| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 1562383 | 118 (1.200) | 13 (0.140) | 9/148 | NT | 10.4% | intergenic (‑349/+41) | hlgC_1/lytN_2 | Gamma‑hemolysin component C/putative cell wall hydrolase LytN |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 1562397 | 115 (1.260) | intergenic (‑363/+27) | hlgC_1/lytN_2 | Gamma‑hemolysin component C/putative cell wall hydrolase LytN | |||||
ACACAAAATAATTTATATACTAAAAACGTTTGTTTTTTTAAAATTTAATATATTCATGTAAAAATTAACTGTTTATTAATTTTAAATAATAGGCA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/1562289‑1562383‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑taggcaGGTACTTCGGTACTTGCCTATTATTTAAAATTAATAAACAGTTAATTTTTACATGAATATATTAAATTTTAAAAAAACAAACGTTTTTAG < USA300TCH1516_ALE/1562397‑1562308 ACACAAAATAATTTATATACTAAAAACGTTTGTTTTTTTAAAATTTAATATATTCATGTAAAAATTAACTGTTTATTAATTTTAAATAATA < 1:2122017/91‑1 CACAAAATAATTTATATACTAAAAACGTTTGTTTTTTTAAAATTTAATATATTCATGTAAAAATTAACTGTTTATTAATTTTAAATAATAG > 1:2527756/1‑91 ACAAAATAATTTATATACTAAAAACGTTTGTTTTTTTAAAATTTAATATATTCATGTAAAAATTAACTGTTTATTAATTTTAAATAATAGG < 1:1300765/91‑1 ACAAAATAATTTATATACTAAAAACGTTTGTTTTTTTAAAATTTAATATATTCATGTAAAAATTAACTGTTTATTAATTTTAAATAATAGG < 1:1704968/91‑1 AAACTAATTTATATACTAAAAACGTTTGTTTTTTTAAAATTTAATATATTCATGTAAAAATTAACTGTTTATTAATTTTAAATAATAGGCA < 1:3737636/91‑1 AAAATAATTTATATACTAAAAACGTTTGTTTTTTTAAAATTTAATATATTCATGTAAAAATTAACTGTTTATTAATTTTAAATAATAGGCA < 1:2894990/91‑1 ATATACTAAAAACGTTTGTTTTTTTAAAATTTAATATATTCATGTAAAAATTAACTGTTTATTAATTTTAAATAATAGGCAGGTACTTCGG < 1:1492945/91‑1 ATACTAAAAACGTTTGTTTTTTTAAAATTTAATATATTCATGTAAAAATTAACTGTTTATTAATTTTAAATAATAGGCAGGTACTTCGGTA < 1:2560820/91‑1 CTAAAAACGTTTGTTTTTTTAAAATTTAATATATTCATGTAAAAATTAACTGTTTATTAATTTTAAATAATAGGCAGGTACTTCGGTACTT < 1:1213652/91‑1 CTAAAAACGTTTGTTTTTTTAAAATTTAATATATTCATGTAAAAATTAACTGTTTATTAATTTTAAATAATAGGCAGGTACTTCGGTACTT < 1:2554903/91‑1 CTAAAAACGTTTGTTTTTTTAAAATTTAATATATTCATGTAAAAATTAACTGTTTATTAATTTTAAATAATAGGCAGGTACTTCGGTACTT < 1:1212887/91‑1 TAAAAACGTTTGTTTTTTTAAAATTTAATATATTCATGTAAAAATTAACTGTTTATTAATTTTAAATAATAGGCAGGTACTTCGGTACTTG < 1:1606440/91‑1 AAACGTTTGTTTTTTTAAAATTTAATATATTCATGTAAAAATTAACTGTTTATTAATTTTAAATAATAGGCAGGTACTTCGGTACTTGCCT < 1:2255052/91‑1 AAACGTTTGTTTTTTTAAAATTTAATATATTCATGTAAAAATTAACTGTTTATTAATTTTAAATAATAGGCAGGTACTTCGGTACTTGCCT < 1:2257071/91‑1 TTTAAGATTTAATATATTCATGTAATAATTAACTGTTTACTAATTTTAAATAATAGGCAGGTACTTCGGTACTTGCCTATTATTTAAAATT < 1:3865632/91‑1 TTAACTGTTTATTAATTTTAAATAATAGGCAAGTACCGAAGTACCTGCCTATTATTTAAAATTAATAAACAGTTAATTTTTACATGAATAT > 1:1241679/1‑91 AATTTTAAATAATAGGCAAGTACCGAAGTACCTGCCTATTATTTAAAATTAATAAACAGTTAATTATTACATGAATATATTAAATTTTAAA > 1:3876913/1‑91 TTTAAATAATAGGCAAGTACCGAAGTACCTGCCTATTATTTAAAATTAATAAACAGTTAATTTTTACATGAATATATTAAATTTTAAAAAA > 1:985742/1‑91 TTAAATAATAGGCAAGTACCGAAGTACCTGCCTATTATTTAAAATTAATAAACAGTTAATTTTTACATGAATATATTAAATTTTAAAAAAA > 1:592466/1‑91 TAGGCAGGTACTTCGGTACTTGCCTATTATTTAAAATTAATAAACAGTTAATTTTTACATGAATATATTAAATTTTAAAAAAACAAACGTT > 1:2852482/1‑91 TAGGCAGGTACTTCGGTACTTGCCTATTATTTAAAATTAATAAACAGTTAATTTTTACATGAATATATTAAATTTTAAAAAAACAAACGTT > 1:1963270/1‑91 TAGGCAGGTACTTCGGTACTTGCCTATTATTTAAAATTAATAAACAGTTAATTTTTACATGAATATATTAAATTTTAAAAAAACAAACGTT < 1:685717/91‑1 AGGCAGGTACTTCGGTACTTGCCTATTATTTAAAATTAATAAACAGTTAATTTTTACATGAATATATTAAATTTTAAAAAAACAAACGTTT > 1:2930995/1‑91 AGGCAGGTACTTCGGTACTTGCCTATTATTTAAAATTAATAAACAGTTAATTTTTACATGAATATATTAAATTTTAAAAAAACAAACGTTT > 1:3483605/1‑91 AGGCAGGTACTTCGGTACTTGCCTATTATTTAAAATTAATAAACAGTTAATTTTTACATGAATATATTAAATTTTAAAAAAACAAACGTTT > 1:3515400/1‑91 AGGCAGGTACTTCGGTACTTGCCTATTATTTAAAATTAATAAACAGTTAATTTTTACATGAATATATTAAATTTTAAAAAAACAAACGTTT > 1:3663479/1‑91 AGGCAGGTACTTCGGTACTTGCCTATTATTTAAAATTAATAAACAGTTAATTTTTACATGAATATATTAAATTTTAAAAAAACAAACGTTT > 1:203718/1‑91 AGGCAGGTACTTCGGTACTTGCCTATTATTTAAAATTAATAAACAGTTAATTTTTACATGAATATATTAAATTTTAAAAAAACAAACGTTT > 1:470190/1‑91 AGGCAGGTACTTCGGTACTTGCCTATTATTTAAAATTAATAAACAGTTAATTTTTACATGAATATATTAAATTTTAAAAAAACAAACGTTT > 1:973012/1‑91 AGGCAGGTACTTCGGTACTTGCCTATTATTTAAAATTAATAAACAGTTAATTTTTACATGAATATATTAAATTTTAAAAAAACAAACGTTT > 1:1872715/1‑91 GGCAGGTACTTCGGTACTTGCCTATTATTTAAAATTAATAAACAGTTAATTTTTACATGAATATATTAAATTTTAAAAAAACAAACGTTTT > 1:394831/1‑91 GCAGGTACTTCGGTACTTGCCTATTATTTAAAATTAATAAACAGTTAATTTTTACATGAATATATTAAATTTTAAAAAAACAAACGTTTTT > 1:3690798/1‑91 AGGTACTTCGGTACTTGCCTATTATTTAAAATTAATAAACAGTTAATTTTTACATGAATATATTAAATTTTAAAAAAACAAACGTTTTTAG > 1:4142513/1‑91 ACACAAAATAATTTATATACTAAAAACGTTTGTTTTTTTAAAATTTAATATATTCATGTAAAAATTAACTGTTTATTAATTTTAAATAATAGGCA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/1562289‑1562383‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑taggcaGGTACTTCGGTACTTGCCTATTATTTAAAATTAATAAACAGTTAATTTTTACATGAATATATTAAATTTTAAAAAAACAAACGTTTTTAG < USA300TCH1516_ALE/1562397‑1562308 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |