New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | USA300TCH1516_ALE | = 1371846 | 71 (0.720) | 7 (0.080) | 5/142 | NT | 9.2% | coding (1376/1989 nt) | tkt | Transketolase |
? | USA300TCH1516_ALE | = 1371866 | 75 (0.860) | coding (1396/1989 nt) | tkt | Transketolase |
ACATCCATATGGTGCAACATTCTTCGTATTTAGTGATTATTTAAAACCAGCGTTACGTTTATCATCAATTATGGGATTAAATGCAACGTTCATCTTCAC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/1371748‑1371846 ‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑catcttcacCTACTGCAATTGAATCATGTGTGAAGATGAACGTTGCATTTAATCCCATAATTGATGATAAACGTAACGCTGGTTTTAAATAATCACTAA < USA300TCH1516_ALE/1371866‑1371777 ACATCCATATGGTGCAACATTCTTCGTATTTAGTGATTATTTAAAACCAGCGTTACGTTTATCATCAATTATGGGATTAAATGCAACGTTC > 1:2905426/1‑91 CATCCATATGGTGCAACATTCTTCGTATTTAGTGATTATTTAAAACCAGCGTTACGTTTATCATCAATTATGGGATTAAATGCAACGTTCA < 1:1941041/91‑1 CATCCATATGGTGCAACATTCTTCGTATTTAGTGATTATTTAAAACCAGCGTTACGTTTATCATCAATTATGGGATTAAATGCAACGTTCA < 1:1941146/91‑1 TCCATATGGTGCAACATTCTTCGTATTTAGTGATTATTTAAAACCAGCGTTACGTTTATCATCAATTATGGGATTAAATGCAACGTTCATC > 1:1787971/1‑91 TCCATATGGTGCAACATTCTTCGTATTTAGTGATTATTTAAAACCAGCGTTACGTTTATCATCAATTATGGGATTAAATGCAACGTTCATC < 1:3461923/91‑1 TCCATATGGTGCAACATTCTTCGTATTTAGTGATTATTTAAAACCAGCGTTACGTTTATCATCAATTATGGGATTAAATGCAACGTTCATC > 1:2193632/1‑91 CATATGGTGCAACATTCTTCGTATTTAGTGATTATTTAAAACCAGCGTTACGTTTATCATCAATTATGGGATTAAATGCAACGTTCATCTT > 1:2655128/1‑91 ATATGGTGCAACATTCTTCGTATTTAGTGATTATTTAAAACCAGCGTTACGTTTATCATCAATTATGGGATTAAATGCAACGTTCATCTTC < 1:1213188/91‑1 TATGGTGCAACATTCTTCGTATTTAGTGATTATTTAAAACCAGCGTTACGTTTATCATCAATTATGGGATTAAATGCAACGTTCATCTTCA < 1:1273107/91‑1 ATGGTGCAACATTCTTCGTATTTAGTGATTATTTAAAACCAGCGTTACGTTTATCATCAATTATGGGATTAAATGCAACGTTCATCTTCAC < 1:3779158/91‑1 ATGGTGCAACATTCTTCGTATTTAGTGATTATTTAAAACCAGCGTTACGTTTATCATCAATTATGGGATTAAATGCAACGTTCATCTTCAC > 1:2585828/1‑91 TTCTTCGTATTTAGTGATTATTTAAAACCAGCGTTACGTTTATCATCAATTATGGGATTAAATGCAACGTTCATCTTCACCTACTGCAATT < 1:1816511/91‑1 ATTTAGTGATTATTTAAAACCAGCGTTACGTTTATCATCAATTATGGGATTAATTGCAACGTTCATCTTCACCTACTGCAATTGAATCATG < 1:3502833/91‑1 TTAGTGATTATTTAAAACCAGCGTTACGTTTATCATCAATTATGGGATTAAATGCAACGTTCATCTTCACCTACTGCAATTGAATCATGTG < 1:1028793/91‑1 TTAGTGATTATTTAAAACCAGCGTTACGTTTATCATCAATTATGGGATTAAATGCAACGTTCATCTTCACCTACTGCAATTGAATCATGTG < 1:2663838/91‑1 TTAGTGATTATTTAAAACCAGCGTTACGTTTATCATCAATTATGGGATTAAATGCAACGTTCATCTTCACCTACTGCAATTGAATCATGTG < 1:1028163/91‑1 AGTGATTATTTAAAACCAGCGTTACGTTTATCATCAATTATGGGATTAAATGCAACGTTCATCTTCACCTACTGCAATTGAATCATGTGTG < 1:2205839/91‑1 TGATTATTTAAAACCAGCGTTACGTTTATCATCAATTATGGGATTAAATGCAACGTTCATCTTCACCTACTGCAATTGAATCATGTGTGAA < 1:2045261/91‑1 CATCTTCACCTACTGCAATTGAATCATGTGTGAAGATGAACGTTGCATTTAATCCCATAATTGATGATAAACGTAACGCTGGTTTTAAATA < 1:2924314/91‑1 CATCTTCACCTACTGCAATTGAATCATGTGTGAAGATGAACGTTGCATTTAATCCCATAATTGATGATAAACGTAACGCTGGTTTTAAATA > 1:425770/1‑91 ATCTTCACCTACTGCAATTGAATCATGTGTGAAGATGAACGTTGCATTTAATCCCATAATTGATGATAAACGTAACGCTGGTTTTAAATAA < 1:1837571/91‑1 ATCTTCACCTACTGCAATTGAATCATGTGTGAAGATGAACGTTGCATTTAATCCCATAATTGATGATAAACGTAACGCTGGTTTTAAATAA < 1:502723/91‑1 ATCTTCACCTACTGCAATTGAATCATGTGTGAAGATGAACGTTGCATTTAATCCCATAATTGATGATAAACGTAACGCTGGTTTTAAATAA < 1:502924/91‑1 ATCTTCACCTACTGCAATTGAATCATGTGTGAAGATGAACGTTGCATTTAATCCCATAATTGATGATAAACGTAACGCTGGTTTTAAATAA < 1:502937/91‑1 TCTTCACCTACTGCAATTGAATCATGTGTGAAGATGAACGTTGCATTTAATCCCATAATTGATGATAAACGTAACGCTGGTTTTAAATAAT < 1:2415558/91‑1 TCACCTACTGCAATTGAATCATGTGTGAAGATGAACGTTGCATTTAATCCCATAATTGATGATAAACGTAACGCTGGTTTTAAATAATCAC < 1:2475979/91‑1 TCACCTACTGCAATTGAATCATGTGTGAAGATGAACGTTGCATTTAATCCCATAATTGATGATAAACGTAACGCTGGTTTTAAATAATCAC < 1:945547/91‑1 CACCTACTGCAATTGAATCATGTGTGAAGATGAACGTTGCATTTAATCCCATAATTGATGATAAACGTAACGCTGGTTTTAAATAATCACT < 1:3625485/91‑1 ACCTACTGCAATTGAATCATGTGTGAAGATGAACGTTGCATTTAATCCCATAATTGATGATAAACGTAACGCTGGTTTTAAATAATCACTA < 1:2668217/91‑1 CCTACTGCAATTGAATCATGTGTGAAGATGAACGTTGCATTTAATCCCATAATTGATGATAAACGTAACGCTGGTTTTAAATAATCACTAA > 1:1273701/1‑91 CCTACTGCAATTGAATCATGTGTGAAGATGAACGTTGCATTTAATCCCATAATTGATGATAAACGTAACGCTGGTTTTAAATAATCACTAA < 1:714309/91‑1 ACATCCATATGGTGCAACATTCTTCGTATTTAGTGATTATTTAAAACCAGCGTTACGTTTATCATCAATTATGGGATTAAATGCAACGTTCATCTTCAC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/1371748‑1371846 ‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑catcttcacCTACTGCAATTGAATCATGTGTGAAGATGAACGTTGCATTTAATCCCATAATTGATGATAAACGTAACGCTGGTTTTAAATAATCACTAA < USA300TCH1516_ALE/1371866‑1371777 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |