| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 1371846 | 71 (0.720) | 7 (0.080) | 5/142 | NT | 9.2% | coding (1376/1989 nt) | tkt | Transketolase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 1371866 | 75 (0.860) | coding (1396/1989 nt) | tkt | Transketolase | |||||
Only 100 of 124 total aligned reads displayed.
ATGGTGCAACATTCTTCGTATTTAGTGATTATTTAAAACCAGCGTTACGTTTATCATCAATTATGGGATTAAATGCAACGTTCATCTTCACACATGATTCAATTGCAGTAGGTGAAGATGGTCCTACTCATGAACCAATTGAGCAATTAGCTGGATTAAGAGCCATTCCAAATATGAATGT > USA300TCH1516_ALE/1371756‑1371936 | atGGTGCAACATTCTTCGTATTTAGTGATTATTTAAAACCAGCGTTACGTTTATCATCAATTATGGGATTAAATGCAACGTTCATCTTCAC < 1:3779158‑M1/91‑1 (MQ=255) tGGTGCAACATTCTTCGTATTTAGTGATTATTTAAAACCAGCGTTACGTTTATCATCAATTATGGGATTAAATGCAACGTTCATCTTcaca > 1:135436/1‑91 (MQ=255) tGGGGCAACATTCTTCGTATTTAGTGATTATTTAAAACCAGCGTTACGTTTATCATCAATTATGGGATTAAATGCAACGTTCATCTGcaca < 1:3270338/91‑1 (MQ=255) tGCAACATTCTTCGTATTTAGTGATTATTTAAAACCAGCGTTACGTTTATCATCAATTATGGGATTAAATGCAACGTTCATCTTCACACAt > 1:3955406/1‑91 (MQ=255) tGCAACATTCTTCGTATTTAGTGATTATTTAAAACCAGCGTTACGTTTATCATCAATTATGGGATTAAATGCAACGTTCATCTTCACACAt < 1:1417324/91‑1 (MQ=255) gCAACATTCTTCGTATTTAGTGATTATTTAAAACCAGCGTTACGTTTATCATCAATTATGGGATTAAATGCAACGTTCATCTTCACACATg < 1:2186008/91‑1 (MQ=255) gCAACATTCTTCGTATTTAGTGATTATTTAAAACCAGCGTTACGTTTATCATCAATTATGGGATTAAATGCAACGTTCATCTTCACACATg < 1:2407019/91‑1 (MQ=255) gCAACATTCTTCGTATTTAGTGATTATTTAAAACCAGCGTTACGTTTATCATCAATTATGGGATTAAATGCAACGTTCATCTTCACACATg < 1:2834475/91‑1 (MQ=255) gCAACATTCTTCGTATTTAGTGATTATTTAAAACCAGCGTTACGTTTATCATCAATTATGGGATTAAATGCAACGTTCATCTTCACACATg > 1:3326990/1‑91 (MQ=255) aaCATTCTTCGTATTTAGTGATTATTTAAAACCAGCGTTACGTTTATCATCAATTATGGGATTAAATGCAACGTTCATCTTCACACATGAt < 1:3040405/91‑1 (MQ=255) aaCATTCTTCGTATTTAGTGATTATTTAAAACCAGCGTTACGTTTATCATCAATTATGGGATTAAATGCAACGTTCATCTTCACACATGAt < 1:1726637/91‑1 (MQ=255) aaCATTCTTCGTATTTAGTGATTATTTAAAACCAGCGTTACGTTTATCATCAATTATGGGATTAAATGCAACGTTCATCTTCACACATGAt < 1:3513432/91‑1 (MQ=255) aaCATTCTTCGTATTTAGTGATTATTTAAAACCAGCGTTACGTTTATCATCAATTATGGGATTAAATGCAACGTTCATCTTCACACATGAt < 1:3513202/91‑1 (MQ=255) aCATTCTTCGTATTTAGTGATTATTTAAAACCAGCGTTACGTTTATCATCAATTATGGGATTAAATGCAACGTTCATCTTCACACATGAtt > 1:83443/1‑91 (MQ=255) aCATTCTTCGTATTTAGTGATTATTTAAAACCAGCGTTACGTTTATCATCAATTATGGGATTAAATGCAACGTTCATCTTCACACATGAtt > 1:3224350/1‑91 (MQ=255) ttcttcGTATTTAGTGATTATTTAAAACCAGCGTTACGTTTATCATCAATTATGGGATTAAATGCAACGTTCATCTTCACctactgcaatt < 1:1816511‑M1/91‑12 (MQ=255) tcttcGTATTTAGTGATTATTTAAAACCAGCGTTACGTTTATCATCAATTATGGGATTAAATGCAACGTTCATCTTCACACATGATTCAAt < 1:173118/91‑1 (MQ=255) cttcGTATTTAGTGATTATTTAAAACCAGCGTTACGTTTATCATCAATTATGGGATTAAATGCAACGTTCATCTTCACACATGATTCAAtt > 1:1763551/1‑91 (MQ=255) ttcGTATTTAGTGATTATTTAAAACCAGCGTTACGTTTATCATCAATTATGGGATTAAATGCAACGTTCATCTTCACACATGATTCAATTg < 1:2677429/91‑1 (MQ=255) tcGTATTTAGTGATTATTTAAAACCAGCGTTACGTTTATCATCAATTATGGGATTAAATGCAACGTTCATCTTCACACATGATTCAATTGc < 1:293031/91‑1 (MQ=255) ttAGTGATTATTTAAAACCAGCGTTACGTTTATCATCAATTATGGGATTAAATGCAACGTTCATCTTCACctactgcaattgaatcatgtg < 1:2663838‑M1/91‑22 (MQ=255) ttAGTGATTATTTAAAACCAGCGTTACGTTTATCATCAATTATGGGATTAAATGCAACGTTCATCTTCACctactgcaattgaatcatgtg < 1:1028163‑M1/91‑22 (MQ=255) ttAGTGATTATTTAAAACCAGCGTTACGTTTATCATCAATTATGGGATTAAATGCAACGTTCATCTTCACctactgcaattgaatcatgtg < 1:1028793‑M1/91‑22 (MQ=255) ttAGTGATTATTTAAAACCAGCGTTACGTTTATCATCAATTATGGGATTAAATGCAACGTTCATCTTCACACATGATTCAATTGCAGTAGg < 1:714309‑M2/91‑2 (MQ=255) tAGTGATTATTTAAAACCAGCGTTACGTTTATCATCAATTATGGGATTAAATGCAACGTTCATCTTCACACATGATTCAATTGCAGTAGgt < 1:2668217‑M2/91‑3 (MQ=255) aGTGATTATTTAAAACCAGCGTTACGTTTATCATCAATTATGGGATTAAATGCAACGTTCATCTTCACctactgcaattgaatcatgtgtg < 1:2205839‑M1/91‑24 (MQ=255) aGTGATTATTTAAAACCAGCGTTACGTTTATCATCAATTATGGGATTAAATGCAACGTTCATCTTCACACATGATTCAATTGCAGTAGgtg < 1:3625485‑M2/91‑4 (MQ=255) gTGATTATTTAAAACCAGCGTTACGTTTATCATCAATTATGGGATTAAATGCAACGTTCATCTTCACACATGATTCAATTGCAGTAGgtga < 1:945547‑M2/91‑5 (MQ=255) gTGATTATTTAAAACCAGCGTTACGTTTATCATCAATTATGGGATTAAATGCAACGTTCATCTTCACACATGATTCAATTGCAGTAGgtga < 1:2475979‑M2/91‑5 (MQ=255) tGATTATTTAAAACCAGCGTTACGTTTATCATCAATTATGGGATTAAATGCAACGTTCATCTTCACctactgcaattgaatcatgtgtgaa < 1:2045261‑M1/91‑26 (MQ=255) ttattTAAAACCAGCGTTACGTTTATCATCAATTATGGGATTAAATGCAACGTTCATCTTCACACATGATTCAATTGCAGTAGgtgaagat < 1:502723‑M2/91‑9 (MQ=255) ttattTAAAACCAGCGTTACGTTTATCATCAATTATGGGATTAAATGCAACGTTCATCTTCACACATGATTCAATTGCAGTAGgtgaagat < 1:502924‑M2/91‑9 (MQ=255) ttattTAAAACCAGCGTTACGTTTATCATCAATTATGGGATTAAATGCAACGTTCATCTTCACACATGATTCAATTGCAGTAGgtgaagat < 1:502937‑M2/91‑9 (MQ=255) tattTAAAACCAGCGTTACGTTTATCATCAATTATGGGATTAAATGCAACGTTCATCTTCACACATGATTCAATTGCAGTAGgtgaagatg < 1:2924314‑M2/91‑10 (MQ=255) tattTAAAACCAGCGTTACGTTTATCATCAATTATGGGATTAAATGCAACGTTCATCTTCACACATGATTCAATTGCAGTAGgtgaagatg > 1:425770‑M2/1‑82 (MQ=255) tttAAAACCAGCGTTACGTTTATCATCAATTATGGGATTAAATGCAACGTTCATCTTCACACATGATTCAATTGCAGTAGGTGAAGATGGt > 1:687412/1‑91 (MQ=255) tttAAAACCAGCGTTACGTTTATCATCAATTATGGGATTAAATGCAACGTTCATCTTCACACATGATTCAATTGCAGTAGGTGAAGATGGt < 1:1215657/91‑1 (MQ=255) ttAAAACCAGCGTTACGTTTATCATCAATTATGGGATTAAATGCAACGTTCATCTTCACACATGATTCAATTGCAGTAGGTGAAGATGGTc > 1:2362117/1‑91 (MQ=255) tAAAACCAGCGTTACGTTTATCATCAATTATGGGATTAAATGCAACGTTCATCTTCACACATGATTCAATTGCAGTAGGTGAAGATGGTcc < 1:1488447/91‑1 (MQ=255) aaaaCCAGCGTTACGTTTATCATCAATTATGGGATTAAATGCAACGTTCATCTTCACACATGATTCAATTGCAGTAGGTGAAGATGGTCCt < 1:1232828/91‑1 (MQ=255) aaaCCAGCGTTACGTTTATCATCAATTATGGGATTAAATGCAACGTTCATCTTCACACATGATTCAATTGCAGTAGGTGAAGATGGTCCTa < 1:2903638/91‑1 (MQ=255) ccAGCGTTACGTTTATCATCAATTATGGGATTAAATGCAACGTTCATCTTCACACATGATTCAATTGCAGTAGGTGAAGATGGTCCTACTc < 1:3438534/91‑1 (MQ=255) aGCGTTACGTTTATCATCAATTATGGGATTAAATGCAACGTTCATCTTCACACATGATTCAATTGCAGTAGGTGAAGATGGTCCTACTCAt < 1:1250807/91‑1 (MQ=255) aGCGTTACGTTTATCATCAATTATGGGATTAAATGCAACGTTCATCTTCACACATGATTCAATTGCAGTAGGTGAAGATGGTCCTACTCAt < 1:2405229/91‑1 (MQ=255) aGCGTTACGTTTATCATCAATTATGGGATTAAATGCAACGTTCATCTTCACACATGATTCAATTGCAGTAGGTGAAGATGGTCCTACTCAt < 1:2405485/91‑1 (MQ=255) aGCGTTACGTTTAGCATCAATTATGGGATTAAATGCAACGTTCGTCTTCACACATGATTCAATTGCAGTAGGTGAAGATGGTCCTACTCAt < 1:4147418/91‑1 (MQ=255) gTTACGTTTATCATCAATTATGGGATTAAATGCAACGTTCATCTTCACACATGATTCAATTGCAGTAGGTGAAGATGGTCCTACTCATGaa > 1:2765075/1‑91 (MQ=255) ttACGTTTATCATCAATTATGGGATTAAATGCAACGTTCATCTTCACACATGATTCAATTGCAGTAGGTGAAGATGGTCCTACTCATGAAc < 1:2675464/91‑1 (MQ=255) aCGTTTATCATCAATTATGGGATTAAATGCAACGTTCATCTTCACACATGATTCAATTGCAGTAGGTGAAGATGGTCCTACTCATGAACCa < 1:2436675/91‑1 (MQ=255) cGTTTATCATCAATTATGGGATTAAATGCAACGTTCATCTTCACACATGATTCAATTGCAGTAGGTGAAGATGGTCCTACTCATGAACCaa > 1:343551/1‑91 (MQ=255) cGTTTATCATCAATTATGGGATTAAATGCAACGTTCATCTTCACACATGATTCAATTGCAGTAGGTGAAGATGGTCCTACTCATGAACCaa > 1:2690489/1‑91 (MQ=255) tATCATCAATTATGGGATTAAATGCAACGTTCATCTTCACACATGATTCAATTGCAGTAGGTGAAGATGGTCCTACTCATGAACCAATTGa > 1:3755267/1‑91 (MQ=255) tATCATCAATTATGGGATTAAATGCAACGTTCATCTTCACACATGATTCAATTGCAGTAGGTGAAGATGGTCCTACTCATGAACCAATTGa > 1:3622729/1‑91 (MQ=255) tATCATCAATTATGGGATTAAATGCAACGTTCATCTTCACACATGATTCAATTGCAGTAGGTGAAGATGGTCCTACTCATGAACCAATTGa > 1:3622953/1‑91 (MQ=255) tcatcaATTATGGGATTAAATGCAACGTTCATCTTCACACATGATTCAATTGCAGTAGGTGAAGATGGTCCTACTCATGAACCAATTGAGc < 1:3012592/91‑1 (MQ=255) atcaATTATGGGATTAAATGCAACGTTCATCTTCACACATGATTCAATTGCAGTAGGTGAAGATGGTCCTACTCATGAACCAATTGAGCaa < 1:2621386/91‑1 (MQ=255) aaTTATGGGATTAAATGCAACGTTCATCTTCACACATGATTCAATTGCAGTAGGTGAAGATGGTCCTACTCATGAACCAATTGAGCAATTa > 1:548766/1‑91 (MQ=255) aaTTATGGGATTAAATGCAACGTTCATCTTCACACATGATTCAATTGCAGTAGGTGAAGATGGTCCTACTCATGAACCAATTGAGCAATTa > 1:3544982/1‑91 (MQ=255) aaTTATGGGATTAAATGCAACGTTCATCTTCACACATGATTCAATTGCAGTAGGTGAAGATGGTCCTACTCATGAACCAATTGAGCAATTa > 1:814395/1‑91 (MQ=255) aTTATGGGATTAAATGCAACGTTCATCTTCACACATGATTCAATTGCAGTAGGTGAAGATGGTCCTACTCATGAACCAATTGAGCAATTAg < 1:3950601/91‑1 (MQ=255) ttATGGGATTAAATGCAACGTTCATCTTCACACATGATTCAATTGCAGTAGGTGAAGATGGTCCTACTCATGAACCAATTGAGCAATTAGc > 1:627709/1‑91 (MQ=255) tATGGGATTAAATGCAACGTTCATCTTCACACATGATTCAATTGCAGTAGGTGAAGATGGTCCTACTCATGAACCAATTGAGCAATTAGCt > 1:3113452/1‑91 (MQ=255) aTGGGATTAAATGCAACGTTCATCTTCACACATGATTCAATTGCAGTAGGTGAAGATGGTCCTACTCATGAACCAATTGAGCAATTAGCTg > 1:1163716/1‑91 (MQ=255) tGGGATTAAATGCAACGTTCATCTTCACACATGATTCAATTGCAGTAGGTGAAGATGGTCCTACTCATGAACCAATTGAGCAATTAGCTgg < 1:258593/91‑1 (MQ=255) ggATTAAATGCAACGTTCATCTTCACACATGATTCAATTGCAGTAGGTGAAGATGGTCCTACTCATGAACCAATTGAGCAATTAGCTGGAt > 1:1585270/1‑91 (MQ=255) gATTAAATGCAACGTTCATCTTCACACATGATTCAATTGCAGTAGGTGAAGATGGTCCTACTCATGAACCAATTGAGCAATTAGCTGGAtt < 1:3019873/91‑1 (MQ=255) aTTAAATGCAACGTTCATCTTCACACATGATTCAATTGCAGTAGGTGAAGATGGTCCTACTCATGAACCAATTGAGCAATTAGCTGGATTa > 1:3314960/1‑91 (MQ=255) ttAAATGCAACGTTCATCTTCACACATGATTCAATTGCAGTAGGTGAAGATGGTCCTACTCATGAACCAATTGAGCAATTAGCTGGATTaa < 1:948020/91‑1 (MQ=255) ttAAATGCAACGTTCATCTTCACACATGATTCAATTGCAGTAGGTGAAGATGGTCCTACTCATGAACCAATTGAGCAATTAGCTGGATTaa < 1:948032/91‑1 (MQ=255) aaTGCAACGTTCATCTTCACACATGATTCAATTGCAGTAGGTGAAGATGGTCCTACTCATGAACCAATTGAGCAATTAGCTGGATTAagag < 1:1677311/91‑1 (MQ=255) aTGCAACGTTCATCTTCACACATGATTCAATTGCAGTAGGTGAAGATGGTCCTACTCATGGACCAATTGAGCAATTAGCTGGATTAACAGc > 1:3347288/1‑91 (MQ=255) aTGCAACGTTCATCTTCACACATGATTCAATTGCAGTAGGTGAAGATGGTCCTACTCATGAACCAATTGAGCAATTAGCTGGATTAAGAGc < 1:2818462/91‑1 (MQ=255) aTGCAACGTTCATCTTCACACATGATTCAATTGCAGTAGGTGAAGATGGTCCTACTCATGAACCAATTGAGCAATTAGCTGGATTAAGAGc > 1:843702/1‑91 (MQ=255) cAACGTTCATCTTCACACCTGATTCAATTGCAGTAGGCGAAGATGGTCCTACTCATGAACCAATTGAGCAATTAGCTGGAGTAAGAGCCAt > 1:3507302/1‑91 (MQ=255) cAACGTTCATCTTCACACATGATTCAATTGCAGTAGGTGAAGATGGTCCTACTCATGAACCAATTGAGCAATTAGCTGGATTAAGAGCCAt > 1:1816266/1‑91 (MQ=255) cAACGTTCATCTTCACACATGATTCAATTGCAGTAGGTGAAGATGGTCCTACTCATGAACCAATTGAGCAATTAGCTGGATTAAGAGCCAt < 1:2050110/91‑1 (MQ=255) cAACGTTCATCTTCACACATGATTCAATTGCAGTAGGTGAAGATGGTCCTACTCATGAACCAATTGAGCAATTAGCTGGATTAAGAGCCAt < 1:1384779/91‑1 (MQ=255) cAACGTTCATCTTCACACATGATTCAATTGCAGTAGGTGAAGATGGTCCTACTCATGAACCAATTGAGCAATTAGCTGGATTAAGAGCCAt > 1:846434/1‑91 (MQ=255) aaCGTTCATCTTCACACATGATTCAATTGCAGTAGGTGAAGATGGTCCTACTCATGAACCAATTGAGCAATTAGCTGGATTAAGAGCCAtt > 1:1933541/1‑91 (MQ=255) tCATCTTCACACATGATTCAATTGCAGTAGGTGAAGATGGTCCTACTCATGAACCAATTGAGCAATTAGCTGGATTAAGAGCCATTCCaaa > 1:2307667/1‑91 (MQ=255) cATCTTCACctactgcaattgaatcatgtgtgaagatgaacgttgcatttaatcccataattgatgataaacgtaacgctggttttaaata < 1:2924314‑M1/91‑83 (MQ=255) aTCTTCACctactgcaattgaatcatgtgtgaagatgaacgttgcatttaatcccataattgatgataaacgtaacgctggttttaaataa < 1:502723‑M1/91‑84 (MQ=255) aTCTTCACctactgcaattgaatcatgtgtgaagatgaacgttgcatttaatcccataattgatgataaacgtaacgctggttttaaataa < 1:502937‑M1/91‑84 (MQ=255) aTCTTCACctactgcaattgaatcatgtgtgaagatgaacgttgcatttaatcccataattgatgataaacgtaacgctggttttaaataa < 1:1837571‑M1/91‑84 (MQ=255) tCTTCACctactgcaattgaatcatgtgtgaagatgaacgttgcatttaatcccataattgatgataaacgtaacgctggttttaaataat < 1:2415558‑M1/91‑85 (MQ=255) tCTTCACACATGATTCAATTGCAGTAGGTGAAGATGGTCCTACTCATGAACCAATTGAGCAATTAGCTGGATTAAGAGCCATTCCAAatat < 1:2717436/91‑1 (MQ=255) cTTCACACATGATTCAATTGCAGTAGGTGAAGATGGTCCTACTCATGAACCAATTGAGCAATTAGCTGGATTAAGAGCCATTCCAAATATg > 1:2517523/1‑91 (MQ=255) ttCACACATGATTCAATTGCAGTAGgtgaagatgaacgttgcatttaatcccataattgatgataaacgtaacgctggttttaaataatca < 1:2045261‑M2/91‑67 (MQ=255) tCACctactgcaattgaatcatgtgtgaagatgaacgttgcatttaatcccataattgatgataaacgtaacgctggttttaaataatcac < 1:2475979‑M1/91‑88 (MQ=255) tCACctactgcaattgaatcatgtgtgaagatgaacgttgcatttaatcccataattgatgataaacgtaacgctggttttaaataatcac < 1:945547‑M1/91‑88 (MQ=255) cacacaTGATTCAATTGCAGTAGgtgaagatgaacgttgcatttaatcccataattgatgataaacgtaacgctggttttaaataatcact < 1:2205839‑M2/91‑69 (MQ=255) cacacaTGATTCAATTGCAGTAGGTGAAGATGGTCCTACTCATGAACCAATTGAGCAATTAGCTGGATTAAGAGCCATTCCAAATATGAAt < 1:2803509/91‑1 (MQ=255) cACctactgcaattgaatcatgtgtgaagatgaacgttgcatttaatcccataattgatgataaacgtaacgctggttttaaataatcact < 1:3625485‑M1/91‑89 (MQ=255) acacaTGATTCAATTGCAGTAGGTGAAGATGGTCCTACTCATGAACCAATTGAGCAATTAGCTGGATTAAGAGCCATTCCAAATATGAATg > 1:2877924/1‑91 (MQ=255) cctactgcaattgaatcatgtgtgaagatgaacgttgcatttaatcccataattgatgataaacgtaacgctggttttaaataatcactaa < 1:714309‑M1/91‑91 (MQ=255) cctactgcaattgaatcatgtgtgaagatgaacgttgcatttaatcccataattgatgataaacgtaacgctggttttaaataatcactaa > 1:1273701‑M1/1‑1 (MQ=255) cacaTGATTCAATTGCAGTAGgtgaagatgaacgttgcatttaatcccataattgatgataaacgtaacgctggttttaaataatcactaa < 1:2663838‑M2/91‑71 (MQ=255) cacaTGATTCAATTGCAGTAGgtgaagatgaacgttgcatttaatcccataattgatgataaacgtaacgctggttttaaataatcactaa < 1:1028793‑M2/91‑71 (MQ=255) cacaTGATTCAATTGCAGTAGgtgaagatgaacgttgcatttaatcccataattgatgataaacgtaacgctggttttaaataatcactaa < 1:1028163‑M2/91‑71 (MQ=255) cacaTGATTCAATTGCAGTAGGTGGAGATGGTCCTACTCATGAACCAATTGAGCAATTAGCTGGATTAAGAGCCATTCCAAATATGAATGt > 1:500850/1‑91 (MQ=255) | ATGGTGCAACATTCTTCGTATTTAGTGATTATTTAAAACCAGCGTTACGTTTATCATCAATTATGGGATTAAATGCAACGTTCATCTTCACACATGATTCAATTGCAGTAGGTGAAGATGGTCCTACTCATGAACCAATTGAGCAATTAGCTGGATTAAGAGCCATTCCAAATATGAATGT > USA300TCH1516_ALE/1371756‑1371936 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |