| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 1355713 = | 90 (0.920) | 10 (0.120) | 7/138 | NT | 11.7% | intergenic (+3/+51) | USA300HOU_RS06740/yclM | hypothetical protein/Aspartokinase 3 |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 1355761 = | 74 (0.870) | intergenic (+51/+3) | USA300HOU_RS06740/yclM | hypothetical protein/Aspartokinase 3 | |||||
AGTTTTGCTATCACGGGGTTGCATTAAAAAACTTGTGTGATAAAAACTAATATAAAAGCAATTCGTAACACATGTATTCAACTGCGTTATGAATTGCTTTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/1355813‑1355713‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑gaattgcttttATATTAGTTTTTATCACACAAGTTTTTTAATGCAACCCCGTGATAGCAAAACTCATATGTAGATAATACAGCTTTTTCAGCATCATCTAC > USA300TCH1516_ALE/1355761‑1355850 AGTTTTGCTATCACGGGGTTGCATTAAAAAACTTGTGTGATAAAAACTAATATAAAAGCAATTCGTAACACATGTATTCAACTGCGTTATG > 1:415487/1‑91 GTTTTGCTATCACGGGGTTGCATTAAAAAACTTGTGTGATAAAAACTAATATAAAAGCAATTCGTAACACATGTATTCAACTGCGTTATGA > 1:1559952/1‑91 GTTTTGCTATCACGGGGTTGCATTAAAAAACTTGTGTGATAAAAACTAATATAAAAGCAATTCGTAACACATGTATTCAACTGCGTTATGA > 1:1683662/1‑91 TTTTGCTATCACGGGGTTGCATTAAAAAACTTGTGTGATAAAAACTAATATAAAAGCAATTCGTAACACATGTATTCAACTGCGTTATGAA < 1:2775693/91‑1 TTGCTATCACGGGGTTGCATTAAAAAACTTGTGTGATAAAAACTAATATAAAAGCAATTCGTAACACATGTATTCAACTGCGTTATGAATT > 1:1024820/1‑91 GCTATCACGGGGTTGCATTAAAAAACTTGTGTGATAAAAACTAATATAAAAGCAATTCGTAACACATGTATTCAACTGCGTTATGAATTGC < 1:109988/91‑1 GCTATCACGGGGTTGCATTAAAAAACTTGTGTGATAAAAACTAATATAAAAGCAATTCGTAACACATGTATTCAACTGCGTTATGAATTGC > 1:123342/1‑91 GCTATCACGGGGTTGCATTAAAAAACTTGTGTGATAAAAACTAATATAAAAGCAATTCGTAACACATGTATTCAACTGCGTTATGAATTGC > 1:3335371/1‑91 GCTATCACGGGGTTGCATTAAAAAACTTGTGTGATAAAAACTAATATAAAAGCAATTCGTAACACATGTATTCAACTGCGTTATGAATTGC > 1:3052617/1‑91 CTATCACGGGGTTGCATTAAAAAACTTGTGTGATAAAAACTAATATAAAAGCAATTCGTAACACATGTATTCAACTGCGTTATGAATTGCT > 1:896581/1‑91 CTATCACGGGGTTGCATTAAAAAACTTGTGTGATAAAAACTAATATAAAAGCAATTCGTAACACATGTATTCAACTGCGTTATGAATTGCT > 1:3708546/1‑91 CTATCACGGGGTTGCATTAAAAAACTTGTGTGATAAAAACTAATATAAAAGCAATTCGTAACACATGTATTCAACTGCGTTATGAATTGCT < 1:173520/91‑1 TATCACGGGGTTGCATTAAAAAACTTGTGTGATAAAAACTAATATAAAAGCAATTCGTAACACATGTATTCAACTGCGTTATGAATTGCTT > 1:2810975/1‑91 TATCACGGGGTTGCATTAAAAAACTTGTGTGATAAAAACTAATATAAAAGCAATTCGTAACACATGTATTCAACTGCGTTATGAATTCCTT > 1:3729925/1‑91 ATCACGGGGTTGCATTAAAAAACTTGTGTGATAAAAACTAATATAAAAGCAATTCGTAACACATGTATTCAACTGCGTTATGAATTGCTTT > 1:2533954/1‑91 ATCACGGGGTTGCATTAAAAAACTTGTGTGATAAAAACTAATATAAAAGCAATTCGTAACACATGTATTCAACTGCGTTATGAATTGCTTT > 1:2534189/1‑91 ATCACGGGGTTGCATTAAAAAACTTGTGTGATAAAAACTAATATAAAAGCAATTCGTAACACATGTATTCAACTGCGTTATGAATTGCTTT > 1:2535208/1‑91 CTTGTGTGATAAAAACTAATATAAAAGCAATTCGTAACACATGTATTCAACTGCGTTATGAATTGCTTTTATATTAGTTTTTATCACACAA > 1:3051646/1‑91 CTTGTGTGATAAAAACTAATATAAAAGCAATTCGTAACACATGTATTCAACTGCGTTATGAATTGCTTTTATATTAGTTTTTATCACACAA > 1:3049036/1‑91 TAATATAAAAGCAATTCGTAACACATGTATTCAACTGCGTTATGAATTGCTTTTATATTAGTTTTTATCACACAAGTTTTTTAATGCAACC > 1:2309281/1‑91 TAATATAAAAGCAATTCGTAACACATGTATTCAACTGCGTTATGAATTGCTTTTATATTAGTTTTTATCACACAAGTTTTTTAATGCAACC > 1:2309395/1‑91 TAAAAGCAATTCGTAACACATGTATTCAACTGCGTTATGAATTGCTTTTATATTAGTTTTTATCACACAAGTTTTTTAATGCAACCCCGTG > 1:2258531/1‑91 AGCAATTCGTAACACATGTATTCAACTGCGTTATGAATTGCTTTTATATTAGTTTTTATCACACAAGTTTTTTAATGCAACCCCGTGATAG > 1:2979484/1‑91 AGCAATTCGTAACACATGTATTCAACTGCGTTATGAATTGCTTTTATATTAGTTTTTATCACACAAGTTTTTTAATGCAACCCCGTGATAG > 1:3355651/1‑91 GCAATTCGTAACACATGTATTCAACTGCGTTATGAATTGCTTTTATATTAGTTTTTATCACACAAGTTTTTTAATGCAACCCCGTGATAGC > 1:1750222/1‑91 CGTAACACATGTATTCAACTGCGTTATGAATTGCTTTTATATTAGTTTTTATCACACAAGTTTTTTAATGCAACCCCGTGATAGCAAAACT > 1:1795142/1‑91 GTAACACATGTATTCAACTGCGTTATGAATTGCTTTTATATTAGTTTTTATCACACAAGTTTTTTAATGCAACCCCGTGATAGCAAAACTC > 1:1578713/1‑91 AATTGCTTTTATATTAGTTTTTATCACACAAGTTTTTTAATGCAACCCCGTGATAGCAAAACTCATATGTAGATAATACAGCTTTTTCAGC < 1:213572/91‑1 AATTGCTTTTATATTAGTTTTTATCACACAAGTTTTTTAATGCAACCCCGTGATAGCAAAACTCATATGTAGATAATACAGCTTTTTCAGC < 1:2153717/91‑1 TTGCTTTTATATTAGTTTTTATCACACAAGTTTTTTAATGCAACCCCGTGATAGCAAAACTCATATGTAGATAATACAGCTTTTTCAGCAT > 1:438459/1‑91 TTTTATATTAGTTTTTATCACACAAGTTTTTTAATGCAACCCCGTGATAGCAAAACTCATATGTAGATAATACAGCTTTTTCAGCATCATC < 1:3529596/91‑1 TTTATATTAGTTTTTATCACACAAGTTTTTTAATGCAACCCCGTGATCGCAAAACTCATATGTAGATAATACAGCTTCTTCAGCATCATCT > 1:4153993/1‑91 TTATATTAGTTTTTATCACACAAGTTTTTTAATGCAACCCCGTGATAGCAAAACTCATATGTAGATAATACAGCTTTTTCAGCATCATCTA > 1:814174/1‑91 TATATTAGTTTTTATCACACAAGTTTTTTAATGCAACCCCGTGATAGCAAAACTCATATGTAGATAATACAGCTTTTTCAGCATCATCTAC < 1:1807758/91‑1 AGTTTTGCTATCACGGGGTTGCATTAAAAAACTTGTGTGATAAAAACTAATATAAAAGCAATTCGTAACACATGTATTCAACTGCGTTATGAATTGCTTTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/1355813‑1355713‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑gaattgcttttATATTAGTTTTTATCACACAAGTTTTTTAATGCAACCCCGTGATAGCAAAACTCATATGTAGATAATACAGCTTTTTCAGCATCATCTAC > USA300TCH1516_ALE/1355761‑1355850 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |