| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 1555332 = | 91 (0.930) | 7 (0.080) | 5/140 | NT | 8.6% | intergenic (+28/+78) | USA300HOU_RS07605/ribU | Ferredoxin/Riboflavin transporter RibU |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 1555376 = | 70 (0.810) | intergenic (+72/+34) | USA300HOU_RS07605/ribU | Ferredoxin/Riboflavin transporter RibU | |||||
GAATTTCTTGAAAAGAATTTAATCAAATTAAAGCAAAATAATATACACATAATAATAAAAAGCAGGTGACTATCAATAAACGATAGCTTGCCTGCTTTTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/1555431‑1555332‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑cctgctttttATTATTATGTGTATATTATTTTGCTTTAATTTGATTAAATTCTTTTCAAGAAATTCGCAAGCCTTCTATATAGTAAAATAAATACAATAG > USA300TCH1516_ALE/1555376‑1555465 GAATTTCTTGAAAAGAATTTAATCAAATTAAAGCAAAATAATATACACATAATAATAAAAAGCAGGTGACTATCAATAAACGATAGCTTGC > 1:397492/1‑91GAATTTCTTGAAAAGAATTTAATCAAATTAAAGCAAAATAATATACACATAATAATAAAAAGCAGGTGACTATCAATAAACGATAGCTTGC > 1:3453888/1‑91GAATTTCTTGAAAAGAATTTAATCAAATTAAAGCAAAATAATATACACATAATAATAAAAAGCAGGTGACTATCAATAAACGATAGCTTGC < 1:3407834/91‑1GAATTTCTTGAAAAGAATTTAATCAAATTAAAGCAAAATAATATACACATAATAATAAAAAGCAGGTGACTATCAATAAACGATAGCTTGC > 1:3453875/1‑91 AATTTCTTGAAAAGAATTTAATCAAATTAAAGCAAAATAATATACACATAATAATAAAAAGCAGGTGACTATCAATAAACGATAGCTTGCC > 1:2242113/1‑91 ATTTCTTGAAAAGAATTTAATCAAATTAAAGCAAAATAATATACACATAATAATAAAAAGCAGGTGACTATCAATAAACGATAGCTTGCCT < 1:1127063/91‑1 ATTTCTTGAAAAGAATTTAATCAAATTAAAGCAAAATAATATACACATAATAATAAAAAGCAGGTGACTATCAATAAACGATAGCTTGCCT < 1:1127076/91‑1 TTCTTGAAAAGAATTTAATCAAATTAAAGCAAAATAATATACACATAATAATAAAAAGCAGGTGACTATCAATAAACGATAGCTTGCCTGC < 1:2910714/91‑1 TTCTTGAAAAGAATTTAATCAAATTAAAGCAAAATAATATACACATAATAATAAAAAGCAGGTGACTATCAATAAACGATAGCTTGCCTGC < 1:1715489/91‑1 CTTGAAAAGAATTTAATCAAATTAAAGCAAAATAATATACACATAATAATAAAAAGCAGGTGACTATCAATAAACGATAGCTTGCCTGCTT < 1:2695987/91‑1 CTTGAAAAGAATTTAATCAAATTAAAGCAAAATAATATACACATAATAATAAAAAGCAGGTGACTATCAATAAACGATAGCTTGCCTGCTT < 1:2695986/91‑1 TGAAAAGAATTTAATCAAATTAAAGCAAAATAATATACACATAATAATAAAAAGCAGGTGACTATCAATAAACGATAGCTTGCCTGCTTTT > 1:1910998/1‑91 TGAAAAGAATTTAATCAAATTAAAGCAAAATAATATACACATAATAATAAAAAGCAGGTGACTATCAATAAACGATAGCTTGCCTGCTTTT > 1:3219011/1‑91 TGAAAAGAATTTAATCAAATTAAAGCAAAATAATATACACATAATAATAAAAAGCAGGTGACTATCAATAAACGATAGCTTGCCTGCTTTT < 1:3748534/91‑1 TGAAAAGAATTTAATCAAATTAAAGCAAAATAATATACACATAATAATAAAAAGCAGGTGACTATCAATAAACGATAGCTTGCCTGCTTTT > 1:1379839/1‑91 TGAAAAGAATTTAATCAAATTAAAGCAAAATAATATACACATAATAATAAAAAGCAGGTGACTATCAATAAACGATAGCTTGCCTGCTTTT > 1:1379751/1‑91 GAAAAGAATTTAATCAAATTAAAGCAAAATAATATACACATAATAATAAAAAGCAGGTGACTATCAATAAACGATAGCTTGCCTGCTTTTT < 1:544953/91‑1 GAAAAGAATTTAATCAAATTAAAGCAAAATAATATACACATAATAATAAAAAGCAGGTGACTATCAATAAACGATAGCTTGCCTGCTTTTT < 1:544963/91‑1 AAAAGCAGGTGACTATCAATAAACGATAGCTTGCCTGCTTTTTATTATTATGTGTATATTATTTTGCTTTAATTTGATTAAATTCTTTTCA > 1:2778334/1‑91 AGCAGGTGACTATCAATAAACGATAGCTTGCCTGCTTTTTATTATTATGTGTATATTATTTTGCTTTAATTTGATTAAATTCTTTTCAAGA > 1:3029296/1‑91 GGTGACTATCAATAAACGATAGCTTGCCTGCTTTTTATTATTATGTGTATATTATTTTGCTTTAATTTGATTAAATTCTTTTCAAGAAATT > 1:2684118/1‑91 TGACTATCAATAAACGATAGCTTGCCTGCTTTTTATTATTATGTGTATATTATTTTGCTTTAATTTGATTAAATTCTTTTCAAGAAATTCG > 1:1078483/1‑91 TGACTATCAATAAACGATAGCTTGCCTGCTTTTTATTATTATGTGTATATTATTTTGCTTTAATTTGATTAAATTCTTTTCAAGAAATTCG > 1:1078625/1‑91 TGACTATCAATAAACGATAGCTTGCCTGCTTTTTATTATTATGTGTATATTATTTTGCTTTAATTTGATTAAATTCTTTTCAAGAAATTCG > 1:1078326/1‑91 GACTATCAATAAACGATAGCTTGCCTGCTTTTTATTATTATGTGTATATTATTTTGATTTAATTTGATTCACTTCTTTTCAAGAAATTCGC > 1:2697453/1‑91 CCTGCTTTTTATTATTATGTGTATATTATTTTGCTTTAATTTGATTAAATTCTTTTCAAGAAATTCGCAAGCCTTCTATATAGTAAAATAA < 1:3536098/91‑1 CCTGCTTTTTATTATTATGTGTATATTATTTTGCTTTAATTTGATTAAATTCTTTTCAAGAAATTCGCAAGCCTTCTATATAGTAAAATAA > 1:726523/1‑91 CTGCTTTTTATTATTATGTGTATATTATTTTGCTTTAATTTGATTAAATTCTTTTCAAGAAATTCGCAAGCCTTCTATATAGTAAAATAAA < 1:3578313/91‑1 CTGCTTTTTATTATTATGTGTATATTATTTTGCTTTAATTTGATTAAATTCTTTTCAAGAAATTCGCAAGCCTTCTATATAGTAAAATAAA > 1:1426106/1‑91 TGCTTTTTATTATTATGTGTATATTATTTTGCTTTAATTTGATTAAATTCTTTTCAAGAAATTCGCAAGCCTTCTATATAGTAAAATAAAT > 1:343649/1‑91 TTTTTATTATTATGTGTATATTATTTTGCTTTAATTTGATTAAATTCTTTTCAAGAAATTCGCAAGCCTTCTATATAGTAAAATAAATACA > 1:222507/1‑91 TTTTATTATTATGTGTATATTATTTTGCTTTAATTTGATTAAATTCTTTTCAAGAAATTCGCAAGCCTTCTATATAGTAAAATAAATACAA > 1:2203615/1‑91 TATTATTATGTGTATATTATTTTGCTTTAATTTGATTAAATTCTTTTCAAGAAATTCGCAAGCCTTCTATATAGTAAAATAAATACAATAG < 1:223820/91‑1 TATTATTATGTGTATATTATTTTGCTTTAATTTGATTAAATTCTTTTCAAGAAATTCGCAAGCCTTCTATATAGTAAAATAAATACAATAG > 1:1491820/1‑91 TATTATTATGTGTATATTATTTTGCTTTAATTTGATTAAATTCTTTTCAAGAAATTCGCAAGCCTTCTATATAGTAAAATAAATACAATAG > 1:353523/1‑91 TATTATTATGTGTATATTATTTTGCTTTAATTTGATTAAATTCTTTTCAAGAAATTCGCAAGCCTTCTATATAGTAAAATAAATACAATAG < 1:1459667/91‑1 GAATTTCTTGAAAAGAATTTAATCAAATTAAAGCAAAATAATATACACATAATAATAAAAAGCAGGTGACTATCAATAAACGATAGCTTGCCTGCTTTTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/1555431‑1555332‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑cctgctttttATTATTATGTGTATATTATTTTGCTTTAATTTGATTAAATTCTTTTCAAGAAATTCGCAAGCCTTCTATATAGTAAAATAAATACAATAG > USA300TCH1516_ALE/1555376‑1555465 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |