| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 1265497 = | 98 (1.000) | 15 (0.190) | 8/130 | NT | 15.1% | intergenic (+5/‑168) | femA_1/dprA | Aminoacyltransferase FemA/DNA processing protein DprA |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 1265543 = | 89 (1.110) | intergenic (+51/‑122) | femA_1/dprA | Aminoacyltransferase FemA/DNA processing protein DprA | |||||
AAAAACATTGTCGATGTAATGTTATTTTAAGGAGTAAAAATACTGACTTAAAAAGTGAAAAGTATGTTGGAAAGAATTTAAAATTTCAATTTCCAACATACTTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/1265600‑1265497‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tttccaacatactttTCACTTTTTAAGTCAGTATTTTTACTCCTTAAAATAACATTACATCGACAATGTTTTTGTATTAGAAATGTAAAACAAAAATAGAATATG > USA300TCH1516_ALE/1265543‑1265632 AAAAACATTGTCGATGTAATGTTATTTTAAGGAGTAAAAATACTGACTTAAAAAGTGAAAAGTATGTTGGAAAGAATTTAAAATTTCAATT > 1:372453/1‑91 AAAACATTGTCGATGTAATGTTATTTTAAGGAGTAAAAATACTGACTCAAAAAGTGAAAAGTATGTTGGAAAGAATTTAAAATTTCAATTT > 1:4139154/1‑91 AACATTGTCGATGTAATGTTATTTTAAGGAGTAAAAATACTGACTTAAAAAGTGAAAAGTATGTTGGAAAGAATTTAAAATTTCAATTTCC > 1:3227862/1‑91 AACATTGTCGATGTAATGTTATTTTAAGGAGTAAAAATACTGACTTAAAAAGTGAAAAGTATGTTGGAAAGAATTTAAAATTTCAATTTCC > 1:3248361/1‑91 ACATTGTCGATGTAATGTTATTTTAAGGAGTAAAAATACTGACTTAAAAAGTGAAAAGTATGTTGGAAAGAATTTAAAATTTCAATTTCCA < 1:3635053/91‑1 ACATTGTCGATGTAATGTTATTTTAAGGAGTAAAAATACTGACTTAAAAAGTGAAAAGTATGTTGGAAAGAATTTAAAATTTCAATTTCCA > 1:3488008/1‑91 ACATTGTCGATGTAATGTTATTTTAAGGAGTAAAAATACTGACTTAAAAAGTGAAAAGTATGTTGGAAAGAATTTAAAATTTCAATTTCCA < 1:3635345/91‑1 CATTGTCGATGTAATGTTATTTTAAGGAGTAAAAATACTGACTTAAAAAGTGAAAAGTATGTTGGAAAGAATTTAAAATTTCAATTTCCAA < 1:3006980/91‑1 CATTGTCGATGTAATGTTATTTTAAGGAGTAAAAATACTGACTTAAAAAGTGAAAAGTATGTTGGAAAGAATTTAAAATTTCAATTTCCAA < 1:1537075/91‑1 CATTGTCGATGTAATGTTATTTTAAGGAGTAAAAATACTGACTTAAAAAGTGAAAAGTATGTTGGAAAGAATTTAAAATTTCAATTTCCAA < 1:3006561/91‑1 CATTGTCGATGTAATGTTATTTTAAGGAGTAAAAATACTGACTTAAAAAGTGAAAAGTATGTTGGAAAGAATTTAAAATTTCAATTTCCAA > 1:4093285/1‑91 CATTGTCGATGTAATGTTATTTTAAGGAGTAAAAATACTGACTTAAAAAGTGAAAAGTATGTTGGAAAGAATTTAAAATTTCAATTTCCAA < 1:3682934/91‑1 CATTGTCGATGTAATGTTATTTTAAGGAGTAAAAATACTGACTTAAAAAGTGAAAAGTATGTTGGAAAGAATTTAAAATTTCAATTTCCAA > 1:85669/1‑91 ATTGTCGATGTAATGTTATTTTAAGGAGTAAAAATACTGACATAAAAAGTGAAAAGTATGTTGGAAAGAATTTAAAATTTCAATTTCCAAC < 1:1496170/91‑1 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |