New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | USA300TCH1516_ALE | 1355713 = | 90 (0.920) | 10 (0.120) | 7/138 | NT | 11.7% | intergenic (+3/+51) | USA300HOU_RS06740/yclM | hypothetical protein/Aspartokinase 3 |
? | USA300TCH1516_ALE | 1355761 = | 74 (0.870) | intergenic (+51/+3) | USA300HOU_RS06740/yclM | hypothetical protein/Aspartokinase 3 |
Only 100 of 133 total aligned reads displayed.
CGTATTAAGGATGCAATCCAGAGAACAATAAATAATTAAGAAAAAGCAATTCATAACGCAGTTGAATACATGTGTTACGAATTGCTTTTATATTAGTTTTTATCACACAAGTTTTTTAATGCAACCCCGTGATAGCAAAACTCATATGTAGATAATACAGCTTTTTCAGCATCATCTACA > USA300TCH1516_ALE/1355672‑1355851 | cGTATTAAGGATGCAATCCAGAGAACAATAAATAATTAAGAAAAAGCAATTCATAACGCAGTTGAATACATGTGTTACGAATTGCTTTtat > 1:1213589/1‑91 (MQ=255) cGTATTAAGGATGCAATCCAGAGAACAATAAATAATTAAGAAAAAGCAATTCATAACGCAGTTGAATACATGTGTTACGAATTGCTTTtat < 1:1279092/91‑1 (MQ=255) gTATTAAGGATGCAATCCAGAGAACAATAAATAATTAAGAAAAAGCAATTCATAACGCAGTTGAATACATGTGTTACGAATTGCTTTtata < 1:952248/91‑1 (MQ=255) gTATTAAGGATGCAATCCAGAGAACAATAAATAATTAAGAAAAAGCAATTCATAACGCAGTTGAATACATGTGTTACGAATTGCTTTtata < 1:2113272/91‑1 (MQ=255) tATTAAGGATGCAATCCAGAGAACAATAAATAATTAAGAAAAAGCAATTCATAACGCAGTTGAATACATGTGTTACGAATTGCTTTTatat < 1:2624435/91‑1 (MQ=255) aTTAAGGATGCAATCCAGAGAACAATAAATAATTAAGAAAAAGCAATTCATAACGCAGTTGAATACATGTGTTACGAATTGCTTTTATAtt > 1:1101404/1‑91 (MQ=255) aTTAAGGATGCAATCCAGAGAACAATAAATAATTAAGAAAAAGCAATTCATAACGCAGTTGAATACATGTGTTACGAATTGCTTTTATAtt > 1:2944545/1‑91 (MQ=255) ttAAGGATGCAATCCAGAGAACAATAAATAATTAAGAAAAAGCAATTCATAACGCAGTTGAATACATGTGTTACGAATTGCTTTTATATTa > 1:1482481/1‑91 (MQ=255) ggttgcattaaaaaacttgtgtgataaaaactaatatAAAAGCAATTCATAACGCAGTTGAATACATGTGTTACGAATTGCTTTTATATTa > 1:2309281‑M1/38‑91 (MQ=255) ggttgcattaaaaaacttgtgtgataaaaactaatatAAAAGCAATTCATAACGCAGTTGAATACATGTGTTACGAATTGCTTTTATATTa > 1:2309395‑M1/38‑91 (MQ=255) aTGCAATCCAGAGAACAATAAATAATTAAGAAAAAGCAATTCATAACGCAGTTGAATACATGTGTTACGAATTGCTTTTATATTAGttttt < 1:4063850/91‑1 (MQ=255) tGCAATCCAGAGAACAATAAATAATTAAGAAAAAGCAATTCATAACGCAGTTGAATACATGTGTTACGAATTGCTTTTATATTAGTTTTTa > 1:1991745/1‑91 (MQ=255) gCAATCCAGAGAACAATAAATAATTAAGAAAAAGCAATTCATAACGCAGTTGAATACATGTGTTACGAATTGCTTTTATATTAGTTTTTAt > 1:1340395/1‑91 (MQ=255) gCAATCCAGAGAACAATAAATAATTAAGAAAAAGCAATTCATAACGCAGTTGAATACATGTGTTACGAATTGCTTTTATATTAGTTTTTAt > 1:1836778/1‑91 (MQ=255) aaTCCAGAGTACAATAAATAATTAAGAAAAAGCAATTCATAACGCAGTTGAATACATGTGTTACGAATTGCTTTTATATTAGTTTTTATca > 1:2093611/1‑91 (MQ=255) aaTCCAGAGAACAATAAATAATTAAGAAAAAGCAATTCATAACGCAGTTGAATACATGTGTTACGAATTGCTTTTATATTAGTTTTTATca < 1:309110/91‑1 (MQ=255) aTCCAGAGAACAATAAATAATTAAGAAAAAGCAATTCATAACGCAGTTGAATACATGTGTTACGAATTGCTTTTATATTAGTTTTTATcac < 1:2535969/91‑1 (MQ=255) cAGAGAACAATAAATAATTAAGAAAAAGCAATTCATAACGCAGTTGAATACATGTGTTACGAATTGCTTTTATATTAGTTTTTATcacaca < 1:1478530/91‑1 (MQ=255) cAGAGAACAATAAATAATTAAGAAAAAGCAATTCATAACGCAGTTGAATACATGTGTTACGAATTGCTTTTATATTAGTTTTTATcacaca < 1:2030962/91‑1 (MQ=255) cAGAGAACAATAAATAATTAAGAAAAAGCAATTCATAACGCAGTTGAATACATGTGTTACGAATTGCTTTTATATTAGTTTTTATcacaca < 1:2004751/91‑1 (MQ=255) cttgtgtgataaaaactaatataaaagcaattcgtaacacatgtattcaactgcgttatgaattgcttttATATTAGTTTTTATCACACaa > 1:3051646‑M2/71‑91 (MQ=255) cttgtgtgataaaaactaatataaaagcaattcgtaacacatgtattcaactgcgttatgaattgcttttATATTAGTTTTTATCACACaa > 1:3049036‑M2/71‑91 (MQ=255) agagAACAATAAATAATTAAGAAAAAGCAATTCATAACGCAGTTGAATACATGTGTTACGAATTGCTTTTATATTAGTTTTTATCACACaa > 1:899838/1‑91 (MQ=255) ttgtgtgataaaaactaatatAAAAGCAATTCATAACGCAGTTGAATACATGTGTTACGAATTGCTTTTATATTAGTTTTTATCACACAAg > 1:3051646‑M1/22‑91 (MQ=255) gaACAATAAATAATTAAGAAAAAGCAATTCATAACGCAGTTGAATACATGTGTTACGAATTGCTTTTATATTAGTTTTTATCACACAAGtt < 1:3076166/91‑1 (MQ=255) gaACAATAAATAATTAAGAAAAAGCAATTCATAACGCAGTTGAATACATGTGTTACGAATTGCTTTTATATTAGTTTTTATCACACAAGtt < 1:3371393/91‑1 (MQ=255) gaACAATAAATAATTAAGAAAAAGCAATTCATAACGCAGTTGAATACATGTGTTACGAATTGCTTTTATATTAGTTTTTATCACACAAGtt < 1:1030388/91‑1 (MQ=255) aaCAATAAATAATTAAGAAAAAGCAATTCATAACGCAGTTGAATACATGTGTTACGAATTGCTTTTATATTAGTTTTTATCACACAAGttt > 1:2746143/1‑91 (MQ=255) aCAATAAATAATTAAGAAAAAGCAATTCATAACGCAGTTGAATACATGTGTTACGAATTGCTTTTATATTAGTTTTTATCACACAAGtttt < 1:67442/91‑1 (MQ=255) ataaataaTTAAGAAAAAGCAATTCATAACGCAGTTGAATACATGTGTTACGAATTGCTTTTATATTAGTTTTTATCACACAAGTTTTTTa < 1:1560571/91‑1 (MQ=255) ataaataaTTAAGAAAAAGCAATTCATAACGCAGTTGAATACATGTGTTACGAATTGCTTTTATATTAGTTTTTATCACACAAGTTTTTTa < 1:2689976/91‑1 (MQ=255) taaataaTTAAGAAAAAGCAATTCATAACGCAGTTGAATACATGTGTTACGAATTGCTTTTATATTAGTTTTTATCACACAAGTTTTTTaa > 1:1935107/1‑91 (MQ=255) taaataaTTAAGAAAAAGCAATTCATAACGCAGTTGAATACATGTGTTACGAATTGCTTTTATATTAGTTTTTATCACACAAGTTTTTTaa > 1:1557711/1‑91 (MQ=255) aaataaTTAAGAAAAAGCAATTCATAACGCAGTTGAATACATGTGTTACGAATTGCTTTTATATTAGTTTTTATCACACAAGTTTTTTAAt > 1:2217408/1‑91 (MQ=255) aaataaTTAAGAAAAAGCAATTCATAACGCAGTTGAATACATGTGTTACGAATTGCTTTTATATTAGTTTTTATCACACAAGTTTTTTAAt > 1:2217527/1‑91 (MQ=255) aataatTAAGAAAAAGCAATTCATAACGCAGTTGAATACATGTGTTACGAATTGCTTTTATATTAGTTTTTATCACACAAGTTTTTTAATg < 1:348524/91‑1 (MQ=255) aataatTAAGAAAAAGCAATTCATAACGCAGTTGAATACATGTGTTACGAATTGCTTTTATATTAGTTTTTATCACACAAGTTTTTTAATg < 1:2129672/91‑1 (MQ=255) aataatTAAGAAAAAGCAATTCATAACGCAGTTGAATACATGTGTTACGAATTGCTTTTATATTAGTTTTTATCACACAAGTTTTTTAATg < 1:2979490/91‑1 (MQ=255) aataatTAAGAAAAAGCAATTCATAACGCAGTTGAATACATGTGTTACGAATTGCTTTTATATTAGTTTTTATCACACAAGTTTTTTAATg < 1:2978630/91‑1 (MQ=255) aataatTAAGAAAAAGCAATTCATAACGCAGTTGAATACATGTGTTACGAATTGCTTTTATATTAGTTTTTATCACACAAGTTTTTTAATg < 1:2461257/91‑1 (MQ=255) ataatTAAGAAAAAGCAATTCATAACGCAGTTGAATACATGTGTTACGAATTGCTTTTATATTAGATTTTATCACACAAGTTTTTTAATGc > 1:3785903/1‑91 (MQ=255) atTAAGAAAAAGCAATTCATAACGCAGTTGAATACATGTGTTACGAATTGCTTTTATATTAGTTTTTATCACACAAGTTTTTTAATGCAAc < 1:3673179/91‑1 (MQ=255) ttAAGAAAAAGCAATTCATAACGCAGTTGAATACATGTGTTACGAATTGCTTTTATATTAGTTTTTATCACACAAGTTTTTTAATGCAAcc < 1:2259451/91‑1 (MQ=255) ttAAGAAAAAGCAATTCATAACGCAGTTGAATACATGTGTTACGAATTGCTTTTATATTAGTTTTTATCACACAAGTTTTTTAATGCAAcc < 1:3155471/91‑1 (MQ=255) ttAAGAAAAAGCAATTCATAACGCAGTTGAATACATGTGTTACGAATTGCTTTTATATTAGTTTTTATCACACAAGTTTTTTAATGCAAcc < 1:3417258/91‑1 (MQ=255) taatataaaagcaattcgtaacacatgtattcaactgcgttatgaattgcttttATATTAGTTTTTATCACACAAGTTTTTTAATGCAAcc > 1:2309395‑M2/55‑91 (MQ=255) aaGAAAAAGCAATTCATAACGCAGTTGAATACATGTGTTACGAATTGCTTTTATATTAGTTTTTATCACACAAGTTTTTTAATGCAAcccc < 1:104466/91‑1 (MQ=255) aaGAAAAAGCAATTCATAACGCAGTTGAATACATGTGTTACGAATTGCTTTTATATTAGTTTTTATCACACAAGTTTTTTAATACAAcccc > 1:2075746/1‑91 (MQ=255) aGAAAAAGCAATTCATAACGCAGTTGAATACATGTGTTACGAATTGCTTTTATATTAGTTTTTATCACACAAGTTTTTTAATGCAACCCCg > 1:843435/1‑91 (MQ=255) aGAAAAAGCAATTCATAACGCAGTTGAATACATGTGTTACGAATTGCTTTTATATTAGTTTTTATCACACAAGTTTTTTAATGCAACCCCg > 1:2332734/1‑91 (MQ=255) aGAAAAAGCAATTCATAACGCAGTTGAATACATGTGTTACGAATTGCTTTTATATTAGTTTTTATCACACAAGTTTTTTAATGCAACCCCg > 1:2437285/1‑91 (MQ=255) taaaagcaattcgtaacacatgtattcaactgcgttatgaattgcttttATATTAGTTTTTATCACACAAGTTTTTTAATGCAACCCCGTg > 1:2258531‑M2/50‑91 (MQ=255) aaaaaGCAATTCATAACGCAGTTGAATACATGTGTTACGAATTGCTTTTATATTAGTTTTTATCACACAAGTTTTTTAATGCAACCCCGTg < 1:2903084/91‑1 (MQ=255) AAAGCAATTCATAACGCAGTTGAATACATGTGTTACGAATTGCTTTTATATTAGTTTTTATCACACAAGTTTTTTAATGCAACCCCGTGAt > 1:2535208‑M1/1‑91 (MQ=255) AAAGCAATTCATAACGCAGTTGAATACATGTGTTACGAATTGCTTTTATATTAGTTTTTATCACACAAGTTTTTTAATGCAACCCCGTGAt > 1:2533954‑M1/1‑91 (MQ=255) AAGGAATTCATAACGCAGTTGAATACATGTGTTACGAATTGCTTTTATATTAGTTTTTATCACACAAGTTTTTTAATGCAACCCCGTGATa > 1:3729925‑M1/1‑91 (MQ=255) AAGCAATTCATAACGCAGTTGAATACATGTGTTACGAATTGCTTTTATATTAGTTTTTATCACACAAGTTTTTTAATGCAACCCCGTGATa > 1:2810975‑M1/1‑91 (MQ=255) agcaattcgtaacacatgtattcaactgcgttatgaattgcttttATATTAGTTTTTATCACACAAGTTTTTTAATGCAACCCCGTGATAg > 1:2979484‑M2/46‑91 (MQ=255) AGCAATTCATAACGCAGTTGAATACATGTGTTACGAATTGCTTTTATATTAGTTTTTATCACACAAGTTTTTTAATGCAACCCCGTGATAg > 1:896581‑M1/1‑91 (MQ=255) AGCAATTCATAACGCAGTTGAATACATGTGTTACGAATTGCTTTTATATTAGTTTTTATCACACAAGTTTTTTAATGCAACCCCGTGATAg < 1:173520‑M1/91‑1 (MQ=255) GCAATTCATAACGCAGTTGAATACATGTGTTACGAATTGCTTTTATATTAGTTTTTATCACACAAGTTTTTTAATGCAACCCCGTGATAGc > 1:123342‑M1/1‑91 (MQ=255) GCAATTCATAACGCAGTTGAATACATGTGTTACGAATTGCTTTTATATTAGTTTTTATCACACAAGTTTTTTAATGCAACCCCGTGATAGc > 1:3335371‑M1/1‑91 (MQ=255) 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tATATTAGTTTTTATCACACAAGTTTTTTAATGCAACCCCGTGATAGCAAAACTCATATGTAGATAATACAGCTTTTTCAGCATCATCTAc < 1:1807758‑M2/90‑1 (MQ=255) atatTAGTTTTTATCACACAAGTTTTTTAATGCAACCCCGTGATAGCAAAACTCATATGTAGATAATACAGCTTTTTCAGCATCATCcaca > 1:3738038/1‑91 (MQ=255) atatTAGTTTTTATCACACAAGTTTTTTAATGCAACCCCGTGATAGCAAAACTCATATGTAGATAATACAGCTTTTTCAGCATCATCTACa > 1:1376532/1‑91 (MQ=255) atatTAGTTTTTATCACACAAGTTTTTTAATGCAACCCCGTGATAGCAAAACTCATATGTAGATAATACAGCTTTTTCAGCATCATCTACa > 1:1376276/1‑91 (MQ=255) atatTAGTTTTTATCACACAAGTTTTTTAATGCAACCCCGTGATAGCAAAACTCATATGTAGATAATACAGCTTTTTCAGCATCATCGACa > 1:3737928/1‑91 (MQ=255) atatTAGTTTTTATCACACAAGTTTTTTAATGCAACCCCGTGATAGCAAAACTCATATGTAGATAATACAGCTTTTTCAGCATCATCGACa > 1:3737595/1‑91 (MQ=255) | CGTATTAAGGATGCAATCCAGAGAACAATAAATAATTAAGAAAAAGCAATTCATAACGCAGTTGAATACATGTGTTACGAATTGCTTTTATATTAGTTTTTATCACACAAGTTTTTTAATGCAACCCCGTGATAGCAAAACTCATATGTAGATAATACAGCTTTTTCAGCATCATCTACA > USA300TCH1516_ALE/1355672‑1355851 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |