| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 1271425 = | 87 (0.880) | 7 (0.080) | 5/146 | NT | 9.1% | coding (760/897 nt) | xerC_1 | Tyrosine recombinase XerC |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 1271456 = | 61 (0.680) | coding (791/897 nt) | xerC_1 | Tyrosine recombinase XerC | |||||
Only 100 of 101 total aligned reads displayed.
AGATTCATCCCCACAAGCTCAGACATACATTTGCAACGCATTTATTGAATCAAGGTGCAGACCTAAGAACAGTACAATCGTTATTAGGTCATGTTAATTTGTCAACAACTGGTAAATATACACACGTATCTAACCAACAATTAAGAAAAGTGTATCTAAATGCACATCCTCGAGCGAA > USA300TCH1516_ALE/1271366‑1271543 | ttttcttaattgttggttagatacgtgtgtatatttaccagttgttgacaaattaacatGACCTAAGAACAGTACAATCGTTATTAGGTCa > 1:2462875‑M1/60‑91 (MQ=255)ttttcttaattgttggttagatacgtgtgtatatttaccagttgttgacaaattaacatGACCTAAGAACAGTACAATCGTTATTAGGTCa > 1:88559‑M1/60‑91 (MQ=255)agaTTCATCCCCACAAGCTCAGACATACATTTGCAACGCATTTATTGAATCAAGGTGCAGACCTAAGAACAGTACAATCGTTATTAGGTCa < 1:377842/91‑1 (MQ=255)agaTTCATCCCCACAAGCTCAGACATACATTTGCAACGCATTTATTGAATCAAGGTGCAGACCTAAGAACAGTACAATCGTTATTAGGTCa < 1:1568683/91‑1 (MQ=255) tttcttaattgttggttagatacgtgtgtatatttaccagttgttgacaaattaacatGACCTAAGAACAGTACAATCGTTATTAGGTCAt > 1:3909007‑M1/59‑91 (MQ=255) ttcttaattgttggttagatacgtgtgtatatttaccagttgttgacaaattaacatGACCTAAGAACAGTACAATCGTTATTAGGTCATg > 1:4072976‑M1/58‑91 (MQ=255) ttcttaattgttggttagatacgtgtgtatatttaccagttgttgacaaattaacatGACCTAAGAACAGTACAATCGTTATTAGGTCATg > 1:4072149‑M1/58‑91 (MQ=255) aTTCATCCCCACAAGCTCAGACATACATTTGCAACGCATTTATTGAATCAAGGTGCAGACCTAAGAACAGTACAATCGTTATTAGGTCATg < 1:410790/91‑1 (MQ=255) aTTCATCCCCACAAGCTCAGACATACATTTGCAACGCATTTATTGAATCAAGGTGCAGACCTAAGAACAGTACAATCGTTATTAGGTCATg < 1:410134/91‑1 (MQ=255) aTTCATCCCCACAAGCTCAGACATACATTTGCAACGCATTTATTGAATCAAGGTGCAGACCTAAGAACAGTACAATCGTTATTAGGTCATg < 1:409658/91‑1 (MQ=255) aTTCATCCCCACAAGCTCAGACATACATTTGCAACGCATTTATTGAATCAAGGTGCAGACCTAAGAACAGTACAATCGTTATTAGGTCATg > 1:1815945/1‑91 (MQ=255) ttCATCCCCACAAGCTCAGACATACATTTGCAACGCATTTATTGAATCAAGGTGCAGACCTAAGAACAGTACAATCGTTATTAGGTCATGt > 1:322531/1‑91 (MQ=255) ttCATCCCCACAAGCTCAGACATACATTTGCAACGCATTTATTGAATCAAGGTGCAGACCTAAGAACAGTACAATCGTTATTAGGTCATGt < 1:3320727/91‑1 (MQ=255) ttCATCCCCACAAGCTCAGACATACATTTGCAACGCATTTATTGAATCAAGGTGCAGACCTAAGAACAGTACAATCGTTATTAGGTCATGt < 1:225845/91‑1 (MQ=255) ttCATCCCCACAAGCTCAGACATACATTTGCAACGCATTTATTGAATCAAGGTGCAGACCTAAGAACAGTACAATCGTTATTAGGTCATGt < 1:223968/91‑1 (MQ=255) cttaattgttggttagatacgtgtgtatatttaccagttgttgacaaattaacatGACCTAAGAACAGTACAATCGTTATTAGGTCATGtt > 1:476687‑M1/56‑91 (MQ=255) aTCCCCACAAGCTCAGACATACATTTGCAACGCATTTATTGAATCAAGGTGCAGACCTAAGAACAGTACAATCGTTATTAGGTCATGTTaa < 1:3952738/91‑1 (MQ=255) aTCCCCACAAGCTCAGACATACATTTGCAACGCATTTATTGAATCAAGGTGCAGACCTAAGAACAGTACAATCGTTATTAGGTCATGTTaa < 1:3952668/91‑1 (MQ=255) tCCCCACAAGCTCAGACATACATTTGCAACGCATTTATTGAATCAAGGTGCAGACCTAAGAACAGTACAATCGTTATTAGGTCATGTTAAt > 1:360252/1‑91 (MQ=255) tCCCCACAAGCTCAGACATACATTTGCAACGCATTTATTGAATCAAGGTGCAGACCTAAGAACAGTACAATCGTTATTAGGTCATGTTAAt > 1:1783641/1‑91 (MQ=255) ccccACAAGCTCAGACATACATTTGCAACGCATTTATTGAATCAAGGTGCAGACCTAAGAACAGTACAATCGTTATTAGGTCATGTTAAtt < 1:2361981/91‑1 (MQ=255) ccccACAAGCTCAGACATACATTTGCAACGCATTTATTGAATCAAGGTGCAGACCTAAGAACAGTACAATCGTTATTAGGTCATGTTAAtt > 1:1763888/1‑91 (MQ=255) ccACAAGCTCAGACATACATTTGCAACGCATTTATTGAATCAAGGTGCAGACCTAAGAACAGTACAATCGTTATTAGGTCATGTTAATTTg > 1:2122642/1‑91 (MQ=255) cacaAGCTCAGACATACATTTGCAACGCATTTATTGAATCAAGGTGCAGACCTAAGAACAGTACAATCGTTATTAGGTCATGTTAATTTGt > 1:1008426/1‑91 (MQ=255) cacaAGCTCAGACATACATTTGCAACGCATTTATTGAATCAAGGTGCAGACCTAAGAACAGTACAATCGTTATTAGGTCATGTTAATTTGt > 1:1008486/1‑91 (MQ=255) caAGCTCAGACATACATTTGCAACGCATTTATTGAATCAAGGTGCAGACCTAAGAACAGTACAATCGTTATTAGGTCATGTTAATTTGTca > 1:4003316/1‑91 (MQ=255) caAGCTCAGACATACATTTGCAACGCATTTATTGAATCAAGGTGCAGACCTAAGAACAGTACAATCGTTATTAGGTCATGTTAATTTGTca > 1:3096992/1‑91 (MQ=255) caAGCTCAGACATACATTTGCAACGCATTTATTGAATCAAGGTGCAGACCTAAGAACAGTACAATCGTTATTAGGTCATGTTAATTTGTca > 1:4003326/1‑91 (MQ=255) gCTCAGACATACATTTGCAACGCATTTATTGAATCAAGGTGCAGACCTAAGAACAGTACAATCGTTATTAGGTCATGTTAATTTGTcaaca < 1:1648636/91‑1 (MQ=255) cTCAGACATACATTTGCAACGCATTTATTGAATCAAGGTGCAGACCTAAGAACAGTACAATCGTTATTAGGTCATGTTGATTTGTcaacaa < 1:3202455/91‑1 (MQ=255) tCAGACATACATTTGCAACGCATTTATTGAATCAAGGTGCAGACCTAAGAACAGTACAATCGTTATTAGGTCATGTTAATTTGTCaacaac < 1:923991/91‑1 (MQ=255) cAGACATACATTTGCAACGCATTTATTGAATCAAGGTGCAGACCTAAGAACAGTACAATCGTTATTAGGTCATGTTAATTTGTCAACAACt > 1:1726516/1‑91 (MQ=255) cAGACATACATTTGCAACGCATTTATTGAATCAAGGTGCAGACCTAAGAACAGTACAATCGTTATTAGGTCATGTTAATTTGTCAACAACt < 1:2640144/91‑1 (MQ=255) cAGACATACATTTGCAACGCATTTATTGAATCAAGGTACAGACCTAAGAACTGTACAATCGTTATTAGGTCATGTTAATTTGTCATCAACt > 1:3856842/1‑91 (MQ=255) atacgtgtgtatatttaccagttgttgacaaattaacatGACCTAAGAACAGTACAATCGTTATTAGGTCATGTTAATTTGTCAACAACTg > 1:2781996‑M1/40‑91 (MQ=255) aGACATACATTTGCAACGCATTTATTGAATCAAGGTGCAGACCTAAGAACAGTTCAATCGTTATTAGGTCATGTTAATTTGTCAACAACTg < 1:3500230/91‑1 (MQ=255) aGACATACATTTGCAACGCATTTATTGAATCAAGGTGCAGACCTAAGAACAGTACAATCGTTATTAGGTCATGTTAATTTGTCAACAACTg < 1:2472920/91‑1 (MQ=255) acatacatTTGCAACGCATTTATTGAATCAAGGTGCAGACCTAAGAACAGTACAATCGTTATTAGGTCATGTTAATTTGTCAACAACTGGt > 1:40526/1‑91 (MQ=255) acagacatTTGCAACGCATTTATTGAATCAAGGTGCAGACCTAAGAACAGTACAATCGTTATTAGGTCATGTTAATTTGTCAACAACTGGt < 1:3731012/87‑1 (MQ=255) tacatTTGCAACGCATTTATTGAATCAAGGTGCAGACCTAAGAACAGTACAATCGTTATTAGGTCATGTTAATTTGTCAACAACTGGTaaa > 1:907260/1‑91 (MQ=255) tacatTTGCAACGCATTTATTGAATCAAGGTGCAGACCTAAGAACAGTACAATCGTTATTAGGTCATGTTAATTTGTCAACAACTGGTaaa < 1:2979160/91‑1 (MQ=255) acatTTGCAACGCATTTATTGAATCAAGGTGCAGACCTAAGAACAGTACAATCGTTATTAGGTCATGTTAATTTGTCAACAACTGGTAAat > 1:1757882/1‑91 (MQ=255) tttGCAACGCATTTATTGAATCAAGGTGCAGACCTAAGAACAGTACAATCGTTATTAGGTCATGTTAATTTGTCAACAACTGGTAAAtata < 1:1086948/91‑1 (MQ=255) tttGCAACGCATTTATTGAATCAAGGTGCAGACCTAAGAACAGTACAATCGTTATTAGGTCATGTTAATTTGTCAACAACTGGTAAAtata < 1:3413569/91‑1 (MQ=255) tttGCAACGCATTTATTGAATCAAGGTGCAGACCTAAGAACAGTACAATCGTTATTAGGTCATGTTAATTTGTCAACAACTGGTAAAtata < 1:3414544/91‑1 (MQ=255) tGCAACGCATTTATTGAATCAAGGTGCAGACCTAAGAACAGTACAATCGTTATTAGGTCATGTTAATTTGTCAACAACTGGTAAATATaca < 1:2124585/91‑1 (MQ=255) cAACGCATTTATTGAATCAAGGTGCAGACCTATGAACAGTACAATCGTTATTAGGTCATGTTAATTTGTCAACAACTGGTAAATATacaca < 1:3528275/91‑1 (MQ=255) aaCGCATTTATTGAATCAAGGTGCAGACCTAAGAACAGTACAATCGTTATTAGTTCATGTTAATTTGTCAACAACTGGTAAATATacacac < 1:3486933/91‑1 (MQ=255) aaCGCATTTATTGAATCAAGGTGCAGACCTAAGAACAGTACAATCGTTATTAGGTCATGTTAATTTGTCAACAACTGGTAAATATacacac < 1:3003271/91‑1 (MQ=255) gCATTTATTGAATCAAGGTGCAGACCTAAGAACAGTACAATCGTTATTAGGTCATGTTAATTTGTCAACAACTGGTAAATATACACACGTa > 1:1519071/1‑91 (MQ=255) gCATTTATTGAATCAAGGTGCAGACCTAAGAACAGTACAATCGTTATTAGGTCATGTTAATTTGTCAACAACTGGTAAATATACACACGTa < 1:2431673/91‑1 (MQ=255) cagttgttgacaaattaacatgacctaataacgattgtactgttcttaggtcATGTTAATTTGTCAACAACTGGTAAATATACACACGTAt > 1:2781996‑M2/53‑91 (MQ=255) aTTTATTGAATCAAGGTGCAGACCTAAGAACAGTACAATCGTTATTAGGTCATGTTAATTTGTCAACAACTGGTAAATATACACACGTATc > 1:2551105/1‑91 (MQ=255) ttATTGAATCAAGGTGCAGACCTAAGAACAGTACAATCGTTATTAGGTCATGTTAATTTGTCAACAACTGGTAAATATACACACGTATCTa < 1:3794304/91‑1 (MQ=255) ttATTGAATCAAGGTGCAGACCTAAGAACAGTACAATCGTTATTAGGTCATGTTAATTTGTCAACAACTGGTAAATATACACACGTATCTa > 1:699785/1‑91 (MQ=255) tATTGAATCAAGGTGCAGACCTAAGAACAGTACAATCGTTATTAGGTCATGTTAATTTGTCAACAACTGGTAAATATACACACGTATCTaa > 1:3694950/1‑91 (MQ=255) gAATCAAGGTGCAGACCTAAGAACAGTACAATCGTTATTAGGTCATGTTAATTTGTCAACAACTGGTAAATATACACACGTATCTAACcaa > 1:752813/1‑91 (MQ=255) tCAAGGTGCAGACCTAAGAACAGTACAATCGTTATTAGGTCATGTTAATTTGTCAACAACTGGTAAATATACACACGTATCTAACcaacaa < 1:3160094/91‑1 (MQ=255) aaGGTGCAGACCTAAGAACAGTACAATCGTTATTAGGTCATGTTAATTTGTCAACAACTGGTAAATATACACACGTATCTAACCAACAAtt < 1:3998632/91‑1 (MQ=255) aGGTGCAGACCTAAGAACAGTACAATCGTTATTAGGTCATGTTAATTTGTCAACAACTGGTAAATATACACACGTATCTAACCAACAATTa < 1:547914/91‑1 (MQ=255) aGGTGCAGACCTAAGAACAGTACAATCGTTATTAGGTCATGTTAATTTGTCAACAACTGGTAAATATACACACGTATCTAACCAACAATTa > 1:3355854/1‑91 (MQ=255) aGGTGCAGACCTAAGAACAGTACAATCGTTATTAGGTCATGTTAATTTGTCAACAACTGGTAAATATACACACGTATCTAACCAACAATTa > 1:2720941/1‑91 (MQ=255) aGGTGCAGACCTAAGAACAGTACAATCGTTATTAGGTCATGTTAATTTGTCAACAACTGGTAAATATACACACGTATCTAACCAACAATTa > 1:3968348/1‑91 (MQ=255) aGGTGCAGACCTAAGAACAGTACAATCGTTATTAGGTCATGTTAATTTGTCAACAACTGGTAAATATACACACGTATCTAACCAACAATTa < 1:2512016/91‑1 (MQ=255) gTGCAGACCTAAGAACAGTACAATCGTTATTAGGTCATGTTAATTTGTCAACAACTGGTAAATATACACACGTATCTAACCAACAATTAAg > 1:1425433/1‑91 (MQ=255) aacatgacctaataacgattgtactgttcttaggtcATGTTAATTTGTCAACAACTGGTAAATATACACACGTATCTAACCAACAATTAAg > 1:476687‑M2/37‑91 (MQ=255) gCAGACCTAAGAACAGTACAATCGTTATTAGGTCATGTTAATTTGTCAACAACTGGTAAATATACACACGTATCTAACCAACAATTAAGaa > 1:721387/1‑91 (MQ=255) catgacctaataacgattgtactgttcttaggtcATGTTAATTTGTCAACAACTGGTAAATATACACACGTATCTAACCAACAATTAAGaa > 1:4072149‑M2/35‑91 (MQ=255) catgacctaataacgattgtactgttcttaggtcATGTTAATTTGTCAACAACTGGTAAATATACACACGTATCTAACCAACAATTAAGaa > 1:4072976‑M2/35‑91 (MQ=255) cAGACCTAAGAACAGTACAATCGTTATTAGGTCATGTTAATTTGTCAACAACTGGTAAATATACACACGTATCTAACCAACAATTAAGaaa < 1:2261611/91‑1 (MQ=255) cAGACCTAAGAACAGTACAATCGTTATTAGGTCATGTTAATTTGTCAACAACTGGTAAATATACACACGTATCTAACCAACAATTAAGaaa > 1:1833673/1‑91 (MQ=255) cAGACCTAAGAACAGTACAATCGTTATTAGGTCATGTTAATTTGTCAACAACTGGTAAATATACACACGTATCTAACCAACAATTAAGaaa > 1:1833837/1‑91 (MQ=255) atgacctaataacgattgtactgttcttaggtcATGTTAATTTGTCAACAACTGGTAAATATACACACGTATCTAACCAACAATTAAGaaa > 1:3909007‑M2/34‑91 (MQ=255) tgacctaataacgattgtactgttcttaggtcATGTTAATTTGTCAACAACTGGTAAATATACACACGTATCTAACCAACAATTAAGaaaa > 1:2462875‑M2/33‑91 (MQ=255) tgacctaataacgattgtactgttcttaggtcATGTTAATTTGTCAACAACTGGTAAATATACACACGTATCTAACCAACAATTAAGaaaa > 1:88559‑M2/33‑91 (MQ=255) GACCTAAGAACAGTACAATCGTTATTAGGTCATGTTAATTTGTCAACAACTGGTAAATATACACACGTATCTAACCAACAATTAAGAAAAg < 1:1168856‑M1/91‑1 (MQ=255) GACCTAAGAACAGTACAATCGTTATTAGGTCATGTTAATTTGTCAACAACTGGTAAATATACACACGTATCTAACCAACAATTAAGAAAAg > 1:2916178‑M1/1‑91 (MQ=255) CCTAAGAACAGTACAATCGTTATTAGGTCATGTTAATTTGTCAACAACTGGTAAATATACACACGTATCTAACCAACAATTAAGAAAAgtg > 1:2627004‑M1/1‑91 (MQ=255) CTAAGAACAGTACAATCGTTATTAGGTCATGTTAATTTGTCAACAACTGGTAAATATACACACGTATCTAACCAACAATTAAGAAAAgtgt > 1:2836867‑M1/1‑91 (MQ=255) CTAAGAACAGTACAATCGTTATTAGGTCATGTTAATTTGTCAACAACTGGTAAATATACACACGTATCTAACCAACAATTAAGAAAAgtgt > 1:585011‑M1/1‑91 (MQ=255) TAAGAACAGTATAATCGTTATTAGGTCATGTTAATTTGTCAACAACTGGTAAATATACACACGTATCTAACCAACAATTAAGAAAAGTGTa > 1:3755870‑M1/1‑91 (MQ=255) TAAGAACAGTACAATCGTTATTAGGTCATGTTAATTTGTCAACAACTGGTAAATATACACACGTATCTAACCAACAATTAAGAAAAGTGTa > 1:2229307‑M1/1‑91 (MQ=255) AGAACAGTACAATCGTTATTAGGTCATGTTAATTTGTCAACAACTGGTAAATATACACACGTATCTAACCAACAATTAAGAAAAGTGTATc < 1:886191‑M1/91‑1 (MQ=255) aaCAGTACAATCGTTATTAGGTCATGTTAATTTGTCAACAACTGGTAAATATACACACGTATCTAACCAACAATTAAGAAAAGTGTATCTa > 1:2670193/1‑91 (MQ=255) aCAGTACAATCGTTATTAGGTCATGTTAATTTGTCAACAACTGGTAAATATACACACGTATCTAACCAACAATTAAGAAAAGTGTATCTaa > 1:660659/1‑91 (MQ=255) gTACAATCGTTATTAGGTCATGTTAATTTGTCAACAACTGGTAAATATACACACGTATCTAACCAACAATTAAGAAAAGTGTATCTAAATg < 1:1425884/91‑1 (MQ=255) gTACAATCGTTATTAGGTCATGTTAATTTGTCAACAACTGGTAAATATACACACGTATCTAACCAACAATTAAGAAAAGTGTATCTAAATg > 1:2133297/1‑91 (MQ=255) gTACAATCGTTATTAGGTCATGTTAATTTGTCAACAACTGGTAAATATACACACGTATCTAACCAACAATTAAGAAAAGTGTATCTAAATg < 1:3832362/91‑1 (MQ=255) aCAATCGTTATTAGGTCATGTTAATTTGTCAACAACTGGTAAATATACACACGTATCTAACCAACAATTAAGAAAAGTGTATCTAAATGca > 1:2129807/1‑91 (MQ=255) aCAATCGTTATTAGGTCATGTTAATTTGTCAACAACTGGTAAATATACACACGTATCTAACCAACAATTAAGAAAAGTGTATCTAAATGca > 1:1702424/1‑91 (MQ=255) aCAATCGTTATTAGGTCATGTTAATTTGTCAACAACTGGTAAATATACACACGTATCTAACCAACAATTAAGAAAAGTGTATCTAAATGca > 1:1699610/1‑91 (MQ=255) cAATCGTTATTAGGTCATGTTAATTTGTCAACAACTGGTAAATATACACACGTATCTAACCAACAATTAAGAAAAGTGTATCTAAATGcac < 1:1431077/91‑1 (MQ=255) tattaGGTCATGTTAATTTGTCAACAACTGGTAAATATACACACGTATCTAACCAACAATTAAGAAAAGTGTATCTAAATGCACATCCTCg < 1:1320467/91‑1 (MQ=255) tattaGGTCATGTTAATTTGTCAACAACTGGTAAATATACACACGTATCTAACCAACAATTAAGAAAAGTGTATCTAAATGCACATCCTCg < 1:2887354/91‑1 (MQ=255) tattaGGTCATGTTAATTTGTCAACAACTGGTAAATATACACACGTATCTAACCAACAATTAAGAAAAGTGTATCTAAATGCACATCCTCg > 1:2481568/1‑91 (MQ=255) ttaggtcATGTTAATTTGTCAACAACTGGTAAATATACACACGTATCTAACCAACAATTAAGAAAAGTGTATCTAAATGCACATCCTCGAg < 1:3703108‑M2/84‑1 (MQ=255) taggtcATGTTAATTTGTCAACAACTGGTAAATATACACACGTATCTAACCAACAATTAAGAAAAGTGTATCTAAATGCACATCCTCgcgc > 1:1241691‑M2/7‑91 (MQ=255) aggtcATGTTAATTTGTCAACAACTGGTAAATATACACACGTATCTAACCAACAATTAAGAAAAGTGTATCTAAATGCACATCCTCGAGCg > 1:3953503‑M2/6‑91 (MQ=255) gtcATGTTAATTTGTCAACAACTGGTAAATATACACACGTATCTAACCAACAATTAAGAAAAGTGTATCTAAATGCACATCCTCGAGCGaa < 1:1324818‑M2/88‑1 (MQ=255) gtcATGTTAATTTGTCAACAACTGGTAAATATACACACGTATCTAACCAACAATTAAGAAAAGTGTATCTAAATGCACATCCTCGAGCGaa < 1:3490943‑M2/88‑1 (MQ=255) | AGATTCATCCCCACAAGCTCAGACATACATTTGCAACGCATTTATTGAATCAAGGTGCAGACCTAAGAACAGTACAATCGTTATTAGGTCATGTTAATTTGTCAACAACTGGTAAATATACACACGTATCTAACCAACAATTAAGAAAAGTGTATCTAAATGCACATCCTCGAGCGAA > USA300TCH1516_ALE/1271366‑1271543 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |