| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 1353906 | 89 (0.910) | 10 (0.120) | 7/134 | NT | 10.2% | intergenic (+99/+44) | nucH/USA300HOU_RS06735 | Thermonuclease/hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 1353932 | 101 (1.230) | intergenic (+125/+18) | nucH/USA300HOU_RS06735 | Thermonuclease/hypothetical protein | |||||
ATAATTAAATAGGTGATTATATATATTAAAGTAAAATATACTTGAAGCATCGATTTATTATTACCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/1353804‑1353906‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑aaaggcataataaTCCATTACGCTCGATACGCACTATGGTTATTATGCCTTTAAATTATTTCTATATATAAATTTATGGTAATAATAAATCGATGCTTCAAG < USA300TCH1516_ALE/1353932‑1353844 ATAATTAAATAGGTGATTATATATATTAAAGTAAAATATACTTGAAGCATCGATTTATTATTACCATAAATTTATATATAGAAATAATTTA > 1:1343568/1‑91 TAATTAAATAGGTGATTATATATATTAAAGTAAAATATACTTGAAGCATCGATTTATTATTACCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAA < 1:775999/91‑1 TTAAATAGGTGATTATATATATTAAAGTAAAATATACTTGAAGCATCGATTTATTATTACCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGG < 1:3470570/91‑1 AAATAGGTGATTATATATATTAAAGTAAAATATACTTGAAGCATCGATTTATTATTACCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCA > 1:2302556/1‑91 AAATAGGTGATTATATATATTAAAGTAAAATATACTTGAAGCATCGATTTATTATTACCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCA > 1:1956380/1‑91 ATAGGTGATTATATATATTAAAGTAAAATATACTTGAAGCATCGATTTATTATTACCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATA < 1:1099110/91‑1 ATAGGTGATTATATATATTAAAGTAAAATATACTTGAAGCATCGATTTATTATTACCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATA < 1:158384/91‑1 ATAGGTGATTATATATATTAAAGTAAAATATACTTGAAGCATCGATTTATTATTACCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATA < 1:1814130/91‑1 AGGTGATTATATATATTAAAGTAAAATATACTTGAAGCATCGATTTATTATTACCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAAT < 1:985041/91‑1 GTGATTATATATATTAAAGTAAAATATACTTGAAGCATCGATTTATTATTACCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAA < 1:2270460/91‑1 AATATACTTGAAGCATCGATTTATTATTACCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAATCCATTACGCTCGATACGCACT < 1:2344525/91‑1 ACTTGAAGCATCGATTTATTATTACCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAATCCATTACGCTCGATACGCACTATGGT < 1:2738081/91‑1 CTTGAAGCATCGATTTATTATTACCTTAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAATCCATTACGCTCGATACGCACTATGGTT < 1:3861996/91‑1 CTTGAAGCATCGATTTATTATTACCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAATCCATTACGCTCGATGCGCACTATGGTT < 1:3199383/91‑1 AGCATCGAATTAGTATTACCATAAATTTATATATAGAGATAATTTAAAGGCATAATAATCCATTACGCTCGATACGCACTATGGTTATTAT < 1:1876886/91‑1 CATCGATTTATTATTACCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAATCCATTACGCTCGATACGCACTATGGTTATTATGC < 1:3363441/91‑1 TCGATTTATTATTACCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAATCCATTACGCTCGATACGCACTATGGTTATTATGCCT < 1:2061529/91‑1 TAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAATCCATTACGCTCGATACGCACTATGGTTATTATGCCTTTAAATTATTTCTATAT < 1:1878088/91‑1 TAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAATCCATTACGCTCGATACGCACTATGGTTATTATGCCTTTAAATTATTTCTATAT < 1:3988135/91‑1 TAAATTTAAATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATCATCCATTACGCTCAATACGCACTATGGTTATTATGCCTTTAAATTATTTCTATAT < 1:1878064/91‑1 AAAGGCATAATAATCCATTACGCTCGATACGCACTATGGTTATTATGCCTTTAAATTATTTCTATATATAAATTTATGGTAATAATAAATC < 1:620185/91‑1 AAGGCATAATACTCCATTACGCTCGATACGCACTATGGTTATTATGCCTTTAAATTATTTCTATATATAAATTTATGGTAATAATAAATCG < 1:2522352/91‑1 AGGCATAATAATCCATTACGCTCGATACGCACTATGGTTATTATGCCTTTAAATTATTTCTATATATAAATTTATGGTAATAATAAATCGA > 1:1594133/1‑91 AGGCATAATAATCCATTACGCTCGATACGCACTATGGTTATTATGCCTTTAAATTATTTCTATATATAAATTTATGGTAATAATAAATCGA > 1:1432017/1‑91 AGGCATAATAATCCATTACGCTCGATACGCACTATGGTTATTATGCCTTTAAATTATTTCTATATATAAATTTATGGTAATAATAAATCGA < 1:2713094/91‑1 CATAATAATCCATTACGCTCGATACGCACTATGGTTATTATGCCTTTAAATTATTTCTATATATAAATTTATGGTAATAATAAATCGATGC < 1:3627834/91‑1 ATAATAATCCATTACGCTCGATACGCACTATGGTTATTATGCCTTTAAATTATTTCTATATATAAATTTATGGTAATAATAAATCGATGCT < 1:4073367/91‑1 ATAATAATCCATTACGCTCGATACGCACTATGGTTATTATGCCTTTAAATTATTTCTATATATAAATTTATGGTAATAATAAATCGATGCT > 1:2236799/1‑91 ATAATAATCCATTACGCTCGATACGCACTATGGTTATTATGCCTTTAAATTATTTCTATATATAAATTTATGGTAATAATAAATCGATGCT > 1:1360322/1‑91 TAATAATCCATTACGCTCGATACGCACTATGGTTATTATGCCTTTAATTTATTTCTATATATAAATTTATGGTAATAATAAATCGATGCTT > 1:4154183/1‑91 TAATAATCCATTACGCTCGATACGCACTATGGTTATTATGCCTTTAAATTATTTCTATATATAAATTTATGGTAATAATAAATCGATGCTT < 1:3769665/91‑1 TAATAATCCATTACGCTCGATACGCACTATGGTTATTATGCCTTTAAATTATTTCTATATATAAATTTATGGTAATAATAAATCGATGCTT > 1:1651663/1‑91 TAATAATCCATTACGCTCGATACGCACTATGGTTATTATGCCTTTAAATTATTTCTATATATAAATTTATGGTAATAATAAATCGATGCTT > 1:620611/1‑91 TAATAATCCATTACGCTCGATACGCACTATGGTTATTATGCCTTTAAATTATTTCTATATATAAATTTATGGTAATAATAAATCGATGCTT > 1:1652143/1‑91 TAATCCATTACGCTCGATACGCACTATGGTTATTATGCCTTTAAATTATTTCTATATATAAATTTATGGTAATAATAAATCGATGCTTCAA > 1:847217/1‑91 TAATCCATTACGCTCGATACGCACTATGGTTATTATGCCTTTAAATTATTTCTATATATAAATTTATGGTAATAATAAATCGATGCTTCAA > 1:847273/1‑91 AATCCATTACGCTCGATACGCACTATGGTTATTATGCCTTTAAATTATTTCTATATATAAATTTATGGTAATAATAAATCGATGCTTCAAG < 1:3841706/91‑1 ATAATTAAATAGGTGATTATATATATTAAAGTAAAATATACTTGAAGCATCGATTTATTATTACCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/1353804‑1353906‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑aaaggcataataaTCCATTACGCTCGATACGCACTATGGTTATTATGCCTTTAAATTATTTCTATATATAAATTTATGGTAATAATAAATCGATGCTTCAAG < USA300TCH1516_ALE/1353932‑1353844 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |