BRESEQ :: Evidence

New junction evidence
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ACAATAAAATAATATAGTGAATAATCTACCATTAGAAAAATAAGCACAAAAAAACTAGCAACCACACAAAAATGTGATTAGCTAGTTAATAAGTGTCTAATTTAAGTTAATTGTTAATCTATAAGATTAATCACTTGAACGCGCAATCAAAATAATACGTACAAGCTCTGCTACAGCG  >  USA300TCH1516_ALE/1532042‑1532219

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  aataaaataaTATAGTGAATAATCTACCATTAGAAAAATAAGCACAAAAAAACTAGCAACCACACAAAAATGTGATTAGCTAGTTAATAAg                                                                                       <  1:2684605/91‑1 (MQ=255)

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     aaaataaTATAGTGAATAATCTACCATTAGAAAAATAAGCACAAAAAAACTAGCAACCACACAAAAATGTGATTAGCTAGTTAATAAgtgt                                                                                    <  1:1066327/91‑1 (MQ=255)

     aaaataaTATAGTGAATAATCTACCATTAGAAAAATAAGCACAAAAAAACTAGCAACCACACAAAAATGTGATTAGCTAGTTAATAAgtgt                                                                                    >  1:2417441/1‑91 (MQ=255)

     aaaataaTATAGTGAATAATCTACCATTAGAAAAATAAGCACAAAAAAACTAGCAACCACACAAAAATGTGATTAGCTAGTTAATAAgtgt                                                                                    <  1:909540/91‑1 (MQ=255)

     aaaataaTATAGTGAATAATCTACCATTAGAAAAATAAGCACAAAAAAACTAGCAACCACACAAAAATGTGATTAGCTAGTTAATAAgtgt                                                                                    <  1:808350/91‑1 (MQ=255)

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          aataTAGTGAATAATCTACCATTAGAAAAATAAGCACAAAAAAACTAGCAACCACACAAAAATGTGATTAGCTAGTTAATAAGTGTCTAAt                                                                               >  1:4091158/1‑91 (MQ=255)

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            tataGTGAATAATCTACCATTAGAAAAATAAGCACAAAAAAACTAGCAACCACACAAAAATGTGATTAGCTAGTTAATAAGTGTCTAAttt                                                                             <  1:2030418/91‑1 (MQ=255)

            tataGTGAATAATCTACCATTAGAAAAATAAGCACAAAAAAACTAGCAACCACACAAAAATGTGATTAGCTAGTTAATAAGTGTCTAAttt                                                                             <  1:1096707/91‑1 (MQ=255)

            tataGTGAATAATCTACCATTAGAAAAATAAGCACAAAAAAACTAGCAACCACACAAAAATGTGATTAGCTAGTTAATAAGTGTCTAAttt                                                                             <  1:781515/91‑1 (MQ=255)

            tataGTGAATAATCTACCATTAGAAAAATAAGCACAAAAAAACTAGCAACCACACAAAAATGTGATTAGCTAGTTAATAAGTGTCTAAttt                                                                             <  1:2922639/91‑1 (MQ=255)

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                    ataatCTACCATTAGAAAAATAAGCACAAAAAAACTAGCAACCACACAAAAATGTGATTAGCTAGTTAATAAGTGTCTAATTTAAGTTAAt                                                                     <  1:2009893/91‑1 (MQ=255)

                    ataatCTACCATTAGAAAAATAAGCACAAAAAAACTAGCAACCACACAAAAATGTGATTAGCTAGTTAATAAGTGTCTAATTTAAGTTAAt                                                                     <  1:2256426/91‑1 (MQ=255)

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                                                          CAACCACACAAAAATGTGATTAGCTAGTTAATAAGTGTCTAATTTAAGTTAATTGTTAATCTATAAGATTAATCACTTGAACGCGCAATCa                               >  1:1456996‑M1/1‑91 (MQ=255)

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                                                                     aaaTGTGATTAGCTAGTTAATAAGTGTCTAATTTAAGTTAATTGTTAATCTATAAGATTAATCACTTGAACGCGCAATCAAAATAAGACGt                    <  1:3275908/91‑1 (MQ=255)

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                                                                                gctagttAATAAGTGTCTAATTTAAGTTAATTGTTAATCTATAAGATTAATCACTTGAACGCGCAATCAAAATAATACGTACAAGCTCTGc         <  1:2033306‑M2/84‑1 (MQ=255)

                                                                                 ctagttAATAAGTGTCTAATTTAAGTTAATTGTTAATCTATAAGATTAATCACTTGAACGCGCAATCAAAATAATACGTACAAGCTCTGCt        >  1:2609475‑M2/7‑91 (MQ=255)

                                                                                 ctagttAATAAGTGTCTAATTTAAGTTAATTGTTAATCTATAAGATTAATCACTTGAACGCGCAATCAAAATAATACGTACAAGCTCTGCt        >  1:2609679‑M2/7‑91 (MQ=255)

                                                                                 ctagttAATAAGTGTCTAATTTAAGTTAATTGTTAATCTATAAGATTAATCACTTGAACGCGCAATCAAAATAATACGTACAAGCTCTGCt        <  1:628542‑M2/85‑1 (MQ=255)

                                                                                 ctagttAATAAGTGTCTAATTTAAGTTAATTGTTAATCTATAAGATTAATCACTTGAACGCGCAATCAAAATAATACGTACAAGCTCTGCt        <  1:637652‑M2/85‑1 (MQ=255)

                                                                                  tagttAATAAGTGTCTAATTTAAGTTAATTGTTAATCTATAAGATTAATCACTTGAACGCGCAATCAAAATAATACGTACAAGCTCTGCTa       <  1:312822‑M2/86‑1 (MQ=255)

                                                                                    gttAATAAGTGTCTAATTTAAGTTAATTGTTAATCTATAAGATTAATCACTTGAACGCGCAATCAAAATAATACGTACAAGCTCTGCTACa     >  1:1620933‑M2/4‑91 (MQ=255)

                                                                                    gttAATAAGTGTCTAATTTAAGTTAATTGTTAATCTATAAGATTAATCACTTGAACGCGCAATCAAAATAATACGTACAAGCTCTGCTACa     >  1:3801162‑M2/4‑91 (MQ=255)

                                                                                     ttAATCAGTGTCTAATTTAAGTTAAGTGTTAATCTATAAGATTAATCACTTGATCGCGCAATCAAAATAATACGTACAAGCTCTGCTACAg    <  1:3857049‑M2/89‑1 (MQ=255)

                                                                                      tAATAAGTGTCTAATTTAAGTTAATTGTTAATCTATAAGATTAATCACTTGAACGCGCAATCAAAATAATACGTACAAGCTCTGCTACAGc   <  1:3364951‑M2/90‑1 (MQ=255)

                                                                                       aataaGTGTCTAATTTAAGTTAATTGTTAATCTATAAGATTAATCACTTGAACGCGCAATCAAAATAATACGTACAAGCTCTGCTACAGCg  <  1:1083688/91‑1 (MQ=255)

ACAATAAAATAATATAGTGAATAATCTACCATTAGAAAAATAAGCACAAAAAAACTAGCAACCACACAAAAATGTGATTAGCTAGTTAATAAGTGTCTAATTTAAGTTAATTGTTAATCTATAAGATTAATCACTTGAACGCGCAATCAAAATAATACGTACAAGCTCTGCTACAGCG  >  USA300TCH1516_ALE/1532042‑1532219

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): `ATCG/ATCG` `< 3 ≤` `ATCG/ATCG` `< 27 ≤` `ATCG/ATCG` `< 37 ≤` `ATCG/ATCG` `< 41 ≤` `ATCG/ATCG`
Unaligned base: `atcg` Masked matching base: `atcg` Alignment gap: `‑` Deleted base: `‑`
Reads not counted as support for junction
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint.
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication.