| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 1532094 = | 129 (1.310) | 7 (0.080) | 5/146 | NT | 6.4% | intergenic (‑263/+74) | USA300HOU_RS07465/USA300HOU_RS07470 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 1532129 = | 88 (0.980) | intergenic (‑298/+39) | USA300HOU_RS07465/USA300HOU_RS07470 | hypothetical protein/hypothetical protein | |||||
Only 100 of 156 total aligned reads displayed.
ATTGAAATTGGGATTATAACTTTATGATACGTACCACTACAATAAAATAATATAGTGAATAATCTACCATTAGAAAAATAAGCACAAAAAAACTAGCAACCACACAAAAATGTGATTAGCTAGTTAATAAGTGTCTAATTTAAGTTAATTGTTAATCTATAAGATTAATCACTTGAA > USA300TCH1516_ALE/1532004‑1532180 | gctgtagcagagcttgtacgtattattttgattgcgcgttcaagtgattaatcttatagattaacaattaacttaaattagacacttatta < 1:3364951‑M1/1‑1 (MQ=255)aTTGAAATTGGGATTATAACTTTATGATACGTACCACTACAATAAAATAATATAGTGAATAATCTACCATTAGAAAAATAAGCACaaaaaa < 1:1064193/91‑1 (MQ=255)aTTGAAATTGGGATTATAACTTTATGATACGTACCACTACAATAAAATAATATAGTGAATAATCTACCATTAGAAAAATAAGCACaaaaaa > 1:4118302/1‑91 (MQ=255) ttGAAATTGGGATTATAACTTTATGATACGTACCACTACAATAAAATAATATAGTGAATAATCTACCATTAGAAAAATAAGCACaaaaaaa < 1:731406/91‑1 (MQ=255) tgtagcagagcttgtacgtattattttgattgcgcgttcaagtgattaatcttatagattaacaattaacttaaattagacacttattAAc > 1:3801162‑M1/89‑91 (MQ=255) tgtagcagagcttgtacgtattattttgattgcgcgttcaagtgattaatcttatagattaacaattaacttaaattagacacttattAAc > 1:1620933‑M1/89‑91 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |