| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 1353906 | 89 (0.910) | 10 (0.120) | 7/134 | NT | 10.2% | intergenic (+99/+44) | nucH/USA300HOU_RS06735 | Thermonuclease/hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 1353932 | 101 (1.230) | intergenic (+125/+18) | nucH/USA300HOU_RS06735 | Thermonuclease/hypothetical protein | |||||
Only 100 of 152 total aligned reads displayed.
GTGATTATATATATTAAAGTAAAATATACTTGAAGCATCGATTTATTATTACCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGATTATTATGCCTTTGATTTTACTTGAATATAGCTGTGATTTGATCAACCTGTTCTTTATTTAAA > USA300TCH1516_ALE/1353816‑1353995 | tGATTATATATATTAAAGTAAAATATACTTGAAGCATCGATTTATTATTACCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAAc < 1:380075/91‑1 (MQ=255) aTTATATATATTAAAGTAAAATATACTTGAAGCATCGATTTATTATTACCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCa > 1:3261590/1‑91 (MQ=255) ttATATATATTAAAGTAAAATATACTTGAAGCATCGATTTATTATTACCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCAt < 1:1114330/91‑1 (MQ=255) ttATATATATTAAAGTAAAATATACTTGAAGCATCGATTTATTATTACCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCAt < 1:3444059/91‑1 (MQ=255) ttATATATATTAAAGTAAAATATACTTGAAGCATCGATTTATTATTACCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCAt < 1:1719875/91‑1 (MQ=255) tatatatTAAAGTAAAATATACTTGAAGCATCGATTTATTATTACCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGt < 1:446102/91‑1 (MQ=255) tatatTAAAGTAAAATATACTTGAAGCATCGATTTATTATTACCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTGc < 1:278054/91‑1 (MQ=255) tatatTAAAGTAAAATATACTTGAAGCATCGATTTATTATTACCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTGc > 1:3734077/1‑91 (MQ=255) tatatTAAAGTAAAATATACTTGAAGCATCGATTTATTATTACCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTGc < 1:181423/91‑1 (MQ=255) tatatTAAAGTAAAATATACTTGAAGCATCGATTTATTATTACCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGACATAATAACCATAGTGc < 1:2169508/91‑1 (MQ=255) aaaGTAAAATATACTTGAAGCATCGTTTTATTATTACCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCg < 1:3862670/91‑1 (MQ=255) aaaGTAAAATATACTTGAAGCATCGATTTATTATTACCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCg < 1:3837273/91‑1 (MQ=255) tAAAATATACTTGAAGCATCGATTTATTATTACCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCg > 1:2742231/1‑91 (MQ=255) aaTATACTTGAAGCATCGATTTATTATTACCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAAtccattacgctcgatacgcact < 1:2344525‑M1/91‑23 (MQ=255) 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aaGCATCGATTTATTATTACCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGAttatta < 1:3769665‑M2/91‑7 (MQ=255) aaGCATCGATTTATTATTACCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGAttatta > 1:1652143‑M2/1‑85 (MQ=255) aaGCATCGATTTATTATTACCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGAttatta > 1:620611‑M2/1‑85 (MQ=255) aGCATCGATTTATTATTACCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGAttattat < 1:4073367‑M2/91‑8 (MQ=255) aGCATCGAATTAGTATTACCATAAATTTATATATAGAGATAATTTAAAGGCATAATAAtccattacgctcgatacgcactatggttattat < 1:1876886‑M1/91‑34 (MQ=255) gCATCGATTTATTATTACCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGAttattatg < 1:3627834‑M2/91‑9 (MQ=255) cATCGATTTATTATTACCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAAtccattacgctcgatacgcactatggttattatgc < 1:3363441‑M1/91‑36 (MQ=255) tCGATTTATTATTACCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAAtccattacgctcgatacgcactatggttattatgcct < 1:2061529‑M1/91‑38 (MQ=255) 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aTTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGATTATTATGCCTTTGATTTTACTTGAATATAg < 1:1863492/91‑1 (MQ=255) aTTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGATTATTATGCCTTTGATTTTACTTGAATATAg > 1:810845/1‑91 (MQ=255) tttATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGATTATTATGCCTTTGATTTTACTTGAATATAGc < 1:2050251/91‑1 (MQ=255) ttATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGATTATTATGCCTTTGATTTTACTTGAATATAGCt < 1:2287007/91‑1 (MQ=255) ttATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGATTATTATGCCTTTGATTTTACTTGAATATAGCt < 1:1832912/91‑1 (MQ=255) ttATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGATTATTATGCCTTTGATTTTACTTGAATATAGCt > 1:2997992/1‑91 (MQ=255) atatataGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGATTATTATGCCTTTGATTTTACTTGAATATAGCtgt < 1:705904/91‑1 (MQ=255) atatataGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGATTATTATGCCTTTGATTTTACTTGAATATAGCtgt > 1:1784508/1‑91 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |