| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 1507967 = | 79 (0.800) | 9 (0.110) | 8/128 | NT | 11.6% | intergenic (‑392/+83) | ald1/ypcP | Alanine dehydrogenase 1/5'‑3' exonuclease |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 1508010 = | 74 (0.940) | intergenic (‑435/+40) | ald1/ypcP | Alanine dehydrogenase 1/5'‑3' exonuclease | |||||
AATATATTTCATCCCATTTTTAAAAAGTATAAGATTTTATGAAAAATTAAACCAATTAAGTATAAAAAGACTATTTCTATCGATACAAGGTAGAAATAGTCTTTTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/1508072‑1507967‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tagaaatagtctttttATACTTAATTGGTTTAATTTTTCATAAAATCTTATACTTTTTAAAAATGGGATGAAATATATTTTCCTGAAACATGTAATTCATGTTCGT > USA300TCH1516_ALE/1508010‑1508099 AATATATTTCATCCCATTTTTAAAAAGTATAAGATTTTATGAAAAATTAAACCAATTAAGTATAAAAAGACTATTTCTATCGATACAAGGT > 1:2193588/1‑91AATATATTTCATCCCATTTTTAAAAAGTATAAGATTTTATGAAAAATTAAACCAATTAAGTATAAAAAGACTATTTCTATCGATACAAGGT > 1:1187454/1‑91AATATATTTCATCCCATTTTTAAAAAGTATAAGATTTTATGAAAAATTAAACCAATTAAGTATAAAAAGACTATTTCTATCGATACAAGGT > 1:1918174/1‑91AATATATTTCATCCCATTTTTAAAAAGTATAAGATTTTATGAAAAATTAAACCAATTAAGTATAAAAAGACTATTTCTATCGATACAAGGT > 1:1917918/1‑91 TATATTTCATCCCATTTTTAAAAAGTATAAGATTTTATGAAAAATTAAACCAATTAAGTATAAAAAGACTATTTCTATCGATACAAGGTAc < 1:1974649/91‑2 ATATTTCATCCCATTTTTAAAAAGTATAAGATTTTATGAAAAATTAAACCAATTAAGTATAAAAAGACTATTTCTATCGATACAAGGTAGA > 1:147079/1‑91 ATATTTCATCCCATTTTTAAAAAGTATAAGATTTTATGAAAAATTAAACCAATTAAGTATAAAAAGACTATTTCTATCGATACAAGGTAGA > 1:3588474/1‑91 ATATTTCATCCCATTTTTAAAAAGTATAAGATTTTATGAAAAATTAAACCAATTAAGTATAAAAAGACTATTTCTATCGATACAAGGTAGA > 1:3589395/1‑91 ATTTCATCCCATTTTTAAAAAGTATAAGATTTTATGAAAAATTAAACCAATTAAGTATAAAAAGACTATTTCTATCGATACAAGGTAGAAA > 1:2372868/1‑91 ATTTCATCCCATTTTTAAAAAGTATAAGATTTTATGAAAAATTAAACCAATTAAGTATAAAAAGACTATTTCTATCGATACAAGGTAGAAA < 1:2809552/91‑1 ATTTCATCCCATTTTTAAAAAGTATAAGATTTTATGAAAAATTAAACCAATTAAGTATAAAAAGACTATTTCTATCGATACAAGGTAGAAA < 1:2809634/91‑1 ATTTCATCCCATTTTTAAAAAGTATAAGATTTTATGAAAAATTAAACCAATTAAGTATAAAAAGACTATTTCTATCGATACAAGGTAGAAA > 1:3088634/1‑91 ATTTCATCCCATTTTTAAAAAGTATAAGATTTTATGAAAAATTAAACCAATTAAGTATAAAAAGACTATTTCTATCGATACAAGGTAGAAA > 1:3086625/1‑91 TTTCATCCCATTTTTAAAAAGTATAAGATTTTATGAAAAATTAAACCAATTAAGTATAAAAAGACTATTTCTATCGATACAAGGTAGAAAT < 1:1238714/91‑1 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TATACTTAATTGGTTTAATTTTTCATAAAATCTTATACTTTTTAAAAATGGGATGAAATATATTTTCCTGAAACATGTAATTCATGTTCGT < 1:1850566/91‑1 TATACTTAATTGGTTTAATTTTTCATAAAATCTTATACTTTTTAAAAATGGGATGAAATATATTTTCCTGAAACATGTAATTCATGTTCGT < 1:1232965/91‑1 AATATATTTCATCCCATTTTTAAAAAGTATAAGATTTTATGAAAAATTAAACCAATTAAGTATAAAAAGACTATTTCTATCGATACAAGGTAGAAATAGTCTTTTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/1508072‑1507967‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tagaaatagtctttttATACTTAATTGGTTTAATTTTTCATAAAATCTTATACTTTTTAAAAATGGGATGAAATATATTTTCCTGAAACATGTAATTCATGTTCGT > USA300TCH1516_ALE/1508010‑1508099 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |