New junction evidence | |||||||||||
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? | USA300TCH1516_ALE | 1271456 = | 61 (0.680) | coding (791/897 nt) | xerC_1 | Tyrosine recombinase XerC |
Only 100 of 108 total aligned reads displayed.
TATTGTTAAACGAACAGCAGGCGTAAGTGAGATTCATCCCCACAAGCTCAGACATACATTTGCAACGCATTTATTGAATCAAGGTGCAGACCTAAGAACAGTACAATCGTTATTAGGTCATGTTAATTTGTCAACAACTGGTAAATATACACACGTATCTAACCAACAATTAAGAAAAG > USA300TCH1516_ALE/1271337‑1271515 | ttcgctcgaggatgtgcatttagatacacttttcttaattgttggttagatacgtgtgtatatttaccagttgttgacaaattaacatGAc < 1:1324818‑M1/3‑1 (MQ=255) ttcgctcgaggatgtgcatttagatacacttttcttaattgttggttagatacgtgtgtatatttaccagttgttgacaaattaacatGAc < 1:3490943‑M1/3‑1 (MQ=255) tatTGTTAAACGAACAGCAGGCGTAAGTGAGATTCATCCCCACAAGCTCAGACATACATTTGCAACGCATTTATTGAATCAAGGTGCAGAc < 1:2654018/91‑1 (MQ=255) tatTGTTAAACGAACAGCAGGCGTAAGTGAGATTCATCCCCACAAGCTCAGACATACATTTGCAACGCATTTATTGAATCAAGGTGCAGAc < 1:128533/91‑1 (MQ=255) cgctcgaggatgtgcatttagatacacttttcttaattgttggttagatacgtgtgtatatttaccagttgttgacaaattaacatGACCt > 1:3953503‑M1/87‑91 (MQ=255) tGTTAAACGAACAGCAGGCGTAAGTGAGATTCATCCCCACAAGCTCAGACATACATTTGCAACGCATTTATTGAATCAAGGTGCAGACCTa < 1:600694/91‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |