| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 1265511 | 93 (0.950) | 17 (0.210) | 10/130 | NT | 17.1% | intergenic (+19/‑154) | femA_1/dprA | Aminoacyltransferase FemA/DNA processing protein DprA |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 1265527 | 89 (1.110) | intergenic (+35/‑138) | femA_1/dprA | Aminoacyltransferase FemA/DNA processing protein DprA | |||||
Only 100 of 259 total aligned reads displayed.
TTAATTGGTGATTTCATCAAACCAGTAAGACCAATTCTATATAAATTTGCAAAACTTATTTATAAGGTTTAATTATAAAGTATGTTGGAAATTGAAATTTTAAATTCTTTCCAACATACTTTTCACTTTTTAAGTCAGTATTTTTACTCCTTAAAATAACATTACATCGACAATGTTTTT > USA300TCH1516_ALE/1265421‑1265600 | ttaattGGTGATTTCATCAAACCAGTAAGACCAATTCTATATAAATTTGCAAAACTTATTTATAAGGTTTAATTATAAAGTATGTTGGAAA < 1:2141300‑M1/91‑1 (MQ=255) taattGGTGATTTCATCAAACCAGTAAGACCAATTCTATATAAATTTGCAAAACTTATTTATAAGGTTTAATTATAAAGTATGTTGgaaat > 1:1062493/1‑91 (MQ=255) taattGGTGATTTCATCAAACCAGTAAGACCAATTCTATATAAATTTGCAAAACTTATTTATAAGGTTTAATTATAAAGTATGTTGgaaat > 1:2435997/1‑91 (MQ=255) aattGGTGATTTCATCAAACCAGTAAGACCAATTCTATATAAATTTGCAAAACTTATTTATAAGGTTTAATTATAAAGTATGTTGgaaatt < 1:2419884/91‑1 (MQ=255) attGGTGATTTCATCAAACCAGTAAGACCAATTCTATATAAATTTGCAAAACTTATTTATAAGGTTTAATTATAAAGTATGTTGgaaattg > 1:4027167/1‑91 (MQ=255) ttGGTGATTTCATCAAACCAGTAAGACCAATTCTATATAAATTTGCAAAACTTATTTATAAGGTTTAATTATAAAGTATGTTGgaaattga < 1:1629181/91‑1 (MQ=255) ggTGATTTCATCAAACCAGTAAGACCAATTCTATATAAATTTGCAAAACTTATTTATAAGGTTTAATTATAAAGTATGTTGgaaattgaaa > 1:596514/1‑91 (MQ=255) gATTTCATCAAACCAGTAAGACCAATTCTATATAAATTTGCAAAACTTATTTATAAGGTTTAATTATAAAGTATGTTGGAAATTGAAAttt > 1:1509584/1‑91 (MQ=255) tttCATCAAACCAGTAAGACCAATTCTATATAAATTTGCAAAACTTATTTATAAGGTTTAATTATAAAGTATGTTGGAAATTGAAATTTTa < 1:3879102/91‑1 (MQ=255) catcaAACCAGTAAGACCAATTCTATATAAATTTGCAAAACTTATTTATAAGGTTTAATTATAAAGTATGTTGGAAAgaatttaatatttc < 1:1857077‑M1/91‑15 (MQ=255) catcaAACCAGTAAGACCAATTCTATATAAATTTGCAAAACTTATTTATAAGGTTTAATTATAAAGTATGTTGGAAAgaatttaaaatttc < 1:2026642‑M1/91‑15 (MQ=255) catcaAACCAGTAAGACCAATTCTATATAAATTTGCAAAACTTATTTATAAGGTTTAATTATAAAGTATGTTGGAAATTGAAATTTTAAAt > 1:554170/1‑91 (MQ=255) catcaAACCAGTAAGACCAATTCTATATAAATTTGCAAAACTTATTTATAAGGTTTAATTATAAAGTATGTTGGAAATTGAAATTTTAAAt < 1:1935614/91‑1 (MQ=255) acaaaaacattgtcgatgtaatgttattttaaggagtaaaaatactgacttaaaaagtgaAAAGTATGTTGGAAATTGAAATTTTAAATTc > 1:3145447‑M1/61‑91 (MQ=255) cAAACCAGTAAGACCAATTCTATATAAATTTGCAAAACTTATTTATAAGGTTTAATTATAAAGTATGTTGGAAATTGAAATTTTAAATTCt > 1:297125‑M2/1‑90 (MQ=255) aaaaacattgtcgatgtaatgttattttaaggagtaaaaatactgacttaaaaagtgaAAAGTATGTTGGAAATTGAAATTTTAAATTCtt > 1:484614‑M1/59‑91 (MQ=255) aaaaacattgtcgatgtaatgttattttaaggagtaaaaatactgacttaaaaagtgaAAAGTATGTTGGAAATTGAAATTTTAAATTCtt > 1:745272‑M1/59‑91 (MQ=255) aaaCCAGTAAGACCAATTCTATATAAATTTGCAAAACTTATTTATAAGGTTTAATTATAAAGTATGTTGGAAAgaatttaaaatttcaatt < 1:2786212‑M1/91‑19 (MQ=255) aaCCAGTAAGACCAATTCTATATAAATTTGCAAAACTTATTTATAAGGTTTAATTATAAAGTATGTTGGAAATTGAAATTTTAAATTCttt > 1:64890‑M2/1‑88 (MQ=255) aaCCAGTAAGACCAATTCTATATAAATTTGCAAAACTTATTTATAAGGTTTAATTATAAAGTATGTTGGAAATTGAAATTTTAAATTCttt > 1:2638072‑M2/1‑88 (MQ=255) aaCCAGTAAGACCAATTCTATATAAATTTGCAAAACTTATTTATAAGGTTTAATTATAAAGTATGTTGGAAATTGAAATTTTAAATTCttt < 1:382080‑M2/91‑4 (MQ=255) aaCCAGTAAGACCAATTCTATATAAATTTGCAAAACTTATTTATAAGGTTTAATTATAAAGTATGTTGGAAATTGAAATTTTAAATTCttt < 1:3718687‑M2/91‑4 (MQ=255) aCCAGTAAGACCAATTCTATATAAATTTGCAAAACTTATTTATAAGGTTTAATTATAAAGTATGTTGGAAAgaatttaaaatttcaatttc < 1:2015267‑M1/91‑21 (MQ=255) ccAGTAAGACCAATTCTATATAAATTTGCAAAACTTATTTATAAGGTTTAATTATAAAGTATGTTGGAAAgaatttaaaatttcaatttcc < 1:2544686‑M1/91‑22 (MQ=255) ccAGTAAGACCAATTCTATATAAATTTGCAAAACTTATTTATAAGGTTTAATTATAAAGTATGTTGGAAAgaatttaaaatttcaatttcc < 1:2543835‑M1/91‑22 (MQ=255) ccAGTAAGACCAATTCTATATAAATTTGCAAAACTTATTTATAAGGTTTAATTATAAAGTATGTTGGAAATTGAAATTTTAAATTCtttcc > 1:1860362‑M2/1‑86 (MQ=255) cattgtcgatgtaatgttattttaaggagtaaaaatactgacttaaaaagtgaAAAGTATGTTGGAAATTGAAATTTTAAATTCTTTCCaa > 1:1381765‑M1/54‑91 (MQ=255) aGTAAGACCAATTCTATATAAATTTGCAAAACTTATTTATAAGGTTTAATTATAAAGTATGTTGGAAATTGAAATTTTAAATTCtttccaa < 1:38224‑M2/91‑8 (MQ=255) gTAAGACCAATTCTATATAAATTTGCAAAACTTATTTATAAGGTTTAATTATAAAGTATGTTGGAAATTGAAATTTTAAATTCtttccaac < 1:181609‑M2/91‑9 (MQ=255) gTAAGACCAATTCTATATAAATTTGCAAAACTTATTTATAAGGTTTAATTATAAAGTATGTTGGAAATTGAAATTTTAAATTCtttccaac < 1:1135059‑M2/91‑9 (MQ=255) gTAAGACCAATTCTATATAAATTTGCAAAACTTATTTATAAGGTTTAATTATAAAGTATGTTGGAAATTGAAATTTTAAATTCtttccaac < 1:2460121‑M2/91‑9 (MQ=255) attgtcgatgtaatgttattttaaggagtaaaaatactgacttaaaaagtgaAAAGTATGTTGGAAATTGAAATTTTAAATTCTTTCCAAc > 1:1276775‑M1/53‑91 (MQ=255) tgtcgatgtaatgttattttaaggagtaaaaatactgacttaaaaagtgaAAAGTATGTTGGAAATTGAAATTTTAAATTCTTTCCAACAt > 1:2947314‑M1/51‑91 (MQ=255) aaGACCAATTCTATATAAATTTGCAAAACTTATTTATAAGGTTTAATTATAAAGTATGTTGGAAAgaatttaaaatttcaatttccaacat < 1:3093832‑M1/91‑27 (MQ=255) aaGACCAATTCTATATAAATTTGCAAAACTTATTTATAAGGTTTAATTATAAAGTATGTTGGAAAgaatttaaaatttcaatttccaacat < 1:3098858‑M1/91‑27 (MQ=255) aGACCAATTCTATATAAATTTGCAAAACTTATTTATAAGGTTTAATTATAAAGTATGTTGGAAAgaatttaaaatttcaatttccaacata < 1:2134590‑M1/91‑28 (MQ=255) aGACCAATTCTATATAAATTTGCAAAACTTATTTATAAGGTTTAATTATAAAGTATGTTGGAAAgaatttaaaatttcaatttccaacata < 1:2134046‑M1/91‑28 (MQ=255) ccAATTCTATATAAATTTGCAAAACTTATTTATAAGGTTTAATTATAAAGTATGTTGGAAATTGAAATTTTAAATTCtttccaacatactt > 1:753694‑M2/1‑77 (MQ=255) ccAATTCTATATAAATTTGCAAAACTTATTTATAAGGTTTAATTATAAAGTATGTTGGAAATTGAAATTTTAAATTCtttccaacatactt > 1:3772928‑M2/1‑77 (MQ=255) ccAATTCTATAGAAATTTGCAAAACTTATTTATAAGGTTTAATTATAAAGTATGTTGGAAAgaatttaaaatttcaatttccaacatactt < 1:3759864‑M1/91‑31 (MQ=255) cAATTCTATATAAATTTGCAAAACTTATTTATAAGGTTTAATTATAAAGTATGTTGGAAATTGAAATTTTAAATTCtttccaacatacttt > 1:3212572‑M2/1‑76 (MQ=255) cAATTCTATATAAATTTGCAAAACTTATTTATAAGGTTTAATTATAAAGTATGTTGGAAATTGAAATTTTAAATTCtttccaacatacttt > 1:17523‑M2/1‑76 (MQ=255) aaTTCTATATAAATTTGCAAAACTTATTTATAAGGTTTAATTATAAAGTATGTTGGAAATTGAAATTTTAAATTCTTTCCAACATACtttt > 1:3227603/1‑91 (MQ=255) aaTTCTATATAAATTTGCAAAACTTATTTATAAGGTTTAATTATAAAGTATGTTGGAAATTGAAATTTTAAATTCTTTCCAACATACtttt > 1:285399/1‑91 (MQ=255) aTTCTATATAAATTTGCAAAACTTATTTATAAGGTTTAATTATAAAGTATGTTGGAAATTGAAATTTTAAATTCTTTCCAACATACTTTTc > 1:3157501/1‑91 (MQ=255) tCTATATAAATTTGCAAAACTTATTTATAAGGTTTAATTATAAAGTATGTTGGAAATTGAAATTTTAAATTCTTTCCAACATACTTTTCAc < 1:3647496/91‑1 (MQ=255) tatataAATTTGCAAAACTTATTTATAAGGTTTAATTATAAAGTATGTTGGAAATTGAAATTTTAAATTCTTTCCAACATACTTTTCACtt < 1:1293692/91‑1 (MQ=255) atataAATTTGCAAAACTTATTTATAAGGTTTAATTATAAAGTATGTTGGAAATTGAAATTTTAAATTCTTTCCAACATACTTTTCACttt < 1:3810992/91‑1 (MQ=255) tataAATTTGCAAAACTTATTTATAAGGTTTAATTATAAAGTATGTTGGAAATTGAAATTTTAAATTCTTTCCAACATACTTTTCACtttt < 1:775592/91‑1 (MQ=255) tataAATTTGCAAAACTTATTTATAAGGTTTAATTATAAAGTATGTTGGAAATTGAAATTTTAAATTCTTTCCAACATACTTTTCACtttt > 1:301785/1‑91 (MQ=255) aaTTTGCAAAACTTATTTATAAGGTTTAATTATAAAGTATGTTGGAAATTGAAATTTTAAATTCTTTCCAACATACTTTTCACTTTTTAAg < 1:3995609/91‑1 (MQ=255) aTTTGCAAAACTTATTTATAAGGTTTAATTATAAAGTATGTTGGAAATTGAAATTTTAAATTCTTTCCAACATACTTTTCACTTTTTAAGt < 1:158816/91‑1 (MQ=255) tGCAAAACTTATTTATAAGGTTTAATTATAAAGTATGTTGGAAATTGAAATTTTAAATTCTTTCCAACATACTTTTCACTTTTTAAGTCAg < 1:1392245/91‑1 (MQ=255) aaCTTATTTATAAGGTTTAATTATAAAGTATGTTGGAAATTGAAATTTTAAATTCTTTCCAACATCCTTTTCACTTTTTAAGTCAGTAttt > 1:3860390/1‑91 (MQ=255) aCTTATTTATAAGGTTTAATTATAAAGTATGTTGGAAATTGAAATTTTAAATTCTTTCCAACATACTTTTCACTTTTTAAGTCAGTAtttt > 1:3193141/1‑91 (MQ=255) ttatAAGGTTTAATTATAAAGTATGTTGGAAATTGAAATTTTAAATTCTTTCCAACATACTTTTCACTTTTTAAGTCAGTATTTTTACTcc > 1:3839403/1‑91 (MQ=255) ttatAAGGTTTAATTATAAAGTATGTTGGAAATTGAAATTTTAAATTCTTTCCAACATACTTTTCACTTTTTAAGTCAGTATTTTTACTcc > 1:235090/1‑91 (MQ=255) tataAGGTTTAATTATAAAGTATGTTGGAAATTGAAATTTTAAATTCTTTCCAACATACTTTTCACTTTTTAAGTCAGTATTTTTACTCCt > 1:3901575/1‑91 (MQ=255) ataAGGTTTAATTATAAAGTATGTTGGAAATTGAAATTTTAAATTCTTTCCAACATACTTTTCACTTTTTAAGTCAGTATTTTTACTCCtt > 1:1190464/1‑91 (MQ=255) taAGGTTTAATTATAAAGTATGTTGGAAATTGAAATTTTAAATTCTTTCCAACATACTTTTCACTTTTTAAGTCAGTATTTTTACTCCTTa > 1:2347921/1‑91 (MQ=255) aaGGTTTAATTATAAAGTATGTTGGAAATTGAAATTTTAAATTCTTTCCAACATACTTTTCACTTTTTAAGTCAGTATTTTTACTCCTTaa > 1:536352/1‑91 (MQ=255) gTTTAATTATAAAGTATGTTGGAAATTGAAATTTTAAATTCTTTCCAACATACTTTTCACTTTTTAAGTCAGTATTTTTACTCCTTAAAAt > 1:3122792/1‑91 (MQ=255) ttAATTATAAAGTATGTTGGAAATTGAAATTTTAAATTCTTTCCAACATACTTTTCACTTTTTAAGTCAGTATTTTTACTCCTTAAAATaa > 1:432840/1‑91 (MQ=255) tAATTATAAAGTATGTTGGAAATTGAAATTTTAAATTCTTTCCAACATATTTTTCACTTTTTAAGTCAGTATTTTTACTCCTTAAAATAAc < 1:4061507/91‑1 (MQ=255) tAATTATAAAGTATGTTGGAAATTGAAATTTTAAATTCTTTCCAACATACTTTTCACTTTTTAAGTCAGTATTTTTACTCCTTAAAATAAc < 1:2591854/91‑1 (MQ=255) aaTTATAAAGTATGTTGGAAATTGAAATTTTAAATTCTTTCCAACATACTTTTCACTTTTTAAGTCAGTATTTTTACTCCTTAAAATAACa > 1:1947341/1‑91 (MQ=255) aaTTATAAAGTATGTTGGAAATTGAAATTTTAAATTCTTTCCAACATACTTTTCACTTTTTAAGTCAGTATTTTTACTCCTTAAAATAACa < 1:1010883/91‑1 (MQ=255) aTTATAAAGTATGTTGGAAATTGAAATTTTAAATTCTTTCCAACATACTTTTCACTTTTTAAGTCAGTATTTTTACTCCTTAAAATAACAt > 1:3388121/1‑91 (MQ=255) aTTATAAAGTATGTTGGAAATTGAAATTTTAAATTCTTTCCAACATACTTTTCACTTTTTAAGTCAGTATTTTTACTCCTTAAAATAACAt < 1:110818/91‑1 (MQ=255) ataAAGTATGTTGGAAATTGAAATTTTAAATTCTTTCCAACATACTTTTCACTTTTTAAGTCAGTATTTTTACTCCTTAAAATAACATTAc > 1:447167/1‑91 (MQ=255) aaaGTATGTTGGAAAgaatttaaaatttcaatttccaacatactttataattaaaccttataaataagttttgcaaatttatatagaattg < 1:3436223‑M1/91‑77 (MQ=255) aaaGTATGTTGGAAAgaatttaaaatttcaatttccaacatactttataattaaaccttataaataagttttgcaaatttatatagaattg > 1:174625‑M1/1‑15 (MQ=255) AAAGTATGTTGGAAATTGAAATTTTAAATTCTTTCCAACATACTTTTCACTTTTTAAGTCAGTATTTTTACTCCTTAAAATAACATTACAt < 1:3954371‑M1/91‑1 (MQ=255) aaGTATGTTGGAAAgaatttaaaatttcaatttccaacatactttataattaaaccttataaataagttttgcaaatttatatagaattgg > 1:710409‑M1/1‑14 (MQ=255) aGTATGTTGGAAAgaatttaaaatttcaatttccaacatactttataattaaaccttataaataagttttgcaaatttatatagaattggt < 1:1231197‑M1/91‑79 (MQ=255) gTATGTTGGAAAgaatttaaaatttcaatttccaacatactttataattaaaccttataaataagttttgcaaatttatatagaattggtc < 1:2261587‑M1/91‑80 (MQ=255) gTATGTTGGAAAgaatttaaaatttcaatttccaacatactttataattaaaccttataaataagttttgcaaatttatatagaattggtc < 1:2261627‑M1/91‑80 (MQ=255) gTATGTTGGAAAgaatttaaaatttcaatttccaacatactttataattaaaccttataaataagttttgcaaatttatatagaattggtc < 1:2263209‑M1/91‑80 (MQ=255) GTATGTTGGAAATTGAAATTTTAAATTCTTTCCAACATACTTTTCACTTTTTAAGTCAGTATTTTTACTCCTTAAAATAACATTACATCGa < 1:2673459‑M1/91‑1 (MQ=255) tATGTTGGAAAgaatttaaaatttcaatttctaacatactttatgattaaaccttatgaataagttttgcaaatttatatagaattggtct < 1:3307659‑M1/91‑81 (MQ=255) tATGTTGGAAAgaatttaaaatttcaatttccaacatactttataattaaaccttataaataagttttgcaaatttatatagaattggtct < 1:1293472‑M1/91‑81 (MQ=255) tATGTTGGAAAgaatttaaaatttcaatttccaacatactttataattaaaccttataaataagttttgcaaatttatatagaattggtct < 1:728138‑M1/91‑81 (MQ=255) tATGTTGGAAAgaatttaaaatttcaatttccaacatactttataattaaaccttataaataagttttgcaaatttatatagaattggtct < 1:2846074‑M1/91‑81 (MQ=255) ATGTTGGAAATTGAAATTTTAAATTCTTTCCAACATACTTTTCACTTTTTAAGTCAGTATTTTTACTCCTTAAAATAACATTACATCGACa < 1:2163515‑M1/91‑1 (MQ=255) tGTTGGAAAgaatttaaaatttcaatttccaacatactttataattaaaccttataaataagttttgcaaatttatatagaattggtctta < 1:3355219‑M1/91‑83 (MQ=255) TGTTGGAAATTGAAATTTTAAATTCTTTCCAACATACTTTTCACTTTTTAAGTCAGTATTTTTACTCCTTAAAATAACATTACATCGACaa < 1:2173721‑M1/91‑1 (MQ=255) TGTTGGAAATTGAAATTTTAAATTCTTTCCAACATACTTTTCACTTTTTAAGTCAGTATTTTTACTCCTTAAAATAACATTACATCGACaa < 1:1461164‑M1/91‑1 (MQ=255) ttGGAAAgaattcaaaatttcaatttccaacatactttataattaaaccttataaataagttttgcaaatttatatagaattggtcttact > 1:3199756‑M1/1‑7 (MQ=255) TTGGAAATTGAAATTTTAAATTCTTTCCAACATACTTTTCACTTTTTAAGTCAGTATTTTTACTCCTTAAAATAACATTACATCGACAATg > 1:85669‑M1/1‑91 (MQ=255) TTGGAAATTGAAATTTTAAATTCTTTCCAACATACTTTTCACTTTTTAAGTCAGTATTTTTACTCCTTAAAATAACATTACATCGACAATg < 1:1537075‑M1/91‑1 (MQ=255) TTGGAAATTGAAATTTTAAATTCTTTCCAACATACTTTTCACTTTTTAAGTCAGTATTTTTACTCCTTAAAATAACATTACATCGACAATg > 1:4093285‑M1/1‑91 (MQ=255) TTGGAAATTGAAATTTTAAATTCTTTCCAACATACTTTTCACTTTTTAAGTCAGTATTTTTACTCCTTAAAATAACATTACATCGACAATg < 1:3682934‑M1/91‑1 (MQ=255) TGGAAATTGAAATTTTAAATTCTTTCCAACATACTTTTCACTTTTTAAGTCAGTATTTTTACTCCTTAAAATAACATTACATCGACAATGt < 1:3635053‑M1/91‑1 (MQ=255) TGGAAATTGAAATTTTAAATTCTTTCCAACATACTTTTCACTTTTTAAGTCAGTATTTTTACTCCTTAAAATAACATTACATCGACAATGt > 1:3488008‑M1/1‑91 (MQ=255) ggAAATTGAAATTTTAAATTCtttccaacatactttataattaaaccttataaataagttttgcaaatttatatagaattggtcttactgg < 1:2545083‑M2/91‑71 (MQ=255) GGAAATTGAAATTTTAAATTCTTTCCAACATACTTTTCACTTTTTAAGTCAGTATTTTTACTCCTTAAAATAACATTACATCGACAATGtt > 1:3248361‑M1/1‑91 (MQ=255) gAAAgaatttaaaatttcaatttccaacatactttataattaaaccttataaataagttttgcaaatttatatagaattggtcttactggt < 1:3937493‑M1/91‑88 (MQ=255) gAAAgaatttaaaatttcaatttccaacatactttataattaaaccttataaataagttttgcaaatttatatagaattggtcttactggt < 1:3387058‑M1/91‑88 (MQ=255) aaagaatttaaaatttcaatttccaacatactttataattaaaccttataaataagttttgcaaatttatatagaattggtcttactggtt < 1:1875906‑M1/91‑89 (MQ=255) aagaatttataatttcaatttccaacatactttataattaaaccttataaataagttttgcaaatttatatagaattggtcttactggttt < 1:3984170‑M1/91‑90 (MQ=255) | TTAATTGGTGATTTCATCAAACCAGTAAGACCAATTCTATATAAATTTGCAAAACTTATTTATAAGGTTTAATTATAAAGTATGTTGGAAATTGAAATTTTAAATTCTTTCCAACATACTTTTCACTTTTTAAGTCAGTATTTTTACTCCTTAAAATAACATTACATCGACAATGTTTTT > USA300TCH1516_ALE/1265421‑1265600 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |