| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 1355817 = | 108 (1.100) | 6 (0.070) | 5/144 | NT | 5.7% | coding (1330/1383 nt) | yclM | Aspartokinase 3 |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 1355853 = | 101 (1.140) | coding (1294/1383 nt) | yclM | Aspartokinase 3 | |||||
AAAAATTAACTTAAAAATGATTAACCAAGGTGCTTCGGAAATCTCGATGATGTTTGGAATTCATGTAGATGATGCTGAAAAAGCTGTATTATCTACAT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/1355914‑1355817‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑atctacatGAATTCCAAACATCATCGAGATTTCCGAAGCACCTTGGTTAATCATTTTTAAGTTAATTTTTGATTCAGCTAAGGCATGTGTAATTTTAT > USA300TCH1516_ALE/1355853‑1355942 AAAAATTAACTTAAAAATGATTAACCAAGGTGCTTCGGAAATCTCGATGATGTTTGGAATTCATGTAGATGATGCTGAAAAAGCTGTATTA > 1:835196/1‑91AAAAATTAACTTAAAAATGATTAACCAAGGTGCTTCGGAAATCTCGATGATGTTTGGAATTCATGTAGATGATGCTGAAAAAGCTGTATTA < 1:650751/91‑1AAAAATTAACTTAAAAATGATTAACCAAGGTGCTTCGGAAATCTCGATGATGTTTGGAATTCATGTAGATGATGCTGAAAAAGCTGTATTA < 1:650928/91‑1 AAATTAACTTAAAAATGATTAACCAAGGTGCTTCGGAAATCTCGATGATGTTTGGAATTCATGTAGATGATGCTGAAAAAGCTGTATTATC > 1:4118014/1‑91 AATTAACTTAAAAATGATTAACCAAGGTGCTTCGGAAATCTCGATGATGTTTGGAATTCATGTAGATGATGCTGAAAAAGCTGTATTATCT < 1:1626735/91‑1 AATTAACTTAAAAATGATTAACCAAGGTGCTTCGGAAATCTCGATGATGTTTGGAATTCATGTAGATGATGCTGAAAAAGCTGTATTATCT < 1:1626794/91‑1 TTAACTTAAAAATGATTAACCAAGGTGCTTCGGAAATCTCGATGATGTTTGGAATTCATGTAGATGATGCTGAAAAAGCTGTATTATCTAC > 1:782435/1‑91 AACTTAAAAATGATTAACCAAGGTGCTTCGGAAATCTCGATGATGTTTGGAATTCATGTAGATGATGCTGAAAAAGCTGTGTTATCTACAT < 1:414690/91‑1 AACTTAAAAATGATTAACCAAGGTGCTTCGGAAATCTCGATGATGTTTGGAATTCATGTAGATGATGCTGAAAAAGCTGTATTATCTACAT < 1:414689/91‑1 AACTTAAAAATGATTAACCAAGGTGCTTCGGAAATCTCGATGATGTTTGGAATTCATGTAGATGATGCTGAAAAAGCTGTATTATCTACAT > 1:502518/1‑91 CATGTAGATGATGCTGAAAAAGCTGTATTATCTACATGAATTCCAAACATCATCGAGATTTCCGAAGCACCTTGGTTAATCATTTTTAAGT > 1:2706161/1‑91 ATGTAGATGATGCTGAAAAAGCTGTATTATCTACATGAATTCCAAACATCATCGAGATTTCCGAAGCACCTTGGTTAATCATTTTTAAGTT > 1:2600941/1‑91 TGTAGATGATGCTGAAAAAGCTGTATTATCTACATGAATTCCAAACATCATCGAGATTTCCGAAGCACCTTGGTTAATCATTTTTAAGTTA > 1:3368600/1‑91 TGTAGATGATGCTGAAAAAGCTGTATTATCTACATGAATTCCAAACATCATCGAGATTTCCGAAGCACCTTGGTTAATCATTTTTAAGTTA > 1:2210537/1‑91 GTAGATGATGCTGAAAAAGCTGTATTATCTACATGAATTCCAAACATCATCGAGATTTCCGAAGCACCTTGGTTAATCATTTTTAAGTTAA > 1:1445651/1‑91 TAGATGATGCTGAAAAAGCTGTATTATCTACATGAATTCCAAACATCATCGAGATTTCCGAAGCACCTTGGTTAATCATTTTTAAGTTAAT > 1:823872/1‑91 TCTACATGAATTCCAAACATCATCGAGATTTCCGAAGCACCTTGGTTAATCATTTTTAAGTTAATTTTTGATTCAGCTAAGGCATGTGTAA < 1:420127/91‑1 TCTACATGAATTCCAAACATCATCGAGATTTCCGAAGCACCTTGGTTAATCATTTTTAAGTTAATTTTTGATTCAGCTAAGGCATGTGTAA < 1:194067/91‑1 TCTACATGAATTCCAAACATCATCGAGATTTCCGAAGCACCTTGGTTAATCATTTTTAAGTTAATTTTTGATTCAGCTAAGGCATGTGTAA < 1:1762367/91‑1 TACATGAATTCCAAACATCATCGAGATTTCCGAAGCACCTTGGTTAATCATTTTTAAGTTAATTTTTGATTCAGCTAAGGCATGTGTAATT < 1:1621341/91‑1 ACATGAATTCCAAACATCATCGAGATTTCCGAAGCACCTTGGTTAATCATTTTTAAGTTAATTTTTGATTCAGCTAAGGCATGTGTAATTT < 1:2553119/91‑1 CATGAATTCCAAACATCATCGAGATTTCCGAAGCACCTTGGTTAATCATTTTTAAGTTAATTTTTGATTCAGCTAAGGCATGTGTAATTTT > 1:3372266/1‑91 CATGAATTCCAAACATCATCGAGATTTCCGAAGCACCTTGGTTAATCATTTTTAAGTTAATTTTTGATTCAGCTAAGGCATGTGTAATTTT > 1:2649428/1‑91 CATGAATTCCAAACATCATCGAGATTTCCGAAGCACCTTGGTTAATCATTTTTAAGTTAATTTTTGATTCAGCTAAGGCATGTGTAATTTT > 1:2353660/1‑91 CATGAATTCCAAACATCATCGAGATTTCCGAAGCACCTTGGTTAATCATTTTTAAGTTAATTTTTGATTCAGCTAAGGCATGTGTAATTTT > 1:2100191/1‑91 ATGAATTCCAAACATCATCGAGATTTCCGAAGCACCTTGGTTAATCATTTTTAAGTTAATTTTTGATTCAGCTAAGGCATGTGTAATTTTA < 1:3037086/91‑1 TGAATTCCAAACATCATCGAGATTTCCGAAGCACCTTGGTTAATCATTTTTAAGTTAATTTTTGATTCAGCTAAGGCATGTGTAATTTTAT > 1:390702/1‑91 AAAAATTAACTTAAAAATGATTAACCAAGGTGCTTCGGAAATCTCGATGATGTTTGGAATTCATGTAGATGATGCTGAAAAAGCTGTATTATCTACAT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/1355914‑1355817‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑atctacatGAATTCCAAACATCATCGAGATTTCCGAAGCACCTTGGTTAATCATTTTTAAGTTAATTTTTGATTCAGCTAAGGCATGTGTAATTTTAT > USA300TCH1516_ALE/1355853‑1355942 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |