| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 1265511 | 93 (0.950) | 17 (0.210) | 10/130 | NT | 17.1% | intergenic (+19/‑154) | femA_1/dprA | Aminoacyltransferase FemA/DNA processing protein DprA |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 1265527 | 89 (1.110) | intergenic (+35/‑138) | femA_1/dprA | Aminoacyltransferase FemA/DNA processing protein DprA | |||||
CACATGTTGAAGAATTAATTGGTGATTTCATCAAACCAGTAAGACCAATTCTATATAAATTTGCAAAACTTATTTATAAGGTTTAATTATAAAGTATGTTGGAAA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/1265407‑1265511‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑aaagtatgttggaaaGAATTTAAAATTTCAATTTCCAACATACTTTATAATTAAACCTTATAAATAAGTTTTGCAAATTTATATAGAATTGGTCTTACTGGTTTG < USA300TCH1516_ALE/1265527‑1265438 CACATGTTGAAGAATTATTTGGTGATTTCATCAAACCAGTAAGACCAATTCTATATAAATTTGCAAAACTTATTTATAAGGTTTAATTATA < 1:353872/91‑1CACATGTTGAAGAATTAATTGGTGATTTCATCAAACCAGTAAGACCAATTCTATATAAATTTGCAAAACTTATTTATAAGGTTTAATTATA < 1:3253251/91‑1CACATGTTGAAGAATTAATTGGTGATTTCATCAAACCAGTAAGACCAATTCTATATAAATTTGCAAAACTTATTTATAAGGTTTAATTATA < 1:1767011/91‑1CACATGTTGAAGAATTAATTGGTGATTTCATCAAACCAGTAAGACCAATTCTATATAAATTTGCAAAACTTATTTATAAGGTTTAATTATA > 1:3940332/1‑91 ACATGTTGAAGAATTAATTGGTGATTTCATCAAACCAGTAAGACCAATTCTATATAAATTTGCAAAACTTATTTATAANGTTTAATTATAA > 1:451829/1‑91 ACATGTTGAAGAATTAATTGGTGATTTCATCAAACCAGTAAGACCAATTCTATATAAATTTGCAAAACTTATTTATAAGGTTTAATTATAA > 1:972583/1‑91 CATGTTGAAGAATTAATTGGTGATTTCATCAAACCAGTAAGACCAATTCTATATAAATTTGCAAAACTTATTTATAAGGTTTAATTATAAA < 1:2061174/91‑1 CATGTTGAAGAATTAATTGGTGATTTCATCAAACCAGTAAGACCAATTCTATATAAATTTGCAAAACTTATTTATAAGGTTTAATTATAAA > 1:3254413/1‑91 ATGTTGAAGAATTAATTGGTGATTTCATCAAACCAGTAAGACCAATTCTATATAAATTTGCAAAACTTATTTATAAGGTTTAATTATAAAG > 1:760124/1‑91 TGTTGAAGAATTAATTGGTGATTTCATCAAACCAGTAAGACCAATTCTATATAAATTTGCCAAACTTATTTATAAGGTTTAATTATAAAGT > 1:2327149/1‑91 TGTTGAAGAATTAATTGGTGATTTCATCAAACCAGTAAGACCAATTCTATATAAATTTGCAAAACTTATTTATAAGGTTTAATTATAAAGT > 1:2094130/1‑91 GTTGAAGAATTAATTGGTGATTTCATCAAACCAGTAAGACCAATTCTATATAAATTTGCAAAACTTATTTATAAGGTTTAATTATAAAGTA > 1:1411067/1‑91 TGAAGAATTAATTGGTGATTTCATCAAACCAGTAAGACCAATTCTATATAAATTTGCAAAACTTATTTATAAGGTTTAATTATAAAGTATG > 1:3793476/1‑91 GAAGAATTAATTGGTGATTTCATCAAACCAGTAAGACCAATTCTATATAAATTTGCAAAACTTATTTATAATGTTTAATTATAAAGTATGT > 1:1153607/1‑91 GAAGAATTAATTGGTGATTTCATCAAACCAGTAAGACCAATTCTATATAAATTTGCAAAACTTATTTATAAGGTTTAATTATAAAGTATGT > 1:3999198/1‑91 GAAGAATTAATTGGTGATTTCATCAAACCAGTAAGACCAATTCTATATAAATTTGCAAAACTTATTTATAAGGTTTAATTATAAAGTATGT < 1:1294877/91‑1 AAGAATTAATTGGTGATTTCATCAAACCAGTAAGACCAATTCTATATAAATTTGCAAAACTTATTTATAAGGTTTAATTATAAAGTATGTT > 1:1437973/1‑91 AAGAATTAATTGGTGATTTCATCAAACCAGTAAGACCAATTCTATATAAATTTGCAAAACTTATTTATAAGGTTTAATTATAAAGTATGTT > 1:1437917/1‑91 AAGAATTAATTGGTGATTTCATCAAACCAGTAAGACCAATTCTATATAAATTTGCAAAACTTATTTATAAGGTTTAATTATAAAGTATGTT > 1:1438242/1‑91 AGAATTAATTGGTGATTTCATCAAACCAGTAAGACCAATTCTATATAAATTTGCAAAACTTATTTATAAGGTTTAATTATAAAGTATGTTG > 1:3477818/1‑91 GAATTAATTGGTGATTTCATCAAACCAGTAAGACCAATTCTATATAAATTTGCAAAACTTATTTATAAGGTTTAATTATAAAGTATGTTGG > 1:1518973/1‑91 AATTAATTGGTGATTTCATCAAACCAGTAAGACCAATTCTATATAAATTTGCAAAACTTATTTATAAGGTTTAATTATAAAGTATGTTGGA < 1:3088499/91‑1 AATTAATTGGTGATTTCATCAAACCAGTAAGACCAATTCTATATAAATTTGCAAAACTTATTTATAAGGTTTAATTATAAAGTATGTTGGA < 1:3088215/91‑1 TTAATTGGTGATTTCATCAAACCAGTAAGACCAATTCTATATAAATTTGCAAAACTTATTTATAAGGTTTAATTATAAAGTATGTTGGAAA < 1:2141300/91‑1 TTAATTGGTGATTTCATCAAACCAGTAAGACCAATTCTATATAAATTTGCAAAACTTATTTATAAGGTTTAATTATAAAGTATGTTGGAAA < 1:2141672/91‑1 TTAATTGGTGATTTCATCAAACCAGTAAGACCAATTCTATATAAATTTGCAAAACTTATTTATAAGGTTTAATTATAAAGTATGTTGGAAA > 1:2252641/1‑91 TTAATTGGTGATTTCATCAAACCAGTAAGACCAATTCTATATAAATTTGCAAAACTTATTTATAAGGTTTAATTATAAAGTATGTTGGAAA < 1:2503615/91‑1 TTAATTGGTGATTTCAACAAACCAGTAAGACCAATTCTATATAAATTTGCAAAACTTATTTATAAGGTTTAATTATAAAGTATGTTGGAAA < 1:2141673/91‑1 TCATCAAACCAGTAAGACCAATTCTATATAAATTTGCAAAACTTATTTATAAGGTTTAATTATAAAGTATGTTGGAAAGAATTTAAAATTT < 1:1257216/91‑1 CATCAAACCAGTAAGACCAATTCTATATAAATTTGCAAAACTTATTTATAAGGTTTAATTATAAAGTATGTTGGAAAGAATTTAATATTTC < 1:1857077/91‑1 CATCAAACCAGTAAGACCAATTCTATATAAATTTGCAAAACTTATTTATAAGGTTTAATTATAAAGTATGTTGGAAAGAATTTAAAATTTC < 1:2026642/91‑1 CATCAAACCAGTAAGACCAATTCTATATAAATTTGCAAAACTTATTTATAAGGTTTAATTATAAAGTATGTTGGAAAGAATTTAAAATTTC < 1:2922958/91‑1 CAAACCAGTAAGACCAATTCTATATAAATTTGCAAAACTTATTTATAAGGTTTAATTATAAAGTATGTTGGAAAGGATTTAAAATTTCAAT < 1:1147856/91‑1 AAACCAGTAAGACCAATTCTATATAAATTTGCAAAACTTATTTATAAGGTTTAATTATAAAGTATGTTGGAAAGAATTTAAAATTTCAATT < 1:2786212/91‑1 ACCAGTAAGACCAATTCTATATAAATTTGCAAAACTTATTTATAAGGTTTAATTATAAAGTATGTTGGAAAGAATTTAAAATTTCAATTTC < 1:2006293/91‑1 ACCAGTAAGACCAATTCTATATAAATTTGCAAAACTTATTTATAAGGTTTAATTATAAAGTATGTTGGAAAGAATTTAAAATTTCAATTTC < 1:2015267/91‑1 CCAGTAAGACCAATTCTATATAAATTTGCAAAACTTATTTATAAGGTTTAATTATAAAGTATGTTGGAAAGAATTTAAAATTTCAATTTCC < 1:2543835/91‑1 CCAGTAAGACCAATTCTATATAAATTTGCAAAACTTATTTATAAGGTTTAATTATAAAGTATGTTGGAAAGAATTTAAAATTTCAATTTCC < 1:2544686/91‑1 CCAGTAAGACCAATTCTATATAAATTTGCAAAACTTATTTATAAGGTTTAATTATAAAGTATGTTGGAAAGAATTTAAAATTTCAATTTCC < 1:2545083/91‑1 GTAAGACCAATTCTATATAAATTTGCAAAACTTATTTATAAGGTTTAATTATAAAGTATGTTGGAAAGAATTTAAAATTTCAATTTCCAAC < 1:685040/91‑1 AAGACCAATTCTATATAAATTTGCAAAACTTATTTATAAGGTTTAATTATAAAGTATGTTGGAAAGAATTTAAAATTTCAATTTCCAACAT < 1:3098858/91‑1 AAGACCAATTCTATATAAATTTGCAAAACTTATTTATAAGGTTTAATTATAAAGTATGTTGGAAAGAATTTAAAATTTCAATTTCCAACAT < 1:3093832/91‑1 AGACCAATTCTATATAAATTTGCAAAACTTATTTATAAGGTTTAATTATAAAGTATGTTGGAAAGAATTTAAAATTTCAATTTCCAACATA < 1:2134590/91‑1 AGACCAATTCTATATAAATTTGCAAAACTTATTTATAAGGTTTAATTATAAAGTATGTTGGAAAGAATTTAAAATTTCAATTTCCAACATA < 1:2134046/91‑1 CCAATTCTATAGAAATTTGCAAAACTTATTTATAAGGTTTAATTATAAAGTATGTTGGAAAGAATTTAAAATTTCAATTTCCAACATACTT < 1:3759864/91‑1 AAAGTATGTTGGAAAGAATTTAAAATTTCAATTTCCAACATACTTTATAATTAAACCTTATAAATAAGTTTTGCAAATTTATATAGAATTG > 1:3026625/1‑91 AAAGTATGTTGGAAAGAATTTAAAATTTCAATTTCCAACATACTTTATAATTAAACCTTATAAATAAGTTTTGCAAATTTATATAGAATTG < 1:3436223/91‑1 AAAGTATGTTGGAAAGAATTTAAAATTTCAATTTCCAACATACTTTATAATTAAACCTTATAAATAAGTTTTGCAAATTTATATAGAATTG > 1:3212572/1‑91 AAAGTATGTTGGAAAGAATTTAAAATTTCAATTTCCAACATACTTTATAATTAAACCTTATAAATAAGTTTTGCAAATTTATATAGAATTG > 1:17523/1‑91 AAAGTATGTTGGAAAGAATTTAAAATTTCAATTTCCAACATACTTTATAATTAAACCTTATAAATAAGTTTTGCAAATTTATATAGAATTG > 1:3998629/1‑91 AAAGTATGTTGGAAAGAATTTAAAATTTCAATTTCCAACATACTTTATAATTAAACCTTATAAATAAGTTTTGCAAATTTATATAGAATTG > 1:174625/1‑91 AAGTATGTTGGAAAGAATTTAAAATTTCAATTTCCAACATACTTTATAATTAAACCTTATAAATAAGTTTTGCAAATTTATATAGAATTGG > 1:710409/1‑91 AAGTATGTTGGAAAGAATTTAAAATTTCAATTTCCAACATACTTTATAATTAAACCTTATAAATAAGTTTTGCAAATTTATATAGAATTGG > 1:3772928/1‑91 AAGTATGTTGGAAAGAATTTAAAATTTCAATTTCCAACATACTTTATAATTAAACCTTATAAATAAGTTTTGCAAATTTATATAGAATTGG > 1:753694/1‑91 AGTATGTTGGAAAGAATTTAAAATTTCAATTTCCAACATACTTTATAATTAAACCTTATAAATAAGTTTTGCAAATTTATATAGAATTGGT < 1:1231197/91‑1 GTATGTTGGAAAGAATTTAAAATTTTAATTTCCAACATACTTTATAATTAAACCTTATAAATAAGTTTTGCAAATTTATATAGAATTGGTC < 1:3850647/91‑1 GTATGTTGGAAAGAATTTAAAATTTCAATTTCCAACATACTTTATAATTAAACCTTATAAATAAGTTTTGCAAATTTATATAGAATTGGTC < 1:2261627/91‑1 GTATGTTGGAAAGAATTTAAAATTTCAATTTCCAACATACTTTATAATTAAACCTTATAAATAAGTTTTGCAAATTTATATAGAATTGGTC < 1:2263209/91‑1 GTATGTTGGAAAGAATTTAAAATTTCAATTTCCAACATACTTTATAATTAAACCTTATAAATAAGTTTTGCAAATTTATATAGAATTGGTC < 1:2261587/91‑1 TATGTTGGAAAGAATTTAAAATTTCAATTTCTAACATACTTTATGATTAAACCTTATGAATAAGTTTTGCAAATTTATATAGAATTGGTCT < 1:3307659/91‑1 TATGTTGGAAAGAATTTAAAATTTCAATTTCCAACATACTTTATAATTAAACCTTATAAATAAGTTTTGCAAATTTATATAGAATTGGTCT < 1:728138/91‑1 TATGTTGGAAAGAATTTAAAATTTCAATTTCCAACATACTTTATAATTAAACCTTATAAATAAGTTTTGCAAATTTATATAGAATTGGTCT < 1:1293472/91‑1 TATGTTGGAAAGAATTTAAAATTTCAATTTCCAACATACTTTATAATTAAACCTTATAAATAAGTTTTGCAAATTTATATAGAATTGGTCT < 1:2846074/91‑1 TGTTGGAAAGAATTTAAAATTTCAATTTCCAACATACTTTATAATTAAACCTTATAAATAAGTTTTGCAAATTTATATAGAATTGGTCTTA < 1:3355219/91‑1 GTTGGAAAGAATTTAAAATTTCAATTTCCAACATACTTTATAATTAAACCTTATAAATAAGTTTTGCAAATTTATATAGAATTGGTCTTAC < 1:1135059/91‑1 GTTGGAAAGAATTTAAAATTTCAATTTCCAACATACTTTATAATTAAACCTTATAAATAAGTTTTGCAAATTTATATAGAATTGGTCTTAC > 1:856255/1‑91 GTTGGAAAGAATTTAAAATTTCAATTTCCAACATACTTTATAATTAAACCTTATAAATAAGTTTTGCAAATTTATATAGAATTGGTCTTAC < 1:181609/91‑1 GTTGGAAAGAATTTAAAATTTCAATTTCCAACATACTTTATAATTAAACCTTATAAATAAGTTTTGCAAATTTATATAGAATTGGTCTTAC < 1:2460121/91‑1 GTTGGAAAGAATTTAAAATTTCAATTTCCAACATACTTTATAATTAAACCTTATAAATAAGTTTTGCAAATTTATATAGAATTGGTCTTAC < 1:3922396/91‑1 TTGGAAAGAATTTAAAATTTCAATTTCCAACATACTTTATAATTAAACCTTATAAATAAGTTTTGCAAATTTATATAGAATTGGTCTTACT < 1:38224/91‑1 TTGGAAAGAATTCAAAATTTCAATTTCCAACATACTTTATAATTAAACCTTATAAATAAGTTTTGCAAATTTATATAGAATTGGTCTTACT > 1:3199756/1‑91 GGAAAGAATTTAAAATTTCAATTTCCAACATACTTTATAATTAAACCTTATAAATAAGTTTTGCAAATTTATATAGAATTGGTCTTACTGG > 1:1860362/1‑91 GAAAGAATTTAAAATTTCAATTTCCAACATACTTTATAATTAAACCTTATAAATAAGTTTTGCAAATTTATATAGAATTGGTCTTACTGGT < 1:3387058/91‑1 GAAAGAATTTAAAATTTCAATTTCCAACATACTTTATAATTAAACCTTATAAATAAGTTTTGCAAATTTATATAGAATTGGTCTTACTGGT < 1:3937493/91‑1 AAAGAATTTAAAATTTCAATTTCCAACATACTTTATAATTAAACCTTATAAATAAGTTTTGCAAATTTATATAGAATTGGTCTTACTGGTT > 1:64890/1‑91 AAAGAATTTAAAATTTCAATTTCCAACATACTTTATAATTAAACCTTATAAATAAGTTTTGCAAATTTATATAGAATTGGTCTTACTGGTT > 1:2638072/1‑91 AAAGAATTTAAAATTTCAATTTCCAACATACTTTATAATTAAACCTTATAAATAAGTTTTGCAAATTTATATAGAATTGGTCTTACTGGTT < 1:1875906/91‑1 AAAGAATTTAAAATTTCAATTTCCAACATACTTTATAATTAAACCTTATAAATAAGTTTTGCAAATTTATATAGAATTGGTCTTACTGGTT < 1:382080/91‑1 AAAGAATTTAAAATTTCAATTTCCAACATACTTTATAATTAAACCTTATAAATAAGTTTTGCAAATTTATATAGAATTGGTCTTACTGGTT < 1:3718687/91‑1 AAAGAATTTAAAATTTCAATTTCCAACATACTTTATAATTAAACCTTATAAATAAGTTTTGCAAATTTATATAGAATTGGTCTTACTGGTT < 1:1875673/91‑1 AAGAATTTATAATTTCAATTTCCAACATACTTTATAATTAAACCTTATAAATAAGTTTTGCAAATTTATATAGAATTGGTCTTACTGGTTT < 1:3984170/91‑1 AGAATTTAAAATTTCAATTTCCAACATACTTTATAATTAAACCTTATAAATAAGTTTTGCAAATTTATATAGAATTGGTCTTACTGGTTTG > 1:297125/1‑91 CACATGTTGAAGAATTAATTGGTGATTTCATCAAACCAGTAAGACCAATTCTATATAAATTTGCAAAACTTATTTATAAGGTTTAATTATAAAGTATGTTGGAAA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/1265407‑1265511‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑aaagtatgttggaaaGAATTTAAAATTTCAATTTCCAACATACTTTATAATTAAACCTTATAAATAAGTTTTGCAAATTTATATAGAATTGGTCTTACTGGTTTG < USA300TCH1516_ALE/1265527‑1265438 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |