGTATTTTATAATTTTTTTAAGGTAG > USA300TCH1516_ALE/1199203‑1199383 | ttATCGTTTTAGTATTATTCCAAAAAGGGTTACTCCAAATCTTTAATTGGATTTTAATTCAATTACAATAAATTAAGCGACATAACGAGGC > 1:3373068‑M1/1‑91 (MQ=255) tATCGTTTTAGTATTATTCCAAAAAGGGTTACTCCAAATCTTTAATTGGATTTTAATTCAATTACAATAAATTAAGCGACATAACGAGGCa < 1:287594/91‑1 (MQ=255) tCGTTTTAGTATTATTCCAAAAAGGGTTACTCCAAATCTTTAATTGGATTTTAATTCAATTACAATAAATTAAGCGACATAACGAGGCAAg > 1:1441871/1‑91 (MQ=255) cGTTTTAGTATTATTCCAAAAAGGGTTACTCCAAATCTTTAATTAGATTTTAATTCAATTACAATAAATTAAGCGACATAACGAGGCAAgg < 1:3296911/91‑1 (MQ=255) aGTATTATTCCAAAAAGGGTTACTCCAAATCTTTAATTGGATTTTAATTCAATTACAATAAATTAAGCGACATAACGAGGCAAGGGTACAt < 1:1112006/91‑1 (MQ=255) gTATTATTCCAAAAAGGGTTACTCCAAATCTTTAATTGGATTTTAATTCAATTACAATAAATTAAGCGACATAACGAGGCAAGGGTACATg > 1:1887449/1‑91 (MQ=255) gTATTATTCCAAAAAGGGTTACTCCAAATCTTTAATTGGATTTTAATTCAATTACAATAAATTAAGCGACATAACGAGGCAAGGGTACATg > 1:3004858/1‑91 (MQ=255) tattatTCCAAAAAGGGTTACTCCAAATCTTTAATTGGATTTTAATTCAATTATAATAAATTAAGCGACATAACGAGGCAAGGGTACATGa < 1:3504560/91‑1 (MQ=255) tattCCAAAAAGGGTTACTCCAAATCTTTAATTGGATTTTAATTCAATTACAATAAATTAAGCGACATAACGAGGCtaaagtatcatgtac > 1:1588136‑M1/1‑76 (MQ=255) tattCCAAAAAGGGTTACTCCAAATCTTTAATTGGATTTTAATTCAATTACAATAAATTAAGCGACATAACGAGGCAAGGGTACATGATAc > 1:802953/1‑91 (MQ=255) tCCAAAAAGGGTTACTCCAAATCTTTAATTGGATTTTAATTCAATTACAATAAATTAAGCGACATAACGAGGCAAGGGTACATGATACttt < 1:1870919/91‑1 (MQ=255) ccAAAAAGGGTTACTCCAAATCTTTAATTGGATTTTAATTCAATTACAATAAATTAAGCGACATAACGAGGCtaaagtatcatgtaccctt < 1:3385250‑M1/91‑20 (MQ=255) cAAAAAGGGTTACTCCAAATCTTTAATTGGATTTTAATTCAATTACAATAAATTAAGCGACATAACGAGGCtaaagtatcatgtacccttg < 1:845703‑M1/91‑21 (MQ=255) aaaaaGGGTTACTCCAAATCTTTAATTGGATTTTAATTCAATTACAATAAATTAAGCGACATAACGAGGCAAGGGTACATGATACTTTAgc > 1:1702553‑M2/1‑89 (MQ=255) aaaaGGGTTACTCCAAATCTTTAATTGGATTTTAATTCAATTACAATAAATTAAGCGACATAACGAGGCtaaagtatcatgtacccttgcc < 1:2145408‑M1/91‑23 (MQ=255) aaaaGGGTTACTCCAAATCTTTAATTGGATTTTAATTCAATTACAATAAATTAAGCGACATAACGAGGCAAGGGTACATGATACTTTAgcc > 1:3810678‑M2/1‑88 (MQ=255) aaaaGGGTTACTCCAAATCTTTAATTGGATTTTAATTCAATTACAATAAATTAAGCGACATAACGAGGCAAGGGTACATGATACTTTAgcc > 1:3818323‑M2/1‑88 (MQ=255) aaaaGGGTTACTCCAAATCTTTAATTGGATTTTAATTCAATTACAATAAATTAAGCGACATAACGAGGCAAGGGTACATGATACTTTAgcc < 1:2514659‑M2/91‑4 (MQ=255) aaaaGGGTTACTCCAAATCTTTAATTGGATTTTAATTCAATTACAATAAATTAAGCGACATAACGAGGCAAGGGTACATGATACTTTAgcc < 1:2516092‑M2/91‑4 (MQ=255) aaaaGGGTTACTCCAAATCTTTAATTGGATTTTAATTCAATTACAATAAATTAAGCGACATAACGAGGCAAGGGTACATGATACTTTAgcc > 1:2939305‑M2/1‑88 (MQ=255) aaaaGGGTTACTCCAAATCTTTAATTGGATTTTAATTCAATTACAATAAATTAAGCGACATAACGAGGCAAGGGTACATGATACTTTAgcc > 1:2286900‑M2/1‑88 (MQ=255) aaaaGGGTTACGCCAAATCTTTAATTGGATTTTAATTCAATTACAATAAATTAAGCGACATAACGAGGCAAGGGTACATGATACTTTAgcc > 1:3763200‑M2/1‑88 (MQ=255) aaaGGGTTACTCCAAATCTTTAATTGGATTTTAATTCAATTACAATATATTAAGCGACATAACGAGGCAAGGGTACATGATACTTTAgcct < 1:4137101‑M2/91‑5 (MQ=255) aaaGGGTTACTCCAAATCTTTAATTGGATTTTAATTCAATTACAATAAATTAAGCGACATAACGAGGCtaaagtatcatgtacccttgcct < 1:2938811‑M1/91‑24 (MQ=255) aaaGGGTTACTCCAAATCTTTAATTGGATTTTAATTCAATTACAATAAATTAAGCGACATAACGAGGCtaaagtatcatgtacccttgcct < 1:2943472‑M1/91‑24 (MQ=255) aaaGGGTTACTCCAAATCTTTAATTGGATTTTAATTCAATTACAATAAATTAAGCGACATAACGAGGCAAGGGTACATGATACTTTAgcct > 1:3870420‑M2/1‑87 (MQ=255) aaaGGGTTACTCCAAATCTTTAATTGGATTTTAATTCAATTACAATAAATTAAGCGACATAACGAGGCAAGGGTACATGATACTTTAgcct < 1:1274263‑M2/91‑5 (MQ=255) aGGGTTACTCCAAATCTTTAATTGGATTTTAATTCAATTACAATAAATTAAGCGACATAACGAGGCtaaagtatcatgtacccttgcctcg < 1:3837499‑M1/91‑26 (MQ=255) gggTTACTCCAAATCTTTAATTGGATTTTAATTCAATTACAATAAATTAAGCGACATAACGAGGCAAGGGTACATGATACTTTAgcctcgt < 1:1188819‑M2/91‑8 (MQ=255) ggTTACTCCAAATCTTTAATTGGATTTTAATTCAATTACAATAAATTAAGCGACATAACGAGGCAAGGGTACATGATACTTTAgcctcgtt < 1:4059208‑M2/91‑9 (MQ=255) ttACTCCAAATCTTTAATTGGATTTTAATTCAATTACAATAAATTAAGCGACATAACGAGGCAAGGGTACATGATACTTTAGCCTCGtttt > 1:4015111/1‑91 (MQ=255) ttACTCCAAATCTTTAATTGGATTTTAATTCAATTACAATAAATTAAGCGACATAACGAGGCAAGGGTACATGATACTTTAGCCTCGtttt > 1:233468/1‑91 (MQ=255) tACTCCAAATCTTTAATTGGATTTTAATTCAATTACAATAAATTAAGCGACATAACGAGGCAAGGGTACATGATACTTTAGCCTCGttttt > 1:1665609/1‑91 (MQ=255) ccAAATCTTTAATTGGATTTTAATTCAATTACAATAAATTAAGCGACATAACGAGGCAAGGGTACATGATACTTTAGCGTCGTTTTTGata < 1:3203732/91‑1 (MQ=255) ccAAATCTTTAATTGGATTTTAATTCAATTACAATAAATTAAGCGACATAACGAGGCAAGGGTACATGATACTTTAGCCTCGTTTTTGata < 1:1662438/91‑1 (MQ=255) aaaTCTTTAATTGGATTTTAATTCAATTACAATAAATTAAGCGACATAACGAGGCAAGGGTACATGATACTTTAGCCTCGTTTTTGATATg < 1:886387/91‑1 (MQ=255) aaaTCTTTAATTGGATTTTAATTCAATTACAATAAATTAAGCGACATAACGAGGCAAGGGTACATGATACTTTAGCCTCGTTTTTGATATg < 1:478849/91‑1 (MQ=255) aaTCTTTAATTGGATTTTAATTCAATTACAATAAATTAAGCGACATAACGAGGCAAGGGTACATGATACTTTAGCCTCGTTTTTGATATGc > 1:336378/1‑91 (MQ=255) aaTCTTTAATTGGATTTTAATTCAATTACAATAAATTAAGCGACATAACGAGGCAAGGGTACATGATACTTTAGCCTCGTTTTTGATATGc > 1:1526729/1‑91 (MQ=255) aTCTTTAATTGGATTTTAATTCAATTACAATAAATTAAGCGACATAACGAGGCAAGGGTACATGATACTTTAGCCTCGTTTTTGATATGCa < 1:2766555/91‑1 (MQ=255) tCTTTAATTGGATTTTAATTCAATTACAATAAATTAAGCGACATAACGAGGCAAGGGTACATGATACTTTAGCCTCGTTTTTGATATGCAt < 1:3949253/91‑1 (MQ=255) tCTTTAATTGGATTTTAATTCAATTACAATAAATTAAGCGACATAACGAGGCAAGGGTACATGATACTTTAGCCTCGTTTTTGATATGCAt < 1:520437/91‑1 (MQ=255) tCTTTAATTGGATTTTAATTCAATTACAATAAATTAAGCGACATAACGAGGCAAGGGTACATGATACTTTAGCCTCGTTTTTGATATGCAt < 1:1324033/91‑1 (MQ=255) cTTTAATTGGATTTTAATTCAATTACAATAAATTAAGCGACATAACGAGGCAAGGGTACATGATACTTTAGCCTCGTTTTTGATATGCAtt < 1:3604270/91‑1 (MQ=255) cTTTAATTGGATTTTAATTCAATTACAATAAATTAAGCGACATAACGAGGCAAGGGTACATGATACTTTAGCCTCGTTTTTGATATGCAtt > 1:2470042/1‑91 (MQ=255) cTTTAATTGGATTTTAATTCAATTACAATAAATTAAGCGACATAACGAGGCAAGGGTACATGATACTTTAGCCTCGTTTTTGATATGCAtt > 1:2468768/1‑91 (MQ=255) cTTTAATTGGATTTTAATTCAATTACAATAAATTAAGCGACATAACGAGGCAAGGGTACATGATACTTTAGCCTCGTTTTTGATATGCAtt < 1:2840114/91‑1 (MQ=255) tgtAATTGAATTAAAATCCAATTACAATAAATTAAGCGACATAACGAGGCAAGGGTACATGATACTTTAGCCTCGTTTTTGATATGCAttt > 1:2737099/3‑91 (MQ=38) ttAATTGGATTTTAATTCAATTACAATAAATTAAGCGACATAACGAGGCAAGGGTACATGATACTTTAGCCTCGTTTTTGATATGCAtttt > 1:1331131/1‑91 (MQ=255) ttAATTGGATTTTAATTCAATTACAATAAATTAAGCGACATAACGAGGCAAGGGTACATGATACTTTAGCCTCGTTTTTGATATGCAtttt < 1:1180699/91‑1 (MQ=255) ttAATTGGATTTTAATTCAATTACAATAAATTAAGCGACATAACGAGGCAAGGGTACATGATACTTTAGCCTCGTTTTTGATATGCAtttt > 1:1776990/1‑91 (MQ=255) tAATTGGATTTTAATTCAATTACAATAAATTAAGCGACATAACGAGGCAAGGGTACATGATACTTTAGCCTCGTTTTTGATATGCAttttt > 1:2642619/1‑91 (MQ=255) tAATTGGATTTTAATTCAATTACAATAAATTAAGCGACATAACGAGGCAAGGGTACATGATACTTTAGCCTCGTTTTTGATATGCAttttt > 1:1517678/1‑91 (MQ=255) aaTTGGATTTTAATTCAATTACAATAAATTAAGCGACATAACGAGGCAAGGGTACATGATACTTTAGCCTCGTTTTTGATATGCATTTTTc > 1:2250672/1‑91 (MQ=255) aaTTGGATTTTAATTCAATTACAATAAATTAAGCGACATAACGAGGCAAGGGTACATGATACTTTAGCCTCGTTTTTGATATGCATTTTTc > 1:1053743/1‑91 (MQ=255) aTTGGATTTTAATTCAATTACAATAAATTAAGCGACATAACGAGGCAAGGGTACATGATACTTTAGCCTCGTTTTTGATATGCATTTTTCt > 1:2685730/1‑91 (MQ=255) ttGGATTTTAATTCAATTACAATAAATTAAGCGACATAACGAGGCAAGGGTACATGATACTTTAGCCTCGTTTTTGATATGCATTTTTCTg < 1:3716975/91‑1 (MQ=255) ttGGATTTTAATTCAATTACAATAAATTAAGCGACATAACGAGGCAAGGGTACATGATACTTTAGCCTCGTTTTTGATATGCATTTTTCTg < 1:745268/91‑1 (MQ=255) aTTTTAATTCAATTACAATAAATTAAGCGACATAACGAGGCAAGGGTACATGATACTTTAGCCTCGTTTTTGATATGCATTTTTCTGAata > 1:3064003/1‑91 (MQ=255) aaTTCAATTACAATAAATTAAGCGACATAACGAGGCAAGGGTACATGATACTTTAGCCTCGTTTTTGATATGCATTTTTCTGAATATAAgg < 1:1964653/91‑1 (MQ=255) aaTTCAATTACAATAAATTAAGCGACATAACGAGGCAAGGGTACATGATACTTTAGCCTCGTTTTTGATATGCATTTTTCTGAATATAAgg > 1:2488063/1‑91 (MQ=255) aTTCAATTACAATAAATTAAGCGACATAACGAGGCAAGGGTACATGATACTTTAGCCTCGTTTTTGATATGCATTTTTCTGAATATAAggg < 1:4027353/91‑1 (MQ=255) tCAATTACAATAAATTAAGCGACATAACGAGGCAAGGGTACATGATACTTTAGCCTCGTTTTTGATATGCATTTTTCTGAATATAAGGGCa > 1:3879648/1‑91 (MQ=255) cAATTACAATAAATTAAGCGACATAACGAGGCAAGGGTACATGATACTTTAGCCTCGTTTTTGATATGCATTTTTCTGAATATAAGGGCaa > 1:2066744/1‑91 (MQ=255) cAATTACAATAAATTAAGCGACATAACGAGGCAAGGGTACATGATACTTTAGCCTCGTTTTTGATATGCATTTTTCTGAATATAAGGGCaa < 1:3600657/91‑1 (MQ=255) aTTACAATAAATTAAGCGACATAACGAGGCAAGGGTACATGATACTTTAGCCTCGTTTTTGATATGCATTTTTCTGAATATAAGGGCAATa < 1:3549326/91‑1 (MQ=255) aaTAAATTAAGCGACATAACGAGGCAAGGGTACATGATACTTTAGCCTCGTTTTTGATATGCATTTTTCTGAATATAAGGGCAATAGATgg > 1:1557816/1‑91 (MQ=255) aaaTTAAGCGACATAACGAGGCAAGGGTACATGATACTTTAGCCTCGTTTTTGATATGCATTTTTCTGAATATAAGGGCAATAGATGGTAt > 1:4047908/1‑91 (MQ=255) aTTAAGCGACATAACGAGGCAAGGGTACATGATACTTTAGCCTCGTTTTTGATATGCATTTTTCTGAATATAAGGGCAATAGATGGTAttt > 1:3708171/1‑91 (MQ=255) ttAAGCGACATAACGAGGCAAGGGTACATGATACTTTAGCCTCGTTTTTGATATGCATTTTTCTGAATATAAGGGCAATAGATGGTAtttt < 1:2743209/91‑1 (MQ=255) ttAAGCGACATAACGAGGCAAGGGTACATGATACTTTAGCCTCGTTTTTGATATGCATTTTTCTGAATATAAGGGCAATAGATGGTAtttt < 1:2690967/91‑1 (MQ=255) ttAAGCGACATAACGAGGCAAGGGTACATGATACTTTAGCCTCGTTTTTGATATGCATTTTTCTGAATATAAGGGCAATAGATGGTAtttt < 1:710836/91‑1 (MQ=255) ttAAGCGACATAACGAGGCAAGGGTACATGATACTTTAGCCTCGTTTTTGATATGCATTTTTCTGAATATAAGGGCAATAGATGGTAtttt < 1:1943684/91‑1 (MQ=255) tAAGCGACATAACGAGGCAAGGGTACATGATACTTTAgcctcgttatgtcgcttaatttattgtaattgaattaaaatccaattaaagatt < 1:1895069‑M2/91‑55 (MQ=255) aaGCGACATAACGAGGCAAGGGTACATGATACTTTAGCCTCGTTTTTGATATGCATTTTTCTGAATATAAGGGCAATAGATGGTATTTtat < 1:526034/91‑1 (MQ=255) aGCGACATAACGAGGCAAGGGTACATGATACTTTAGCCTCGTTTTTGATATGCATTTTTCTGAATATAAGGGCAATAGATGGTATTTtata < 1:502613/91‑1 (MQ=255) aGCGACATAACGAGGCAAGGGTACATGATACTTTAGCCTCGTTTTTGATATGCATTTTTCTGAATATAAGGGCAATAGATGGTATTTtata < 1:4085966/91‑1 (MQ=255) gCGACATAACGAGGCAAGGGTACATGATACTTTAGCCTCGTTTTTGATATGCATTTTTCTGAATATAAGGGCAATAGATGGTATTTTATaa > 1:446717/1‑91 (MQ=255) gCGACATAACGAGGCAAGGGTACATGATACTTTAGCCTCGTTTTTGATATGCATTTTTCTGAATATAAGGGCAATAGATGGTATTTTATaa < 1:2429774/91‑1 (MQ=255) aCATAACGAGGCAAGGGTACATGATACTTTAGCCTCGTTTTTGATATGCA‑TTTTCTGAATATAAGTGCAATAGATGGTATTTTATAAtttt > 1:3863694/1‑91 (MQ=255) cATATCGAGGCAAGGGTACATGATACTTTAGCCTCGTTTTTGATATGCATTTTTCTGAATATAAGGGCAATAGATGGTATTTTATAAtttt < 1:3450447/91‑1 (MQ=255) aaCGAGGCtaaagtatcatgtacccttgcctcgttatgtcgcttaatttattgtaattgaattaaaatccaattaaagatttggagtaacc < 1:3454112‑M1/91‑84 (MQ=255) aCGAGGCtaaagtatcatgtacccttgcctcgttatgtcgcttaatttattgtaattgaattaaaatccaattaaagatttggagtaaccc < 1:1188819‑M1/91‑85 (MQ=255) aCGAGGCtaaagtatcatgtacccttgcctcgttatgtcgcttaatttattgtaattgaattaaaatccaattaaagatttggagtaaccc < 1:1188743‑M1/91‑85 (MQ=255) aCGAGGCAAGGGTACATGATACTTTAGCCTCGTTTTTGATATGCATTTTTCTGAATATAAGGGCAATAGATGGTATTTTATAATTTTTTTa > 1:2794000/1‑91 (MQ=255) aCGAGGCAAGGGTACATGATACTTTAGCCTCGTTTTTGATATACATTTTTCTGAATATAAGGGCAATAGATGGTATTTTATAATTTTTTTa > 1:2037563/1‑91 (MQ=255) cGAGGCAAGGGTACATGATACTTTAGCCTCGTTTTTGATATGCATTTTTCTGAATATAAGGGCAATAGATGGTATTTTATAATTTTTTTaa > 1:2213353/1‑91 (MQ=255) gAGGCAAGGGTACATGATACTTTAGCCTCGTTTTTGATATGCATTTTTCTGAATATAAGGGCAATAGATGGTATTTTATAATTTTTTTAAg > 1:2564231/1‑91 (MQ=255) aGGCtaaagtatcatgtacccttgcctcgttatgtcgcttaatttattgtaattgaattaaaatccaattaaagatttggagtaacccttt < 1:1274263‑M1/91‑88 (MQ=255) aGGCtaaagtatcatgtacccttgcctcgttatgtcgcttaatttattgtaattgaattaaaatccaattaaagatttggagtaacccttt > 1:2201443‑M1/1‑4 (MQ=255) aGGCtaaagtatcatgtacccttgcctcgttatgtcgcttaatatattgtaattgaattaaaatccaattaaagatttggagtaacccttt < 1:4137101‑M1/91‑88 (MQ=255) aGGCAAGGGTACATGATACTTTAgcctcgttatgtcgcttaatttattgtaattgaattaaaatccaattaaagatttggagtaacccttt < 1:2943472‑M2/91‑69 (MQ=255) aGGCAAGGGTACATGATACTTTAgcctcgttatgtcgcttaatttattgtaattgaattaaaatccaattaaagatttggagtaacccttt < 1:2938811‑M2/91‑69 (MQ=255) ggCtaaagtatcatgtacccttgcctcgttatgtcgcttaatttattgtaattgaattaaaatccaattaaagatttggcgtaaccctttt > 1:3763200‑M1/1‑3 (MQ=255) ggCtaaagtatcatgtacccttgcctcgttatgtcgcttaatttattgtaattgaattaaaatccaattaaagatttggcgtaaccctttt > 1:3762376‑M1/1‑3 (MQ=255) ggCtaaagtatcatgtacccttgcctcgttatgtcgcttaatttattgtaattgaattaaaatccaattaaagatttggagtaaccctttt > 1:3810678‑M1/1‑3 (MQ=255) ggCtaaagtatcatgtacccttgcctcgttatgtcgcttaatttattgtaattgaattaaaatccaattaaagatttggagtaaccctttt > 1:2939348‑M1/1‑3 (MQ=255) ggCAAGGGTACATGATACTTTAgcctcgttatgtcgcttaatttattgtaattgaattaaaatccaattaaagatttggagtaaccctttt < 1:2145408‑M2/91‑70 (MQ=255) gCtaaagtatcatgtacccttgcctcgttatgtcgcttaatttattgtaattgaattaaaatccaattaaagatttggagtaacccttttt > 1:1702553‑M1/1‑2 (MQ=255) gCAAGGGTACATGATACTTTAGCCTCGTNTTTGNTATGCATTTTTNTGAATATAAGGGCANTAGATGGTATTTTATAATTTTTTTAAGGTa < 1:1896957/91‑1 (MQ=255) | TTATCGTTTTAGTATTATTCCAAAAAGGGTTACTCCAAATCTTTAATTGGATTTTAATTCAATTACAATAAATTAAGCGACATAACGAGGCAAGGGTACATGATACTTTAGCCTCGTTTTTGATATGCATTTTTCTGAATATAAGGGCAATAGATGGTATTTTATAATTTTTTTAAGGTAG > USA300TCH1516_ALE/1199203‑1199383 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |