| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 1555332 = | 91 (0.930) | 7 (0.080) | 5/140 | NT | 8.6% | intergenic (+28/+78) | USA300HOU_RS07605/ribU | Ferredoxin/Riboflavin transporter RibU |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 1555376 = | 70 (0.810) | intergenic (+72/+34) | USA300HOU_RS07605/ribU | Ferredoxin/Riboflavin transporter RibU | |||||
Only 100 of 148 total aligned reads displayed.
CCTACAGATTCTATTAAAATTGCAGACGAATCATTTGATGGGGACGCTTTAAAATTTGAATAATTGATTTTTTAGACAAATGTTCTATAGAAAAAGCAGGCAAGCTATCGTTTATTGATAGTCACCTGCTTTTTATTATTATGTGTATATTATTTTGCTTTAATTTGATTAAATTCTTTTC > USA300TCH1516_ALE/1555242‑1555422 | ctattgtatttattttactatatagaaggcttgcgaatttcttgaaaagaatttaatcaaattaaagcaaaataatatacacataataata > 1:1491820‑M1/91‑91 (MQ=255)ctattgtatttattttactatatagaaggcttgcgaatttcttgaaaagaatttaatcaaattaaagcaaaataatatacacataataata < 1:1459667‑M1/1‑1 (MQ=255)ctattgtatttattttactatatagaaggcttgcgaatttcttgaaaagaatttaatcaaattaaagcaaaataatatacacataataata < 1:223820‑M1/1‑1 (MQ=255)ccTACAGATTCTATTAAAATTGCAGACGAATCATTTGATGGGGACGCTTTAAAATTTGAATAATTGATTTTTTAGACAAATGTTCTATAGA < 1:1984019‑M1/91‑1 (MQ=255) cTACAGATTCTATTAAAATTGCAGACGAATCATTTGATGGGGACGCTTTAAAATTTGAATAATTGATTTTTTAGACAAATGTTCTATAGAA > 1:1677352‑M1/1‑91 (MQ=255) ttgtatttattttactatatagaaggcttgcgaatttcttgaaaagaatttaatcaaattaaagcaaaataatatacacataataataaaa > 1:2203615‑M1/88‑91 (MQ=255) aCAGATTCTATTAAAATTGCAGACGAATCATTTGATGGGGACGCTTTAAAATTTGAATAATTGATTTTTTAGACAAATGTTCTATAGAAAA < 1:3084892‑M1/91‑1 (MQ=255) tgtatttattttactatatagaaggcttgcgaatttcttgaaaagaatttaatcaaattaaagcaaaataatatacacataataataaaaa > 1:222507‑M1/87‑91 (MQ=255) aTTCTATTAAAATTGCAGACGAATCATTTGATGGGGACGCTTTAAAATTTGAATAATTGATTTTTTAGACAAATGTTCTATAGAAAAAGCA > 1:2983600‑M1/1‑91 (MQ=255) aTTCTATTAAAATTGCAGACGAATCATTTGATGGGGACGCTTTAAAATTTGAATAATTGATTTTTTAGACAAATGTTCTATAGAAAAAGCA > 1:2977391‑M1/1‑91 (MQ=255) ttattttactatatagaaggcttgcgaatttcttgaaaagaatttaatcaaattaaagcaaaataatatacacataataatAAAAAGCAgg > 1:726523‑M1/82‑91 (MQ=255) ttattttactatatagaaggcttgcgaatttcttgaaaagaatttaatcaaattaaagcaaaataatatacacataataatAAAAAGCAgg < 1:3536098‑M1/10‑1 (MQ=255) tCTATTAAAATTGCAGACGAATCATTTGATGGGGACGCTTTAAAATTTGAATAATTGATTTTTTAGACAAATGTTCTATAGAAAAAGCAGG > 1:143910‑M1/1‑91 (MQ=255) tCTATTAAAATTGCAGACGAATCATTTGATGGGGACGCTTTAAAATTTGAATAATTGATTTTTTAGACAAATGTTCTATAGAAAAAGCAGG > 1:2786039‑M1/1‑91 (MQ=255) cTATTAAAATTGCAGACGAATCATTTGATGGGGACGCTTTAAAATTTGAATAATTGATTTTTTAGACAAATGTTCTATAGAAAAAGCAGGc > 1:1056577/1‑91 (MQ=255) cTATTAAAATTGCAGACGAATCATTTGATGGGGACGCTTTAAAATTTGAATAATTGATTTTTTAGACAAATGTTCTATAGAAAAAGCAGGc > 1:3369047/1‑91 (MQ=255) cTATTAAAATTGCAGACGAATCATTTGATGGGGACGCTTTAAAATTTGAATAATTGATTTTTTAGACAAATGTTCTATAGAAAAAGCAGGc > 1:192234/1‑91 (MQ=255) cTATTAAAATTGCAGACGAATCATTTGATGGGGACGCTTTAAAATTTGAATAATTGATTTTTTAGACAAATGTTCTATAGAAAAAGCAGGc > 1:1469726/1‑91 (MQ=255) cTATTAAAATTGCAGACGAATCATTTGATGGGGACGCTTTAAAATTTGAATAATTGATTTTTTAGACAAATGTTCTATAGAAAAAGCAGGc > 1:785191/1‑91 (MQ=255) cTATTAAAATTGCAGACGAATCATTTGATGGGGACGCTTTAAAATTTGAATAATTGATTTTTTAGACAAATGTTCTATAGAAAAAGCAGGc > 1:673098/1‑91 (MQ=255) cTATTAAAATTGCAGACGAATCATTTGATGGGGACGCTTTAAAATTTGAATAATTGATTTTTTAGACAAATGTTCTATAGAAAAAGCAGGc > 1:524003/1‑91 (MQ=255) atATTAAAATTGCAGACGAATCATTTGATGGGGACGCTTTAAAATTTGAATAATTGATTTTTTAGACAAATGTTCTATAGAAAAAGCAGGc < 1:1174371/90‑1 (MQ=255) tATTAAAATTGCAGACGAATCATTTGATGGGGACGCTTTAAAATTTGAATAATTGATTTTTTAGACAAATGTTCTATAGAAAAAGCAGGCa > 1:497887/1‑91 (MQ=255) tATTAAAATTGCAGACGAATCATTTGATGGGGACGCTTTAAAATTTGAATAATTGATTTTTTAGACAAATGTTCTATAGAAAAAGCAGGCa > 1:1433569/1‑91 (MQ=255) aaacTTGCAGACGAATCATTTGATGGGGACGCTTTAAAATTTGAATAATTGATTTTTTAGACAAATGTTCTATAGAAATAGCAGGCAAGCt < 1:3205940/91‑1 (MQ=255) aaaaTTGCAGACGAATCATTTGATGGGGACGCTTTAAAATTTGAATAATTGATTTTTTAGACAAATGTTCTATAGAAAAAGCAGGCAAGCt < 1:37004/91‑1 (MQ=255) aaaaTTGCAGACGAATCATTTGATGGGGACGCTTTAAAATTTGAATAATTGATTTTTTAGACAAATGTTCTATAGAAAAAGCAGGCAAGCt < 1:3609434/91‑1 (MQ=255) aTTGCAGACGAATCATTTGATGGGGACGCTTTAAAATTTGAATAATTGATTTTTTAGACAAATGTTCTATAGAAAAAGCAGGCAAGCTATc > 1:2865301/1‑91 (MQ=255) ttGCAGACGAATCATTTGATGGGGACGCTTTAAAATTTGAATAATTGATTTTTTAGACAAATGTTCTATAGAAAAAGCAGGCAAGCTATCg < 1:2525569/91‑1 (MQ=255) tGCAGACGAATCATTTGATGGGGACGCTTTAAAATTTGAATAATTGATTTTTTAGACAAATGTTCTATAGAAAAAGCAGGCAAGCTATCGt < 1:3872739/91‑1 (MQ=255) tGCAGACGAATCATTTGATGGGGACGCTTTAAAATTTGAATAATTGATTTTTTAGACAAATGTTCTATAGAAAAAGCAGGCAAGCTATCGt < 1:2232063/91‑1 (MQ=255) tGCAGACGAATCATTTGATGGGGACGCTTTAAAATTTGAATAATTGATTTTTTAGACAAATGTTCTATAGAAAAAGCAGGCAAGCTATCGt < 1:1709237/91‑1 (MQ=255) gCAGACGAATCATTTGATGGGGACGCTTTAAAATTTGAATAATTGATTTTTTAGACAAATGTTCTATAGAAAAAGCAGGCAAGCTATCGtt > 1:713151/1‑91 (MQ=255) gCAGACGAATCATTTGATGGGGACGCTTTAAAATTTGAATAATTGATTTTTTAGACAAATGTTCTATAGAAAAAGCAGGCAAGCTATCGtt > 1:261439/1‑91 (MQ=255) cAGACGAATCATTTGATGGGGACGCTTTAAAATTTGAATAATTGATTTTTTAGACAAATGTTCTATAGAAAAAGCAGGCAAGCTATCGttt < 1:1165368/91‑1 (MQ=255) aGACGAATCATTTGATGGGGACGCTTTAAAATTTGAATAATTGATTTTTTAGACAAATGTTCTATAGAAAAAGCAGGCAAGCTATCGTTTa > 1:2303747/1‑91 (MQ=255) aGACGAATCATTTGATGGGGACGCTTTAAAATTTGAATAATTGATTTTTTAGACAAATGTTCTATAGAAAAAGCAGGCAAGCTATCGTTTa > 1:2689776/1‑91 (MQ=255) gACGAATCATTTGATGGGGACGCTTTAAAATTTGAATAATTGATTTTTTAGACAAATGTTCTATAGAAAAAGCAGGCAAGCTATCGTTTAt < 1:111651/91‑1 (MQ=255) aTCATTTGATGGGGACGCTTTAAAATTTGAATAATTGATTTTTTAGACAAATGTTCTATAGAAAAAGCAGGCAAGCTATCGTTTATTGATa < 1:587011/91‑1 (MQ=255) tCATTTGATGGGGACGCTTTAAAATTTGAATAATTGATTTTTTAGACAAATGTTCTATAGAAAAAGCAGGCAAGCTATCGTTTATTGATAg > 1:3873686/1‑91 (MQ=255) tCATTTGATGGGGACGCTTTAAAATTTGAATAATTGATTTTTTAGACAAATGTTCTATAGAAAAAGCAGGCAAGCTATCGTTTATTGATAg < 1:3747686/91‑1 (MQ=255) cATTTGATGGGGACGCTTTAAAATTTGAATAATTGATTTTTTAGACAAATGTTCTATAGAAAAAGCAGGCAAGCTATCGTTTATTGATAGt > 1:2779728/1‑91 (MQ=255) cATTTGATGGGGACGCTTTAAAATTTGAATAATTGATTTTTTAGACAAATGTTCTATAGAAAAAGCAGGCAAGCTATCGATTATTGATAGt > 1:3759246/1‑91 (MQ=255) gcgaatttcttgaaaagaagtgaatcaaattaaatcaaaataatatacacataataatAAAAAGCAGGCAAGCTATCGTTTATTGATAGTc > 1:2697453‑M1/59‑91 (MQ=255) aTTTGATGGGGACGCTTTAAAATTTGAATAATTGATTTTTTAGACAAATGTTCTATAGAAAAAGCAGGCAAGCTATCGTTTATTGATAGTc > 1:1647720/1‑91 (MQ=255) cgaatttcttgaaaagaatttaatcaaattaaagcaaaataatatacacataataatAAAAAGCAGGCAAGCTATCGTTTATTGATAGTCa > 1:1078326‑M1/58‑91 (MQ=255) cgaatttcttgaaaagaatttaatcaaattaaagcaaaataatatacacataataatAAAAAGCAGGCAAGCTATCGTTTATTGATAGTCa > 1:1078483‑M1/58‑91 (MQ=255) ttGATGGGGACGCTTTAAAATTTGAATAATTGATTTTTTAGACAAATGTTCTATAGAAAAAGCAGGtgactatcaataaacgatagcttgc < 1:3748601‑M1/91‑26 (MQ=255) ttGATGGGGACGCTTTAAAATTTGAATAATTGATTTTTTAGACAAATGTTCTATAGAAAAAGCAGGCAAGCTATCGTTTATTGATAGTCAc < 1:1139212‑M2/91‑2 (MQ=255) tGATGGGGACGCTTTAAAATTTGAATAATTGATTTTTTAGACAAATGTTCTATAGAAAAAGCAGGCAAGCTATCGTTTATTGATAGTCAcc > 1:3467081‑M2/1‑89 (MQ=255) aatttcttgaaaagaatttaatcaaattaaagcaaaataatatacacataataatAAAAAGCAGGCAAGCTATCGTTTATTGATAGTCAcc > 1:2684118‑M1/56‑91 (MQ=255) gATGGGGACGCTTTAAAATTTGAATAATTGATTTTTTAGACAAATGTTCTATAGAAAAAGCAGGtgactatcaataaacgatagcttgcct < 1:803758‑M1/91‑28 (MQ=255) gATGGGGACGCTTTAAAATTTGAATAATTGATTTTTTAGACAAATGTTCTATAGAAAAAGCAGGCAAGCTATCGTTTATTGATAGTCAcct > 1:717828‑M2/1‑88 (MQ=255) gATGGGGACGCTTTAAAATTTGAATAATTGATTTTTTAGACAAATGTTCTATAGAAAAAGCAGGCAAGCTATCGTTTATTGATAGTCAcct > 1:1369188‑M2/1‑88 (MQ=255) 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gACGCTTTAAAATTTGAATAATTGATTTTTTAGACAAATGTTCTATAGAAAAAGCAGGCAAGCTATCGTTTATTGATAGTCAcctgctttt > 1:4087575‑M2/1‑82 (MQ=255) gACGCTTTAAAATTTGAATAATTGATTTTTTAGACAAATGTTCTATAGAAAAAGCAGGCAAGCTATCGTTTATTGATAGTCAcctgctttt < 1:1714768‑M2/91‑10 (MQ=255) cGCTTTAAAATTTGAATAATTGATTTTTTAGACAAATGTTCTATAGAAAAAGCAGGCAAGCTATCGTTTATTGATAGTCACCTGCTTTtta < 1:1830190/91‑1 (MQ=255) gCTTTAAAATTTGAATAATTGATTTTTTAGACAAATGTTCTATAGAAAAAGCAGGCAAGCTATCGTTTATTGATAGTCACCTGCTTTttat < 1:1870375/91‑1 (MQ=255) cTTTAAAATTTGAATAATTGATTTTTTAGACAAATGTTCTATAGAAAAAGCAGGCAAGCTATCGTTTATTGATAGTCACCTGCTTTttatt < 1:1371536/91‑1 (MQ=255) cTTTAAAATTTGAATAATTGATTTTTTAGACAAATGTTCTATAGAAAAAGCAGGCAAGCTATCGTTTATTGATAGTCACCTGCTTTttatt < 1:2109033/91‑1 (MQ=255) cTTTAAAATTTGAATAATTGATTTTTTAGACAAATGTTCTATAGAAAAAGCAGGCAAGCTATCGTTTATTGATAGTCACCTGCTTTttatt > 1:1961479/1‑91 (MQ=255) ttAAAATTTGAATAATTGATTTTTTAGACAAATGTTCTATAGAAAAAGCAGGCAAGCTATCGTTTATTGATAGTCACCTGCTTTttattat < 1:2410787/91‑1 (MQ=255) tAAAATTTGAATAATTGATTTTTTAGACAAATGTTCTATAGAAAAAGCAGGCAAGCTATCGTTTATTGATAGTCACCTGCTTTttattatt < 1:901171/91‑1 (MQ=255) aaaaTTTGAATAATTGATTTTTTAGACAAATGTTCTATAGAAAAAGCAGGCAAGCTATCGTTTATTGATAGTCACCTGCTTTttattatta > 1:1206092/1‑91 (MQ=255) aaaaTTTGAATAATTGATTTTTTAGACAAATGTTCTATAGAAAAAGCAGGCAAGCTATCGTTTATTGATAGTCACCTGCTTTttattatta > 1:1504012/1‑91 (MQ=255) tttGAATAATTGATTTTTTAGACAAATGTTCTATAGAAAAAGCAGGCAAGCTATCGTTTATTGATAGTCACCTGCTTTTTATTATTAtgtg < 1:25032/91‑1 (MQ=255) tttGAATAATTGATTTTTTAGACAAATGTTCTATAGAAAAAGCAGGCAAGCTATCGTTTATTGATAGTCACCTGCTTTTTATTATTAtgtg < 1:1876375/91‑1 (MQ=255) ttGAATAATTGATTTTTTAGACAAATGTTCTATAGAAAAAGCAGGCAAGCTATCGTTTATTGATAGTCACCTGCTTTTTATTATTATgtgt > 1:794474/1‑91 (MQ=255) ttGAATAATTGATTTTTTAGACAAATGTTCTATAGAAAAAGCAGGCAAGCTATCGTTTATTGATAGTCACCTGCTTTTTATTATTATgtgt > 1:2431954/1‑91 (MQ=255) gAATAATTGATTTTTTAGACAAATGTTCTATAGAAAAAGCAGGCAAGCTATCGTTTATTGATAGTGACCTGCTTTTTATTATTATGTGtat > 1:2472880/1‑91 (MQ=255) 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ttAGACAAATGTTCTATAGAAAAAGCAGGCAAGCTATCGTTTATTGATAGTCACCTGCTTTTTATTATTATGTGTATATTATTTTGCTTTa < 1:2659527/91‑1 (MQ=255) aGACAAATGTTCTATAGAAAAAGCAGGCAAGCTATCGTTTATTGATAGTCACCTGCTTTTTATTATTATGTGTATATTATTTTGCTTTAAt < 1:1751769/91‑1 (MQ=255) aGACAAATGTTCTATAGAAAAAGCAGGCAAGCTATCGTTTATTGATAGTCACCTGCTTTTTATTATTATGTGTATATTATTTTGCTTTAAt > 1:292337/1‑91 (MQ=255) aGACAAATGTTCTATAGAAAAAGCAGGCAAGCTATCGTTTATTGATAGTCACCTGCTTTTTATTATTATGTGTATATTATTTTGCTTTAAt > 1:292319/1‑91 (MQ=255) gACAAATGTTCTATAGAAAAAGCAGGCAAGCTATCGTTTATTGATAGTCACCTGCTTTTTATTATTATGTGTATATTATTTTGCTTTAAtt > 1:1870831/1‑91 (MQ=255) gTTCTATAGAAAAAGCAGGCAAGCTATCGTTTATTGATAGTCACCTGCTTTTTATTATTATGTGTATATTATTTTGCTTTAATTTGATTaa < 1:1207473/91‑1 (MQ=255) gTTCTATAGAAAAAGCAGGCAAGCTATCGTTTATTGATAGTCACCTGCTTTTTATTATTATGTGTATATTATTTTGCTTTAATTTGATTaa < 1:370975/91‑1 (MQ=255) ttCTATAGAAAAAGCAGGCAAGCTATCGTTTATTGATAGTCACCTGCTTTTTATTATTATGTGTATATTATTTTGCTTTAATTTGATTaaa > 1:2562068/1‑91 (MQ=255) cTATAGAAAAAGCAGGCAAGCTATCGTTTATTGATAGTCACCTGCTTTTTATTATTATGTGTATATTATTTTGCTTTAATTTGATTAAAtt > 1:3076835/1‑91 (MQ=255) ataGAAAAAGCAGGCAAGCTATCGTTTATTGATAGTCACCTGCTTTTTATTATTATGTGTATATTATTTTGCTTTAATTTGATTAAATTCt > 1:427141/1‑91 (MQ=255) taGAAAAAGCAGGCAAGCTATCGTTTATTGATAGTCACCTGCTTTTTATTATTATGTGTATATTATTTTGCTTTAATTTGATTAAATTCtt < 1:3622188/91‑1 (MQ=255) aGAAAAAGCAGGCAAGCTATCGTTTATTGATAGTCACCTGCTTTTTATTATTATGTGTATATTATTTTGCTTTAATTTGATTAAATTCttt < 1:343721/91‑1 (MQ=255) AAAAAGCAGGCAAGCTATCGTTTATTGATAGTCACCTGCTTTTTATTATTATGTGTATATTATTTTGCTTTAATTTGATTAAATTCTTTTc < 1:544953‑M1/91‑1 (MQ=255) AAAAAGCAGGCAAGCTATCGTTTATTGATAGTCACCTGCTTTTTATTATTATGTGTATATTATTTTGCTTTAATTTGATTAAATTCTTTTc < 1:544963‑M1/91‑1 (MQ=255) | CCTACAGATTCTATTAAAATTGCAGACGAATCATTTGATGGGGACGCTTTAAAATTTGAATAATTGATTTTTTAGACAAATGTTCTATAGAAAAAGCAGGCAAGCTATCGTTTATTGATAGTCACCTGCTTTTTATTATTATGTGTATATTATTTTGCTTTAATTTGATTAAATTCTTTTC > USA300TCH1516_ALE/1555242‑1555422 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |