New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | ? | USA300TCH1516_ALE | 1502964 = | 112 (1.140) | 6 (0.070) | 4/146 | NT | 5.7% | coding (849/1392 nt) | norB_4 | Quinolone resistance protein NorB |
? | USA300TCH1516_ALE | 1503001 = | 95 (1.060) | coding (812/1392 nt) | norB_4 | Quinolone resistance protein NorB |
Only 100 of 136 total aligned reads displayed.
GAAGAATATCCTAAACCTCTTTGAACAAATGTGTTGGCTACTATTAATGTTCCTGCAACACCATTTAACAAAAAGTTTGAAGCTGTTGCACCTGTGTAAGCTTTATTTTTAAATAATTTAAAATCGATTAAAGGATTTGTAGCACGCTTTTCAAGAACTATAAATAAACTAAAAGATCCAA > USA300TCH1516_ALE/1502911‑1503091 | gctacaaatcctttaatcgattttaaattatttaaaaataaagcttacacaggTGCAACACCATTTAACAAAAAGTTTGAAGCTGTTGCAc > 1:480679‑M1/54‑91 (MQ=255) gaagaaTATCCTAAACCTCTTTGAACAAATGTGTTGGCTACTATTAATGTTCCTGCAACACCATTTAACAAAAAGTTTGAAGCTGTTGCAc > 1:61861/1‑91 (MQ=255) agaaTATCCTAAACCTCTTTGAACAAATGTGTTGGCTACTATTAATGTTCCTGCAACACCATTTAACAAAAAGTTTGAAGCTGTTGCACCt > 1:1200232/1‑91 (MQ=255) atatCCTAAACCTCTTTGAACAAATGTGTTGGCTACTATTAATGTTCCTGCAACACCATTTAACAAAAAGTTTGAAGCTGTTGCACCtgtg > 1:750788/1‑91 (MQ=255) atatCCTAAACCTCTTTGAACAAATGTGTTGGCTACTATTAATGTTCCTGCAACACCATTTAACAAAAAGTTTGAAGCTGTTGCACCtgtg > 1:1534534/1‑91 (MQ=255) tatCCTAAACCTCTTTGAACAAATGTGTTGGCTACTATTAATGTTCCTGCAACACCATTTAACAAAAAGTTTGAAGCTGTTGCACCTgtgt > 1:1415482/1‑91 (MQ=255) 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tttGAACAAATGTGTTGGCTACTATTAATGTTCCTGCAACACCATTTAACAAAAAGTTTGAAGCTGTTGCACCTGTGTAAGCTTTAttttt < 1:1064146/91‑1 (MQ=255) ttGAACAAATGTGTTGGCTACTATTAATGTTCCTGCAACACCATTTAACAAAAAGTTTGAAGCTGTTGCACCTGTGTAAGCTTTATTTTTa > 1:2354422/1‑91 (MQ=255) ttGAACAAATGTGTTGGCTACTATTAATGTTCCTGCAACACCATTTAACAAAAAGTTTGAAACTGTTGCACCTGTGTAAGCTTTATTTTTa > 1:3331972/1‑91 (MQ=255) cAAATGTGTTGGCTACTATTAATGTTCCTGCAACACCATTTAACAAAAAGTTTGAAGCTGTTGCACCTGTGTAAGCTTTATTTTTAaataa > 1:1899150/1‑91 (MQ=255) cAAATGTGTTGGCTACTATTAATGTTCCTGCAACACCATTTAACAAAAAGTTTGAAGCTGTTGCACCTGTGTAAGCTTTATTTTTAaataa > 1:1899222/1‑91 (MQ=255) cAAATGTGTTGGCTACTATTAATGTTCCTGCAACACCATTTAACAAAAAGTTTGAAGCTGTTGCACCTGTGTAAGCTTTATTTTTAaataa < 1:2917786/91‑1 (MQ=255) cAAATGTGTTGGCTACTATTAATGTTCCTGCAACACCATTTAACAAAAAGTTTGAAGCTGTTGCACCTGTGTAAGCTTTATTTTTAaataa < 1:4007917/91‑1 (MQ=255) cAAATGTGTTGGCTACTATTAATGTTCCTGCAACACCATTTAACAAAAAGTTTGAAGCTGTTGCACCTGTGTAAGCTTTATTTTTAaataa < 1:4007884/91‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |