| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 1532094 = | 129 (1.310) | 7 (0.080) | 5/146 | NT | 6.4% | intergenic (‑263/+74) | USA300HOU_RS07465/USA300HOU_RS07470 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 1532129 = | 88 (0.980) | intergenic (‑298/+39) | USA300HOU_RS07465/USA300HOU_RS07470 | hypothetical protein/hypothetical protein | |||||
TGATTGCGCGTTCAAGTGATTAATCTTATAGATTAACAATTAACTTAAATTAGACACTTATTAACTAGCTAATCACATTTTTGTGTGGTT‑GCTAGTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/1532190‑1532094‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑gctagttAATAAGTGTCTAATTTAAGTTAATTGTTAATCTATAAGATTAATCACTTGAACGCGCAATCAAAATAATACGTACAAGCTCTGCTACAGC > USA300TCH1516_ALE/1532129‑1532218 TGATTGCGCGTTCAAGTGATTAATCTTATAGATTAACAATTAACTTAAATTAGACACTTATTAACTAGCTAATCACATTTTTGTGTGGTT‑G > 1:1456996/1‑91 GATTGCGCGTTCAAGTGATTAATCTTATAGATTAACAATTAACTTAAATTAGACACTTATTAACTAGCTAATCACATTTTTGTGTGGTT‑GC > 1:1532644/1‑91 GATTGCGCGTTCAAGTGATTAATCTTATAGATTAACAATTAACTTAAATTAGACACTTATTAACTAGCTAATCACATTTTTGTGTGGTT‑GC > 1:1532939/1‑91 ATTGCGCGTTCAAGTGATTAATCTTATAGATTAACAATTAACTTAAATTAGACACTTATTAACTAGCTAATCACATTTTTGTGTGGTT‑GCT > 1:573010/1‑91 ATTGCGCGTTCAAGTGATTAATCTTATAGATTAACAATTAACTTAAATTAGACACTTATTAACTAGCTAATCACATTTTTGTGTGGTT‑GCT < 1:203649/91‑1 ATTGCGCGTTCAAGTGATTAATCTTATAGATTAACAATTAACTTAAATTAGACACTTATTAACTAGCTAATCACATTTTTGTGTGGTT‑GCT < 1:203695/91‑1 ATTGCGCGTTCAAGTGATTAATCTTATAGATTAACAATTAACTTAAATTAGACACTTATTAACTAGCTAATCACATTTTTGTGTGGTT‑GCT < 1:2062928/91‑1 ATTGCGCGTTCAAGTGATTAATCTTATAGATTAACAATTAACTTAAATTAGACACTTATTAACTAGCTAATCACATTTTTGTGTGGTT‑GCT > 1:2403751/1‑91 GCGCGTTCAAGTGATTAATCTTATAGATTAACAATTAACTTAAATTAGACACTTATTAACTAGCTAATCACATTTTTGTGTGGTT‑GCTAGT > 1:908014/1‑91 TATTAACTAGCTAATCACATTTTTGTGTGGTT‑GCTAGTTAATAAGTGTCTAATTTAAGTTAATTGTTAATCTATAAGATTAATCACTTGAA > 1:2034682/1‑91 ATTAACTAGCTAATCACATTTTTGTGTGGTT‑GCTAGTTAATAAGTGTCTAATTTAAGTTAATTGTTAATCTATAAGATTAATCACTTGAAC > 1:4016493/1‑91 ACTAGCTAATCACATTTTTGTGTGGTT‑GCTAGTTAATAAGTGTCTAATTTAAGTTAATTGTTAATCTATAAGATTAATCACTTGAACGCGC > 1:76908/1‑91 CTAATCACATTTTTGTGTGGTT‑GCTAGTTAATAAGTGTCTAATTTAAGTTAATTGTTAATCTATAAGATTAATCACTTGAACGCGCAATCA > 1:275467/1‑91 CTAATCACATTTTTGTGTGGTT‑GCTAGTTAATAAGTGTCTAATTTAAGTTAATTGTTAATCTATAAGATTAATCACTTGAACGCGCAATCA > 1:1253028/1‑91 CTAATCACATTTTTGTGTGGTT‑GCTAGTTAATAAGTGTCTAATTTAAGTTAATTGTTAATCTATAAGATTAATCACTTGAACGCGCAATCA > 1:1253332/1‑91 TCACATATTTGTGTGGTTAGCTAGTTAATAAGTGTCTAATTTAAGTTAATTGTTAATCTATAAGATTAATCACTTGAACGCGCAATCAAAA > 1:3227332/1‑91 GCTAGTTAATAAGTGTCTAATTTAAGTTAATTGTTAATCTATAAGATTAATCACTTGAACGCGCAATCAAAATAATACGTACAAGCTCTGC < 1:2033306/91‑1 CTAGTTAATAAGTGTCTAATTTAAGTTAATTGTTAATCTATAAGATTAATCACTTGAACGCGCAATCAAAATAATACGTACAAGCTCTGCT > 1:2609679/1‑91 CTAGTTAATAAGTGTCTAATTTAAGTTAATTGTTAATCTATAAGATTAATCACTTGAACGCGCAATCAAAATAATACGTACAAGCTCTGCT > 1:2609475/1‑91 CTAGTTAATAAGTGTCTAATTTAAGTTAATTGTTAATCTATAAGATTAATCACTTGAACGCGCAATCAAAATAATACGTACAAGCTCTGCT < 1:628542/91‑1 CTAGTTAATAAGTGTCTAATTTAAGTTAATTGTTAATCTATAAGATTAATCACTTGAACGCGCAATCAAAATAATACGTACAAGCTCTGCT < 1:628562/91‑1 CTAGTTAATAAGTGTCTAATTTAAGTTAATTGTTAATCTATAAGATTAATCACTTGAACGCGCAATCAAAATAATACGTACAAGCTCTGCT < 1:637652/91‑1 TAGTTAATAAGTGTCTAATTTAAGTTAATTGTTAATCTATAAGATTAATCACTTGAACGCGCAATCAAAATAATACGTACAAGCTCTGCTA < 1:312822/91‑1 TAGTTAATAAGTGTCTAATTTAAGTTAATTGTTAATCTATAAGATTAATCACTTGAACGCGCAATCAAAATAATACGTACAAGCTCTGCTA < 1:4113605/91‑1 GTTAATAAGTGTCTAATTTAAGTTAATTGTTAATCTATAAGATTAATCACTTGAACGCGCAATCAAAATAATACGTACAAGCTCTGCTACA > 1:3801162/1‑91 GTTAATAAGTGTCTAATTTAAGTTAATTGTTAATCTATAAGATTAATCACTTGAACGCGCAATCAAAATAATACGTACAAGCTCTGCTACA > 1:1620933/1‑91 TTAATCAGTGTCTAATTTAAGTTAAGTGTTAATCTATAAGATTAATCACTTGATCGCGCAATCAAAATAATACGTACAAGCTCTGCTACAG < 1:3857049/91‑1 TAATAAGTGTCTAATTTAAGTTAATTGTTAATCTATAAGATTAATCACTTGAACGCGCAATCAAAATAATACGTACAAGCTCTGCTACAGC < 1:3364951/91‑1 TGATTGCGCGTTCAAGTGATTAATCTTATAGATTAACAATTAACTTAAATTAGACACTTATTAACTAGCTAATCACATTTTTGTGTGGTT‑GCTAGTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/1532190‑1532094‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑gctagttAATAAGTGTCTAATTTAAGTTAATTGTTAATCTATAAGATTAATCACTTGAACGCGCAATCAAAATAATACGTACAAGCTCTGCTACAGC > USA300TCH1516_ALE/1532129‑1532218 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |