| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 1562383 | 118 (1.200) | 13 (0.140) | 9/148 | NT | 10.4% | intergenic (‑349/+41) | hlgC_1/lytN_2 | Gamma‑hemolysin component C/putative cell wall hydrolase LytN |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 1562397 | 115 (1.260) | intergenic (‑363/+27) | hlgC_1/lytN_2 | Gamma‑hemolysin component C/putative cell wall hydrolase LytN | |||||
Only 100 of 183 total aligned reads displayed.
AAAATAATTTATATACTAAAAACGTTTGTTTTTTTAAAATTTAATATATTCATGTAAAAATTAACTGTTTATTAATTTTAAATAATAGGCAAGTACCGAAGTACCTGCCTAAGATTCATCATATACAATTATCAAACTGCACTAAACTTACCAAAACTGCTTATTCGGTTGCCTGCTATGT > USA300TCH1516_ALE/1562293‑1562473 | taatTTATATACTAAAAACGTTTGTTTTTTTAAAATTTAATATATTCATGTAAAAATTAACTGTTTATTAATTTTAAATAATAGGCAAGTa < 1:3517309/91‑1 (MQ=255) taatTTATATACTAAAAACGTTTGTTTTTTTAAAATTTAATATATTCATGTAAAAATTAACTGTTTATTAATTTTAAATAATAGGCAAGTa < 1:396247/91‑1 (MQ=255) taatTTATATACTAAAAACGTTTGTTTTTTTAAAATTTAATATATTCATGTAAAAATTAACTGTTTATTAATTTTAAATAATAGGCAAGTa < 1:2329601/91‑1 (MQ=255) atTTATATACTAAAAACGTTTGTTTTTTTAAAATTTAATATATTCATGTAAAAATTAACTGTTTATTAATTTTAAATAATAGGCAAGTAcc < 1:3380601/91‑1 (MQ=255) tttATATACTAAAAACGTTTGTTTTTTTAAAATTTAATATATTCATGTAAAAATTAACTGTTTATTAATTTTAAATAATAGGCAAGTACCg < 1:578744/91‑1 (MQ=255) ttATATACTAAAAACGTTTGTTTTTTTAAAATTTAATATATTCATGTAAAAATTAACTGTTTATTAATTTTAAATAATAGGCAAGTACCGa < 1:446223/91‑1 (MQ=255) ttATATACTAAAAACGTTTGTTTTTTTAAAATTTAATATATTCATGTAAAAATTAACTGTTTATTAATTTTAAATAATAGGCAAGTACCGa < 1:2550702/91‑1 (MQ=255) ttATATACTAAAAACGTTTGTTTTTTTAAAATTTAATATATTCATGTAAAAATTAACTGTTTATTAATTTTAAATAATAGGCAAGTACCGa > 1:634408/1‑91 (MQ=255) tatataCTAAAAACGTTTGTTTTTTTAAAATTTAATATATTCATGTAAAAATTAACTGTTTATTAATTTTAAATAATAGGCAAGTACCGaa > 1:1217935/1‑91 (MQ=255) atataCTAAAAACGTTTGTTTTTTTAAAATTTAATATATTCATGTAAAAATTAACTGTTTATTAATTTTAAATAATAGGCAggtacttcgg < 1:1492945‑M1/91‑11 (MQ=255) atataCTAAAAACGTTTGTTTTTTTAAAATTTAATATATTCATGTAAAAATTAACTGTTTATTAATTTTAAATAATAGGCAAGTACCGAAg < 1:2151554/91‑1 (MQ=255) tataCTAAAAACGTTTGTTTTTTTAAAATTTAATATATTCATGTAAAAATTAACTGTTTATTAATTTTAAATAATAGGCAAGTACCGAAGt < 1:1284907/91‑1 (MQ=255) tataCTAAAAACGTTTGTTTTTTTAAAATTTAATATATTCATGTAAAAATTAACTGTTTATTAATTTTAAATAATAGGCAAGTACCGAAGt < 1:2311019/91‑1 (MQ=255) ataCTAAAAACGTTTGTTTTTTTAAAATTTAATATATTCATGTAAAAATTAACTGTTTATTAATTTTAAATAATAGGCAAGTACCGAAGTa > 1:156087/1‑91 (MQ=255) aCTAAAAACGTTTGTTTTTTTAAAATTTAATATATTCATGTAAAAATTAACTGTTTATTAATTTTAAATAATAGGCAAGTACCGAAGTAcc < 1:1541212/91‑1 (MQ=255) cTAAAAACGTTTGTTTTTTTAAAATTTAATATATTCATGTAAAAATTAACTGTTTATTAATTTTAAATAATAGGCAggtacttcggtactt < 1:1213652‑M1/91‑16 (MQ=255) cTAAAAACGTTTGTTTTTTTAAAATTTAATATATTCATGTAAAAATTAACTGTTTATTAATTTTAAATAATAGGCAAGTACCGAAGTACCt > 1:4142513‑M2/1‑90 (MQ=255) tAAAAACGTTTGTTTTTTTAAAATTTAATATATTCATGTAAAAATTAACTGTTTATTAATTTTAAATAATAGGCAggtacttcggtacttg < 1:1606440‑M1/91‑17 (MQ=255) aaaaaCGTTTGTTTTTTTAAAATTTAATATATTCATGTAAAAATTAACTGTTTATTAATTTTAAATAATAGGCAAGTACCGAAGTACCtgc > 1:3690798‑M2/1‑88 (MQ=255) aaaCGTTTGTTTTTTTAAAATTTAATATATTCATGTAAAAATTAACTGTTTATTAATTTTAAATAATAGGCAggtacttcggtacttgcct < 1:2255052‑M1/91‑20 (MQ=255) aaaCGTTTGTTTTTTTAAAATTTAATATATTCATGTAAAAATTAACTGTTTATTAATTTTAAATAATAGGCAggtacttcggtacttgcct < 1:2257071‑M1/91‑20 (MQ=255) aaaCGTTTGTTTTTTTAAAATTTAATATATTCATGTAAAAATTAACTGTTTATTAATTTTAAATAATAGGCAAGTACCGAAGTACCtgcct > 1:3663479‑M2/1‑86 (MQ=255) aaaCGTTTGTTTTTTTAAAATTTAATATATTCATGTAAAAATTAACTGTTTATTAATTTTAAATAATAGGCAAGTACCGAAGTACCtgcct > 1:2930995‑M2/1‑86 (MQ=255) aaaCGTTTGTTTTTTTAAAATTTAATATATTCATGTAAAAATTAACTGTTTATTAATTTTAAATAATAGGCAAGTACCGAAGTACCtgcct > 1:470190‑M2/1‑86 (MQ=255) aaaCGTTTGTTTTTTTAAAATTTAATATATTCATGTAAAAATTAACTGTTTATTAATTTTAAATAATAGGCAAGTACCGAAGTACCtgcct > 1:973012‑M2/1‑86 (MQ=255) aaCGTTTGTTTTTTTAAAATTTAATATATTCATGTAAAAATTAACTGTTTATTAATTTTAAATAATAGGCAAGTACCGAAGTACCtgccta > 1:2852482‑M2/1‑85 (MQ=255) aCGTTTGTTTTTTTAAAATTTAATATATTCATGTAAAAATTAACTGTTTATTAATTTTAAATAATAGGCAAGTACCGAAGTACCTGCCTaa > 1:3839136/1‑91 (MQ=255) cGTTTGTTTTTTTAAAATTTAATATATTCATGTAAAAATTAACTGTTTATTAATTTTAAATAATAGGCAAGTACCGAAGTACCTGCCTAAg < 1:1007022/91‑1 (MQ=255) gtttgtttTTTTAAAATTTAATATATTCATGTAAAAATTAACTGTTTATTAATTTTAAATAATAGGCAAGTACCGAAGTACCTGCCTAAGa < 1:1650614/91‑1 (MQ=255) tgtttTTTTAAAATTTAATATATTCATGTAAAAATTAACTGTTTATTAATTTTAAATAATAGGCAAGTACCGAAGTACCTGCCTAAGATtc < 1:3505784/91‑1 (MQ=255) tgtttTTTTAAAATTTAATATATTCATGTAAAAATTAACTGTTTATTAATTTTAAATAATAGGCAAGTACCGAAGTACCTGCCTAAGATtc < 1:832660/91‑1 (MQ=255) gtttTTTTAAAATTTAATATATTCATGTAAAAATTAACTGTTTATTAATTTTAAATAATAGGCAAGTACCGAAGTACCTGCCTAAGATtca < 1:2919017/91‑1 (MQ=255) gtttTTTTAAAATTTAATATATTCATGTAAAAATTAACTGTTTATTAATTTTAAATAATAGGCAAGTACCGAAGTACCTGCCTAAGATtca > 1:2154776/1‑91 (MQ=255) ttttttAAAATTTAATATATTCATGTAAAAATTAACTGTTTATTAATTTTAAATAATAGGCAGGTACTTCGGTACTtgcctattatttaaa > 1:985742‑M2/1‑76 (MQ=255) tttttAAAATTTAATATATTCATGTAAAAATTAACTGTTTATTAATTTTAAATAATAGGCAAGTACCGAAGTACCTGCCTAAGATtcatca < 1:2821134/91‑1 (MQ=255) tAAGATTTAATATATTCATGTAAAAATTAACTGTTTATTAATTTTAAATAATAGGCAAGTACCGAAGCACCTGCCTAAGATTCATCAtata < 1:3340126/91‑1 (MQ=255) tAAAATTTAATATATTCATGTAAAAATTAACTGTTTATTAATTTTAAATAATAGGCAAGTACCGAAGTACCTGCCTAAGATTCATCAtata < 1:1719004/91‑1 (MQ=255) tAAAATTTAATATATTCATGTAAAAATTAACTGTTTATTAATTTTAAATAATAGGCAAGTACCGAAGTACCTGCCTAAGATTCATCAtata < 1:45153/91‑1 (MQ=255) aaaaTTTAATATATTCATGTAAAAATTAACTGTTTATTAATTTTAAATAATAGGCAAGTACCGAAGTACCTGCCTAAGATTCATCATATAc > 1:1827972/1‑91 (MQ=255) aaaTTTAATATATTCATGTAAAAATTAACTGTTTATTAATTTTAAATAATAGGCAAGTACCGAAGTACCTGCCTAAGATTCATCATATACa < 1:25332/91‑1 (MQ=255) aaTTTAATATATTCATGTAAAAATTAACTGTTTATTAATTTTAAATAATAGGCAAGTACCGAAGTACCTGCCTAAGATTCATCATATACaa < 1:3791506/91‑1 (MQ=255) aaTTTAATATATTCATGTAAAAATTAACTGTTTATTAATTTTAAATAATAGGCAAGTACCGAAGTACCTGCCTAAGATTCATCATATACaa > 1:2812721/1‑91 (MQ=255) tttAATATATTCATGTAAAAATTAACTGTTTATTAATTTTAAATAATAGGCAAGTACCGAAGTACCTGCCTAAGATTCATCATATACAAtt < 1:3555920/91‑1 (MQ=255) ttAATATATTCATGTAAAAATTAACTGTTTATTAATTTTAAATAATAGGCAAGTACCGAAGTACCTGCCTAAGATTCATCATATACAATTa < 1:33437/91‑1 (MQ=255) ttAATATATTCATGTAAAAATTAACTGTTTATTAATTTTAAATAATAGGCAAGTACCGAAGTACCTGCCTAAGATTCATCATATACAATTa < 1:3247257/91‑1 (MQ=255) aaTATATTCATGTAAAAATTAACTGTTTATTAATTTTAAATAATAGGCAAGTACCGAAGTACCTGCCTAAGATTCATCATATACAATTATc > 1:687693/1‑91 (MQ=255) atatatTCATGTAAAAATTAACTGTTTATTAATTTTAAATAATAGGCAAGTACCGAAGTACCTGCCTAAGATTCATCATATACAATTCTCa > 1:3732356/1‑91 (MQ=255) atatatTCATGTAAAAATTAACTGTTTATTAATTTTAAATAATAGGCAAGTACCGAAGTACCTGCCTAAGATTCATCATATACAATTATCa > 1:2536086/1‑91 (MQ=255) tatatTCATGTAAAAATTAACTGTTTATTAATTTTAAATAATAGGCAAGTACCGAAGCACCTGCCTAAGATTCATCATATACAATTATCaa > 1:3400641/1‑91 (MQ=255) atatTCATGTAAAAATTAACTGTTTATTAATTTTAAATAATAGGCAGGTACTTCGGTACTtgcctattatttaaaattaataaacagttaa > 1:1241679‑M2/1‑60 (MQ=255) atatTCATGTAAAAATTAACTGTTTATTAATTTTAAATAATAGGCAAGTACCGAAGTACCTGCCTAAGATTCATCATATACAATTATCaaa > 1:1376105/1‑91 (MQ=255) tatTCATGTAAAAATTAACTGTTTATTAATTTTAAATAATAGGCAAGTACCGAAGTACCTGCCTAAGATTCATCATATACAATTATCAAAc < 1:1096661/91‑1 (MQ=255) tatTCATGTAAAAATTAACTGTTTATTAATTTTAAATAATAGGCAAGTACCGAAGTACCTGCCTAAGATTCATCATATACAATTATCAAAc < 1:521046/91‑1 (MQ=255) tatTCATGTAAAAATTAACTGTTTATTAATTTTAAATAATAGGCAAGTACCGAAGTACCTGCCTAAGATTCATCATATACAATTATCAAAc < 1:1776005/91‑1 (MQ=255) cATGTAAAAATTAACTGTTTATTAATTTTAAATAATAGGCAAGTACCGAAGTACCTGCCTAAGATTCATCATATACAATTATCAAACTGCa < 1:3913144/91‑1 (MQ=255) aTGTAAAAATTAACTGTTTATTAATTTTAAATAATAGGCAAGTACCGAAGTACCTGCCTAAGATTCATCATATACAATTATCAAACTGCAc < 1:3394784/91‑1 (MQ=255) tGTAAAAATTAACTGTTTATTAATTTTAAATAATAGGCAAGTACCGAAGTACCTGCCTAAGATTCATCATATACAATTATCAAACTGCACt > 1:2626539/1‑91 (MQ=255) gTAAAAATTAACTGTTTATTAATTTTAAATAATAGGCAAGTACCGAAGTACCTGCCTAAGATTCATCATATACAATTATCAAACTGCACTa > 1:789696/1‑91 (MQ=255) tAAAAATTAACTGTTTATTAATTTTAAATAATAGGCAAGTACCGAAGTACCTGCCTAAGATTCATCATATACAATTATCAAACTGCACTaa < 1:1209707/91‑1 (MQ=255) tAAAAATTAACTGTTTATTAATTTTAAATAATAGGCAAGTACCGAAGTACCTGCCTAAGATTCATCATATACAATTATCAAACTGCACTaa < 1:2155067/91‑1 (MQ=255) aaaaaTTAACTGTTTATTAATTTTAAATAATAGGCAAGTACCGAAGTACCTGCCTAAGATTCATCATATACAATTATCAAACTGCACTaaa < 1:1115454/91‑1 (MQ=255) aaaaTTAACTGTTTATTAATTTTAAATAATAGGCAAGTACCGAAGTACCTGCCTAAGATTCATCATATACAATTATCAAACTGCACTAAAc > 1:2993436/1‑91 (MQ=255) aaaaTTAACTGTTTATTAATTTTAAATAATAGGCAAGTACCGAAGTACCTGCCTAAGATTCATCATATACAATTATCAAACTGCACTAAAc > 1:952262/1‑91 (MQ=255) aaaTTAACTGTTTATTAATTTTAAATAATAGGCAAGTACCGAAGTACCTGCCTAAGATTCATCATATACAATTATCAAACTGCACTAAACt > 1:1389506/1‑91 (MQ=255) tAACTGTTTATTAATTTTAAATAATAGGCAAGTACCGAAGTACCTGCCTAAGATTCATCATATACAATTATCAAACTGCACTAAACTTAcc > 1:284902/1‑91 (MQ=255) aCTGTTTATTAATTTTAAATAATAGGCAAGTACCGAAGTACCTGCCTAAGATTCATCATATACAATTATCAAACTGCACTAAACTTACCaa > 1:2350265/1‑91 (MQ=255) aCTGTTTATTAATTTTAAATAATAGGCAAGTACCGAAGTACCTGCCTAAGATTCATCATATACAATTATCAAACTGCACTAAACTTACCaa > 1:2389602/1‑91 (MQ=255) aCTGTTTATTAATTTTAAATAATAGGCAAGTACCGAAGTACCTGCCTAAGATTCATCATATACAATTATCAAACTGCACTAAACTTACCaa > 1:1938166/1‑91 (MQ=255) tGTTTATTAATTTTAAATAATAGGCAAGTACCGAAGTACCTGCCTAAGATTCATCATATACAATTATCAAACTGCACTAAACTTACCaaaa < 1:1533627/91‑1 (MQ=255) tGTTTATTAATTTTAAATAATAGGCAAGTACCGAAGTACCTGCCTAAGATTCATCATATACAATTATCAAACTGCACTAAACTTACCaaaa < 1:641471/91‑1 (MQ=255) gTTTATTAATTTTAAATAATAGGCAAGTACCGAAGTACCTGCCTAAGATTCATCATATACAATTATCAAACTGCACTAAACTTACCAAAAc < 1:1348254/91‑1 (MQ=255) ttattaATTTTAAATAATAGGCAAGTACCGAAGTACCTGCCTAAGATTCATCATATACAATTATCAAACTGCACTAAACTTACCAAAACTg > 1:3655166/1‑91 (MQ=255) attaATTTTAAATAATAGGCAAGTACCGAAGTACCTGCCTAAGATTCATCATATACAATTATCAAACTGCACTAAACTTACCAAAACTGCt < 1:1823993/91‑1 (MQ=255) taATTTTAAATAATAGGCAAGTACCGAAGTACCTGCCTAAGATTCATCATATACAATTATCAAACTGCACTAAACTTACCAAAACTGCTTa < 1:767423/91‑1 (MQ=255) aaTTTTAAATAATAGGCAagtaccgaagtacctgcctattatttaaaattaataaacagttaattattacatgaatatattaaattttaaa > 1:3876913‑M1/1‑18 (MQ=255) aaTTTTAAATAATAGGCAAGTACCGAAGTACCtgcctattatttaaaattagtaaacagttaattattacatgaatatattaaatcttaaa < 1:3865632‑M2/91‑60 (MQ=255) aaTTTTAAATAATAGGCAAGTACCGAAGTACCTGCCTAAGATTCATCATATACAATTATCAAACTGCACTAAACTTACCAAAACTGCTTAt < 1:3151827/91‑1 (MQ=255) tttAAATAATAGGCAAGTACCGAAGTACCTGCCTAAGATTCATCATATACAATTATCAAACTGCACTAAACTTACCAAAACTGCTTATTCg > 1:1303707/1‑91 (MQ=255) ttAAATAATAGGCAagtaccgaagtacctgcctattatttaaaattaataaacagttaatttttacatgaatatattaaattttaaaaaaa > 1:592466‑M1/1‑14 (MQ=255) ttAAATAATAGGCAAGTACCGAAGTACCTGCCTAAGATTCATCATATACAATTATCAAACTGCACTAAACTTACCAAAACTGCTTATTCgg < 1:4096569/91‑1 (MQ=255) ttAAATAATAGGCAAGTACCGAAGTACCTGCCTAAGATTCATCATATACAATTATCAAACTGCACTAAACTTACCAAAACTGCTTATTCgg < 1:2090236/91‑1 (MQ=255) tAAATAATAGGCAAGTACCGAAGTACCTGCCTAAGATTCATCATATACAATTATCAAACTGCACTAAACTTACCAAAACTGCTTATTCGGt < 1:102236/91‑1 (MQ=255) taataGGCAAGTACCGAAGTACCTGCCTAAGATTCATCATATACAATTATCAAACTGCACTAAACTTACCAAAACTGCTTATTCGGTTGcc < 1:3091734/91‑1 (MQ=255) ataGGCAAGTACCGAAGTACCTGCCTAAGATTCATCATATACAATTATCAAACTGCACTAAACTTACCAAAACTGCTTATTCGGTTGCCTg > 1:2037774/1‑91 (MQ=255) taGGCAggtacttcggtacttgcctattatttaaaattaataaacagttaatttttacatgaatatattaaattttaaaaaaacaaacgtt > 1:1963270‑M1/1‑6 (MQ=255) taGGCAggtacttcggtacttgcctattatttaaaattaataaacagttaatttttacatgaatatattaaattttaaaaaaacaaacgtt < 1:685717‑M1/91‑86 (MQ=255) taGGCAAGTACCGAAGTACCTGCCTAAGATTCATCATATACAATTATCAAACTGCACTAAACTTACCAAAACTGCTTATTCGGTTGCCTGc < 1:3724392/91‑1 (MQ=255) taGGCAAGTACCGAAGTACCTGCCTAAGATTCATCATATACAATTATCAAACTGCACTAAACTTACCAAAACTGCTTATTCGGTTGCCTGc < 1:1839513/91‑1 (MQ=255) aGGCAggtacttcggtacttgcctattatttaaaattaataaacagttaatttttacatgaatatattaaattttaaaaaaacaaacgttt > 1:3483605‑M1/1‑5 (MQ=255) aGGCAggtacttcggtacttgcctattatttaaaattaataaacagttaatttttacatgaatatattaaattttaaaaaaacaaacgttt > 1:2930995‑M1/1‑5 (MQ=255) aGGCAggtacttcggtacttgcctattatttaaaattaataaacagttaatttttacatgaatatattaaattttaaaaaaacaaacgttt > 1:1872715‑M1/1‑5 (MQ=255) aGGCAggtacttcggtacttgcctattatttaaaattaataaacagttaatttttacatgaatatattaaattttaaaaaaacaaacgttt > 1:3515400‑M1/1‑5 (MQ=255) aGGCAggtacttcggtacttgcctattatttaaaattaataaacagttaatttttacatgaatatattaaattttaaaaaaacaaacgttt > 1:203718‑M1/1‑5 (MQ=255) aGGCAAGTACCGAAGTACCtgcctattatttaaaattaataaacagttaatttttacatgaatatattaaattttaaaaaaacaaacgttt < 1:2257071‑M2/91‑73 (MQ=255) ggCAggtacttcggtacttgcctattatttaaaattaataaacagttaatttttacatgaatatattaaattttaaaaaaacaaacgtttt > 1:394831‑M1/1‑4 (MQ=255) ggCAAGTACCGAAGTACCTGCCTAAGATTCATCATATACAATTATCAAACTGCACTAAACTTACCAAAACTGCTTATTCGGTTGCCTGCTa < 1:415403/91‑1 (MQ=255) gCAggtacttcggtacttgcctattatttaaaattaataaacagttaatttttacatgaatatattaaattttaaaaaaacaaacgttttt > 1:3690798‑M1/1‑3 (MQ=255) aaGTACCGAAGTACCtgcctattatttaaaattaataaacagttaatttttacatgaatatattaaattttaaaaaaacaaacgtttttag < 1:1212887‑M2/91‑77 (MQ=255) aaGTACCGAAGTACCtgcctattatttaaaattaataaacagttaatttttacatgaatatattaaattttaaaaaaacaaacgtttttag < 1:2554903‑M2/91‑77 (MQ=255) aaGTACCGAAGTACCTGCCTAAGATTCATCATATACAATTATCAAACTGCACTAAACTTACCAAAACTGCTTATTCGGTTGCCTGCTATGt < 1:2479851/91‑1 (MQ=255) | AAAATAATTTATATACTAAAAACGTTTGTTTTTTTAAAATTTAATATATTCATGTAAAAATTAACTGTTTATTAATTTTAAATAATAGGCAAGTACCGAAGTACCTGCCTAAGATTCATCATATACAATTATCAAACTGCACTAAACTTACCAAAACTGCTTATTCGGTTGCCTGCTATGT > USA300TCH1516_ALE/1562293‑1562473 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |