| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 1271425 = | 87 (0.880) | 7 (0.080) | 5/146 | NT | 9.1% | coding (760/897 nt) | xerC_1 | Tyrosine recombinase XerC |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 1271456 = | 61 (0.680) | coding (791/897 nt) | xerC_1 | Tyrosine recombinase XerC | |||||
GATACACTTTTCTTAATTGTTGGTTAGATACGTGTGTATATTTACCAGTTGTTGACAAATTAACATGACCTAATAACGATTGTACTGTTCTTAGGTC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/1271521‑1271425‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ttaggtcATGTTAATTTGTCAACAACTGGTAAATATACACACGTATCTAACCAACAATTAAGAAAAGTGTATCTAAATGCACATCCTCGAGCGAA > USA300TCH1516_ALE/1271456‑1271543 GATACACTTTTCTTAATTGTTGGTTAGATACGTGTGTATATTTACCAGTTGTTGACAAATTAACATGACCTAATAACGATTGTACTGTTCT < 1:886191/91‑1 TACACTTTTCTTAATTGTTGGTTAGATACGTGTGTATATTTACCAGTTGTTGACAAATTAACATGACCTAATAACGATTGTACTGTTCTTA > 1:2229307/1‑91 TACACTTTTCTTAATTGTTGGTTAGATACGTGTGTATATTTACCAGTTGTTGACAAATTAACATGACCTAATAACGATTATACTGTTCTTA > 1:3755870/1‑91 ACACTTTTCTTAATTGTTGGTTAGATACGTGTGTATATTTACCAGTTGTTGACAAATTAACATGACCTAATAACGATTGTACTGTTCTTAG > 1:2836867/1‑91 ACACTTTTCTTAATTGTTGGTTAGATACGTGTGTATATTTACCAGTTGTTGACAAATTAACATGACCTAATAACGATTGTACTGTTCTTAG > 1:585011/1‑91 CACTTTTCTTAATTGTTGGTTAGATACGTGTGTATATTTACCAGTTGTTGACAAATTAACATGACCTAATAACGATTGTACTGTTCTTAGG > 1:2627004/1‑91 CTTTTCTTAATTGTTGGTTAGATACGTGTGTATATTTACCAGTTGTTGACAAATTAACATGACCTAATAACGATTGTACTGTTCTTAGGTC > 1:2916178/1‑91 CTTTTCTTAATTGTTGGTTAGATACGTGTGTATATTTACCAGTTGTTGACAAATTAACATGACCTAATAACGATTGTACTGTTCTTAGGTC < 1:1168856/91‑1 CAGTTGTTGACAAATTAACATGACCTAATAACGATTGTACTGTTCTTAGGTCATGTTAATTTGTCAACAACTGGTAAATATACACACGTAT > 1:2781996/1‑91 AACATGACCTAATAACGATTGTACTGTTCTTAGGTCATGTTAATTTGTCAACAACTGGTAAATATACACACGTATCTAACCAACAATTAAG > 1:476687/1‑91 CATGACCTAATAACGATTGTACTGTTCTTAGGTCATGTTAATTTGTCAACAACTGGTAAATATACACACGTATCTAACCAACAATTAAGAA > 1:4072149/1‑91 CATGACCTAATAACGATTGTACTGTTCTTAGGTCATGTTAATTTGTCAACAACTGGTAAATATACACACGTATCTAACCAACAATTAAGAA > 1:4072976/1‑91 ATGACCTAATAACGATTGTACTGTTCTTAGGTCATGTTAATTTGTCAACAACTGGTAAATATACACACGTATCTAACCAACAATTAAGAAA > 1:3909007/1‑91 TGACCTAATAACGATTGTACTGTTCTTAGGTCATGTTAATTTGTCAACAACTGGTAAATATACACACGTATCTAACCAACAATTAAGAAAA > 1:88559/1‑91 TGACCTAATAACGATTGTACTGTTCTTAGGTCATGTTAATTTGTCAACAACTGGTAAATATACACACGTATCTAACCAACAATTAAGAAAA > 1:2462875/1‑91 TTAGGTCATGTTAATTTGTCAACAACTGGTAAATATACACACGTATCTAACCAACAATTAAGAAAAGTGTATCTAAATGCACATCCTCGAG < 1:3703108/91‑1 TAGGTCATGTTAATTTGTCAACAACTGGTAAATATACACACGTATCTAACCAACAATTAAGAAAAGTGTATCTAAATGCACATCCTCGCGC > 1:1241691/1‑91 AGGTCATGTTAATTTGTCAACAACTGGTAAATATACACACGTATCTAACCAACAATTAAGAAAAGTGTATCTAAATGCACATCCTCGAGCG > 1:3953503/1‑91 GTCATGTTAATTTGTCAACAACTGGTAAATATACACACGTATCTAACCAACAATTAAGAAAAGTGTATCTAAATGCACATCCTCGAGCGAA < 1:3490943/91‑1 GTCATGTTAATTTGTCAACAACTGGTAAATATACACACGTATCTAACCAACAATTAAGAAAAGTGTATCTAAATGCACATCCTCGAGCGAA < 1:1324818/91‑1 GATACACTTTTCTTAATTGTTGGTTAGATACGTGTGTATATTTACCAGTTGTTGACAAATTAACATGACCTAATAACGATTGTACTGTTCTTAGGTC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/1271521‑1271425‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ttaggtcATGTTAATTTGTCAACAACTGGTAAATATACACACGTATCTAACCAACAATTAAGAAAAGTGTATCTAAATGCACATCCTCGAGCGAA > USA300TCH1516_ALE/1271456‑1271543 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |