| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 1283482 = | 136 (1.380) | 10 (0.120) | 7/138 | NT | 8.4% | coding (47/4317 nt) | polC_1 | DNA polymerase III PolC‑type |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 1283518 = | 101 (1.190) | coding (83/4317 nt) | polC_1 | DNA polymerase III PolC‑type | |||||
TGTAATATGAAATTCCCATGTTCTGTTTTTGTTAGAAACATCTATACGTGTCAGTTCACCTGAATTTAAAATTTCAGCATCTAATTGATTTGAAATTTTAA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/1283582‑1283482‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tgaaattttaaATTCAGGTGAACTGACACGTATAGATGTTTCTAACAAAAACAGAACATGGGAATTTCATATTACATTACCACAATTCTTAGCTCATGAAG > USA300TCH1516_ALE/1283518‑1283607 TGTAATATGAAATTCCCATGTTCTGTTTTTGTTAGAAACATCTATACGTGTCAGTTCACCTGAATTTAAAATTTCAGCATCTAATTGATTT > 1:3781109/1‑91 GTAATATGAAATTCCCATGTTCTGTTTTTGTTAGAAACATCTATACGTGTCAGTTCACCTGAATTTAAAATTTCAGCATCTAATTGATTTG > 1:3968302/1‑91 AATATGAAATTCCCATGTTCTGTTTTTGTTAGAAACATCTATACGTGTCAGTTCACCTGAATTTAAAATTTCAGCATCTAATTGATTTGAA < 1:3088868/91‑1 ATATGAAATTCCCATGTTCTGTTTTTGTTAGAAACATCTATACGTGTCAGTTCACCTGAATTTAAAATTTCAGCATCTAATTGATTTGAAA > 1:1933338/1‑91 ATGAAATTCCCATGTTCTGTTTTTGTTAGAAACATCTATACGTGTCAGTTCACCTGAATTTAAAATTTCAGCATCTAATTGATTTGAAATT < 1:2682203/91‑1 ATGAAATTCCCATGTTCTGTTTTTGTTAGAAACATCTATACGTGTCAGTTCACCTGAATTTAAAATTTCAGCATCTAATTGATTTGAAATT < 1:3527600/91‑1 ATGAAATTCCCATGTTCTGTTTTTGTTAGAAACATCTATACGTGTCAGTTCACCTGAATTTAAAATTTCAGCATCTAATTGATTTGAAATT > 1:3721021/1‑91 ATGAAATTCCCATGTTCTGTTTTTGTTAGAAACATCTATACGTGTCAGTTCACCTGAATTTAAAATTTCAGCATCTAATTGATTTGAAATT > 1:3721156/1‑91 TGAAATTCCCATGTTCTGTTTTTGTTAGAAACATCTATACGTGTCAGTTCACCTGAATTTAAAATTTCAGCATCTAATTGATTTGAAATTT > 1:907757/1‑91 TGAAATTCCCATGTTCTGTTTTTGTTAGAAACATCTATACGTGTCAGTTCACCTGAATTTAAAATTTCAGCATCTAATTGATTTGAAATTT > 1:3218730/1‑91 AAATTCCCATGTTCTGTTTTTGTTAGAAACATCTATACGTGTCAGTTCACCTGAATTTAAAATTTCAGCATCTAATTGATTTGAAATTTTA > 1:2050307/1‑91 AATTCCCATGTTCTGTTTTTGTTAGAAACATCTATACGTGTCAGTTCACCTGAATTTAAAATTTCAGCATCTAATTGATTTGAAATTTTAA > 1:1813409/1‑91 AATTCCCATGTTCTGTTTTTGTTAGAAACATCTATACGTGTCAGTTCACCTGAATTTAAAATTTCAGCATCTAATTGATTTGAAATTTTAA > 1:3888216/1‑91 AATTCCCATGTTCTGTTTTTGTTAGAAACATCTATACGTGTCAGTTCACCTGAATTTAAAATTTCAGCATCTAATTGATTTGAAATTTTAA > 1:1159398/1‑91 AATTCCCATGTTCTGTTTTTGTTAGAAACATCTATACGTGTCAGTTCACCTGAATTTAAAATTTCAGCATCTAATTGATTTGAAATTTTAA > 1:101794/1‑91 CTGAATTTAAAATTTCAGCATCTAATTGATTTGAAATTTTAATTTCAGGTGAACTGACACGTATAGATGTTTCTAACAAAAACAGAACATG > 1:166587/1‑91 TAAAATTTCAGCATCTAATTGATTTGAAATTTTAAATTCAGGTGAACTGACACGTATAGATGTTTCTAACAAAAACAGAACATGGGAATTT > 1:1058375/1‑91 AAAATTTCAGCATCTAATTGATTTGAAATTTTAAATTCAGGTGAACTGACACGTATAGATGTTTCTAACAAAAACAGAACATGGGAATTTC > 1:1450819/1‑91 AAATTTCGGCATCTAATTGATTTGAAATTTTAAATTCAGGTGAACTGACACGTATAGATGTTTCTAACAAAAACAGAACATGGGAATTTCA > 1:2413185/1‑91 AAATTTCAGCATCTAATTGATTTGAAATTTTAAATTCAGGTGAACTGACACGTATAGATGTTTCTAACAAAAACAGAACATGGGAATTTCA > 1:1038997/1‑91 AATTTCAGCATCTAATTGATTTGAAATTTTAAATTCAGGTGAACTGACACGTATAGATGTTTCTAACAAAAACAGAACATGGGAATTTCAT > 1:3415114/1‑91 AATTTCAGCATCTAATTGATTTGAAATTTTAAATTCAGGTGAACTGACACGTATAGATGTTTCTAACAAAAACAGAACATGGGAATGTCAT > 1:1919654/1‑91 ATTTCAGCATCTAATTGATTTGAAATTTTAAATTCAGGTGAACTGACACGTATAGATGTTTCTAACAAAAACAGAACATGGGAATTTCATA > 1:1521897/1‑91 TTTCAGCATCTAATTGATTTGAAATTTTAAATTCAGGTGAACTGACACGTATAGATGTTTCTAACAAAAACAGAACATGGGAATTTCATAT > 1:2615670/1‑91 TTTCAGCATCTAATTGATTTGAAATTTTAAATTCAGGTGAACTGACACGTATAGATGTTTCTAACAAAAACAGAACATGGGAATTTCATAT > 1:2615634/1‑91 AAATTTTAAATTCAGGTGAACTGACACGTATAGATGTTTCTAACAAAAACAGAACATGGGAATTTCATATTACATTACCACAATTCTTAGC > 1:2666188/1‑91 ATTTTAAATTCAGGTGAACTGACACGTATAGATGTTTCTAACAAAAACAGAACATGGGAATTTCATATTACATTACCACAATTCTTAGCTC > 1:1418913/1‑91 TTAAATTCAGGTGAACTGACACGTATAGATGTTTCTAACAAAAACAGAACATGGGAATTTCATATTACATTACCACAATTCTTAGCTCATG > 1:3157078/1‑91 TTAAATTCAGGTGAACTGACACGTATAGATGTTTCTAACAAAAACAGAACATGGGAATTTCATATTACATTACCACAATTCTTAGCTCATG > 1:3157192/1‑91 TTAAATTCAGGTGAACTGACACGTATAGATGTTTCTAACAAAAACAGAACATGGGAATTTCATATTACATTACCACAATTCTTAGCTCATG < 1:3416385/91‑1 TTAAATTCAGGTGAACTGACACGTATAGATGTTTCTAACAAAAACAGAACATGGGAATTTCATATTACATTACCACAATTCTTAACTCATG > 1:2012860/1‑91 AATTCAGGTGAACTGACACGTATAGATGTTTCTAACAAAAACAGAACATGGGAATTTCATATTACATTACCACAATTCTTAGCTCATGAAG > 1:2482247/1‑91 AATTCAGGTGAACTGACACGTATAGATGTTTCTAACAAAAACAGAACATGGGAATTTCATATTACATTACCACAATTCTTAGCTCATGAAG > 1:1114130/1‑91 TGTAATATGAAATTCCCATGTTCTGTTTTTGTTAGAAACATCTATACGTGTCAGTTCACCTGAATTTAAAATTTCAGCATCTAATTGATTTGAAATTTTAA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/1283582‑1283482‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tgaaattttaaATTCAGGTGAACTGACACGTATAGATGTTTCTAACAAAAACAGAACATGGGAATTTCATATTACATTACCACAATTCTTAGCTCATGAAG > USA300TCH1516_ALE/1283518‑1283607 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |