| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 1502964 = | 112 (1.140) | 6 (0.070) | 4/146 | NT | 5.7% | coding (849/1392 nt) | norB_4 | Quinolone resistance protein NorB |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 1503001 = | 95 (1.060) | coding (812/1392 nt) | norB_4 | Quinolone resistance protein NorB | |||||
AAGCGTGCTACAAATCCTTTAATCGATTTTAAATTATTTAAAAATAAAGCTTACACAGGTGCAACAGCTTCAAACTTTTTGTTAAATGGTGTTGCA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/1503059‑1502964‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tgttgcaCCTGTGTAAGCTTTATTTTTAAATAATTTAAAATCGATTAAAGGATTTGTAGCACGCTTTTCAAGAACTATAAATAAACTAAAAGATCCA > USA300TCH1516_ALE/1503001‑1503090 AAGCGTGCTACAAATCCTTTAATCGATTTTAAATTATTTAAAAATAATGCTTACACAGGTGCAACAGCTTCAAACTTTTTGTTAAATGGTG < 1:1759523/91‑1AAGCGTGCTACAAATCCTTTAATCGATTTTAAATTATTTAAAAATAAAGCTTACACAGGTGCAACAGCTTCAAACTTTTTGTTAAATGGTG > 1:3490215/1‑91AAGCGTGCTACAAATCCTTTAATCGATTTTAAATTATTTAAAAATAAAGCTTACACAGGTGCAACAGCTTCAAACTTTTTGTTAAATGGTG > 1:3490062/1‑91AAGCGTGCTACAAATCCTTTAATCGATTTTAAATTATTTAAAAATAAAGCTTACACAGGTGCAACAGCTTCAAACTTTTTGTTAAATGGTG < 1:2416161/91‑1 AGCGTGCTACAAATCCTTTAATCGATTTTAAATTATTTAAAAATAAAGCTTACACAGGTGCAACAGCTTCAAACTTTTTGTTAAATGGTGT > 1:745472/1‑91 AGCGTGCTACAAATCCTTTAATCGATTTTAAATTATTTAAAAATAAAGCTTACACAGGTGCAACAGCTTCAAACTTTTTGTTAAATGGTGT > 1:72831/1‑91 AGCGTGCTACAAATCCTTTAATCGATTTTAAATTATTTAAAAATAAAGCTTACACAGGTGCAACAGCTTCAAACTTTTTGTTAAATGGTGT > 1:1237736/1‑91 AGCGTGCTACAAATCCTTTAATCGATTTTAAATTATTTAAAAATAAAGCTTACACAGGTGCAACAGCTTCAAACTTTTTGTTAAATGGTGT > 1:1237838/1‑91 AGCGTGCTACAAATCCTTTAATCGATTTTAAATTATTTAAAAATAAAGCTTACACAGGTGCAACAGCTTCAAACTTTTTGTTAAATGGTGT > 1:1237858/1‑91 AGCGTGCTACAAATCCTTTAATCGATTTTAAATTATTTAAAAATAAAGCTTACACAGGTGCAACAGCTTCAAACTTTTTGTTAAATGGTGT < 1:1261960/91‑1 AGCGTGCTACAAATCCTTTAATCGATTTTAAATTATTTAAAAATAAAGCTTACACAGGTGCAACAGCTTCAAACTTTTTGTTAAATGGTGT < 1:2451348/91‑1 AGCGTGCTACAAATCCTTTAATCGATTTTAAATTATTTAAAAATAAAGCTTACACAGGTGCAACAGCTTCAAACTTTTTGTTAAATGGTGT < 1:2271704/91‑1 GCGTGCTACAAATCCTTTAATCGATTTTAAATTATTTAAAAATAAAGCTTACACAGGTGCAACAGCTTCAAACTTTTTGTTAAATGGTGTT > 1:2416181/1‑91 GCGTGCTACAAATCCTTTAATCGATTTTAAATTATTTAAAAATAAAGCTTACACAGGTGCAACAGCTTCAAACTTTTTGTTAAATGGTGTT > 1:2364041/1‑91 CGTGCTACAAATCCTTTAATCGATTTTAAATTATTTAAAAATAAAGCTTACACAGGTGCAACAGCTTCAAACTTTTTGTTAAATGGTGTTG < 1:36271/91‑1 GTGCTACAAATCCTTTAATCGATTTTAAATTATTTAAAAATAAAGCTTACACAGGTGCAACAGCTTCAAACTTTTTGTTAAATGGTGTTGC > 1:81912/1‑91 GTGCTACAAATCCTTTAATCGATTTTAAATTATTTAAAAATAAAGCTTACACAGGTGCAACAGCTTCAAACTTTTTGTTAAATGGTGTTGC > 1:12077/1‑91 GTGCAACAGCTTCAAACTTTTTGTTAAATGGTGTTGCACCTGTGTAAGCTTTATTTTTAAATAATTTAAAATCGATTAAAGGATTTGTAGC > 1:480679/1‑91 GCTTCAAACTTTTTGTTAAATGGTGTTGCACCTGTGTAAGCTTTATTTTTAAATAATTTAAAATCGATTAAAGGATTTGTAGCACACTTTT > 1:2261857/1‑91 GCTTCAAACTTTTTGTTAAATGGTGTTGCACCTGTGTAAGCTTTATTTTTAAATAATTTAAAATCGATTAAAGGATTTGTAGCACACTTTT > 1:2261084/1‑91 CTTCAAACTTTTTGTTAAATGGTGTTGCACCTGTGTAAGCTTTATTTTTAAATAATTTAAAATCGATTAAAGGATTTGTAGCACGCTTTTC > 1:160472/1‑91 TCAAACTTTTTGTTAAATGGTGTTGCACCTGTGTAAGCTTTATTTTTAAATAATTTAAAATCGATTAAAGGATTTGTAGCACGCTTTTCAA > 1:1391444/1‑91 TCAAACTTTTTGTTAAATGGTGTTGCACCTGTGTAAGCTTTATTTTTAAATAATTTAAAATCGATTAAAGGATTTGTAGCACGCTTTTCAA > 1:1391400/1‑91 GTTGCACCTGTGTAAGCTTTATTTTTAAATAATTTAAAATCGATTAAAGGATTTGTAGCACGCTTTTCAAGAACTATAAATAAACTAAAAG < 1:1261172/91‑1 GTTGCACCTGTGTAAGCTTTATTTTTAAATAATTTAAAATCGATTAAAGGATTTGTAGCACGCTTTTCAAGAACTATAAATAAACTAAAAG < 1:556071/91‑1 GTTGCACCTGTGTAAGCTTTATTTTTAAATAATTTAAAATCGATTAAAGGATTTGTAGCACGCTTTTCAAGAACTATAAATAAACTAAAAG < 1:1189140/91‑1 GTTGCACCTGTGTAAGCTTTATTTTTAAATAATTTAAAATCGATTAAAGGATTTGTAGCACGCTTTTCAAGAACTATAAATAAACTAAAAG > 1:1182261/1‑91 GTTGCACCTGTGTAAGCTTTATTTTTAAATAATTTAAAATCGATTAAAGGATTTGTAGCACGCNTTTCAAGANCTATAAATAAACTAAAAG < 1:3136823/91‑1 CACCTGTGTAAGCTTTATTTTTAAATAATTTAAAATCGATTAAAGGATTTGTAGCACGCTTTTCAAGAACTATAAATAAACTAAAAGATCC > 1:2051816/1‑91 CACCTGTGTAAGCTTTATTTTTAAATAATTTAAAATCGATTAAAGGATTTGTAGCACGCTTTTCAAGAACTATAAATAAACTAAAAGATCC < 1:1978145/91‑1 ACCTGTGTAAGCTTTATTTTTAAATAATTTAAAATCGATTAAAGGATTTGTAGCACGCTTTTCAAGAACTATAAATAAACTAAAAGATCCA < 1:2600862/91‑1 ACCTGTGTAAGCTTTATTTTTAAATAATTTAAAATCGATTAAAGGATTTGTAGCACGCTTTTCAAGAACTATAAATAAACTAAAAGATCCA < 1:4057628/91‑1 AAGCGTGCTACAAATCCTTTAATCGATTTTAAATTATTTAAAAATAAAGCTTACACAGGTGCAACAGCTTCAAACTTTTTGTTAAATGGTGTTGCA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/1503059‑1502964‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tgttgcaCCTGTGTAAGCTTTATTTTTAAATAATTTAAAATCGATTAAAGGATTTGTAGCACGCTTTTCAAGAACTATAAATAAACTAAAAGATCCA > USA300TCH1516_ALE/1503001‑1503090 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |