| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 1502964 = | 112 (1.140) | 6 (0.070) | 4/146 | NT | 5.7% | coding (849/1392 nt) | norB_4 | Quinolone resistance protein NorB |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 1503001 = | 95 (1.060) | coding (812/1392 nt) | norB_4 | Quinolone resistance protein NorB | |||||
Only 100 of 136 total aligned reads displayed.
TACTAAATAAGTGATTGATAAACTTCCTGCTTGCAATGAAGAATATCCTAAACCTCTTTGAACAAATGTGTTGGCTACTATTAATGTTCCTGCAACACCATTTAACAAAAAGTTTGAAGCTGTTGCACCTGTGTAAGCTTTATTTTTAAATAATTTAAAATCGATTAAAGGATTTGTAGC > USA300TCH1516_ALE/1502874‑1503053 | tggatcttttagtttatttatagttcttgaaaagcgtgctacaaatcctttaatcgattttaaattatttaaaaataaagcttacacaggt < 1:4057628‑M1/1‑1 (MQ=255)tggatcttttagtttatttatagttcttgaaaagcgtgctacaaatcctttaatcgattttaaattatttaaaaataaagcttacacaggt < 1:2600862‑M1/1‑1 (MQ=255) ggatcttttagtttatttatagttcttgaaaagcgtgctacaaatcctttaatcgattttaaattatttaaaaataaagcttacacaggTg < 1:1978145‑M1/2‑1 (MQ=255) cTAAATAAGTGATTGATAAACTTCCTGCTTGCAATGAAGAATATCCTAAACCTCTTTGAACAAATGTGTTGGCTACTATTAATGTTCCTGc < 1:3916961/91‑1 (MQ=255) tAAATAAGTGATTGATAAACTTCCTGCTTGCAATGAAGAATATCCTAAACCTCTTTGAACAAATGTGTTGGCTACTATTAATGTTCCTGCa < 1:2018575/91‑1 (MQ=255) cttttagtttatttatagttcttgaaaagcgtgctacaaatcctttaatcgattttaaattatttaaaaataaagcttacacaggTGCAac < 1:556071‑M1/6‑1 (MQ=255) cttttagtttatttatagttcttgaaaagcgtgctacaaatcctttaatcgattttaaattatttaaaaataaagcttacacaggTGCAac < 1:1189140‑M1/6‑1 (MQ=255) cttttagtttatttatagttcttgaaaagcgtgctacaaatcctttaatcgattttaaattatttaaaaataaagcttacacaggTGCAac > 1:1182261‑M1/86‑91 (MQ=255) aTAAGTGATTGATAAACTTCCTGCTTGCAATGAAGAATATCCTAAACCTCTTTGAACAAATGTGTTGGCTACTATTAATGTTCCTGCAaca > 1:2479055/1‑91 (MQ=255) aTAAGTGATTGATAAACTTCCTGCTTGCAATGAAGAATATCCTAAACCTCTTTGAACAAATGTGTTGGCTACTATTAATGTTCCTGCAaca > 1:2184046/1‑91 (MQ=255) tgattgatAAACTTCCTGCGTGCAATGAAGAATATCCTAAACCTCTTCGAACAAATGTGTTGGCTACTATTAATGTTCCTGCAACACCAtt < 1:1041472/91‑1 (MQ=255) gattgatAAACTTCCTGCTTGCAATGAAGAATATCCTAAACCTCTTTGAACAAATGTGTTGGCTACTATTAATGTTCCTGCAACACCAttt < 1:3829932/91‑1 (MQ=255) gattgatAAACTTCCTGCTTGCAATGAAGAATATCCTAAACCTCTTTGAACAAATGTGTTGGCTACTATTAATGTTCCTGCAACACCAttt < 1:4032498/91‑1 (MQ=255) gattgatAAACTTCCTGCTTGCAATGAAGAATATCCTAAACCTCTTTGAACAAATGTGTTGGCTACTATTAATGTTCCTGCAACACCAttt < 1:2467449/91‑1 (MQ=255) gattgatAAACTTCCTGCTTGCAATGAAGAATATCCTAAACCTCTTTGAACAAATGTGTTGGCTACTATTAATGTTCCTGCAACACCAttt < 1:3471618/91‑1 (MQ=255) ttgatAAACTTCCTGCTTGCAATGAAGAATATCCTAAACCTCTTTGAACAAATGTGTTGGCTACTATTAATGTTCCTGCAACACCATTTaa > 1:3370457/1‑91 (MQ=255) ttgatAAACTTCCTGCTTGCAATGAAGAATATCCTAAACCTCTTTGAACAAATGTGTTGGCTACTATTAATGTTCCTGCAACACCATTTaa > 1:3370476/1‑91 (MQ=255) ttgatAAACTTCCTGCTTGCAATGAAGAATATCCTAAACCTCTTTGAACAAATGTGTTGGCTACTATTAATGTTCCTGCAACACCATTTaa > 1:360323/1‑91 (MQ=255) ttgatAAACTTCCTGCTTGCAATGAAGAATATCCTAAACCTCTTTGAACAAATGTGTTGGCTACTATTAATGTTCCTGCAACACCATTTaa > 1:733804/1‑91 (MQ=255) gatAAACTTCCTGCTTGCAATGAAGAATATCCTAAACCTCTTTGAACAAATGTGTTGGCTACTATTAATGTTCCTGCAACACCATTTAACa > 1:1270783/1‑91 (MQ=255) tAAACTTCCTGCTTGCAATGAAGAATATCCTAAACCTCTTTGAACAAATGTGTTGGCTACTATTAATGTTCCTGCAACACCATTTAACaaa > 1:1784575/1‑91 (MQ=255) aCTTCCTGCTTGCAATGAAGAATATCCTAAACCTCTTTGAACAAATGTGTTGGCTACTATTAATGTTCCTGCAACACCATTTAACAAAAAg < 1:249473/91‑1 (MQ=255) cTTCCTGCTTGCAATGAAGAATATCCTAAACCTCTTTGAACAAATGTGTTGGCTACTATTAATGTTCCTGCAACACCATTTAACAAAAAGt > 1:679719/1‑91 (MQ=255) ttCCTGCTTGCAATGAAGAATATCCTAAACCTCTTTGAACAAATGTGTTGGCTACTATTAATGTTCCTGCAACACCATTTAACAAAAAGtt < 1:664361/91‑1 (MQ=255) ttCCTGCTTGCAATGAAGAATATCCTAAACCTCTTTGAACAAATGTGTTGGCTACTATTAATGTTCCTGCAACACCATTTAACAAAAAGtt < 1:2361247/91‑1 (MQ=255) tCCTGCTTGCAATGAAGAATATCCTAAACCTCTTTGAACAAATGTGTTGGCTACTATTAATGTTCCTGCAACACCATTTAACAAAAAGttt < 1:332298/91‑1 (MQ=255) tCCTGCTTGCAATGAAGAATATCCTAAACCTCTTTGAACAAATGTGTTGGCTACTATTAATGTTCCTGCAACACCATTTAACAAAAAGttt < 1:386624/91‑1 (MQ=255) tCCTGCTTGCAATGAAGAATATCCTAAACCTCTTTGAACAAATGTGTTGGCTACTATTAATGTTCCTGCAACACCATTTAACAAAAAGttt < 1:332764/91‑1 (MQ=255) tCCTGCTTGCAATGAAGAATATCCTAAACCTCTTTGAACAAATGTGTTGGCTACTATTAATGTTCCTGCAACACCATTTAACAAAAAGttt < 1:1952612/91‑1 (MQ=255) ttgaaaagcgtgctacaaatcctttaatcgattttaaattatttaaaaataaagcttacacaggTGCAACACCATTTAACAAAAAGTTTGa > 1:1391400‑M1/65‑91 (MQ=255) cTGCTTGCAATGAAGAATATCCTAAACCTCTTTGAACAAATGTGTTGGCTACTATTAATGTTCCTGCAACACCATTTAACAAAAAGTTTGa > 1:502465/1‑91 (MQ=255) cTGCTTGCAATGAAGAATATCCTAAACCTCTTTGAACAAATGTGTTGGCTACTATTAATGTTCCTGCAACACCATTTAACAAAAAGTTTGa < 1:1465622/91‑1 (MQ=255) gCTTGCAATGAAGAATATCCTAAACCTCTTTGAACAAATGTGTTGGCTACTATTAATGTTCCTGCAACACCATTTAACAAAAAGTTTGAAg > 1:698448/1‑91 (MQ=255) aaaagtgtgctacaaatcctttaatcgattttaaattatttaaaaataaagcttacacaggTGCAACACCATTTAACAAAAAGTTTGAAGc > 1:2261084‑M1/62‑91 (MQ=255) aaaagtgtgctacaaatcctttaatcgattttaaattatttaaaaataaagcttacacaggTGCAACACCATTTAACAAAAAGTTTGAAGc > 1:2261857‑M1/62‑91 (MQ=255) ttGCAATGAAGAATATCCTAAACCTCTTTGAACAAATGTGTTGGCTACTATTAATGTTCCTGCAACACCATTTAACAAAAAGTTTGAAGCt < 1:367594/91‑1 (MQ=255) ttGCAATGAAGAATATCCTAAACCTCTTTGAACAAATGTGTTGGCTACTATTAATGTTCCTGCAACACCATTTAACAAAAAGTTTGAAGCt < 1:835705/91‑1 (MQ=255) ttGCAATGAAGAATATCCTAAACCTCTTTGAACAAATGTGTTGGCTACTATTAATGTTCCTGCAACACCATTTAACAAAAAGTTTGAAGCt < 1:1786006/91‑1 (MQ=255) ttGCAATGAAGAATATCCTAAACCTCTTTGAACAAATGTGTTGGCTACTATTAATGTTCCTGCAACACCATTTAACAAAAAGTTTGAAGCt < 1:1112579/91‑1 (MQ=255) ttGCAATGAAGAATATCCTAAACCTCTTTGAACAAATGTGTTGGCTACTATTAATGTTCCTGCAACACCATTTAACAAAAAGTTTGAAGCt < 1:2359914/91‑1 (MQ=255) gCAATGAAGAATATCCTAAACCTCTTTGAACAAATGTGTTGGCTACTATTAATGTTCCTGCAACACCATTTAACAAAAAGTTTGAAGCTGt > 1:3220953/1‑91 (MQ=255) gCAATGAAGAATATCCTAAACCTCTTTGAACAAATGTGTTGGCTACTATTAATGTTCCTGCAACACCATTTAACAAAAAGTTTGAAGCTGt < 1:1058197/91‑1 (MQ=255) cAATGAAGAATATCCTAAACCTCTTTGAACAAATGTGTTGGCTACTATTAATGTTCCTGCAACACCATTTAACAAAAAGTTTGAAGCTGtt < 1:1069809/91‑1 (MQ=255) aaTGAAGAATATCCTAAACCTCTTTGAACAAATGTGTTGGCTACTATTAATGTTCCTGCAACACCATTTAACAAAAAGTTTGAAGCTGTTg < 1:478482/91‑1 (MQ=255) tGAAGAATATCCTAAACCTCTTTGAACAAATGTGTTGGCTACTATTAATGTTCCTGCAACACCATTTAACAAAAAGTTTGAAGCTGTTGCa > 1:2863052/1‑91 (MQ=255) tGAAGAATATCCTAAACCTCTTTGAACAAATGTGTTGGCTACTATTAATGTTCCTGCAACACCATTTAACAAAAAGTTTGAAGCTGTTGCa > 1:2246779/1‑91 (MQ=255) tGAAGAATATCCTAAACCTCTTTGAACAAATGTGTTGGCTACTATTAATGTTCCTGCAACACCATTTAACAAAAAGTTTGAAGCTGTTGCa > 1:2243748/1‑91 (MQ=255) tGAAGAATATCCTAAACCTCTTTGAACAAATGTGTTGGCTACTATTAATGTTCCTGCAACACCATTTAACAAAAAGTTTGAAGCTGTTGCa > 1:2243715/1‑91 (MQ=255) gaagaaTATCCTAAACCTCTTTGAACAAATGTGTTGGCTACTATTAATGTTCCTGCAACACCATTTAACAAAAAGTTTGAAGCTGTTGCAc > 1:61861/1‑91 (MQ=255) aagaaTATCCTAAACCTCTTTGAACAAATGTGTTGGCTACTATTAATCTTCCTGCAACACCATTTAACAAAAAGTTTCAAGCTGTTGCAcc > 1:4151426/1‑91 (MQ=255) agaaTATCCTAAACCTCTTTGAACAAATGTGTTGGCTACTATTAATGTTCCTGCAACACCATTTAACAAAAAGTTTGAAGCTGTTGCACCt > 1:1200232/1‑91 (MQ=255) atatCCTAAACCTCTTTGAACAAATGTGTTGGCTACTATTAATGTTCCTGCAACACCATTTAACAAAAAGTTTGAAGCTGTTGCACCtgtg > 1:750788/1‑91 (MQ=255) atatCCTAAACCTCTTTGAACAAATGTGTTGGCTACTATTAATGTTCCTGCAACACCATTTAACAAAAAGTTTGAAGCTGTTGCACCtgtg > 1:1534534/1‑91 (MQ=255) tatCCTAAACCTCTTTGAACAAATGTGTTGGCTACTATTAATGTTCCTGCAACACCATTTAACAAAAAGTTTGAAGCTGTTGCACCTgtgt > 1:1415482/1‑91 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |