| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 1601454 | NA (NA) | 10 (0.110) | 7/146 | NT | 100% | coding (139/177 nt) | USA300TCH1516_01480 | hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 1601498 | 0 (0.000) | coding (95/177 nt) | USA300TCH1516_01480 | hypothetical protein | |||||
TTTCGACATTAACGTTAAAGGTGAAAAGAATAACGATAGTCCTTATCCATCTTAAAATCCATAGTGCTTATAGTTATTTGCTATTTGTTGacagtta‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/1601365‑1601454‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ACAGTTACCAAGCTGACAAGGTAGGACTTGCCAGTGATAACTGTCAACAAATAGCAAATAACTATAAGCACTATGGATTTTAAGATGGATAAGGACT < USA300TCH1516_ALE/1601498‑1601402 TTTCGACATTAACGTTAAAGGTGAAAAGAATAACGATAGTCCTTATCCATCTTAAAATCCATAGTGCTTATAGTTATTTGCTATTTGTTGA < 1:2524762/91‑1TTTCGACATTAACGTTAAAGGTGAAAAGAATAACGATAGTCCTTATCCATCTTAAAATCCATAGTGCTTATAGTTATTTGCTATTTGTTGA > 1:3873937/1‑91 TTCGACATTAACGTTAAAGGTGAAAAGAATAACGATAGTCCTTATCCATCTTAAAATCCATAGTGCTTATAGTTATTTGCTATTTGTTGAC < 1:525831/91‑1 TTCGACATTAACGTTAAAGGTGAAAAGAATAACGATAGTCCTTATCCATCTTAAAATCCATAGTGCTTATAGTTATTTGCTATTTGTTGAC < 1:2055270/91‑1 CGACATTAACGTTAAAGGTGAAAAGAATAACGATAGTCCTTATCCATCTTAAAATCCATAGTGCTTATAGTTATTTGCTATTTGTTGACAG > 1:1409259/1‑91 GACATTAACGTTAAAGGTGACAAGAATAACGATCGTCCTTATCCATCTTAAAATCCATAGTGCTTATAGTTATTTGCTATTTGTTGACAGT > 1:1253843/1‑91 GACATTAACGTTAAAGGTGAAAAGAATAACGATAGTCCTTATCCATCTTAAAATCCATAGTGCTTATAGTTATTTGCTATTTGTTGACAGT > 1:4107300/1‑91 GACATTAACGTTAAAGGTGAAAAGAATAACGATAGTCCTTATCCATCTTAAAATCCATAGTGCTTATAGTTATTTGCTATTTGTTGACAGT < 1:2523905/91‑1 GACATTAACGTTAAAGGTGAAAAGAATAACGATAGTCCTTATCCATCTTAAAATCCATAGTGCTTATAGTTATTTGCTATTTGTTGACAGT < 1:3924615/91‑1 GACATTAACGTTAAAGGTGAAAAGAATAACGATAGTCCTTATCCATCTTAAAATCCATAGTGCTTATAGTTATTTGCTATTTGTTGACAGT < 1:3427924/91‑1 GACATTAACGTTAAAGGTGAAAAGAATAACGATAGTCCTTATCCATCTTAAAATCCATAGTGCTTATAGTTATTTGCTATTTGTTGACAGT < 1:1870301/91‑1 ACATTAACGTTAAAGGTGAAAAGAATAACGATAGTCCTTATCCATCTTAAAATCCATAGTGCTTATAGTTATTTGCTATTTGTTGACAGTT < 1:3086038/91‑1 ACATTAACGTTAAAGGTGAAAAGAATAACGATAGTCCTTATCCATCTTAAAATCCATAGTGCTTATAGTTATTTGCTATTTGTTGACAGTT < 1:3788847/91‑1 ACATTAACGTTAAAGGTGAAAAGAATAACGATAGTCCTTATCCATCTTAAAATCCATAGTGCTTATAGTTATTTGCTATTTGTTGACAGTT < 1:3829107/91‑1 ACATTAACGTTAAAGGTGAAAAGAATAACGATAGTCCTTATCCATCTTAAAATCCATAGTGCTTATAGTTATTTGCTATTTGTTGACAGTT < 1:2330862/91‑1 ACATTAACGTTAAAGGTGAAAAGAATAACGATAGTCCTTATCCATCTTAAAATCCATAGTGCTTATAGTTATTTGCTATTTGTTGACAGTT < 1:601236/91‑1 ACATTAACGTTAAAGGTGAAAAGAATAACGATAGTCCTTATCCATCTTAAAATCCATAGTGCTTATAGTTATTTGCTATTTGTTGACAGTT > 1:1613694/1‑91 CATTAACGTTAAAGGTGAAAAGAATAACGATAGTCCTTATCCATCTTAAAATCCATAGTGCTTATAGTTATTTGCTATTTGTTAACAGTTA > 1:2072189/1‑91 CGATAGTCCTTATCCATCTTAAAATCCATAGTGCTTATAGTTATTTGCTATTTGTTGACAGTTATCA‑‑CTGACAAGGTAGGACTTGCCAGTG > 1:2517509/1‑91 ATAGTCCTTATCCATCTTAAAATCCATAGTGCTTATAGTTATTTGCTATTTGTTGACAGTTACCAAGCTGACAAGGTAGGACTTGCCAGTG < 1:768453/91‑1 AGTCCTTATCCATCTTAAAATCCATAGTGCTTATAGTTATTTGCTATTTGTTGACAGTTACCAAGCTGACAAGGTAGGACTTGCCAGTGAT < 1:2908571/91‑1 AGTCCTTATCCATCTTAAAATCCATAGTGCTTATAGTTATTTGCTATTTGTTGACAGTTACCAAGCTGACAAGGTAGGACTTGCCAGTGAT < 1:1207332/91‑1 GTCCTTATCCATCTTAAAATCCATAGTGCTTATAGTTATTTGCTATTTGTTGACAGTTACCAAGCTGACAAGGTAGGACTTGCCAGTGATA < 1:2530304/91‑1 GTCCTTATCCATCTTAAAATCCATAGTGCTTATAGTTATTTGCTATTTGTTGACAGTTACCAAGCTGACAAGGTAGGACTTGCCAGTGATA < 1:3490513/91‑1 GTCCTTATCCATCTTAAAATCCATAGTGCTTATAGTTATTTGCTATTTGTTGACAGTCACCAAGCTGACAAGGTAGGACTTGCCAGTGATA < 1:307167/91‑1 TCCTTATCCATCTTAAAATCCATAGTGCTTATAGTTATTTGCTATTTGTTGACGGTTACCAAGCTGACAAGGTAGGACTTGCCAGTGATAA < 1:3513802/91‑1 TTATCCATCTTAAAATCCATAGTGCTTATAGTTATTTGCTATTTGTTGACAGTTACCAAGCTGACAAGGTAGGACTTGCCAGTGATAACTG < 1:2812328/91‑1 TATCCATCTTAAAATCCAGAGGGCTTATAGTTATTTGCTATTTGTTGACAGTTACCAAGCGGACAAGGTAGGACTTGCCAGTGATAACTGT < 1:1688943/91‑1 ACAGTTACCAAGCTGACAAGGTAGGACTTGCCAGTGATAACTGTCAACAAATAGCAAATAACTATAAGCACTATGGATTTTAAGATGGATA < 1:531364/91‑1 ACAGTTACCAAGCTGACAAGGTAGGACTTGCCAGTGATAACTGTCAACAAATAGCAAATAACTATAAGCACTATGGATTTTAAGATGGATA < 1:523984/91‑1 ACAGTTACCAAGCTGACAAGGTAGGACTTGCCAGTGATAACTGTCAACAAATAGCAAATAACTATAAGCACTATGGATTTTAAGATGGATA > 1:786952/1‑91 ACAGTTACCAAGCTGACAAGGTAGGACTTGCCAGTGATAACTGTCAACAAATAGCAAATAACTATAAGCACTATGGATTTTAAGATGGATA > 1:162063/1‑91 ACAGTTACCAAGCTGACAAGGTAGGACTTGCCAGTGATAACTGTCAACAAATAGCAAATAACTATAAGCACTATGGATTTTAAGATGGATA < 1:1350504/91‑1 CAGTTACCAAGCTGACAAGGTAGGACTTGTCAGTGATAACTGTCAACAAATAGCAAATAACTATAAGCACTATGGATTTTAAGATGGATAA < 1:3320508/91‑1 CAGTTACCAAGCTGACAAGGTAGGACTTGCCAGTGATAACTGTCAACAAATAGCAAATAACTATAAGCACTATGGATTTTAAGATGGATAA < 1:3761238/91‑1 AGTTACCAAGCTGACAAGGTAGGACTTGCCAGTGATAACTGTCAACAAATAGCAAATAACTATAAGCACTATGGATTTTAAGATGGATAAG > 1:3633309/1‑91 AGTTACCAAGCTGACAAGGTAGGACTTGCCAGTGATAACTGTCAACAAATAGCAAATAACTATAAGCACTATGGATTTTAAGATGGATAAG < 1:1786045/91‑1 GTTACCAAGCTGACAAGGTAGGACTTGCCAGTGATAACTGTCAACAAATAGCAAATAACTATAAGCACTATGGATTTTAAGATGGATAAGG > 1:2789273/1‑91 GTTACCAAGCTGACAAGGTAGGACTTGCCAGTGATAACTGTCAACAAATAGCAAATAACTATAAGCACTATGGATTTTAAGATGGATAAGG > 1:2789066/1‑91 GTTACCAAGCTGACAAGGTAGGACTTGCCAGTGATAACTGTCAACAAATAGCAAATAACTATAAGCACTATGGATTTTAAGATGGATAAGG > 1:2783570/1‑91 GTTACCAAGCTGACAAGGTAGGACTTGCCAGTGATAACTGTCAACAAATAGCAAATAACTATAAGCACTATGGATTTTAAGATGGATAAGG > 1:206895/1‑91 TTACCAAGCTGACAAGGTAGGACTTGCCAGTGATAACTGTCAACAAATAGCAAATAACTATAAGCACTATGGATTTTAAGATGGATAAGGA < 1:1315867/91‑1 TTACCAAGCTGACAAGGTAGGACTTGCCAGTGATAACTGTCAACAAATAGCAAATAACTATAAGCACTATGGATTTTAAGATGGATAAGGA < 1:1316446/91‑1 TACCAAGCTGACAAGGTAGGACTTGCCAGTGATAACTGTCAACAAATAGCAAATAACTATAAGCACTATGGATTTTAATATGGATAAGGAC < 1:3180949/91‑1 TACCAAGCTGACAAGGTAGGACTTGCCAGTGATAACTGTCAACAAATAGCAAATAACTATAAGCACTATGGATTTTAAGATGGATAAGGAC < 1:1745191/91‑1 ACCAAGCTGACAAGGTAGGACTTGCCAGTGATAACTGTCAACAAATAGCAAATAACTATAAGCACTATGGATTTTAAGATGGATAAGGACT > 1:874182/1‑91 ACCAAGCTGACAAGGTAGGACTTGCCAGTGATAACTGTCAACAAATAGCAAATAACTATAAGCACTATGGATTTTAAGATGGATAAGGACT < 1:834786/91‑1 ACCAAGCTGACAAGGTAGGACTTGCCAGTGATAACTGTCAACAAATAGCAAATAACTATAAGCACTATGGATTTTAAGATGGATAAGGACT < 1:834728/91‑1 ACCAAGCTGACAAGGTAGGACTTGCCAGTGATAACTGTCAACAAATAGCAAATAACTATAAGCACTATGGATTTTAAGATGGATAAGGACT > 1:4136891/1‑91 ACCAAGCTGACAAGGTAGGACTTGCCAGTGATAACTGTCAACAAATAGCAAATAACTATAAGCACTATGGATTTTAAGATGGATAAGGACT > 1:4136365/1‑91 ACCAAGCTGACAAGGTAGGACTTGCCAGTGATAACTGTCAACAAATAGCAAATAACTATAAGCACTATGGATTTTAAGATGGATAAGGACT > 1:3884963/1‑91 ACCAAGCTGACAAGGTAGGACTTGCCAGTGATAACTGTCAACAAATAGCAAATAACTATAAGCACTATGGATTTTAAGATGGATAAGGACT > 1:3884685/1‑91 ACCAAGCTGACAAGGTAGGACTTGCCAGTGATAACTGTCAACAAATAGCAAATAACTATAAGCACTATGGATTTTAAGATGGATAAGGACT < 1:3328089/91‑1 ACCAAGCTGACAAGGTAGGACTTGCCAGTGATAACTGTCAACAAATAGCAAATAACTATAAGCACTATGGATTTTAAGATGGATAAGGACT < 1:270408/91‑1 ACCAAGCTGACAAGGTAGGACTTGCCAGTGATAACTGTCAACAAATAGCAAATAACTATAAGCACTATGGATTTTAAGATGGATAAGGACT < 1:2403935/91‑1 ACCAAGCTGACAAGGTAGGACTTGCCAGTGATAACTGTCAACAAATAGCAAATAACTATAAGCACTATGGATTTTAAGATGGATAAGGACT > 1:1239716/1‑91 TTTCGACATTAACGTTAAAGGTGAAAAGAATAACGATAGTCCTTATCCATCTTAAAATCCATAGTGCTTATAGTTATTTGCTATTTGTTGacagtta‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/1601365‑1601454‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ACAGTTACCAAGCTGACAAGGTAGGACTTGCCAGTGATAACTGTCAACAAATAGCAAATAACTATAAGCACTATGGATTTTAAGATGGATAAGGACT < USA300TCH1516_ALE/1601498‑1601402 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |