| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 1330548 | 89 (0.910) | 6 (0.070) | 5/148 | NT | 7.2% | intergenic (+23/‑124) | glpD/USA300HOU_RS06555 | Aerobic glycerol‑3‑phosphate dehydrogenase/Monoacylglycerol lipase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 1330568 | 72 (0.790) | intergenic (+43/‑104) | glpD/USA300HOU_RS06555 | Aerobic glycerol‑3‑phosphate dehydrogenase/Monoacylglycerol lipase | |||||
TATACTGAAGAAGTTGAGCAAGCAATTAAAGAAGCGCAACATGGAAATAATCAACCAGCAGTTAAAGAATAATTAATTTGTACAATCATAAACTG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/1330454‑1330548‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑aaactgATGCCCTTAAAACAGGACACCAGTTTATGATTGTACAAATTAATTATTCTTTAACTGCTGGTTGATTATTTCCATGTTGCGCTTCTTTAA < USA300TCH1516_ALE/1330568‑1330479 TATACTGAAGAAGTTGAGCAAGCAATTAAAGAAGCGCAACATGGAAATAATCAACCAGCAGTTAAAGAATAATTAATTTGTACAATCATAA < 1:129690/91‑1TATACTGAAGAAGTTGAGCAAGCAATTAAAGAAGCGCAACATGGAAATAATCAACCAGCAGTTAAAGAATAATTAATTTGTACAATCATAA > 1:1374728/1‑91TATACTGAAGAAGTTGAGCAAGCAATTAAAGAAGCGCAACATGGAAATAATCAACCAGCAGTTAAAGAATAATTAATTTGTACAATCATAA < 1:2254672/91‑1TATACTGAAGAAGTTGAGCAAGCAATTAAAGAAGCGCAACATGGAAATAATCAACCAGCAGTTAAAGAATAATTAATTTGTACAATCATAA < 1:2254727/91‑1 TACTGAAGAAGTTGAGCAAGCAATTAAAGAAGCGCAACATGGAAATAATCAACCAGCAGTTAAAGAATAATTAATTTGTACAATCATAAAC > 1:1078751/1‑91 TACTGAAGAAGTTGAGCAAGCAATTAAAGAAGCGCAACATGGAAATAATCAACCAGCAGTTAAAGAATAATTAATTTGTACAATCATAAAC < 1:2430613/91‑1 TACTGAAGAAGTTGAGCAAGCAATTAAAGAAGCGCAACATGGAAATAATCAACCAGCAGTTAAAGAATAATTAATTTGTACAATCATAAAC < 1:2430741/91‑1 CTGAAGAAGTTGAGCAAGCAATTAAAGAAGCGCAACATGGAAATAATCAACCAGCAGTTAAAGAATAATTAATTTGTACAATCATAAACTG < 1:1417720/91‑1 CTGAAGAAGTTGAGCAAGCAATTAAAGAAGCGCAACATGGAAATAATCAACCAGCAGTTAAAGAATAATTAATTTGTACAATCATAAACTG > 1:451254/1‑91 CTGAAGAAGTTGAGCAAGCAATTAAAGAAGCGCAACATGGAAATAATCAACCAGCAGTTAAAGAATAATTAATTTGTACAATCATAAACTG > 1:377899/1‑91 AAGCAATTAAAGAAGCGCAACATGGAAATAATCAACCAGCAGTTAAAGAATAATTAATTTGTACAATCATAAACTGATGCCCTTAAAACAG < 1:70917/91‑1 AAGCAATTAAAGAAGCGCAACATGGAAATAATCAACCAGCAGTTAAAGAATAATTAATTTGTACAATCATAAACTGATGCCCTTAAAACAG < 1:705897/91‑1 AATTAAAGAAGCGCAACATGGAAATAATCAACCAGCAGTTAAAGAATAATTAATTTGTACAATCATAAACTGATGCCCTTAAAACAGGACA < 1:589911/91‑1 AAAGAAGCGCAACATGGAAATAATCAACCAGCAGTTAAAGAATAATTAATTTGTACAATCATAAACTGATGCCCTTAAAACAGGACACCAG < 1:287587/91‑1 AAGAAGCGCAACATGGAAATAATCAACCAGCAGTTAAAGAATAATTAATTTGTACAATCATAAACTGATGCCCTTAAAACAGGACACCAGT < 1:3383502/91‑1 ACATGGAAATAATCAACCAGCAGTTAAAGAATAATTAATTTGTACAATCATAAACTGATGCCCTTAAAACAGGACACCAGTTTATGATTGT < 1:3064218/91‑1 AAACTGATGCCCTTAAAACAGGACACCAGTTTATGATTGTACAAATTAATTATTCTTTAACTGCTGGTTGATTATTTCCATGTTGCGCTTC < 1:3776674/91‑1 AAACTGATGCCCTTAAAACAGGACACCAGTTTATGATTGTACAAATTAATTATTCTTTAACTGCTGGTTGATTATTTCCATGTTGCGCTTC < 1:2789207/91‑1 AACTGATGCCCTTAAAACAGGACACCAGTTTATGATTGTACAAATTAATTATTCTTTAACTGCTGGTTGATTATTTCCATGTTGCGCTTCT < 1:2851427/91‑1 ACTGATGCCCTTAAAACAGGACACCAGTTTATGATTGTACAAATTAATTATTCTTTAACTGCTGGTTGATTATTTCCATGTTGCGCTTCTT < 1:3557081/91‑1 ACTGATGCCCTTAAAACAGGACACCAGTTTATGATTGTACAAATTAATTATTCTTTAACTGCTGGTTGATTATTTCCATGTTGCGCTTCTT < 1:490811/91‑1 CTGATGCCCTTAAAACAGGACACCAGTTTATGATTGTACAAATTAATTATTCTTTAACTGCTGGTTGATTATTTCCATGTTGCGCTTCTTT < 1:30022/91‑1 TGATGCCCTTAAACCAGGACACCAGTTTATGATTGTACAAATTAATTATTCTTTAACTGCTGGTTGATTATTTCCATGTTGCGCTTCTTTA < 1:1316646/91‑1 GATGCCCTTAAAACAGGACACCAGTTTATGATTGTACAAATTAATTATTCTTTAACTGCTGGTTGATTATTTCCATGTTGCGCTTCTTTAA < 1:3661434/91‑1 GATGCCCTTAAAACAGGACACCAGTTTATGATTGTACAAATTAATTATTCTTTAACTGCTGGTTGATTATTTCCATGTTGCGCTTCTTTAA < 1:4110881/91‑1 GATGCCCTTAAAACAGGACACCAGTTTATGATTGTACAAATTAATTATTCTTTAACTGCTGGTTGATTATTTCCATGTTGCGCTTCTTTAA > 1:1674735/1‑91 TATACTGAAGAAGTTGAGCAAGCAATTAAAGAAGCGCAACATGGAAATAATCAACCAGCAGTTAAAGAATAATTAATTTGTACAATCATAAACTG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/1330454‑1330548‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑aaactgATGCCCTTAAAACAGGACACCAGTTTATGATTGTACAAATTAATTATTCTTTAACTGCTGGTTGATTATTTCCATGTTGCGCTTCTTTAA < USA300TCH1516_ALE/1330568‑1330479 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |